MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium clariflavum DSM 19732 chromosome

Total Repeats: 2081

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016627	GAAAAT	2	12	2850	2861	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294495
2	NC_016627	AAATAA	2	12	4917	4928	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016627	GAAATA	2	12	5619	5630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294499
4	NC_016627	ATTGAT	2	12	7927	7938	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294500
5	NC_016627	CAAAAT	2	12	9777	9788	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294502
6	NC_016627	GTAAAG	2	12	11316	11327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016627	TTTATT	2	12	12979	12990	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016627	AAATTA	2	12	13932	13943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294505
9	NC_016627	TCTTAA	2	12	14974	14985	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016627	TATTGG	2	12	18807	18818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	374294507
11	NC_016627	TTTTGC	2	12	25296	25307	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	374294511
12	NC_016627	CTTATA	2	12	26283	26294	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016627	TGAAAA	2	12	26359	26370	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016627	TGCTCC	2	12	29704	29715	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	374294514
15	NC_016627	AATATA	2	12	30036	30047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294514
16	NC_016627	ATATGT	2	12	30946	30957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294514
17	NC_016627	TTTATT	2	12	32023	32034	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374294516
18	NC_016627	TATTTT	2	12	34441	34452	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016627	TAAATA	2	12	38035	38046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294521
20	NC_016627	TGGAAA	2	12	40373	40384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374294524
21	NC_016627	CTTGAA	2	12	42360	42371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374294526
22	NC_016627	TGATAA	2	12	43818	43829	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294528
23	NC_016627	ATTTTT	2	12	46496	46507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016627	AAGTAT	2	12	49350	49361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294532
25	NC_016627	GAAAAA	2	12	51100	51111	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374294533
26	NC_016627	GTGGAT	2	12	57983	57994	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	374294537
27	NC_016627	TTTTCA	2	12	58614	58625	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	374294538
28	NC_016627	TTTCTT	2	12	71259	71270	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	374294549
29	NC_016627	AAATTG	2	12	72027	72038	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294550
30	NC_016627	CAAATA	2	12	75279	75290	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294552
31	NC_016627	ATAAAA	2	12	77238	77249	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374294554
32	NC_016627	AATACA	2	12	80327	80338	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294557
33	NC_016627	ATTTAT	2	12	85597	85608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	374294564
34	NC_016627	TATTGT	2	12	102172	102183	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	374294575
35	NC_016627	TGGAAT	2	12	105597	105608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016627	AAAGTA	2	12	105865	105876	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294578
37	NC_016627	TGTTTG	2	12	108329	108340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	374294580
38	NC_016627	TGAGGA	2	12	108360	108371	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	374294580
39	NC_016627	TTTATC	2	12	109739	109750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016627	TTTCAT	2	12	116612	116623	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	374294592
41	NC_016627	ATTTCC	2	12	121010	121021	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374294596
42	NC_016627	TATAAA	2	12	129087	129098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016627	TAACGG	2	12	129370	129381	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374294603
44	NC_016627	TCTATA	2	12	129684	129695	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	374294603
45	NC_016627	GATATA	2	12	139089	139100	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294611
46	NC_016627	GGAAAA	2	12	141342	141353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374294612
47	NC_016627	TTTATA	2	12	142343	142354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016627	AATGCC	2	12	143153	143164	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374294615
49	NC_016627	AAAAGC	2	12	152936	152947	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374294621
50	NC_016627	TAAAAA	2	12	154538	154549	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016627	GATATT	2	12	159443	159454	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294627
52	NC_016627	CCTGAA	2	12	162299	162310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374294630
53	NC_016627	CAAGAG	2	12	162511	162522	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374294631
54	NC_016627	GAATAT	2	12	164153	164164	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016627	TTGCAG	2	12	166652	166663	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374294636
56	NC_016627	AATTGA	2	12	169835	169846	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016627	ACAAAA	2	12	171750	171761	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016627	AATTAA	2	12	179122	179133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016627	ATAAAA	2	12	179988	179999	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016627	AAATTT	2	12	180817	180828	50 %	50 %	0 %	0 %	374294656
