MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Thermus sp. CCB_US3_UF1 plasmid pTCCB09

Total Repeats: 301

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016634	CAC	2	6	68	73	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440649
2	NC_016634	CCT	2	6	370	375	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
3	NC_016634	CCT	3	9	487	495	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
4	NC_016634	TCC	2	6	582	587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
5	NC_016634	GGC	2	6	599	604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
6	NC_016634	CGG	2	6	640	645	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
7	NC_016634	GGC	2	6	674	679	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
8	NC_016634	CCT	2	6	685	690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
9	NC_016634	TCC	2	6	774	779	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440651
10	NC_016634	CCT	2	6	914	919	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440652
11	NC_016634	CAG	2	6	923	928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440652
12	NC_016634	CCT	2	6	1037	1042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440652
13	NC_016634	ACC	2	6	1112	1117	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440652
14	NC_016634	GGC	2	6	1161	1166	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440652
15	NC_016634	AGG	2	6	1524	1529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440653
16	NC_016634	TGG	2	6	1587	1592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440653
17	NC_016634	GGC	2	6	1605	1610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440653
18	NC_016634	CCA	2	6	1630	1635	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440653
19	NC_016634	CGG	2	6	1639	1644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440653
20	NC_016634	CGC	2	6	1675	1680	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440653
21	NC_016634	CCA	2	6	1726	1731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440653
22	NC_016634	AGG	2	6	1980	1985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440654
23	NC_016634	GGA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440654
24	NC_016634	GCG	2	6	2073	2078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440654
25	NC_016634	CTG	2	6	2123	2128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440655
26	NC_016634	GGT	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440655
27	NC_016634	CCG	2	6	2284	2289	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
28	NC_016634	CCG	2	6	2404	2409	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
29	NC_016634	GGA	2	6	2431	2436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440655
30	NC_016634	TCC	2	6	2527	2532	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440655
31	NC_016634	GCC	2	6	2677	2682	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
32	NC_016634	TCC	2	6	2727	2732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440655
33	NC_016634	ACC	3	9	2819	2827	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
34	NC_016634	CTC	2	6	2974	2979	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
35	NC_016634	CCA	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
36	NC_016634	CTC	2	6	3118	3123	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
37	NC_016634	CCT	2	6	3213	3218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
38	NC_016634	CCG	2	6	3220	3225	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
39	NC_016634	CTG	2	6	3235	3240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440656
40	NC_016634	CTC	2	6	3247	3252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
41	NC_016634	AGG	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
42	NC_016634	GGC	2	6	3430	3435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
43	NC_016634	CAC	2	6	3439	3444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
44	NC_016634	GCG	2	6	3500	3505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
45	NC_016634	GGA	2	6	3507	3512	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
46	NC_016634	GGT	2	6	3526	3531	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440656
47	NC_016634	GCC	2	6	3596	3601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
48	NC_016634	GCC	2	6	3681	3686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
49	NC_016634	GCA	2	6	3693	3698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440656
50	NC_016634	CCA	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
51	NC_016634	TCC	2	6	3782	3787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
52	NC_016634	CCA	3	9	3816	3824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
53	NC_016634	CCT	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
54	NC_016634	CCA	2	6	3939	3944	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
55	NC_016634	CCT	2	6	4029	4034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
56	NC_016634	GGC	2	6	4066	4071	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
57	NC_016634	CAG	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440656
58	NC_016634	GCG	2	6	4223	4228	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
59	NC_016634	AGG	2	6	4235	4240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
60	NC_016634	GAG	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
61	NC_016634	GGT	3	9	4318	4326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440656
62	NC_016634	CGG	2	6	4410	4415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
63	NC_016634	GGC	2	6	4420	4425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
64	NC_016634	CGG	2	6	4443	4448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
65	NC_016634	CCT	2	6	4463	4468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440657
66	NC_016634	GAG	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440657
67	NC_016634	TCC	2	6	4771	4776	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440658
68	NC_016634	ACC	2	6	4808	4813	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440658
69	NC_016634	CGG	2	6	4931	4936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440658
