MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium bovis BCG str. Mexico chromosome

Total Repeats: 3431

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016804	TCATC	2	10	902	911	20 %	40 %	0 %	40 %	378769744
2	NC_016804	CGTTT	2	10	2092	2101	0 %	60 %	20 %	20 %	378769745
3	NC_016804	CGGTT	2	10	3241	3250	0 %	40 %	40 %	20 %	378769745
4	NC_016804	GTCGG	2	10	4589	4598	0 %	20 %	60 %	20 %	378769747
5	NC_016804	ACGGT	2	10	5747	5756	20 %	20 %	40 %	20 %	378769748
6	NC_016804	GCAGC	2	10	7373	7382	20 %	0 %	40 %	40 %	378769749
7	NC_016804	CGGTG	2	10	9281	9290	0 %	20 %	60 %	20 %	378769749
8	NC_016804	CAGAC	2	10	9799	9808	40 %	0 %	20 %	40 %	378769749
9	NC_016804	CGCAA	2	10	10323	10332	40 %	0 %	20 %	40 %	378769750
10	NC_016804	CGGCG	2	10	10449	10458	0 %	0 %	60 %	40 %	378769750
11	NC_016804	ACCCG	2	10	11279	11288	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_016804	CGACC	2	10	13671	13680	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_016804	GGCGT	2	10	14153	14162	0 %	20 %	60 %	20 %	378769755
14	NC_016804	GGGCC	2	10	14436	14445	0 %	0 %	60 %	40 %	378769755
15	NC_016804	GCGTT	2	10	15181	15190	0 %	40 %	40 %	20 %	378769756
16	NC_016804	CCAGC	2	10	15721	15730	20 %	0 %	20 %	60 %	378769757
17	NC_016804	ACCGA	2	10	16484	16493	40 %	0 %	20 %	40 %	378769757
18	NC_016804	ATCGG	2	10	16876	16885	20 %	20 %	40 %	20 %	378769757
19	NC_016804	CGGCC	2	10	17885	17894	0 %	0 %	40 %	60 %	378769758
20	NC_016804	TTAGC	2	10	19036	19045	20 %	40 %	20 %	20 %	378769759
21	NC_016804	GGTCC	2	10	19108	19117	0 %	20 %	40 %	40 %	378769759
22	NC_016804	GTCGT	2	10	21627	21636	0 %	40 %	40 %	20 %	378769760
23	NC_016804	ATCAC	2	10	23900	23909	40 %	20 %	0 %	40 %	378769763
24	NC_016804	GCCGG	2	10	24587	24596	0 %	0 %	60 %	40 %	378769763
25	NC_016804	CGAGC	2	10	26949	26958	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_016804	GGCAA	2	10	29281	29290	40 %	0 %	40 %	20 %	378769768
27	NC_016804	CGATC	2	10	30107	30116	20 %	20 %	20 %	40 %	378769769
28	NC_016804	CGACG	2	10	32294	32303	20 %	0 %	40 %	40 %	378769772
29	NC_016804	GCGTC	2	10	32349	32358	0 %	20 %	40 %	40 %	378769772
30	NC_016804	GACAC	2	10	32446	32455	40 %	0 %	20 %	40 %	378769772
31	NC_016804	CCGCC	2	10	33792	33801	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
32	NC_016804	TCCTG	2	10	37451	37460	0 %	40 %	20 %	40 %	378769778
33	NC_016804	CTCGG	2	10	37544	37553	0 %	20 %	40 %	40 %	378769778
34	NC_016804	GGCGC	2	10	38087	38096	0 %	0 %	60 %	40 %	378769778
35	NC_016804	TGGCC	2	10	38235	38244	0 %	20 %	40 %	40 %	378769778
36	NC_016804	CGGCG	2	10	38767	38776	0 %	0 %	60 %	40 %	378769778
37	NC_016804	GTCCA	2	10	39378	39387	20 %	20 %	20 %	40 %	378769779
38	NC_016804	GCCAA	2	10	41512	41521	40 %	0 %	20 %	40 %	378769781
39	NC_016804	GCGTC	2	10	41927	41936	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_016804	GCACA	2	10	42311	42320	40 %	0 %	20 %	40 %	378769782
