MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 plasmid pRahaq202

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016819	CCGC	2	8	879	886	0 %	0 %	25 %	75 %	383192312
2	NC_016819	TGTT	2	8	1600	1607	0 %	75 %	25 %	0 %	383192313
3	NC_016819	TAAT	2	8	1990	1997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016819	CATA	2	8	2044	2051	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016819	CATA	2	8	2435	2442	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_016819	TCAT	2	8	2749	2756	25 %	50 %	0 %	25 %	383192315
7	NC_016819	ATGG	2	8	3199	3206	25 %	25 %	50 %	0 %	383192315
8	NC_016819	GACA	2	8	3275	3282	50 %	0 %	25 %	25 %	383192315
9	NC_016819	TAAT	2	8	3449	3456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016819	CAGT	2	8	4763	4770	25 %	25 %	25 %	25 %	383192317
11	NC_016819	CCCG	2	8	5126	5133	0 %	0 %	25 %	75 %	383192317
12	NC_016819	GCCT	2	8	5149	5156	0 %	25 %	25 %	50 %	383192317
13	NC_016819	GAAA	2	8	5178	5185	75 %	0 %	25 %	0 %	383192317
14	NC_016819	CATG	2	8	5221	5228	25 %	25 %	25 %	25 %	383192317
15	NC_016819	ATGA	2	8	5569	5576	50 %	25 %	25 %	0 %	383192317
16	NC_016819	CTGA	2	8	6782	6789	25 %	25 %	25 %	25 %	383192318
17	NC_016819	ATGA	2	8	6984	6991	50 %	25 %	25 %	0 %	383192318
18	NC_016819	ATTT	2	8	7674	7681	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016819	ACTC	2	8	7741	7748	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016819	TCAC	2	8	7762	7769	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_016819	TCCA	2	8	8337	8344	25 %	25 %	0 %	50 %	383192319
22	NC_016819	CTTG	2	8	8548	8555	0 %	50 %	25 %	25 %	383192319
23	NC_016819	CTGT	2	8	9038	9045	0 %	50 %	25 %	25 %	383192320
24	NC_016819	GTCC	2	8	9817	9824	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016819	TAAA	2	8	9825	9832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016819	TGAC	2	8	10273	10280	25 %	25 %	25 %	25 %	383192321
27	NC_016819	AGCC	2	8	10636	10643	25 %	0 %	25 %	50 %	383192321
28	NC_016819	CGGT	2	8	10909	10916	0 %	25 %	50 %	25 %	383192321
29	NC_016819	CCTG	2	8	11273	11280	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_016819	AACT	2	8	11303	11310	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_016819	TGAA	2	8	12746	12753	50 %	25 %	25 %	0 %	383192322
32	NC_016819	GCTG	2	8	12863	12870	0 %	25 %	50 %	25 %	383192323
33	NC_016819	TGGC	2	8	13636	13643	0 %	25 %	50 %	25 %	383192323
34	NC_016819	ATAA	2	8	14298	14305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016819	TGTA	2	8	14358	14365	25 %	50 %	25 %	0 %	383192324
36	NC_016819	CAGG	2	8	14484	14491	25 %	0 %	50 %	25 %	383192324
37	NC_016819	ATGG	2	8	14602	14609	25 %	25 %	50 %	0 %	383192324
38	NC_016819	GCCC	2	8	15133	15140	0 %	0 %	25 %	75 %	383192324
39	NC_016819	CCTG	2	8	15537	15544	0 %	25 %	25 %	50 %	383192324
40	NC_016819	ATAA	2	8	16333	16340	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016819	ATGC	2	8	16422	16429	25 %	25 %	25 %	25 %	383192326
42	NC_016819	GCCA	2	8	16449	16456	25 %	0 %	25 %	50 %	383192326
43	NC_016819	ATGA	2	8	16534	16541	50 %	25 %	25 %	0 %	383192326
44	NC_016819	TAAT	2	8	16688	16695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016819	TAAA	2	8	16795	16802	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016819	TGAG	2	8	16934	16941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016819	TGAA	2	8	17125	17132	50 %	25 %	25 %	0 %	383192327
