MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103c complete sequence

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016814	AGAA	2	8	1209	1216	75 %	0 %	25 %	0 %	378775796
2	NC_016814	GCCA	2	8	1298	1305	25 %	0 %	25 %	50 %	378775796
3	NC_016814	ATCG	2	8	1349	1356	25 %	25 %	25 %	25 %	378775796
4	NC_016814	GTGC	2	8	1605	1612	0 %	25 %	50 %	25 %	378775796
5	NC_016814	GTCG	2	8	1793	1800	0 %	25 %	50 %	25 %	378775796
6	NC_016814	CCAA	2	8	2120	2127	50 %	0 %	0 %	50 %	378775796
7	NC_016814	ATCA	2	8	4106	4113	50 %	25 %	0 %	25 %	378775798
8	NC_016814	ATTC	2	8	4679	4686	25 %	50 %	0 %	25 %	378775799
9	NC_016814	CCAT	2	8	5612	5619	25 %	25 %	0 %	50 %	378775800
10	NC_016814	TCGG	2	8	7553	7560	0 %	25 %	50 %	25 %	378775802
11	NC_016814	GGTC	2	8	7687	7694	0 %	25 %	50 %	25 %	378775802
12	NC_016814	TCGG	2	8	7974	7981	0 %	25 %	50 %	25 %	378775802
13	NC_016814	GATC	2	8	8221	8228	25 %	25 %	25 %	25 %	378775802
14	NC_016814	GGTG	2	8	9820	9827	0 %	25 %	75 %	0 %	378775802
15	NC_016814	GAAC	2	8	10317	10324	50 %	0 %	25 %	25 %	378775803
16	NC_016814	TGAC	2	8	11265	11272	25 %	25 %	25 %	25 %	378775804
17	NC_016814	CTCG	2	8	11701	11708	0 %	25 %	25 %	50 %	378775805
18	NC_016814	CATC	2	8	11812	11819	25 %	25 %	0 %	50 %	378775805
19	NC_016814	CTTA	2	8	12337	12344	25 %	50 %	0 %	25 %	378775806
20	NC_016814	TTGT	2	8	12386	12393	0 %	75 %	25 %	0 %	378775807
21	NC_016814	CAAC	2	8	12518	12525	50 %	0 %	0 %	50 %	378775807
22	NC_016814	CCTG	2	8	13016	13023	0 %	25 %	25 %	50 %	378775809
23	NC_016814	CAGG	2	8	13528	13535	25 %	0 %	50 %	25 %	378775809
24	NC_016814	AAAT	2	8	13690	13697	75 %	25 %	0 %	0 %	378775809
25	NC_016814	AAAG	2	8	14439	14446	75 %	0 %	25 %	0 %	378775810
26	NC_016814	CAGC	2	8	15089	15096	25 %	0 %	25 %	50 %	378775811
27	NC_016814	CGAG	2	8	16126	16133	25 %	0 %	50 %	25 %	378775811
28	NC_016814	CGGT	2	8	16494	16501	0 %	25 %	50 %	25 %	378775811
29	NC_016814	CGGA	2	8	16515	16522	25 %	0 %	50 %	25 %	378775811
30	NC_016814	ATCG	2	8	16911	16918	25 %	25 %	25 %	25 %	378775811
31	NC_016814	CGGA	2	8	17148	17155	25 %	0 %	50 %	25 %	378775811
32	NC_016814	ATCG	2	8	17222	17229	25 %	25 %	25 %	25 %	378775811
33	NC_016814	GGAA	2	8	19941	19948	50 %	0 %	50 %	0 %	378775814
34	NC_016814	GCCG	2	8	21058	21065	0 %	0 %	50 %	50 %	378775816
35	NC_016814	TCCC	2	8	21239	21246	0 %	25 %	0 %	75 %	378775817
36	NC_016814	GCCT	2	8	21360	21367	0 %	25 %	25 %	50 %	378775817
37	NC_016814	CGGC	2	8	21803	21810	0 %	0 %	50 %	50 %	378775818
38	NC_016814	GCGT	2	8	21925	21932	0 %	25 %	50 %	25 %	378775818
39	NC_016814	CAGC	2	8	22151	22158	25 %	0 %	25 %	50 %	378775818
40	NC_016814	GCAT	2	8	22237	22244	25 %	25 %	25 %	25 %	378775818
41	NC_016814	AAAG	2	8	22625	22632	75 %	0 %	25 %	0 %	378775818
42	NC_016814	CGAT	2	8	22933	22940	25 %	25 %	25 %	25 %	378775818
43	NC_016814	GGAT	2	8	23526	23533	25 %	25 %	50 %	0 %	378775820
44	NC_016814	CAGA	2	8	25863	25870	50 %	0 %	25 %	25 %	378775822
45	NC_016814	AAAC	2	8	26098	26105	75 %	0 %	0 %	25 %	378775822
46	NC_016814	CGGC	2	8	26231	26238	0 %	0 %	50 %	50 %	378775822
