MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016798	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	376282009
2	NC_016798	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282013
3	NC_016798	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282019
4	NC_016798	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282019
5	NC_016798	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282020
6	NC_016798	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282026
7	NC_016798	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	376282028
8	NC_016798	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	376282029
9	NC_016798	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282041
10	NC_016798	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376282042
11	NC_016798	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282042
12	NC_016798	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	376282050
13	NC_016798	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282057
14	NC_016798	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282057
15	NC_016798	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282059
16	NC_016798	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282059
17	NC_016798	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	376282060
18	NC_016798	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	376282060
19	NC_016798	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282060
20	NC_016798	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	376282061
21	NC_016798	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282061
22	NC_016798	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	376282061
23	NC_016798	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376282062
24	NC_016798	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376282062
25	NC_016798	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	376282064
26	NC_016798	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	376282070
27	NC_016798	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376282071
28	NC_016798	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	376282072
29	NC_016798	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376282072
30	NC_016798	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376282073
31	NC_016798	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282076
32	NC_016798	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	376282079
33	NC_016798	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376282083
34	NC_016798	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	376282089
35	NC_016798	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282091
36	NC_016798	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	376282093
37	NC_016798	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	376282093
38	NC_016798	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282094
39	NC_016798	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282095
40	NC_016798	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282100
41	NC_016798	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	376282103
42	NC_016798	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	376282105
43	NC_016798	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376282107
44	NC_016798	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376282112
45	NC_016798	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	376282114
46	NC_016798	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	376282115
47	NC_016798	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376282115
48	NC_016798	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	376282115
49	NC_016798	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	376282121
50	NC_016798	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	376282122
51	NC_016798	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282130
52	NC_016798	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376282133
53	NC_016798	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282134
54	NC_016798	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282134
55	NC_016798	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282137
56	NC_016798	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	376282139
57	NC_016798	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	376282139
58	NC_016798	TGTGCG	2	12	154048	154059	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	376282142
59	NC_016798	CCTCAT	2	12	155346	155357	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	376282143
60	NC_016798	TGGAGA	2	12	156804	156815	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	376282145
61	NC_016798	CTCCAT	2	12	158174	158185	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	376282146
62	NC_016798	TCCTTG	2	12	158770	158781	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282147
63	NC_016798	AAGTTT	2	12	158855	158866	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	376282147
64	NC_016798	TAAGGC	2	12	159022	159033	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282147
65	NC_016798	AACAGC	2	12	161407	161418	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	376282150
66	NC_016798	AAAAAG	2	12	173995	174006	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	376282157
67	NC_016798	ACTTCT	2	12	190329	190340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376282168
68	NC_016798	GGATAT	2	12	190952	190963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282168
69	NC_016798	GAATGC	2	12	192479	192490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282169
70	NC_016798	ATTTGC	2	12	193966	193977	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376282172
71	NC_016798	AAACAT	2	12	195056	195067	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	376282175
72	NC_016798	AGCAAC	2	12	195391	195402	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	376282175
73	NC_016798	TTGCCT	2	12	198103	198114	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282177
74	NC_016798	TCTGGA	2	12	201353	201364	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282181
75	NC_016798	CTGGAT	2	12	216943	216954	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282194
76	NC_016798	GAAATA	2	12	217266	217277	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376282194
77	NC_016798	GATGCA	2	12	224155	224166	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282200
78	NC_016798	ACTCCA	2	12	225045	225056	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	376282201
79	NC_016798	CTGCTT	2	12	225277	225288	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376282201
80	NC_016798	ATTGCT	2	12	228586	228597	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376282204
81	NC_016798	TCCTAG	2	12	228876	228887	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376282204
82	NC_016798	GCAACG	2	12	229364	229375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	376282205
83	NC_016798	CTTAGC	2	12	231997	232008	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376282207
84	NC_016798	TTCCTT	2	12	238829	238840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	376282212
85	NC_016798	TCTCCT	2	12	241710	241721	0 %	50 %	0 %	50 %	376282213
86	NC_016798	AAACCA	2	12	242285	242296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	376282214
