MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103c complete sequence

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016814	TAAGC	2	10	3709	3718	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016814	AGGGA	2	10	3817	3826	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016814	GGTAA	2	10	3874	3883	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016814	GAGGC	2	10	9708	9717	20 %	0 %	60 %	20 %	378775802
5	NC_016814	GAGCA	2	10	11424	11433	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016814	GTGCG	2	10	14016	14025	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_016814	GGTGC	2	10	15789	15798	0 %	20 %	60 %	20 %	378775811
8	NC_016814	GATCG	2	10	16758	16767	20 %	20 %	40 %	20 %	378775811
9	NC_016814	CAGCG	2	10	17595	17604	20 %	0 %	40 %	40 %	378775811
10	NC_016814	ACCAA	2	10	19268	19277	60 %	0 %	0 %	40 %	378775814
11	NC_016814	GCGAC	2	10	20083	20092	20 %	0 %	40 %	40 %	378775814
12	NC_016814	CGGCG	2	10	20906	20915	0 %	0 %	60 %	40 %	378775816
13	NC_016814	CGCAG	2	10	21893	21902	20 %	0 %	40 %	40 %	378775818
14	NC_016814	TGATC	2	10	22355	22364	20 %	40 %	20 %	20 %	378775818
15	NC_016814	CTCCC	2	10	25348	25357	0 %	20 %	0 %	80 %	378775822
16	NC_016814	GTTTT	2	10	28508	28517	0 %	80 %	20 %	0 %	378775824
17	NC_016814	GCTTG	2	10	31887	31896	0 %	40 %	40 %	20 %	378775827
18	NC_016814	GAAGA	2	10	32151	32160	60 %	0 %	40 %	0 %	378775827
19	NC_016814	AGCGA	2	10	34429	34438	40 %	0 %	40 %	20 %	378775828
20	NC_016814	GCAGG	2	10	34550	34559	20 %	0 %	60 %	20 %	378775828
21	NC_016814	CAGGA	2	10	39714	39723	40 %	0 %	40 %	20 %	378775834
22	NC_016814	TGGCC	2	10	39927	39936	0 %	20 %	40 %	40 %	378775835
23	NC_016814	TTGCG	2	10	40724	40733	0 %	40 %	40 %	20 %	378775836
24	NC_016814	GCCTT	2	10	44773	44782	0 %	40 %	20 %	40 %	378775840
25	NC_016814	GACAA	2	10	46021	46030	60 %	0 %	20 %	20 %	378775841
26	NC_016814	GTCGC	2	10	47396	47405	0 %	20 %	40 %	40 %	378775843
27	NC_016814	CGCGC	2	10	48527	48536	0 %	0 %	40 %	60 %	378775845
28	NC_016814	CAGTT	2	10	50299	50308	20 %	40 %	20 %	20 %	378775849
29	NC_016814	CCCAT	2	10	50703	50712	20 %	20 %	0 %	60 %	378775849
30	NC_016814	CCGCG	2	10	51175	51184	0 %	0 %	40 %	60 %	378775849
31	NC_016814	TTTCG	3	15	52842	52856	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016814	CAGGG	2	10	53536	53545	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016814	CTGGC	2	10	54794	54803	0 %	20 %	40 %	40 %	378775853
34	NC_016814	CGGCC	2	10	57434	57443	0 %	0 %	40 %	60 %	378775855
35	NC_016814	GCGCC	2	10	58312	58321	0 %	0 %	40 %	60 %	378775856
36	NC_016814	GGTTC	2	10	60703	60712	0 %	40 %	40 %	20 %	378775859
37	NC_016814	CGGCA	2	10	61388	61397	20 %	0 %	40 %	40 %	378775859
38	NC_016814	CCTCG	2	10	61976	61985	0 %	20 %	20 %	60 %	378775860
39	NC_016814	AGACG	2	10	64564	64573	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016814	GTTGT	2	10	65511	65520	0 %	60 %	40 %	0 %	378775863
41	NC_016814	GCCCA	2	10	65938	65947	20 %	0 %	20 %	60 %	378775863
42	NC_016814	GCGCA	2	10	67009	67018	20 %	0 %	40 %	40 %	378775863
43	NC_016814	TTATG	2	10	67739	67748	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016814	GGCGA	2	10	68910	68919	20 %	0 %	60 %	20 %	378775866
45	NC_016814	GAGAG	2	10	69236	69245	40 %	0 %	60 %	0 %	378775867
46	NC_016814	ACGCG	2	10	69685	69694	20 %	0 %	40 %	40 %	378775867
47	NC_016814	TTCAC	2	10	70084	70093	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016814	TCGCG	2	10	71410	71419	0 %	20 %	40 %	40 %	378775868
49	NC_016814	GCCCA	2	10	72108	72117	20 %	0 %	20 %	60 %	378775869
50	NC_016814	TTTCG	2	10	72160	72169	0 %	60 %	20 %	20 %	378775869
51	NC_016814	TGCGG	2	10	74203	74212	0 %	20 %	60 %	20 %	378775869
52	NC_016814	TGTTC	2	10	75702	75711	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016814	TTTCG	2	10	76691	76700	0 %	60 %	20 %	20 %	378775873
54	NC_016814	TCGTC	2	10	77128	77137	0 %	40 %	20 %	40 %	378775874
55	NC_016814	TCCGA	2	10	77199	77208	20 %	20 %	20 %	40 %	378775874
56	NC_016814	GCCGC	2	10	77417	77426	0 %	0 %	40 %	60 %	378775874
57	NC_016814	ACTTC	2	10	80012	80021	20 %	40 %	0 %	40 %	378775875