41	NC_016804	GGTAC	2	10	44845	44854	20 %	20 %	40 %	20 %	378769784
42	NC_016804	TCGAA	2	10	45077	45086	40 %	20 %	20 %	20 %	378769784
43	NC_016804	GCACC	2	10	46007	46016	20 %	0 %	20 %	60 %	378769784
44	NC_016804	CGGTG	2	10	47041	47050	0 %	20 %	60 %	20 %	378769785
45	NC_016804	TCATG	2	10	47187	47196	20 %	40 %	20 %	20 %	378769785
46	NC_016804	ATCGG	2	10	47334	47343	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016804	GCAGC	2	10	48581	48590	20 %	0 %	40 %	40 %	378769787
48	NC_016804	CCCGA	2	10	48664	48673	20 %	0 %	20 %	60 %	378769787
49	NC_016804	CAGCG	2	10	49789	49798	20 %	0 %	40 %	40 %	378769788
50	NC_016804	CTCCC	2	10	56232	56241	0 %	20 %	0 %	80 %	378769794
51	NC_016804	CGGCG	2	10	56681	56690	0 %	0 %	60 %	40 %	378769794
52	NC_016804	CGACC	2	10	58213	58222	20 %	0 %	20 %	60 %	378769796
53	NC_016804	CTTCG	2	10	58900	58909	0 %	40 %	20 %	40 %	378769797
54	NC_016804	CGGTG	2	10	59956	59965	0 %	20 %	60 %	20 %	378769800
55	NC_016804	TCAGG	2	10	62442	62451	20 %	20 %	40 %	20 %	378769801
56	NC_016804	TGCCG	2	10	65473	65482	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016804	GGCGA	2	10	66405	66414	20 %	0 %	60 %	20 %	378769805
58	NC_016804	GGTGT	2	10	68981	68990	0 %	40 %	60 %	0 %	378769807
59	NC_016804	ATCGG	2	10	69618	69627	20 %	20 %	40 %	20 %	378769807
60	NC_016804	CCGCG	2	10	70155	70164	0 %	0 %	40 %	60 %	378769807
61	NC_016804	GGCAA	2	10	70506	70515	40 %	0 %	40 %	20 %	378769807
62	NC_016804	CGACC	2	10	70795	70804	20 %	0 %	20 %	60 %	378769807
63	NC_016804	CGGGT	2	10	71249	71258	0 %	20 %	60 %	20 %	378769807
64	NC_016804	GGTCG	2	10	71309	71318	0 %	20 %	60 %	20 %	378769807
65	NC_016804	TGCCT	2	10	72050	72059	0 %	40 %	20 %	40 %	378769809
66	NC_016804	GTCCA	2	10	72921	72930	20 %	20 %	20 %	40 %	378769810
67	NC_016804	TGACC	2	10	75545	75554	20 %	20 %	20 %	40 %	378769812
68	NC_016804	GCCAA	2	10	75859	75868	40 %	0 %	20 %	40 %	378769812
69	NC_016804	GTCGC	2	10	75936	75945	0 %	20 %	40 %	40 %	378769812
70	NC_016804	GCGCG	2	10	77024	77033	0 %	0 %	60 %	40 %	378769813
71	NC_016804	CACGA	2	10	79926	79935	40 %	0 %	20 %	40 %	378769815
72	NC_016804	GCACC	2	10	80366	80375	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_016804	CCACC	2	10	80559	80568	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
74	NC_016804	GAGCA	2	10	82464	82473	40 %	0 %	40 %	20 %	378769817
75	NC_016804	GCCGG	2	10	82563	82572	0 %	0 %	60 %	40 %	378769817
76	NC_016804	GCGAC	2	10	82639	82648	20 %	0 %	40 %	40 %	378769817
77	NC_016804	ATCCG	2	10	83409	83418	20 %	20 %	20 %	40 %	378769818
78	NC_016804	CACCG	2	10	84189	84198	20 %	0 %	20 %	60 %	378769819
79	NC_016804	TGGTC	2	10	86324	86333	0 %	40 %	40 %	20 %	378769821
80	NC_016804	GCTGG	2	10	86961	86970	0 %	20 %	60 %	20 %	378769822
81	NC_016804	TGGGT	2	10	89999	90008	0 %	40 %	60 %	0 %	378769828
82	NC_016804	TCGCC	2	10	90206	90215	0 %	20 %	20 %	60 %	378769828
83	NC_016804	GGGCC	2	10	91179	91188	0 %	0 %	60 %	40 %	378769829