87	NC_016798	CCTGCA	2	12	257662	257673	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	376282233
88	NC_016798	ACCTTT	2	12	262857	262868	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376282238
89	NC_016798	TCATAA	2	12	270704	270715	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	376282245
90	NC_016798	AAGTGT	2	12	271430	271441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282245
91	NC_016798	ATCTAA	2	12	274708	274719	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	376282248
92	NC_016798	TGGAAT	2	12	276906	276917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376282250
93	NC_016798	GGAACA	2	12	280793	280804	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376282252
94	NC_016798	CACGCG	2	12	283166	283177	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	376282254
95	NC_016798	TTTCTT	2	12	283345	283356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	376282254
96	NC_016798	CTCCTA	2	12	287507	287518	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	376282257
97	NC_016798	GCAATG	2	12	293626	293637	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282263
98	NC_016798	CGACAT	2	12	294300	294311	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376282264
99	NC_016798	CCCTTA	2	12	295754	295765	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	376282266
100	NC_016798	AAAATA	2	12	297852	297863	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	376282268
101	NC_016798	ACCACT	2	12	300207	300218	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	376282270
102	NC_016798	CATTGC	2	12	303453	303464	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376282273
103	NC_016798	CCAAAA	2	12	304632	304643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	376282274
104	NC_016798	TCTTTT	2	12	306517	306528	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	376282276
105	NC_016798	CAAGAC	2	12	307608	307619	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	376282277
106	NC_016798	AGCTTA	2	12	308889	308900	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376282279
107	NC_016798	CAAAGA	2	12	314261	314272	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	376282284
108	NC_016798	ATGGCT	2	12	314877	314888	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376282285
109	NC_016798	TACAAA	2	12	319067	319078	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	376282288
110	NC_016798	TTAATT	2	12	320746	320757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	376282290
111	NC_016798	AAAACA	2	12	324231	324242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	376282292
112	NC_016798	CAGAAC	2	12	346198	346209	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	376282311
113	NC_016798	ATTCAA	2	12	351175	351186	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	376282316
114	NC_016798	TTCTTA	2	12	363152	363163	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	376282324
115	NC_016798	CAGCCT	2	12	375234	375245	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	376282336
116	NC_016798	AGCTGA	2	12	375284	375295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282336
117	NC_016798	ATGCTA	2	12	379151	379162	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376282338
118	NC_016798	CAATAG	2	12	385757	385768	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282341
119	NC_016798	ACTGAA	2	12	385898	385909	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282341
120	NC_016798	CTGCAC	2	12	386091	386102	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	376282341
121	NC_016798	TCCATA	2	12	396449	396460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376282350
122	NC_016798	TTAGGT	2	12	397807	397818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282352
123	NC_016798	AGGGAA	2	12	399133	399144	50 %	0 %	50 %	0 %	376282353
124	NC_016798	CTGAAG	2	12	399968	399979	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282354
125	NC_016798	TAATCT	2	12	405376	405387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	376282357
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127	NC_016798	CTAAAG	2	12	406262	406273	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282359
128	NC_016798	CCTTTC	2	12	407426	407437	0 %	50 %	0 %	50 %	376282360
129	NC_016798	ACATGC	2	12	416963	416974	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376282369
130	NC_016798	GGCTCT	2	12	417698	417709	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	376282370
131	NC_016798	ATCTTG	2	12	419292	419303	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376282371
132	NC_016798	CCCCCA	2	12	420626	420637	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	376282372
133	NC_016798	TTCCTC	2	12	424691	424702	0 %	50 %	0 %	50 %	376282376
134	NC_016798	CTCTAC	2	12	427939	427950	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	376282378
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137	NC_016798	AGCTAA	2	12	433123	433134	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282383
138	NC_016798	TTCTCC	2	12	445159	445170	0 %	50 %	0 %	50 %	376282394
139	NC_016798	ATGAAG	2	12	454209	454220	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376282402
140	NC_016798	TAACTC	2	12	454726	454737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376282402
141	NC_016798	ATCCGC	2	12	455651	455662	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	376282402
142	NC_016798	CTAAAG	2	12	458069	458080	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282403
143	NC_016798	CCAATA	2	12	463054	463065	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	376282407
144	NC_016798	ATCGGC	2	12	468901	468912	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	376282415
145	NC_016798	TATTGG	2	12	469494	469505	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376282415
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147	NC_016798	TCTTCA	2	12	482273	482284	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376282420
148	NC_016798	CTACAA	2	12	486078	486089	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	376282420
149	NC_016798	CCAATC	2	12	490546	490557	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	376282424
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151	NC_016798	CTGAAG	2	12	497427	497438	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376282433
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153	NC_016798	AAACTG	2	12	501328	501339	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282437
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156	NC_016798	GGTTGT	2	12	512801	512812	0 %	50 %	50 %	0 %	376282449
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220	NC_016798	TATTGA	2	12	740056	740067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	376282652
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225	NC_016798	ATGCAA	2	12	767286	767297	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376282678
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229	NC_016798	ATGAAG	2	12	786392	786403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376282692
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233	NC_016798	AAGCTC	2	12	798313	798324	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376282703
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.