61	NC_016627	GGCTTT	2	12	182023	182034	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	374294657
62	NC_016627	GATAAA	2	12	185439	185450	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016627	AAAGAG	2	12	187183	187194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	374294662
64	NC_016627	GGAAAG	2	12	189179	189190	50 %	0 %	50 %	0 %	374294663
65	NC_016627	TTTTAA	2	12	189684	189695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016627	ACTTTG	2	12	193299	193310	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374294667
67	NC_016627	CCAGAC	2	12	194714	194725	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	374294667
68	NC_016627	GTTACA	2	12	196042	196053	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374294668
69	NC_016627	GTTATT	2	12	197296	197307	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	374294669
70	NC_016627	GGATTA	2	12	202898	202909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374294674
71	NC_016627	TTAAAT	2	12	203681	203692	50 %	50 %	0 %	0 %	374294675
72	NC_016627	AAGAAA	2	12	204968	204979	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374294675
73	NC_016627	ACAAAT	2	12	206190	206201	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294676
74	NC_016627	TTAGAA	2	12	207895	207906	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294678
75	NC_016627	AGGCAT	2	12	209296	209307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374294680
76	NC_016627	TAGATA	2	12	209328	209339	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016627	TCTATC	2	12	209682	209693	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374294681
78	NC_016627	TTTACG	2	12	210936	210947	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374294682
79	NC_016627	GATAAT	2	12	221133	221144	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294689
80	NC_016627	GTTTTA	2	12	222589	222600	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016627	AAGAAA	2	12	223084	223095	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016627	TAAAAA	2	12	224915	224926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016627	AGAAAA	2	12	225930	225941	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016627	AGTTAA	2	12	226710	226721	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294690
85	NC_016627	GAATAT	2	12	227181	227192	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294691
86	NC_016627	ATTCCA	2	12	228750	228761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374294694
87	NC_016627	AAGGAG	2	12	228941	228952	50 %	0 %	50 %	0 %	374294694
88	NC_016627	AAAGGG	2	12	231384	231395	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016627	GTGAAA	2	12	232947	232958	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374294700
90	NC_016627	AAGAAT	2	12	236375	236386	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016627	AAAATG	2	12	236546	236557	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016627	CAAGAG	2	12	239136	239147	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374294709
93	NC_016627	AACTTC	2	12	240690	240701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374294711
94	NC_016627	ATTTTT	2	12	247047	247058	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	374294719
95	NC_016627	TAATTG	2	12	249595	249606	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294721
96	NC_016627	AAATAT	2	12	249833	249844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294721
97	NC_016627	TGATTC	2	12	254629	254640	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374294726
98	NC_016627	AAATAT	2	12	255965	255976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294726
99	NC_016627	AACTAA	2	12	256107	256118	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294726
100	NC_016627	AGGAAC	2	12	264205	264216	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374294729
101	NC_016627	ATAAAG	2	12	265144	265155	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294729
102	NC_016627	TAAAGA	2	12	266241	266252	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294730
103	NC_016627	TGCTTC	2	12	266319	266330	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374294730
104	NC_016627	TGAAGA	2	12	272131	272142	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374294737
105	NC_016627	ATGGGT	2	12	283064	283075	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	374294748
106	NC_016627	TGAAAG	2	12	285210	285221	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374294751
107	NC_016627	ATAAAG	2	12	286943	286954	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294751
108	NC_016627	GCATTG	2	12	294366	294377	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374294755
109	NC_016627	GATAGC	2	12	295292	295303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374294756
110	NC_016627	AAATGC	2	12	297998	298009	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374294756
111	NC_016627	AAAAGT	2	12	298871	298882	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	374294756
112	NC_016627	AGTAAT	2	12	301030	301041	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	374294758
113	NC_016627	AATGGA	2	12	312040	312051	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	374294771
114	NC_016627	TCAAAA	2	12	316852	316863	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294776
115	NC_016627	GGAAGA	2	12	319150	319161	50 %	0 %	50 %	0 %	374294777
116	NC_016627	TGTTCC	2	12	319315	319326	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374294777
117	NC_016627	TTAATG	2	12	319341	319352	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294777
118	NC_016627	ATATAA	2	12	323790	323801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294778
