MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344

Total Repeats: 3382

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016810	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	378697985
2	NC_016810	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	378697986
3	NC_016810	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	378697987
4	NC_016810	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	378697989
5	NC_016810	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016810	GATGA	2	10	8915	8924	40 %	20 %	40 %	0 %	378697991
7	NC_016810	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016810	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016810	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016810	GCGTG	2	10	13990	13999	0 %	20 %	60 %	20 %	378697996
11	NC_016810	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016810	AATCA	2	10	15506	15515	60 %	20 %	0 %	20 %	378697997
13	NC_016810	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016810	GGCTG	2	10	18851	18860	0 %	20 %	60 %	20 %	378698001
15	NC_016810	AGAGC	2	10	19372	19381	40 %	0 %	40 %	20 %	378698001
16	NC_016810	CCTGA	2	10	19913	19922	20 %	20 %	20 %	40 %	378698001
17	NC_016810	TACCG	2	10	21050	21059	20 %	20 %	20 %	40 %	378698002
18	NC_016810	GGCCG	2	10	21674	21683	0 %	0 %	60 %	40 %	378698002
19	NC_016810	CTTTT	2	10	23393	23402	0 %	80 %	0 %	20 %	378698003
20	NC_016810	CGGTA	2	10	24561	24570	20 %	20 %	40 %	20 %	378698004
21	NC_016810	CTGTT	2	10	24600	24609	0 %	60 %	20 %	20 %	378698004
22	NC_016810	TATTT	2	10	25434	25443	20 %	80 %	0 %	0 %	378698005
23	NC_016810	GCGTC	2	10	28357	28366	0 %	20 %	40 %	40 %	378698006
24	NC_016810	ATCTG	2	10	30965	30974	20 %	40 %	20 %	20 %	378698010
25	NC_016810	TTACG	2	10	31020	31029	20 %	40 %	20 %	20 %	378698010
26	NC_016810	GGGCG	2	10	31789	31798	0 %	0 %	80 %	20 %	378698011
27	NC_016810	TGCGT	2	10	32168	32177	0 %	40 %	40 %	20 %	378698012
28	NC_016810	AAAAG	2	10	32562	32571	80 %	0 %	20 %	0 %	378698013
29	NC_016810	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016810	TATAA	2	10	34165	34174	60 %	40 %	0 %	0 %	378698014
31	NC_016810	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016810	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016810	TTTTA	2	10	35223	35232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016810	AGCGA	2	10	35591	35600	40 %	0 %	40 %	20 %	378698016
35	NC_016810	TCCTG	2	10	35801	35810	0 %	40 %	20 %	40 %	378698016
36	NC_016810	GGTCA	2	10	38036	38045	20 %	20 %	40 %	20 %	378698017
37	NC_016810	TTCAT	2	10	39308	39317	20 %	60 %	0 %	20 %	378698018
38	NC_016810	TGAAA	2	10	40127	40136	60 %	20 %	20 %	0 %	378698019
39	NC_016810	TAAAA	2	10	44191	44200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016810	ACGGC	2	10	44487	44496	20 %	0 %	40 %	40 %	378698022
41	NC_016810	TTTTA	2	10	44813	44822	20 %	80 %	0 %	0 %	378698022
42	NC_016810	GGGCT	2	10	46561	46570	0 %	20 %	60 %	20 %	378698023
43	NC_016810	GCGTA	2	10	48437	48446	20 %	20 %	40 %	20 %	378698025
44	NC_016810	GACCA	2	10	49042	49051	40 %	0 %	20 %	40 %	378698025
45	NC_016810	CCGGC	2	10	49184	49193	0 %	0 %	40 %	60 %	378698025
46	NC_016810	CAGAC	2	10	50374	50383	40 %	0 %	20 %	40 %	378698025
47	NC_016810	TGTGC	2	10	53135	53144	0 %	40 %	40 %	20 %	378698029
48	NC_016810	GTTTG	2	10	55457	55466	0 %	60 %	40 %	0 %	378698030
49	NC_016810	CACTA	2	10	56588	56597	40 %	20 %	0 %	40 %	378698030
50	NC_016810	CGGCG	2	10	57126	57135	0 %	0 %	60 %	40 %	378698031
51	NC_016810	AGCGC	2	10	57234	57243	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016810	TTCAC	2	10	57381	57390	20 %	40 %	0 %	40 %	378698032
53	NC_016810	AAAAT	2	10	58952	58961	80 %	20 %	0 %	0 %	378698034
