MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium diphtheriae VA01 chromosome

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016790	TCGAC	2	10	14701	14710	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016790	CCCAG	2	10	39426	39435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_016790	TTTTG	2	10	51728	51737	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016790	GCCTA	2	10	68697	68706	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_016790	TCCAC	2	10	88339	88348	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_016790	TGCAC	2	10	96586	96595	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_016790	TTAGC	2	10	120489	120498	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016790	GAAGA	2	10	138802	138811	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016790	ATTTT	2	10	146747	146756	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016790	TTGGG	2	10	177809	177818	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016790	AGCCA	2	10	178107	178116	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016790	CACGA	2	10	217970	217979	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016790	GAAAA	2	10	243415	243424	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016790	CCAGT	2	10	252285	252294	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_016790	GATTT	2	10	252423	252432	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016790	TTTGG	2	10	252741	252750	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016790	ATGTT	2	10	252825	252834	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016790	GTCTG	2	10	257205	257214	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016790	TCGCT	2	10	259820	259829	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_016790	TCCTT	2	10	277031	277040	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_016790	TGATG	2	10	278616	278625	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016790	TTTTC	2	10	326431	326440	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016790	GTGCT	2	10	338760	338769	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016790	CACAC	2	10	341241	341250	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_016790	TGCGG	2	10	360855	360864	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016790	TTCGA	2	10	361934	361943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016790	TCTGC	2	10	363765	363774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_016790	GGGGT	2	10	387254	387263	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016790	TATAA	2	10	395292	395301	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016790	TTATG	2	10	399013	399022	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016790	TGATG	2	10	415283	415292	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016790	TTTCC	2	10	422823	422832	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016790	CCATT	2	10	422953	422962	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_016790	GGGGT	2	10	430861	430870	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016790	CAGTG	2	10	439078	439087	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016790	ATTTT	2	10	449527	449536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016790	AGGAA	2	10	454282	454291	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016790	ACGAT	2	10	498162	498171	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016790	TGGGG	2	10	506828	506837	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016790	TGATG	2	10	515108	515117	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016790	TTTTG	2	10	526730	526739	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016790	GTCTA	2	10	529304	529313	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016790	TGCCT	2	10	534975	534984	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_016790	GTTTT	2	10	542716	542725	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016790	CTTTC	2	10	551535	551544	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_016790	TGAGC	2	10	562846	562855	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016790	GCTGC	2	10	583324	583333	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016790	GGGAA	2	10	614766	614775	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016790	GCACC	2	10	621473	621482	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_016790	TTTTG	2	10	663677	663686	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016790	TTGGT	2	10	679566	679575	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016790	TCGTG	2	10	681985	681994	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016790	CGTCA	2	10	682321	682330	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016790	TGTTT	2	10	682498	682507	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016790	GGGAG	2	10	683399	683408	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016790	TGGCA	2	10	686021	686030	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_016790	TAGTT	2	10	694484	694493	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016790	ATGCG	2	10	695606	695615	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016790	GTCCA	2	10	718191	718200	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016790	GGCGG	2	10	722539	722548	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016790	CCCTT	2	10	726093	726102	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_016790	TAGTG	2	10	741028	741037	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016790	CCTGT	2	10	751307	751316	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016790	CTTTC	2	10	764594	764603	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016790	TGGGG	2	10	767084	767093	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016790	TGCTG	2	10	789056	789065	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016790	TTTCC	2	10	802818	802827	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_016790	GGAGG	2	10	804829	804838	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016790	TGCAA	2	10	835756	835765	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016790	ATTCG	2	10	835908	835917	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016790	GAAAG	2	10	837161	837170	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016790	CGGAA	2	10	902243	902252	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016790	GTGTC	2	10	947532	947541	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016790	GAGAA	2	10	965523	965532	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016790	GCACT	2	10	1001632	1001641	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_016790	GCCTC	2	10	1025777	1025786	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_016790	GATCG	2	10	1044342	1044351	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016790	AACCT	2	10	1045083	1045092	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016790	GATTC	2	10	1050792	1050801	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016790	CACTA	2	10	1058980	1058989	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016790	ACACT	2	10	1080941	1080950	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_016790	CATTT	2	10	1103570	1103579	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016790	TCGTG	2	10	1110175	1110184	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016790	CGTCA	2	10	1110511	1110520	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_016790	