84	NC_016804	GGCCG	2	10	92498	92507	0 %	0 %	60 %	40 %	378769830
85	NC_016804	GCGCC	2	10	93150	93159	0 %	0 %	40 %	60 %	378769830
86	NC_016804	GCTTG	2	10	95182	95191	0 %	40 %	40 %	20 %	378769832
87	NC_016804	CGTGT	2	10	95614	95623	0 %	40 %	40 %	20 %	378769833
88	NC_016804	AGATC	2	10	95693	95702	40 %	20 %	20 %	20 %	378769833
89	NC_016804	CGGCG	2	10	99274	99283	0 %	0 %	60 %	40 %	378769836
90	NC_016804	CGGCG	2	10	99401	99410	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_016804	GCGGT	2	10	100350	100359	0 %	20 %	60 %	20 %	378769837
92	NC_016804	GGTGA	2	10	100568	100577	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016804	GCGCC	2	10	103182	103191	0 %	0 %	40 %	60 %	378769839
94	NC_016804	GGTGG	2	10	103870	103879	0 %	20 %	80 %	0 %	378769840
95	NC_016804	CTGGC	2	10	105606	105615	0 %	20 %	40 %	40 %	378769842
96	NC_016804	GCACA	2	10	106727	106736	40 %	0 %	20 %	40 %	378769842
97	NC_016804	CTGAA	2	10	109057	109066	40 %	20 %	20 %	20 %	378769845
98	NC_016804	ATCGC	2	10	109552	109561	20 %	20 %	20 %	40 %	378769845
99	NC_016804	TCTGA	2	10	110886	110895	20 %	40 %	20 %	20 %	378769847
100	NC_016804	CGGTC	2	10	111161	111170	0 %	20 %	40 %	40 %	378769847
101	NC_016804	GACCA	2	10	112299	112308	40 %	0 %	20 %	40 %	378769847
102	NC_016804	GGCTG	2	10	114863	114872	0 %	20 %	60 %	20 %	378769847
103	NC_016804	CCGCG	2	10	118783	118792	0 %	0 %	40 %	60 %	378769848
104	NC_016804	TCGTG	2	10	122736	122745	0 %	40 %	40 %	20 %	378769850
105	NC_016804	GCACG	2	10	124391	124400	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_016804	CCGGA	2	10	124517	124526	20 %	0 %	40 %	40 %	378769852
107	NC_016804	GGCCG	2	10	126878	126887	0 %	0 %	60 %	40 %	378769853
108	NC_016804	TGCGC	2	10	126990	126999	0 %	20 %	40 %	40 %	378769853
109	NC_016804	GCGAG	2	10	127501	127510	20 %	0 %	60 %	20 %	378769853
110	NC_016804	GGGGT	2	10	128510	128519	0 %	20 %	80 %	0 %	378769853
111	NC_016804	CCCAC	2	10	129072	129081	20 %	0 %	0 %	80 %	378769853
112	NC_016804	CCGGC	2	10	129582	129591	0 %	0 %	40 %	60 %	378769853
113	NC_016804	TGCGG	2	10	129992	130001	0 %	20 %	60 %	20 %	378769853
114	NC_016804	ATCAC	2	10	131471	131480	40 %	20 %	0 %	40 %	378769855
115	NC_016804	ATCGG	2	10	131519	131528	20 %	20 %	40 %	20 %	378769855
116	NC_016804	CGGGC	2	10	132610	132619	0 %	0 %	60 %	40 %	378769855
117	NC_016804	GCGAT	2	10	134415	134424	20 %	20 %	40 %	20 %	378769857
118	NC_016804	GTTCG	2	10	134636	134645	0 %	40 %	40 %	20 %	378769857
119	NC_016804	CCTGG	2	10	135028	135037	0 %	20 %	40 %	40 %	378769857
120	NC_016804	GGCCC	2	10	135134	135143	0 %	0 %	40 %	60 %	378769857
121	NC_016804	CGTTG	2	10	135646	135655	0 %	40 %	40 %	20 %	378769857
122	NC_016804	CGACC	2	10	135718	135727	20 %	0 %	20 %	60 %	378769857
123	NC_016804	GAGAT	2	10	138738	138747	40 %	20 %	40 %	0 %	378769861
124	NC_016804	CGGCG	2	10	140893	140902	0 %	0 %	60 %	40 %	378769862
