MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Brucella suis VBI22 chromosome I

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016797	CATGC	2	10	26938	26947	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016797	CATGC	2	10	28353	28362	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_016797	CGAAA	2	10	28551	28560	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016797	CGGAG	2	10	31529	31538	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016797	CCGTG	2	10	40683	40692	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016797	TAAAG	2	10	50828	50837	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016797	TGAAA	2	10	51945	51954	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016797	CGGAG	2	10	72748	72757	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016797	AAATA	2	10	78879	78888	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016797	AAGGC	2	10	83514	83523	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016797	TCTGG	2	10	83659	83668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016797	TCGAT	2	10	89213	89222	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016797	TTCCA	2	10	95488	95497	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016797	CGGTT	2	10	95860	95869	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016797	GAACC	2	10	95912	95921	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016797	GCACC	2	10	106796	106805	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_016797	TTTGT	2	10	107289	107298	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016797	GCCGC	2	10	114505	114514	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_016797	ATGGA	2	10	122837	122846	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016797	CCGCC	2	10	145027	145036	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
21	NC_016797	GCACG	2	10	146937	146946	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_016797	CGAAC	2	10	147233	147242	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_016797	GCTTC	2	10	147281	147290	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_016797	CGAAG	2	10	147418	147427	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016797	CAATG	2	10	148658	148667	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016797	CGCGC	2	10	148672	148681	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_016797	ACAGC	2	10	162439	162448	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_016797	CGGAG	2	10	165774	165783	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016797	ACAAA	2	10	165841	165850	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016797	CTGCC	2	10	170405	170414	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_016797	TGAAA	2	10	171777	171786	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016797	CGTGT	2	10	172674	172683	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016797	TTTTA	2	10	174481	174490	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016797	AAAGC	2	10	196381	196390	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016797	TTTCG	2	10	217020	217029	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016797	CTTGG	2	10	228048	228057	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016797	GGCAG	2	10	233426	233435	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016797	GCAAC	2	10	269083	269092	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_016797	GGGGC	2	10	269620	269629	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016797	ATTCT	2	10	288896	288905	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016797	TGGCT	2	10	305542	305551	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016797	AAAAG	2	10	311515	311524	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016797	GTTTC	2	10	321436	321445	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016797	CAGCT	2	10	327046	327055	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_016797	TCTTT	2	10	330867	330876	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016797	CGTGG	2	10	347296	347305	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016797	CCAAG	2	10	349377	349386	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016797	GCGCA	2	10	350312	350321	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016797	GCCTG	2	10	386234	386243	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_016797	ACGCG	2	10	386248	386257	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_016797	CCGGC	2	10	386268	386277	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_016797	CGAAA	2	10	403947	403956	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016797	CCGGG	2	10	405041	405050	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016797	ACAAA	2	10	405252	405261	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016797	AGCGA	2	10	408341	408350	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016797	GAAAA	2	10	413276	413285	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016797	CAGGC	2	10	418311	418320	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_016797	CGTCA	2	10	418469	418478	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_016797	TACGA	3	15	418826	418840	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016797	AGGCT	2	10	422017	422026	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016797	GGGTT	2	10	427823	427832	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016797	AATGT	2	10	427900	427909	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016797	AAAAG	2	10	432474	432483	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016797	ACCGC	2	10	433604	433613	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_016797	GTTTT	2	10	433625	433634	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016797	AACGC	2	10	451450	451459	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_016797	CGGCA	2	10	468542	468551	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_016797	AGGGC	2	10	475872	475881	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016797	TGCCG	2	10	475933	475942	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016797	CGGAA	2	10	484429	484438	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016797	TTTTA	2	10	485142	485151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016797	AAATT	2	10	487109	487118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016797	ATGAA	2	10	487130	487139	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016797	ACAGG	2	10	494283	494292	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016797	CCGCA	2	10	516314	516323	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_016797	TGCCA	2	10	521946	521955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016797	TGCAT	2	10	527557	527566	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016797	AGTTT	2	10	546675	546684	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016797	ATAGT	2	10	546802	546811	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016797	TTTGC	2	10	560923	560932	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_016797	AAAGA	2	10	560946	560955	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016797	ACTGA	2	10	565348	565357	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016797	TGGGC	2	10	569748	569757	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016797	CGGGC	2	10	589133	589142	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_016797	CGGGC	2	10	590649	590658	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_016797	AGGCG	2	10	590729	590738	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_016797	GGGCA	2	10	590850	590859	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016797	TGCCA	2	10	591243	591252	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_016797	TTGGA	2	10	591676	591685	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016797	TAAAA	2	10	618234	618243	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016797	GAACG	2	10	624992	625001	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016797	ACCGG	2	10	626716	626725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_016797	TTTGC	2	10	629275	629284	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016797	CCGAT	2	10	689617	689626	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016797	ACAAA	2	10	695177	695186	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016797	AAGAT	2	10	702470	702479	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016797	CAAAG	2	10	703040	703049	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016797	TCTTT	2	10	705782	705791	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016797	ACATT	2	10	717146	717155	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016797	CATGC	2	10	732235	732244	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_016797	ACAAA	2	10	743622	743631	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016797	CAAGA	2	10	743650	743659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_016797	TTTGT	2	10	761250	761259	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016797	GAAAA	2	10	763005	763014	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016797	ACAAA	2	10	763137	763146	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_016797	CTTGT	2	10	768418	768427	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016797	CTTGA	2	10	772731	772740	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016797	ATGCC	2	10	779088	779097	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_016797	ATTGG	2	10	788074	788083	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016797	GTAAA	2	10	808975	808984	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016797	TGAAG	2	10	819876	819885	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016797	AGCGA	2	10	822516	822525	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016797	GGCAG	2	10	830815	830824	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016797	GCGCG	2	10	830865	830874	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_016797	ATCAG	2	10	835832	835841	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_016797	GATGA	2	10	836060	836069	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016797	GAGCT	2	10	843286	843295	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016797	GGGCA	2	10	845061	845070	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016797	GACAG	2	10	847902	847911	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016797	TGCGA	2	10	892928	892937	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016797	GACAG	2	10	911779	911788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016797	GGTGC	2	10	918481	918490	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016797	ATGCG	2	10	922570	922579	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_016797	CGGGG	2	10	922657	922666	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
125	NC_016797	CCAAC	2	10	923107	923116	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_016797	CATCT	2	10	927738	927747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_016797	TTGCC	2	10	929177	929186	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_016797	GCAGG	2	10	936957	936966	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016797	TTCCT	2	10	943736	943745	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_016797	CGCTG	2	10	943771	943780	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_016797	TGCGA	2	10	945160	945169	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016797	TTGCG	2	10	980377	980386	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016797	TGCAG	2	10	980397	980406	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016797	AAATA	2	10	985770	985779	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016797	ATGAA	2	10	995596	995605	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016797	ACAAA	2	10	997460	997469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_016797	TCGGT	2	10	1009810	1009819	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016797	TTTTA	2	10	1015706	1015715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016797	CGTGG	2	10	1016373	1016382	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016797	AGGGC	2	10	1022593	1022602	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_016797	AAAAG	2	10	1026947	1026956	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016797	AAAAT	2	10	1027130	1027139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016797	ACGAA	2	10	1046865	1046874	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_016797	CTCAT	2	10	1050195	1050204	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_016797	AAGAA	2	10	1050386	1050395	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016797	GCGTT	2	10	1053683	1053692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_016797	CGGAT	2	10	2092234	2092243	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
286	NC_016797	GGCTT	2	10	2102794	2102803	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
287	NC_016797	GGATG	2	10	2107877	2107886	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.