70	NC_016634	AGG	2	6	4990	4995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440658
71	NC_016634	AGG	2	6	5128	5133	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440658
72	NC_016634	CTC	2	6	5294	5299	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440659
73	NC_016634	CGG	3	9	5362	5370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
74	NC_016634	CCG	2	6	5380	5385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440659
75	NC_016634	GGC	2	6	5390	5395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
76	NC_016634	CGG	2	6	5458	5463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
77	NC_016634	GCG	2	6	5481	5486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
78	NC_016634	GAA	2	6	5495	5500	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440659
79	NC_016634	TGC	2	6	5534	5539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440659
80	NC_016634	GGC	2	6	5657	5662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
81	NC_016634	CGG	2	6	5671	5676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
82	NC_016634	CCT	2	6	5761	5766	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440659
83	NC_016634	CCA	2	6	5767	5772	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440659
84	NC_016634	CGG	2	6	5794	5799	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
85	NC_016634	AGG	2	6	5835	5840	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440659
86	NC_016634	AAG	2	6	5898	5903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440660
87	NC_016634	GAG	2	6	5922	5927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440660
88	NC_016634	GGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440660
89	NC_016634	AGG	2	6	5983	5988	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440660
90	NC_016634	CCT	2	6	6026	6031	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440660
91	NC_016634	CCA	2	6	6073	6078	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
92	NC_016634	GGC	2	6	6113	6118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440661
93	NC_016634	AGG	2	6	6207	6212	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440661
94	NC_016634	CTC	2	6	6236	6241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440661
95	NC_016634	CCG	2	6	6242	6247	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440661
96	NC_016634	CGG	2	6	6346	6351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440661
97	NC_016634	GCC	2	6	6357	6362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440661
98	NC_016634	CTC	2	6	6386	6391	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440661
99	NC_016634	CCA	2	6	6394	6399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
100	NC_016634	CCA	2	6	6412	6417	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
101	NC_016634	CTT	2	6	6506	6511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384440661
102	NC_016634	GGC	2	6	6527	6532	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440661
103	NC_016634	CCA	2	6	6562	6567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
104	NC_016634	CGT	2	6	6601	6606	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440661
105	NC_016634	CCA	3	9	6607	6615	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
106	NC_016634	TCG	2	6	6681	6686	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440661
107	NC_016634	CGG	2	6	6838	6843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440661
108	NC_016634	GCA	2	6	6874	6879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440661
109	NC_016634	ACC	2	6	6915	6920	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440661
110	NC_016634	GAG	2	6	7173	7178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440662
111	NC_016634	GCG	2	6	7214	7219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440662
112	NC_016634	AGG	2	6	7321	7326	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440662
113	NC_016634	GTG	2	6	7352	7357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440663
114	NC_016634	ACC	3	9	7391	7399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440663
115	NC_016634	GCC	2	6	7412	7417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440663
116	NC_016634	TCC	2	6	7440	7445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440663
117	NC_016634	TGG	2	6	7446	7451	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440663
118	NC_016634	CCT	2	6	7473	7478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440663
119	NC_016634	GGC	2	6	7542	7547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440663
120	NC_016634	GGT	2	6	7573	7578	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440663
121	NC_016634	TGG	2	6	7686	7691	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440663
122	NC_016634	TCC	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440663
123	NC_016634	GCC	2	6	7859	7864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440663
124	NC_016634	CCG	2	6	7927	7932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440663
125	NC_016634	GGA	2	6	7939	7944	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440663
126	NC_016634	GGA	2	6	7963	7968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440663
127	NC_016634	AGG	2	6	7995	8000	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440663
128	NC_016634	GGA	2	6	8037	8042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440664
129	NC_016634	AGG	2	6	8057	8062	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440664
130	NC_016634	GCC	2	6	8168	8173	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440664
131	NC_016634	TCT	2	6	8295	8300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384440664
132	NC_016634	GAA	2	6	8301	8306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440664
133	NC_016634	GAA	2	6	8341	8346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440664
134	NC_016634	GAG	2	6	8347	8352	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440664
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262	NC_016634	GGA	2	6	17070	17075	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440678
263	NC_016634	TCC	2	6	17078	17083	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440678
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.