119	NC_016627	AAATAA	2	12	326276	326287	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374294779
120	NC_016627	GCAAAA	2	12	327951	327962	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	374294780
121	NC_016627	AATAAA	2	12	328857	328868	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374294781
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240	NC_016627	CAAAAA	2	12	560670	560681	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	374294940
241	NC_016627	CTCATC	2	12	560862	560873	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
242	NC_016627	AATTAA	2	12	564130	564141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_016627	CGTATC	2	12	570982	570993	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
244	NC_016627	GAAGTT	2	12	572365	572376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374294949
245	NC_016627	AATATA	2	12	574034	574045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	374294951
246	NC_016627	CTTTGG	2	12	574332	574343	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	374294951
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249	NC_016627	AAAGTG	2	12	585434	585445	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
250	NC_016627	TAAAAC	2	12	586539	586550	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	374294962
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253	NC_016627	GTAAGT	2	12	594198	594209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374294970
254	NC_016627	CAAGTT	2	12	600088	600099	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374294975
255	NC_016627	GTATAT	2	12	603090	603101	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374294978
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258	NC_016627	CAAATA	2	12	606750	606761	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_016627	GGACCG	2	12	608226	608237	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374294982
260	NC_016627	GAGAAG	2	12	613718	613729	50 %	0 %	50 %	0 %	374294985
261	NC_016627	TTAATA	2	12	615487	615498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_016627	CGGACA	2	12	619984	619995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374294989
263	NC_016627	GAAGAG	2	12	620355	620366	50 %	0 %	50 %	0 %	374294989
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266	NC_016627	AGTGGC	2	12	627226	627237	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
267	NC_016627	TTATAA	2	12	629070	629081	50 %	50 %	0 %	0 %	374294996
268	NC_016627	TTATAA	2	12	631828	631839	50 %	50 %	0 %	0 %	374294998
269	NC_016627	GAAAAA	2	12	632505	632516	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	374294998
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271	NC_016627	AATGCC	2	12	635600	635611	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374295000
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282	NC_016627	GTGAGA	2	12	671152	671163	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
283	NC_016627	TAGATT	2	12	675474	675485	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_016627	TATAAT	2	12	677195	677206	50 %	50 %	0 %	0 %	374295030
285	NC_016627	TACAAG	2	12	682390	682401	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374295034
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298	NC_016627	ACTGGT	2	12	714673	714684	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
299	NC_016627	ATGACC	2	12	716528	716539	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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301	NC_016627	ATTTAA	2	12	725145	725156	50 %	50 %	0 %	0 %	374295068
302	NC_016627	ATATGT	2	12	728777	728788	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	374295069
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312	NC_016627	TGTGGC	2	12	746534	746545	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374295078
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332	NC_016627	AATAAA	2	12	801163	801174	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	374295125
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342	NC_016627	TACTGA	2	12	813528	813539	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
343	NC_016627	GAGAAG	2	12	814135	814146	50 %	0 %	50 %	0 %	374295141
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345	NC_016627	TATATT	2	12	816823	816834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
346	NC_016627	TGTATG	2	12	817174	817185	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	374295145
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349	NC_016627	TTGTTT	2	12	822482	822493	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	374295150
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354	NC_016627	CCTTAC	2	12	830480	830491	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	374295156
355	NC_016627	GGTCAT	2	12	830547	830558	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374295156
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357	NC_016627	TGCTAT	2	12	842328	842339	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
358	NC_016627	TGCCAA	2	12	849672	849683	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374295172
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473	NC_016627	ATTTAT	2	12	1151784	1151795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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475	NC_016627	ATCAAC	2	12	1155752	1155763	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	374295404
476	NC_016627	TATTAA	2	12	1156789	1156800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_016627	ATTTTA	2	12	1158335	1158346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
478	NC_016627	ATTTGC	2	12	1159791	1159802	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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