47	NC_016814	GCTC	2	8	26561	26568	0 %	25 %	25 %	50 %	378775823
48	NC_016814	TGAA	2	8	26619	26626	50 %	25 %	25 %	0 %	378775823
49	NC_016814	CTCC	2	8	27342	27349	0 %	25 %	0 %	75 %	378775824
50	NC_016814	ATAG	2	8	27388	27395	50 %	25 %	25 %	0 %	378775824
51	NC_016814	TTCG	2	8	28835	28842	0 %	50 %	25 %	25 %	378775824
52	NC_016814	CATA	2	8	29301	29308	50 %	25 %	0 %	25 %	378775825
53	NC_016814	TAAC	2	8	29962	29969	50 %	25 %	0 %	25 %	378775826
54	NC_016814	GTTC	2	8	30469	30476	0 %	50 %	25 %	25 %	378775826
55	NC_016814	GCAG	2	8	30578	30585	25 %	0 %	50 %	25 %	378775826
56	NC_016814	CCTG	2	8	31213	31220	0 %	25 %	25 %	50 %	378775827
57	NC_016814	TGGA	2	8	31420	31427	25 %	25 %	50 %	0 %	378775827
58	NC_016814	TGGG	2	8	32173	32180	0 %	25 %	75 %	0 %	378775827
59	NC_016814	AGGC	2	8	33300	33307	25 %	0 %	50 %	25 %	378775828
60	NC_016814	CATC	2	8	33548	33555	25 %	25 %	0 %	50 %	378775828
61	NC_016814	GGGA	2	8	33595	33602	25 %	0 %	75 %	0 %	378775828
62	NC_016814	GTCG	2	8	34104	34111	0 %	25 %	50 %	25 %	378775828
63	NC_016814	CCGA	2	8	34383	34390	25 %	0 %	25 %	50 %	378775828
64	NC_016814	AACG	2	8	34683	34690	50 %	0 %	25 %	25 %	378775828
65	NC_016814	CAGG	2	8	35183	35190	25 %	0 %	50 %	25 %	378775829
66	NC_016814	CGTA	2	8	35830	35837	25 %	25 %	25 %	25 %	378775830
67	NC_016814	TTCC	2	8	36362	36369	0 %	50 %	0 %	50 %	378775830
68	NC_016814	CCTT	2	8	37125	37132	0 %	50 %	0 %	50 %	378775831
69	NC_016814	GAAT	2	8	37265	37272	50 %	25 %	25 %	0 %	378775831
70	NC_016814	CGGC	2	8	37408	37415	0 %	0 %	50 %	50 %	378775831
71	NC_016814	GACG	2	8	37899	37906	25 %	0 %	50 %	25 %	378775832
72	NC_016814	GCGA	2	8	38357	38364	25 %	0 %	50 %	25 %	378775832
73	NC_016814	GTGC	2	8	38575	38582	0 %	25 %	50 %	25 %	378775833
74	NC_016814	CTGT	2	8	39473	39480	0 %	50 %	25 %	25 %	378775833
75	NC_016814	GGCC	2	8	39701	39708	0 %	0 %	50 %	50 %	378775834
76	NC_016814	GCCT	2	8	39874	39881	0 %	25 %	25 %	50 %	378775835
77	NC_016814	GATC	2	8	39903	39910	25 %	25 %	25 %	25 %	378775835
78	NC_016814	CAGC	2	8	41578	41585	25 %	0 %	25 %	50 %	378775837
79	NC_016814	CCGC	2	8	41818	41825	0 %	0 %	25 %	75 %	378775837
80	NC_016814	TGCG	2	8	42708	42715	0 %	25 %	50 %	25 %	378775837
81	NC_016814	AGGC	2	8	42882	42889	25 %	0 %	50 %	25 %	378775837
82	NC_016814	GAAT	2	8	43120	43127	50 %	25 %	25 %	0 %	378775837
83	NC_016814	TCGT	2	8	44168	44175	0 %	50 %	25 %	25 %	378775838
84	NC_016814	AGCC	2	8	44180	44187	25 %	0 %	25 %	50 %	378775838
85	NC_016814	ACTC	2	8	44301	44308	25 %	25 %	0 %	50 %	378775838
86	NC_016814	GCCG	2	8	44392	44399	0 %	0 %	50 %	50 %	378775839
87	NC_016814	CCGA	2	8	44467	44474	25 %	0 %	25 %	50 %	378775839
88	NC_016814	CGGC	2	8	44762	44769	0 %	0 %	50 %	50 %	378775840
89	NC_016814	CCCA	2	8	45555	45562	25 %	0 %	0 %	75 %	378775840
90	NC_016814	TCGC	2	8	45889	45896	0 %	25 %	25 %	50 %	378775841
91	NC_016814	ACCG	2	8	45999	46006	25 %	0 %	25 %	50 %	378775841
92	NC_016814	GAGC	2	8	46176	46183	25 %	0 %	50 %	25 %	378775841