54	NC_016810	GGAAA	2	10	59739	59748	60 %	0 %	40 %	0 %	378698034
55	NC_016810	CGCTG	2	10	60229	60238	0 %	20 %	40 %	40 %	378698035
56	NC_016810	GCCTG	2	10	64788	64797	0 %	20 %	40 %	40 %	378698038
57	NC_016810	GCGCG	2	10	64942	64951	0 %	0 %	60 %	40 %	378698039
58	NC_016810	CGTGC	2	10	71368	71377	0 %	20 %	40 %	40 %	378698045
59	NC_016810	TTGAT	2	10	71538	71547	20 %	60 %	20 %	0 %	378698045
60	NC_016810	ACCGC	2	10	72098	72107	20 %	0 %	20 %	60 %	378698045
61	NC_016810	ATTTG	2	10	75442	75451	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016810	CGATG	2	10	77760	77769	20 %	20 %	40 %	20 %	378698050
63	NC_016810	GCGAA	2	10	78701	78710	40 %	0 %	40 %	20 %	378698050
64	NC_016810	CGTAC	2	10	79591	79600	20 %	20 %	20 %	40 %	378698050
65	NC_016810	TTGCC	2	10	81227	81236	0 %	40 %	20 %	40 %	378698052
66	NC_016810	CGTCC	2	10	81337	81346	0 %	20 %	20 %	60 %	378698052
67	NC_016810	AAGCG	2	10	81700	81709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016810	TTCAG	2	10	84454	84463	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016810	GGCCA	2	10	84603	84612	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016810	GTACG	2	10	87174	87183	20 %	20 %	40 %	20 %	378698056
71	NC_016810	CAGAA	2	10	87887	87896	60 %	0 %	20 %	20 %	378698056
72	NC_016810	CCGCA	2	10	90006	90015	20 %	0 %	20 %	60 %	378698058
73	NC_016810	CGGTT	2	10	90511	90520	0 %	40 %	40 %	20 %	378698059
74	NC_016810	GCTCC	2	10	91647	91656	0 %	20 %	20 %	60 %	378698059
75	NC_016810	TGGCG	2	10	92291	92300	0 %	20 %	60 %	20 %	378698061
76	NC_016810	TAAAA	2	10	95766	95775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016810	TTTCC	2	10	96205	96214	0 %	60 %	0 %	40 %	378698065
78	NC_016810	GTGGC	2	10	96774	96783	0 %	20 %	60 %	20 %	378698065
79	NC_016810	GCGCT	2	10	97926	97935	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_016810	AGCGC	2	10	97993	98002	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016810	TGCAC	2	10	98691	98700	20 %	20 %	20 %	40 %	378698066
82	NC_016810	TGGCA	2	10	98760	98769	20 %	20 %	40 %	20 %	378698066
83	NC_016810	TCTGT	2	10	99086	99095	0 %	60 %	20 %	20 %	378698067
84	NC_016810	GCGCT	2	10	99396	99405	0 %	20 %	40 %	40 %	378698067
85	NC_016810	GGCGC	2	10	99810	99819	0 %	0 %	60 %	40 %	378698067
86	NC_016810	GCGAC	2	10	100123	100132	20 %	0 %	40 %	40 %	378698067
87	NC_016810	AACGT	2	10	102580	102589	40 %	20 %	20 %	20 %	378698070
88	NC_016810	CCCAA	2	10	104730	104739	40 %	0 %	0 %	60 %	378698073
89	NC_016810	TTGTT	2	10	105437	105446	0 %	80 %	20 %	0 %	378698073
90	NC_016810	GCTTC	2	10	106817	106826	0 %	40 %	20 %	40 %	378698074
91	NC_016810	TGCGT	2	10	107104	107113	0 %	40 %	40 %	20 %	378698074
92	NC_016810	TGATC	2	10	108804	108813	20 %	40 %	20 %	20 %	378698075
93	NC_016810	AAGCG	2	10	109300	109309	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016810	TGGCG	2	10	111964	111973	0 %	20 %	60 %	20 %	378698077
95	NC_016810	AGCGC	2	10	112524	112533	20 %	0 %	40 %	40 %	378698077
96	NC_016810	ACGTT	2	10	113341	113350	20 %	40 %	20 %	20 %	378698078
97	NC_016810	CCGCG	2	10	113609	113618	0 %	0 %	40 %	60 %	378698078
98	NC_016810	TAATT	2	10	116727	116736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016810	ATTTT	2	10	116753	116762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016810	ACAGA	2	10	116936	116945	60 %	0 %	20 %	20 %	378698080
101	NC_016810	CAGCG	2	10	118111	118120	20 %	0 %	40 %	40 %	378698082
102	NC_016810	GCCGG	2	10	118411	118420	0 %	0 %	60 %	40 %	378698082
103	NC_016810	CGAGC	2	10	118536	118545	20 %	0 %	40 %	40 %	378698082
104	NC_016810	ATTTG	2	10	118979	118988	20 %	60 %	20 %	0 %	378698082
105	NC_016810	TTGCC	2	10	123483	123492	0 %	40 %	20 %	40 %	378698086