TGTTT	2	10	1110688	1110697	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016790	GGGAG	2	10	1111589	1111598	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016790	TGGCA	2	10	1114204	1114213	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016790	TTTTC	2	10	1114407	1114416	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016790	TTCGT	2	10	1165508	1165517	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016790	CCTAC	2	10	1169186	1169195	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_016790	CCTTA	2	10	1193111	1193120	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016790	TCAAG	2	10	1230616	1230625	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016790	AAAAG	2	10	1239218	1239227	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016790	GCCAT	2	10	1251823	1251832	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016790	ACCGT	2	10	1251924	1251933	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_016790	CGACG	2	10	1273014	1273023	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_016790	CAAAT	2	10	1276009	1276018	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016790	AAAAT	2	10	1300595	1300604	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016790	AAACA	2	10	1338839	1338848	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016790	TTTAT	2	10	1339836	1339845	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016790	AATGT	2	10	1351401	1351410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016790	AGCAA	2	10	1365799	1365808	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_016790	GAACG	2	10	1365908	1365917	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016790	TGTTT	2	10	1378721	1378730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016790	GCATT	2	10	1381442	1381451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_016790	AGAAT	2	10	1410421	1410430	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016790	AGTGG	2	10	1420042	1420051	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016790	AATTG	2	10	1420106	1420115	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016790	GCGCC	2	10	1420129	1420138	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_016790	CAGTA	2	10	1427374	1427383	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016790	CAAAA	2	10	1431915	1431924	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016790	AAGTT	2	10	1488670	1488679	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016790	AAACC	2	10	1497428	1497437	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_016790	TAACC	2	10	1499991	1500000	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_016790	GCAGC	2	10	1508396	1508405	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_016790	AGACA	2	10	1517149	1517158	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016790	AGCAC	2	10	1552907	1552916	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_016790	TTCGT	2	10	1556358	1556367	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016790	CTTTA	2	10	1578017	1578026	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016790	ACCAA	2	10	1593504	1593513	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_016790	TTTAT	2	10	1625238	1625247	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016790	CGTTT	2	10	1627455	1627464	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016790	CATCT	2	10	1639884	1639893	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_016790	TTAGG	2	10	1641807	1641816	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016790	ATCAC	2	10	1651020	1651029	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_016790	AGAAA	2	10	1659699	1659708	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016790	CAATC	2	10	1668560	1668569	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_016790	TTCAA	2	10	1684729	1684738	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016790	GTGTG	2	10	1742405	1742414	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016790	ACCAA	2	10	1769467	1769476	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_016790	TGCAC	2	10	1786695	1786704	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_016790	GAATC	2	10	1786870	1786879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016790	TTTCT	2	10	1789621	1789630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016790	TCCCC	2	10	1797592	1797601	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
135	NC_016790	GCAAA	2	10	1808996	1809005	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016790	GGTTG	2	10	1821349	1821358	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016790	TTTTC	2	10	1822486	1822495	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016790	TGGTT	2	10	1838546	1838555	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016790	TCCCC	2	10	1839256	1839265	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
140	NC_016790	TCAGC	2	10	1854703	1854712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_016790	TGCCA	2	10	1859639	1859648	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_016790	CTCCC	2	10	1862260	1862269	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
143	NC_016790	CACAC	2	10	1863101	1863110	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
144	NC_016790	TGACG	2	10	1863338	1863347	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016790	CACGA	2	10	1863674	1863683	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_016790	GTAGA	2	10	1868611	1868620	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_016790	CTCCC	2	10	2272240	2272249	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
179	NC_016790	CACAC	2	10	2273081	2273090	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
180	NC_016790	TGACG	2	10	2273318	2273327	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_016790	CACGA	2	10	2273654	2273663	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_016790	AAAAG	2	10	2277621	2277630	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_016790	TGGGT	2	10	2279982	2279991	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
184	NC_016790	GTACA	2	10	2280089	2280098	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_016790	GCAGC	2	10	2305418	2305427	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
186	NC_016790	TCTAA	2	10	2307466	2307475	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_016790	ATCGG	2	10	2324954	2324963	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
188	NC_016790	CACTT	2	10	2329069	2329078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
189	NC_016790	GAACT	2	10	2331728	2331737	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
190	NC_016790	AAAAC	2	10	2346455	2346464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
191	NC_016790	GCTTT	2	10	2354561	2354570	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_016790	GGGTG	2	10	2362730	2362739	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
193	NC_016790	AAGGA	2	10	2388403	2388412	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
194	NC_016790	GCACA	2	10	2389613	2389622	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
195	NC_016790	ACCGC	2	10	2393910	2393919	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
196	NC_016790	AATGA	2	10	2394886	2394895	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_016790	AAAAT	2	10	2395142	2395151	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.