58	NC_016814	CGCAG	2	10	84963	84972	20 %	0 %	40 %	40 %	378775887
59	NC_016814	CAAAA	2	10	85095	85104	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016814	GCTCC	2	10	86489	86498	0 %	20 %	20 %	60 %	378775891
61	NC_016814	CAGCC	2	10	87195	87204	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_016814	GCGAG	2	10	88811	88820	20 %	0 %	60 %	20 %	378775894
63	NC_016814	AGCGA	2	10	89874	89883	40 %	0 %	40 %	20 %	378775894
64	NC_016814	GCGCG	2	10	90273	90282	0 %	0 %	60 %	40 %	378775896
65	NC_016814	CGCGG	2	10	94074	94083	0 %	0 %	60 %	40 %	378775901
66	NC_016814	CGGTG	2	10	94451	94460	0 %	20 %	60 %	20 %	378775901
67	NC_016814	GCGCC	2	10	94974	94983	0 %	0 %	40 %	60 %	378775901
68	NC_016814	ACCCG	2	10	96027	96036	20 %	0 %	20 %	60 %	378775902
69	NC_016814	TTGGA	2	10	96526	96535	20 %	40 %	40 %	0 %	378775903
70	NC_016814	CGCTG	2	10	97088	97097	0 %	20 %	40 %	40 %	378775903
71	NC_016814	GCGAT	2	10	98426	98435	20 %	20 %	40 %	20 %	378775905
72	NC_016814	CAAGC	2	10	98546	98555	40 %	0 %	20 %	40 %	378775906
73	NC_016814	TCGGC	2	10	98768	98777	0 %	20 %	40 %	40 %	378775906
74	NC_016814	GGCGT	2	10	98965	98974	0 %	20 %	60 %	20 %	378775906
75	NC_016814	CATCA	2	10	100904	100913	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_016814	ATGAA	2	10	101499	101508	60 %	20 %	20 %	0 %	378775909
77	NC_016814	TCGGC	2	10	102817	102826	0 %	20 %	40 %	40 %	378775912
78	NC_016814	GGCGC	2	10	104477	104486	0 %	0 %	60 %	40 %	378775914
79	NC_016814	ATCGT	2	10	104572	104581	20 %	40 %	20 %	20 %	378775914
80	NC_016814	GTCCG	2	10	104715	104724	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016814	CGATG	2	10	105985	105994	20 %	20 %	40 %	20 %	378775916
82	NC_016814	CATCA	2	10	107153	107162	40 %	20 %	0 %	40 %	378775918
83	NC_016814	AGCGC	2	10	107475	107484	20 %	0 %	40 %	40 %	378775918
84	NC_016814	CACCT	2	10	108302	108311	20 %	20 %	0 %	60 %	378775918
85	NC_016814	CGAGG	2	10	109742	109751	20 %	0 %	60 %	20 %	378775920
86	NC_016814	CCTGG	2	10	110489	110498	0 %	20 %	40 %	40 %	378775921
87	NC_016814	ACGGC	2	10	112464	112473	20 %	0 %	40 %	40 %	378775924
88	NC_016814	TCGTC	2	10	112569	112578	0 %	40 %	20 %	40 %	378775924
89	NC_016814	CGGAC	2	10	113376	113385	20 %	0 %	40 %	40 %	378775926
90	NC_016814	ATCGC	2	10	113439	113448	20 %	20 %	20 %	40 %	378775926
91	NC_016814	CGGGC	2	10	115512	115521	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016814	GACGC	2	10	116509	116518	20 %	0 %	40 %	40 %	378775928
93	NC_016814	GACGA	2	10	117437	117446	40 %	0 %	40 %	20 %	378775930
94	NC_016814	AGCGA	2	10	120612	120621	40 %	0 %	40 %	20 %	378775936
95	NC_016814	ATGTT	2	10	120887	120896	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016814	GTGAC	2	10	121108	121117	20 %	20 %	40 %	20 %	378775937
97	NC_016814	CAGCG	2	10	124133	124142	20 %	0 %	40 %	40 %	378775940
98	NC_016814	CCATA	2	10	125615	125624	40 %	20 %	0 %	40 %	378775941
99	NC_016814	CGAGC	2	10	125864	125873	20 %	0 %	40 %	40 %	378775941
100	NC_016814	TGCAA	2	10	126656	126665	40 %	20 %	20 %	20 %	378775942
101	NC_016814	CGCAT	2	10	128213	128222	20 %	20 %	20 %	40 %	378775943
102	NC_016814	CTTCG	2	10	129686	129695	0 %	40 %	20 %	40 %	378775944
103	NC_016814	TGCGC	2	10	133271	133280	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_016814	CCGAC	2	10	135848	135857	20 %	0 %	20 %	60 %	378775951
105	NC_016814	CCGAT	2	10	136362	136371	20 %	20 %	20 %	40 %	378775952
106	NC_016814	CAGAG	2	10	137676	137685	40 %	0 %	40 %	20 %	378775952
107	NC_016814	CCCCT	2	10	138372	138381	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
108	NC_016814	AGAAA	2	10	138665	138674	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016814	ATCCG	2	10	139189	139198	20 %	20 %	20 %	40 %	378775953
110	NC_016814	CTGCG	2	10	139318	139327	0 %	20 %	40 %	40 %	378775953
111	NC_016814	CGCAA	2	10	142131	142140	40 %	0 %	20 %	40 %	378775959
112	NC_016814	CCGCG	2	10	143119	143128	0 %	0 %	40 %	60 %	378775960
113	NC_016814	CGGCG	2	10	143472	143481	0 %	0 %	60 %	40 %	378775960

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.