93	NC_016814	AAGC	2	8	46842	46849	50 %	0 %	25 %	25 %	378775842
94	NC_016814	ATGG	2	8	47096	47103	25 %	25 %	50 %	0 %	378775843
95	NC_016814	GTGG	2	8	47194	47201	0 %	25 %	75 %	0 %	378775843
96	NC_016814	GGCG	2	8	47348	47355	0 %	0 %	75 %	25 %	378775843
97	NC_016814	ATCG	2	8	48983	48990	25 %	25 %	25 %	25 %	378775846
98	NC_016814	GCCG	2	8	49363	49370	0 %	0 %	50 %	50 %	378775847
99	NC_016814	GCGA	2	8	50281	50288	25 %	0 %	50 %	25 %	378775849
100	NC_016814	ATCG	2	8	50518	50525	25 %	25 %	25 %	25 %	378775849
101	NC_016814	CAGC	2	8	50682	50689	25 %	0 %	25 %	50 %	378775849
102	NC_016814	GCCT	2	8	50716	50723	0 %	25 %	25 %	50 %	378775849
103	NC_016814	CGAG	2	8	50915	50922	25 %	0 %	50 %	25 %	378775849
104	NC_016814	CGGC	2	8	51130	51137	0 %	0 %	50 %	50 %	378775849
105	NC_016814	GCCA	2	8	52562	52569	25 %	0 %	25 %	50 %	378775850
106	NC_016814	GGCC	2	8	52727	52734	0 %	0 %	50 %	50 %	378775850
107	NC_016814	CGTG	2	8	53133	53140	0 %	25 %	50 %	25 %	378775851
108	NC_016814	GCCG	2	8	53220	53227	0 %	0 %	50 %	50 %	378775851
109	NC_016814	CGAC	2	8	54711	54718	25 %	0 %	25 %	50 %	378775853
110	NC_016814	CCTT	2	8	54778	54785	0 %	50 %	0 %	50 %	378775853
111	NC_016814	CCAT	2	8	55002	55009	25 %	25 %	0 %	50 %	378775853
112	NC_016814	GAAA	2	8	55301	55308	75 %	0 %	25 %	0 %	378775853
113	NC_016814	GATC	2	8	55814	55821	25 %	25 %	25 %	25 %	378775854
114	NC_016814	GGGA	2	8	56177	56184	25 %	0 %	75 %	0 %	378775854
115	NC_016814	CTGG	2	8	56249	56256	0 %	25 %	50 %	25 %	378775854
116	NC_016814	GACG	2	8	56312	56319	25 %	0 %	50 %	25 %	378775854
117	NC_016814	CCCG	2	8	56902	56909	0 %	0 %	25 %	75 %	378775855
118	NC_016814	CGGG	2	8	57096	57103	0 %	0 %	75 %	25 %	378775855
119	NC_016814	TCAA	2	8	57312	57319	50 %	25 %	0 %	25 %	378775855
120	NC_016814	GCGA	2	8	57615	57622	25 %	0 %	50 %	25 %	378775855
121	NC_016814	CCAT	2	8	57732	57739	25 %	25 %	0 %	50 %	378775855
122	NC_016814	GGCC	2	8	58141	58148	0 %	0 %	50 %	50 %	378775856
123	NC_016814	CGCC	2	8	58419	58426	0 %	0 %	25 %	75 %	378775856
124	NC_016814	GGAT	2	8	59101	59108	25 %	25 %	50 %	0 %	378775857
125	NC_016814	TCTG	2	8	59353	59360	0 %	50 %	25 %	25 %	378775857
126	NC_016814	GCCG	2	8	59722	59729	0 %	0 %	50 %	50 %	378775858
127	NC_016814	CAGG	2	8	60094	60101	25 %	0 %	50 %	25 %	378775858
128	NC_016814	AGAA	2	8	60111	60118	75 %	0 %	25 %	0 %	378775858
129	NC_016814	GCCG	2	8	60142	60149	0 %	0 %	50 %	50 %	378775858
130	NC_016814	GCCT	2	8	60545	60552	0 %	25 %	25 %	50 %	378775859
131	NC_016814	GTCC	2	8	61069	61076	0 %	25 %	25 %	50 %	378775859
132	NC_016814	TTGC	2	8	61400	61407	0 %	50 %	25 %	25 %	378775859
133	NC_016814	CCAT	2	8	62838	62845	25 %	25 %	0 %	50 %	378775860
134	NC_016814	GATC	2	8	63196	63203	25 %	25 %	25 %	25 %	378775860
135	NC_016814	TCGG	2	8	64086	64093	0 %	25 %	50 %	25 %	378775861
136	NC_016814	TCGA	2	8	64283	64290	25 %	25 %	25 %	25 %	378775861
137	NC_016814	ATCA	2	8	64359	64366	50 %	25 %	0 %	25 %	378775861
138	NC_016814	TCAC	2	8	65316	65323	25 %	25 %	0 %	50 %	378775862
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.