MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 3/99-5 chromosome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016781	AGCTTC	2	12	21470	21481	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016781	TTTTCT	2	12	22072	22083	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016781	CAGAAG	2	12	74761	74772	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016781	CTCACT	2	12	121052	121063	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_016781	TGGGGC	2	12	182627	182638	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016781	TTTGCC	2	12	321028	321039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016781	ACGGTA	2	12	322100	322111	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016781	AATTTT	2	12	325361	325372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016781	GCTATA	2	12	378672	378683	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016781	ACGTTG	2	12	379201	379212	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016781	TGAGTA	2	12	390467	390478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016781	CTAAAA	2	12	397555	397566	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016781	AAAAGC	2	12	408118	408129	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016781	AGGGCT	2	12	429768	429779	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016781	AGCTTT	2	12	469931	469942	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016781	CGAAAG	2	12	501066	501077	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016781	TATCGC	2	12	501115	501126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016781	CCCCCG	2	12	522925	522936	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
19	NC_016781	GCGCAA	2	12	524653	524664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016781	CTCGGT	2	12	581053	581064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016781	AAAAAG	2	12	613928	613939	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016781	GGGTGT	2	12	618580	618591	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016781	GTTTTT	2	12	620616	620627	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016781	AGCGAA	2	12	621693	621704	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016781	TGCGCG	2	12	645967	645978	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016781	CTGAGC	2	12	650962	650973	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016781	GTGCGA	2	12	696282	696293	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016781	TGCGTA	2	12	711937	711948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016781	GGCTGC	2	12	770329	770340	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016781	AATTTA	2	12	790919	790930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016781	GTTTTT	2	12	796404	796415	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016781	AGGGGT	2	12	874436	874447	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016781	CCGTGC	2	12	939386	939397	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_016781	GACGGT	2	12	948397	948408	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016781	GTGGTT	2	12	966316	966327	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016781	GTCGAA	2	12	1022273	1022284	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016781	GGGTGT	2	12	1029609	1029620	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016781	GTTTTT	2	12	1031645	1031656	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016781	AGCGAA	2	12	1032722	1032733	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016781	TCAACT	2	12	1085348	1085359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_016781	GCGTCC	2	12	1102423	1102434	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_016781	GATCGC	2	12	1138512	1138523	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016781	AGAAAA	2	12	1150871	1150882	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016781	TCTTTT	2	12	1150892	1150903	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016781	AAGCTC	2	12	1207591	1207602	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016781	GCTTCT	2	12	1286686	1286697	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016781	CAAGAA	2	12	1289548	1289559	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016781	AATCTA	2	12	1416998	1417009	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016781	TATTTC	2	12	1431263	1431274	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016781	TACGCT	2	12	1442815	1442826	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016781	GACGGT	2	12	1450144	1450155	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016781	GTCTGT	2	12	1477875	1477886	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016781	AATTTC	2	12	1511307	1511318	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016781	CGTCAT	2	12	1541137	1541148	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016781	TCCATT	2	12	1544473	1544484	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016781	CTGTGC	2	12	1551690	1551701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_016781	GTCGTA	2	12	1592215	1592226	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016781	AGCTGG	2	12	1600540	1600551	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016781	TTGTGT	2	12	1640394	1640405	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016781	TTAGCG	2	12	1745996	1746007	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016781	ATTTTT	2	12	1754151	1754162	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016781	ACCCCT	2	12	1769186	1769197	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_016781	AAAAGA	2	12	1815098	1815109	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016781	AGCTTT	2	12	1816297	1816308	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016781	ACCTTT	2	12	1835696	1835707	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016781	AGTGGT	2	12	1840540	1840551	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016781	CAAAGG	2	12	1846409	1846420	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016781	TTCGCT	2	12	1857803	1857814	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_016781	AAAAAC	2	12	1858880	1858891	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016781	CACCCA	2	12	1860917	1860928	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_016781	CAACGC	2	12	1912793	1912804	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_016781	TAATTT	2	12	1935925	1935936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016781	AAACAA	2	12	1952292	1952303	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016781	CATTAT	2	12	1978667	1978678	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016781	TTTTCA	2	12	1986509	1986520	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016781	TACCCC	2	12	2043923	2043934	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_016781	CATATA	2	12	2058564	2058575	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016781	ATGTTG	2	12	2065829	2065840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016781	GATGAG	2	12	2066293	2066304	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016781	CAAGGA	2	12	2066382	2066393	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016781	TTCAAT	2	12	2071154	2071165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016781	TCCTTA	2	12	2087702	2087713	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_016781	AGGTCA	2	12	2088873	2088884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016781	TTTAGT	2	12	2097508	2097519	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016781	CCCCCG	2	12	2124392	2124403	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
86	NC_016781	CATAGA	2	12	2189254	2189265	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016781	AGAAAA	2	12	2197595	2197606	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016781	CGATGC	2	12	2212591	2212602	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016781	TTCGCT	2	12	2230882	2230893	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016781	AAAAAC	2	12	2231959	2231970	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016781	CACCCA	2	12	2233996	2234007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.