106	NC_016810	AGCAG	2	10	124160	124169	40 %	0 %	40 %	20 %	378698087
107	NC_016810	AGTTT	2	10	126390	126399	20 %	60 %	20 %	0 %	378698088
108	NC_016810	TAGTG	2	10	126808	126817	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016810	TCGAT	2	10	128238	128247	20 %	40 %	20 %	20 %	378698089
110	NC_016810	CGGCG	2	10	130549	130558	0 %	0 %	60 %	40 %	378698091
111	NC_016810	CGTTT	2	10	131011	131020	0 %	60 %	20 %	20 %	378698091
112	NC_016810	GACCG	2	10	132455	132464	20 %	0 %	40 %	40 %	378698093
113	NC_016810	GGTTT	2	10	134167	134176	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016810	ATTCC	2	10	136112	136121	20 %	40 %	0 %	40 %	378698096
115	NC_016810	CCCAA	2	10	138181	138190	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_016810	AAAGC	2	10	138409	138418	60 %	0 %	20 %	20 %	378698098
117	NC_016810	CCGCA	2	10	138942	138951	20 %	0 %	20 %	60 %	378698098
118	NC_016810	TTGTT	2	10	139528	139537	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016810	AGTTC	2	10	141313	141322	20 %	40 %	20 %	20 %	378698100
120	NC_016810	TGCCT	2	10	141413	141422	0 %	40 %	20 %	40 %	378698101
121	NC_016810	AAGCG	2	10	146066	146075	40 %	0 %	40 %	20 %	378698104
122	NC_016810	GTTTG	2	10	147969	147978	0 %	60 %	40 %	0 %	378698106
123	NC_016810	CGTAT	2	10	149440	149449	20 %	40 %	20 %	20 %	378698107
124	NC_016810	ATCAG	2	10	151276	151285	40 %	20 %	20 %	20 %	378698109
125	NC_016810	CTGCC	2	10	153285	153294	0 %	20 %	20 %	60 %	378698110
126	NC_016810	CGGCG	2	10	156015	156024	0 %	0 %	60 %	40 %	378698113
127	NC_016810	CGCGG	2	10	158665	158674	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_016810	CCGGC	2	10	159369	159378	0 %	0 %	40 %	60 %	378698116
129	NC_016810	GATCA	2	10	162687	162696	40 %	20 %	20 %	20 %	378698119
130	NC_016810	CGTCA	2	10	163433	163442	20 %	20 %	20 %	40 %	378698120
131	NC_016810	ATCCC	2	10	165133	165142	20 %	20 %	0 %	60 %	378698122
132	NC_016810	AGCGC	2	10	165841	165850	20 %	0 %	40 %	40 %	378698122
133	NC_016810	TGAGC	2	10	167690	167699	20 %	20 %	40 %	20 %	378698123
134	NC_016810	CGCAT	2	10	167952	167961	20 %	20 %	20 %	40 %	378698124
135	NC_016810	CGAAC	2	10	168681	168690	40 %	0 %	20 %	40 %	378698125
136	NC_016810	GTTCA	2	10	168947	168956	20 %	40 %	20 %	20 %	378698125
137	NC_016810	ATGAC	2	10	169913	169922	40 %	20 %	20 %	20 %	378698126
138	NC_016810	CTGGA	2	10	170503	170512	20 %	20 %	40 %	20 %	378698127
139	NC_016810	CAGAA	2	10	172622	172631	60 %	0 %	20 %	20 %	378698129
140	NC_016810	CGAAG	2	10	175493	175502	40 %	0 %	40 %	20 %	378698131
141	NC_016810	GGCAT	2	10	182772	182781	20 %	20 %	40 %	20 %	378698135
142	NC_016810	GGCCA	2	10	183194	183203	20 %	0 %	40 %	40 %	378698136
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152	NC_016810	TATTG	2	10	196422	196431	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_016810	CGGCG	2	10	204062	204071	0 %	0 %	60 %	40 %	378698153
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169	NC_016810	GCCAG	2	10	216052	216061	20 %	0 %	40 %	40 %	378698164
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222	NC_016810	TGGCA	2	10	297153	297162	20 %	20 %	40 %	20 %	378698230
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249	NC_016810	TATGT	2	10	329677	329686	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_016810	TCTGT	2	10	347648	347657	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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264	NC_016810	TTTCA	2	10	350085	350094	20 %	60 %	0 %	20 %	378698274
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266	NC_016810	GGAAC	2	10	353514	353523	40 %	0 %	40 %	20 %	378698277
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