125	NC_016804	TGCGG	2	10	141526	141535	0 %	20 %	60 %	20 %	378769863
126	NC_016804	CGCTG	2	10	142233	142242	0 %	20 %	40 %	40 %	378769864
127	NC_016804	GTTGC	2	10	142779	142788	0 %	40 %	40 %	20 %	378769864
128	NC_016804	CCGAT	2	10	143527	143536	20 %	20 %	20 %	40 %	378769864
129	NC_016804	ATCGC	2	10	144218	144227	20 %	20 %	20 %	40 %	378769865
130	NC_016804	AACCG	2	10	144957	144966	40 %	0 %	20 %	40 %	378769865
131	NC_016804	CCGCC	2	10	145544	145553	0 %	0 %	20 %	80 %	378769865
132	NC_016804	CCGCC	2	10	146187	146196	0 %	0 %	20 %	80 %	378769866
133	NC_016804	GGGTC	2	10	147940	147949	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016804	ATCGG	2	10	149670	149679	20 %	20 %	40 %	20 %	378769870
135	NC_016804	ATTGG	2	10	152478	152487	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016804	AGCGA	2	10	154381	154390	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_016804	AGCGA	2	10	154434	154443	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016804	TCGTC	2	10	154781	154790	0 %	40 %	20 %	40 %	378769873
139	NC_016804	CACGC	2	10	155245	155254	20 %	0 %	20 %	60 %	378769873
140	NC_016804	ATTCT	2	10	156089	156098	20 %	60 %	0 %	20 %	378769874
141	NC_016804	AGGCG	2	10	156617	156626	20 %	0 %	60 %	20 %	378769874
142	NC_016804	TGACC	2	10	159621	159630	20 %	20 %	20 %	40 %	378769877
143	NC_016804	CGGCG	2	10	159867	159876	0 %	0 %	60 %	40 %	378769877
144	NC_016804	GCACC	2	10	160037	160046	20 %	0 %	20 %	60 %	378769878
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146	NC_016804	CGCGG	2	10	161294	161303	0 %	0 %	60 %	40 %	378769879
147	NC_016804	CGGTT	2	10	161621	161630	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_016804	GTCGC	2	10	161783	161792	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_016804	GCCGG	2	10	162082	162091	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
150	NC_016804	GCGCG	2	10	162204	162213	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
151	NC_016804	CTGGG	2	10	164418	164427	0 %	20 %	60 %	20 %	378769881
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153	NC_016804	GTTGG	2	10	166980	166989	0 %	40 %	60 %	0 %	378769884
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155	NC_016804	GCCGC	2	10	168819	168828	0 %	0 %	40 %	60 %	378769887
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159	NC_016804	GCGCC	2	10	174195	174204	0 %	0 %	40 %	60 %	378769892
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167	NC_016804	GCCGA	2	10	179355	179364	20 %	0 %	40 %	40 %	378769896
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173	NC_016804	GGCTG	2	10	191193	191202	0 %	20 %	60 %	20 %	378769906
174	NC_016804	ACGGT	2	10	191339	191348	20 %	20 %	40 %	20 %	378769906
175	NC_016804	CACCC	2	10	191461	191470	20 %	0 %	0 %	80 %	378769906
176	NC_016804	GGAAG	2	10	195205	195214	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
177	NC_016804	GGCCG	2	10	196611	196620	0 %	0 %	60 %	40 %	378769911