48	NC_016819	ATAA	2	8	17136	17143	75 %	25 %	0 %	0 %	383192327
49	NC_016819	CTTT	2	8	17167	17174	0 %	75 %	0 %	25 %	383192327
50	NC_016819	ATTG	2	8	17273	17280	25 %	50 %	25 %	0 %	383192327
51	NC_016819	GCGG	2	8	17372	17379	0 %	0 %	75 %	25 %	383192327
52	NC_016819	AAGT	2	8	18062	18069	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016819	CCAG	2	8	18212	18219	25 %	0 %	25 %	50 %	383192328
54	NC_016819	CGTC	2	8	18479	18486	0 %	25 %	25 %	50 %	383192328
55	NC_016819	TCTG	2	8	18621	18628	0 %	50 %	25 %	25 %	383192328
56	NC_016819	CCAG	2	8	18755	18762	25 %	0 %	25 %	50 %	383192328
57	NC_016819	GTGC	2	8	19399	19406	0 %	25 %	50 %	25 %	383192329
58	NC_016819	CGCA	3	12	19695	19706	25 %	0 %	25 %	50 %	383192329
59	NC_016819	CAGT	2	8	19962	19969	25 %	25 %	25 %	25 %	383192329
60	NC_016819	CTTT	2	8	21282	21289	0 %	75 %	0 %	25 %	383192330
61	NC_016819	TGCC	2	8	21974	21981	0 %	25 %	25 %	50 %	383192330
62	NC_016819	TGAT	2	8	22630	22637	25 %	50 %	25 %	0 %	383192330
63	NC_016819	TGTT	2	8	22981	22988	0 %	75 %	25 %	0 %	383192330
64	NC_016819	GGCA	2	8	23141	23148	25 %	0 %	50 %	25 %	383192330
65	NC_016819	AGGG	2	8	23199	23206	25 %	0 %	75 %	0 %	383192330
66	NC_016819	AACA	2	8	23865	23872	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_016819	TTCT	2	8	23992	23999	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_016819	TCAT	2	8	24109	24116	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_016819	CTAC	2	8	24485	24492	25 %	25 %	0 %	50 %	383192332
70	NC_016819	ACTG	2	8	24588	24595	25 %	25 %	25 %	25 %	383192332
71	NC_016819	TGCC	2	8	25442	25449	0 %	25 %	25 %	50 %	383192334
72	NC_016819	TGCC	2	8	25697	25704	0 %	25 %	25 %	50 %	383192334
73	NC_016819	TTTA	2	8	26438	26445	25 %	75 %	0 %	0 %	383192335
74	NC_016819	GAAC	2	8	27763	27770	50 %	0 %	25 %	25 %	383192336
75	NC_016819	CCCT	2	8	28016	28023	0 %	25 %	0 %	75 %	383192336
76	NC_016819	CGGG	2	8	28348	28355	0 %	0 %	75 %	25 %	383192337
77	NC_016819	CGGG	2	8	28647	28654	0 %	0 %	75 %	25 %	383192337
78	NC_016819	GAAT	2	8	28744	28751	50 %	25 %	25 %	0 %	383192337
79	NC_016819	TCCT	2	8	30059	30066	0 %	50 %	0 %	50 %	383192338
80	NC_016819	CAGT	2	8	30445	30452	25 %	25 %	25 %	25 %	383192339
81	NC_016819	GAAA	2	8	30735	30742	75 %	0 %	25 %	0 %	383192339
82	NC_016819	TAAG	2	8	31078	31085	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016819	TCAG	2	8	31403	31410	25 %	25 %	25 %	25 %	383192341
84	NC_016819	TGAT	2	8	31658	31665	25 %	50 %	25 %	0 %	383192341
85	NC_016819	TGCA	2	8	32024	32031	25 %	25 %	25 %	25 %	383192342
86	NC_016819	TGGC	2	8	32394	32401	0 %	25 %	50 %	25 %	383192342
87	NC_016819	CGTC	2	8	32893	32900	0 %	25 %	25 %	50 %	383192342
88	NC_016819	CGGT	2	8	34030	34037	0 %	25 %	50 %	25 %	383192343
89	NC_016819	ACCC	2	8	34517	34524	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_016819	TATC	2	8	34569	34576	25 %	50 %	0 %	25 %	383192344
91	NC_016819	CGGC	2	8	35836	35843	0 %	0 %	50 %	50 %	383192345
92	NC_016819	TGTT	2	8	36516	36523	0 %	75 %	25 %	0 %	383192346
93	NC_016819	CGCA	2	8	36527	36534	25 %	0 %	25 %	50 %	383192346
94	NC_016819	GACG	2	8	36677	36684	25 %	0 %	50 %	25 %	383192346
95	NC_016819	GACA	2	8	36952	36959	50 %	0 %	25 %	25 %	383192346
96	NC_016819	TTTC	2	8	36981	36988	0 %	75 %	0 %	25 %	383192346
97	NC_016819	TGAT	2	8	37513	37520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016819	ATGG	2	8	37866	37873	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016819	CGCC	2	8	38889	38896	0 %	0 %	25 %	75 %	383192347
