MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Brucella suis VBI22 chromosome II

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016775	AAAAG	2	10	3050	3059	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016775	AGCGG	2	10	22081	22090	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016775	GGCCT	2	10	37474	37483	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_016775	ATGAA	2	10	40045	40054	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016775	TTTGT	2	10	41206	41215	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016775	CGCTC	2	10	43415	43424	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_016775	TGCGG	2	10	60794	60803	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016775	TATCT	2	10	73039	73048	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016775	TCGGT	2	10	81732	81741	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016775	TTCTC	2	10	81761	81770	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016775	CGCGG	2	10	81969	81978	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016775	ACTTG	2	10	87288	87297	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016775	CGGTA	2	10	97157	97166	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016775	CCAAG	2	10	97332	97341	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_016775	CTTGC	2	10	107991	108000	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016775	CCTGC	2	10	112665	112674	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_016775	GCCCG	2	10	115925	115934	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_016775	GCACA	2	10	117216	117225	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_016775	GTTCG	2	10	117237	117246	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016775	GAAAA	2	10	119169	119178	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016775	CGATA	2	10	121406	121415	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016775	GCCCG	2	10	121820	121829	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
23	NC_016775	AGATA	2	10	134509	134518	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016775	GCCGC	2	10	141615	141624	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
25	NC_016775	TTGGC	2	10	145146	145155	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016775	CCGGG	2	10	152296	152305	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_016775	CGGAT	2	10	159667	159676	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016775	TGGGC	2	10	159798	159807	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016775	TGTTT	2	10	160251	160260	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016775	CCCGT	2	10	160976	160985	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_016775	GCCGA	2	10	175168	175177	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_016775	GCCCC	2	10	175195	175204	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
33	NC_016775	GGATA	2	10	188089	188098	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016775	TGACG	2	10	191835	191844	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016775	GATCA	2	10	193283	193292	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016775	AGCAG	2	10	203603	203612	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016775	AAATT	2	10	209211	209220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016775	ATCAA	2	10	209354	209363	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016775	TGAAA	2	10	209364	209373	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016775	TAAGT	2	10	214386	214395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016775	CGCTG	2	10	253179	253188	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_016775	CGTCC	2	10	254342	254351	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_016775	GCTTT	2	10	304892	304901	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016775	GCCGG	2	10	319914	319923	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
45	NC_016775	TTTGT	2	10	322882	322891	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016775	GGTGG	2	10	340382	340391	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016775	CTCCC	2	10	346862	346871	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
48	NC_016775	GCGCC	2	10	347157	347166	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_016775	AGGGC	2	10	347337	347346	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016775	AAAAC	2	10	347523	347532	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016775	AGTTG	2	10	361048	361057	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016775	TGCGC	2	10	361481	361490	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_016775	GGCAT	2	10	361547	361556	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016775	TTTGT	2	10	365332	365341	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016775	GCTTC	2	10	375026	375035	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_016775	GGTGC	2	10	375778	375787	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_016775	TGGAG	2	10	395783	395792	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016775	TGGAG	2	10	408848	408857	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016775	TCATA	2	10	409939	409948	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016775	GCCCA	2	10	411450	411459	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_016775	AGCAA	2	10	416301	416310	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016775	CGGAA	2	10	442992	443001	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016775	GCGCC	2	10	448044	448053	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_016775	CTGAT	2	10	448123	448132	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016775	GGCAA	2	10	450365	450374	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_016775	AGTGA	2	10	450958	450967	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016775	ATCCC	2	10	455537	455546	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_016775	AAAGC	2	10	475398	475407	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016775	ACTGG	2	10	502296	502305	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016775	TCGCA	2	10	531951	531960	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_016775	AGCGG	2	10	572847	572856	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016775	ACAAA	2	10	575153	575162	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016775	TTTGC	2	10	599101	599110	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016775	ATTTC	2	10	