178	NC_016804	CGGCG	2	10	197366	197375	0 %	0 %	60 %	40 %	378769912
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183	NC_016804	CCACG	2	10	208931	208940	20 %	0 %	20 %	60 %	378769922
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187	NC_016804	GCCGA	2	10	215161	215170	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
188	NC_016804	CCTCG	2	10	215597	215606	0 %	20 %	20 %	60 %	378769929
189	NC_016804	TCGGT	3	15	216097	216111	0 %	40 %	40 %	20 %	378769930
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192	NC_016804	CGGCG	2	10	219406	219415	0 %	0 %	60 %	40 %	378769932
193	NC_016804	CAGCG	2	10	220649	220658	20 %	0 %	40 %	40 %	378769934
194	NC_016804	GAATC	2	10	220701	220710	40 %	20 %	20 %	20 %	378769934
195	NC_016804	CCCGA	2	10	221001	221010	20 %	0 %	20 %	60 %	378769934
196	NC_016804	GCGTC	2	10	222157	222166	0 %	20 %	40 %	40 %	378769935
197	NC_016804	CCGTG	2	10	222310	222319	0 %	20 %	40 %	40 %	378769935
198	NC_016804	GGTGC	2	10	222434	222443	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
199	NC_016804	GCCGC	2	10	222770	222779	0 %	0 %	40 %	60 %	378769936
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207	NC_016804	CTGCG	2	10	234772	234781	0 %	20 %	40 %	40 %	378769943
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237	NC_016804	GCAGT	2	10	274367	274376	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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246	NC_016804	GCGGT	2	10	290725	290734	0 %	20 %	60 %	20 %	378769989
247	NC_016804	ACGCC	2	10	292591	292600	20 %	0 %	20 %	60 %	378769990
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249	NC_016804	TGCGC	2	10	300555	300564	0 %	20 %	40 %	40 %	378769997
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252	NC_016804	TGGGG	2	10	306755	306764	0 %	20 %	80 %	0 %	378770002
253	NC_016804	TGCGG	2	10	307404	307413	0 %	20 %	60 %	20 %	378770002
254	NC_016804	TGCCA	2	10	309168	309177	20 %	20 %	20 %	40 %	378770005
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258	NC_016804	CAGAT	2	10	312439	312448	40 %	20 %	20 %	20 %	378770007
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260	NC_016804	CGCAG	2	10	312985	312994	20 %	0 %	40 %	40 %	378770008
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263	NC_016804	TCGGC	2	10	314826	314835	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
264	NC_016804	CCTGG	2	10	315374	315383	0 %	20 %	40 %	40 %	378770011
265	NC_016804	GGCCG	2	10	318479	318488	0 %	0 %	60 %	40 %	378770012
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267	NC_016804	GTTGG	2	10	320574	320583	0 %	40 %	60 %	0 %	378770013
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398	NC_016804	CGGTG	2	10	505142	505151	0 %	20 %	60 %	20 %	378770166
399	NC_016804	GCGGT	2	10	505210	505219	0 %	20 %	60 %	20 %	378770166
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