100	NC_016819	AAAT	2	8	39109	39116	75 %	25 %	0 %	0 %	383192347
101	NC_016819	TTAA	2	8	39253	39260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016819	AGTA	2	8	39696	39703	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016819	CCCA	2	8	39772	39779	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_016819	TAGC	2	8	40092	40099	25 %	25 %	25 %	25 %	383192348
105	NC_016819	TTGT	2	8	40115	40122	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016819	TTTG	2	8	40170	40177	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016819	GCTG	2	8	40468	40475	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_016819	CATC	2	8	41272	41279	25 %	25 %	0 %	50 %	383192349
109	NC_016819	CGCT	2	8	42038	42045	0 %	25 %	25 %	50 %	383192350
110	NC_016819	CAGC	2	8	43484	43491	25 %	0 %	25 %	50 %	383192351
111	NC_016819	GCTG	2	8	43616	43623	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_016819	GAGC	2	8	44212	44219	25 %	0 %	50 %	25 %	383192352
113	NC_016819	GCGA	2	8	44256	44263	25 %	0 %	50 %	25 %	383192352
114	NC_016819	TCCG	2	8	44648	44655	0 %	25 %	25 %	50 %	383192352
115	NC_016819	AGCC	2	8	44813	44820	25 %	0 %	25 %	50 %	383192352
116	NC_016819	TCCG	2	8	44825	44832	0 %	25 %	25 %	50 %	383192352
117	NC_016819	AAAT	2	8	45067	45074	75 %	25 %	0 %	0 %	383192352
118	NC_016819	AGAC	2	8	45099	45106	50 %	0 %	25 %	25 %	383192352
119	NC_016819	TTCA	2	8	45216	45223	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_016819	GCGT	2	8	45599	45606	0 %	25 %	50 %	25 %	383192353
121	NC_016819	TTGT	2	8	45628	45635	0 %	75 %	25 %	0 %	383192353
122	NC_016819	TATC	2	8	45645	45652	25 %	50 %	0 %	25 %	383192353
123	NC_016819	GAGC	2	8	46624	46631	25 %	0 %	50 %	25 %	383192355
124	NC_016819	CATT	2	8	47398	47405	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_016819	AGCC	2	8	47517	47524	25 %	0 %	25 %	50 %	383192357
126	NC_016819	TAAA	2	8	47658	47665	75 %	25 %	0 %	0 %	383192357
127	NC_016819	TTAG	2	8	47770	47777	25 %	50 %	25 %	0 %	383192357
128	NC_016819	CATT	2	8	47815	47822	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_016819	TTAA	2	8	47863	47870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016819	GCCA	2	8	49964	49971	25 %	0 %	25 %	50 %	383192358
131	NC_016819	CTTT	2	8	50430	50437	0 %	75 %	0 %	25 %	383192359
132	NC_016819	CCAC	2	8	50449	50456	25 %	0 %	0 %	75 %	383192359
133	NC_016819	GTCA	2	8	51374	51381	25 %	25 %	25 %	25 %	383192360
134	NC_016819	ATCT	2	8	51722	51729	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016819	CTTT	2	8	52369	52376	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_016819	CTAT	2	8	52598	52605	25 %	50 %	0 %	25 %	383192361
137	NC_016819	GAAC	2	8	52979	52986	50 %	0 %	25 %	25 %	383192361
138	NC_016819	CAAA	2	8	53433	53440	75 %	0 %	0 %	25 %	383192361
139	NC_016819	AGGA	2	8	53532	53539	50 %	0 %	50 %	0 %	383192361
140	NC_016819	TGAA	2	8	53872	53879	50 %	25 %	25 %	0 %	383192362
141	NC_016819	CTGG	2	8	54575	54582	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_016819	GGTC	2	8	54662	54669	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_016819	ATTG	2	8	54678	54685	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016819	TGCC	2	8	55115	55122	0 %	25 %	25 %	50 %	383192364
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332	NC_016819	CTGG	2	8	115284	115291	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.