MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphaerochaeta pleomorpha str. Grapes chromosome

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016633	AAGAAA	4	24	22737	22760	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016633	AATATT	2	12	166730	166741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016633	TGGTCC	2	12	240023	240034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016633	TAATGT	2	12	242375	242386	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016633	AAAAGG	2	12	287782	287793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016633	GCTATT	2	12	289617	289628	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016633	GTTTCG	2	12	417012	417023	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016633	GCAAGC	2	12	552637	552648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016633	GGAAAA	2	12	569584	569595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016633	TAGGTA	2	12	589209	589220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016633	AACTAA	2	12	600087	600098	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016633	CTCGCC	2	12	664505	664516	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_016633	TATATT	2	12	766398	766409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016633	GAAATA	2	12	767088	767099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016633	CTCGCC	2	12	790809	790820	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_016633	GGTTTG	2	12	856096	856107	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016633	AAATTC	2	12	856632	856643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016633	AAAGGA	2	12	886566	886577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016633	CCATAC	2	12	917886	917897	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016633	CAAGAT	2	12	940247	940258	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016633	ACAGAG	2	12	972916	972927	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016633	ATTTCT	2	12	990800	990811	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016633	GGTAAC	2	12	1114829	1114840	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016633	ATATTT	2	12	1126635	1126646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016633	TAGAAT	2	12	1144588	1144599	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016633	CCTTCC	2	12	1227529	1227540	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_016633	AAACAA	2	12	1268963	1268974	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016633	TACAAA	2	12	1345029	1345040	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016633	ATACAT	2	12	1371928	1371939	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016633	TTATAT	2	12	1484785	1484796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016633	ATTTAT	2	12	1486290	1486301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016633	GTTTTT	2	12	1522392	1522403	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016633	AAAAAC	2	12	1546532	1546543	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016633	ATACGT	2	12	1577433	1577444	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016633	TGCAAC	2	12	1629810	1629821	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016633	AATTGT	2	12	1684329	1684340	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016633	ATATCA	2	12	1780605	1780616	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016633	AAGAAT	2	12	1786895	1786906	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016633	TTCTTT	2	12	1806873	1806884	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016633	GAAAAG	2	12	1823789	1823800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016633	ATTTGA	2	12	1833064	1833075	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016633	TTCCTT	2	12	1930295	1930306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016633	ACTTCA	2	12	1954046	1954057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_016633	TTAACC	2	12	2000120	2000131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016633	GAAAAA	2	12	2033148	2033159	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016633	GTTGAC	2	12	2057117	2057128	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016633	AATGAA	2	12	2223512	2223523	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016633	GAAAGC	2	12	2303383	2303394	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016633	GGCGAG	2	12	2306782	2306793	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016633	TTTAAA	2	12	2308924	2308935	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016633	GGCGAG	2	12	2313236	2313247	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016633	CTTTAT	2	12	2342267	2342278	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016633	GCATAT	2	12	2413167	2413178	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016633	CTTTGT	2	12	2427776	2427787	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016633	ATAAAA	2	12	2465571	2465582	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016633	TAGGAA	2	12	2508290	2508301	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016633	GCCTTT	2	12	2563767	2563778	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016633	GAAGCA	2	12	2563882	2563893	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016633	AACCAA	2	12	2603233	2603244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016633	AACAAA	2	12	2618094	2618105	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016633	TCCCTG	2	12	2704624	2704635	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016633	TTCTAA	2	12	2759984	2759995	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016633	CTTTTT	2	12	2826078	2826089	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016633	AATGTA	2	12	2866017	2866028	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016633	AAGCTT	2	12	2876457	2876468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016633	GGTGCA	2	12	2930661	2930672	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016633	GTTACA	2	12	3031381	3031392	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016633	GACGCC	2	12	3044871	3044882	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_016633	AAAGAT	2	12	3161848	3161859	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016633	ATTGAT	2	12	3312838	3312849	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016633	ATGAGA	2	12	3335827	3335838	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016633	GTAATT	2	12	3352729	3352740	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016633	ATAAAT	2	12	3373640	3373651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016633	TGCAGA	2	12	3381458	3381469	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016633	GAAAAA	2	12	3393272	3393283	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016633	ATAATT	2	12	3423355	3423366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016633	TTCTTT	2	12	3434173	3434184	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016633	ATGCAA	2	12	3447999	3448010	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016633	TTGGTA	2	12	3487429	3487440	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016633	TGGGTA	2	12	3512446	3512457	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016633	TTGGGT	2	12	3576881	3576892	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.