601933	601942	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016775	GCAGA	2	10	605829	605838	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016775	GCCTT	2	10	607276	607285	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016775	GTTTT	2	10	617671	617680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016775	ACAAA	2	10	629907	629916	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_016775	TCGCT	2	10	636425	636434	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_016775	GCCGC	2	10	645502	645511	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_016775	CCAGC	2	10	645581	645590	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_016775	GGCTC	2	10	647685	647694	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_016775	TGGCT	2	10	669773	669782	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016775	CCGGC	2	10	675337	675346	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_016775	ACGGC	2	10	692703	692712	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_016775	AAGGC	2	10	697401	697410	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_016775	TTACG	2	10	708770	708779	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016775	CTCTC	2	10	714155	714164	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_016775	TCAGG	2	10	720033	720042	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016775	ATTAT	2	10	753872	753881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016775	CATGA	2	10	755387	755396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016775	GGCCG	2	10	755932	755941	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
93	NC_016775	TCAAA	2	10	778382	778391	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016775	CATCG	2	10	781751	781760	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016775	ACAAA	2	10	781867	781876	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016775	TCCCC	2	10	790658	790667	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
97	NC_016775	TCCCC	2	10	792278	792287	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
98	NC_016775	GAGGT	2	10	795308	795317	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016775	CATTC	2	10	804704	804713	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_016775	GCAGT	2	10	820662	820671	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016775	GCCGC	2	10	839546	839555	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_016775	ACGCC	2	10	839830	839839	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_016775	AGAGG	2	10	843539	843548	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016775	CAATT	2	10	868672	868681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016775	CGTAT	2	10	868683	868692	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_016775	GAAAA	2	10	873857	873866	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016775	GGTTT	2	10	881792	881801	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016775	TGATA	2	10	888768	888777	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016775	CCCTC	2	10	911508	911517	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
110	NC_016775	ACAAA	2	10	922238	922247	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016775	GGTGG	2	10	950623	950632	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016775	CATGG	2	10	954391	954400	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016775	CCGGG	4	20	954401	954420	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_016775	GCCTC	2	10	954460	954469	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_016775	GCCTG	2	10	954952	954961	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_016775	TGGAA	2	10	964504	964513	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016775	AGGCC	2	10	969137	969146	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_016775	CGCGC	3	15	972288	972302	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_016775	CCCTT	2	10	973729	973738	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_016775	CCCCG	2	10	989407	989416	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
121	NC_016775	TAAAA	2	10	993483	993492	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016775	AGCGA	2	10	1024259	1024268	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016775	CGCTT	2	10	1034100	1034109	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_016775	TGCGC	2	10	1037812	1037821	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_016775	CGCCT	2	10	1053439	1053448	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_016775	ATTAA	2	10	1054847	1054856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016775	AACCG	2	10	1056677	1056686	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_016775	TTTTC	2	10	1066804	1066813	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016775	GTTGA	2	10	1073047	1073056	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016775	CAGCT	2	10	1091515	1091524	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_016775	GCGCT	2	10	1094039	1094048	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_016775	CTATT	2	10	1095203	1095212	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016775	GAAAG	2	10	1101772	1101781	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016775	TTTTC	2	10	1102111	1102120	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016775	TTCAA	2	10	1105531	1105540	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016775	CCTCT	2	10	1105549	1105558	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_016775	GCTGT	2	10	1107160	1107169	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016775	CGAAG	2	10	1107973	1107982	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_016775	AGCCC	2	10	1108527	1108536	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_016775	CACGA	2	10	1108672	1108681	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_016775	TTATT	2	10	1114470	1114479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016775	AGCCG	2	10	1131669	1131678	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_016775	TGCGG	2	10	1136017	1136026	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_016775	TTCTG	2	10	1150694	1150703	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016775	CGATG	2	10	1159848	1159857	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_016775	GGAAG	2	10	1182845	1182854	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016775	ACGGC	2	10	1194718	1194727	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.