MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Azospirillum brasilense Sp245 plasmid AZOBR_p5

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016619	CGGTCG	2	12	7249	7260	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384566
2	NC_016619	GACCGG	2	12	12026	12037	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384570
3	NC_016619	CGCCCG	2	12	12440	12451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392384570
4	NC_016619	CGTCCG	2	12	14165	14176	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384572
5	NC_016619	AGCGCC	2	12	14971	14982	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384572
6	NC_016619	CGACGG	2	12	15134	15145	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384572
7	NC_016619	CGGCCC	2	12	15390	15401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392384572
8	NC_016619	TGCCAG	2	12	17421	17432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392384573
9	NC_016619	CGGTCG	2	12	19041	19052	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384574
10	NC_016619	GCGACG	2	12	19857	19868	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384575
11	NC_016619	TCACCG	2	12	21438	21449	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392384577
12	NC_016619	GGCAGG	2	12	21851	21862	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392384577
13	NC_016619	AGCCGC	2	12	22102	22113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384577
14	NC_016619	CTGTTC	2	12	22595	22606	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	392384577
15	NC_016619	GCCGGA	2	12	22954	22965	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384577
16	NC_016619	GGCCGG	2	12	24194	24205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	392384578
17	NC_016619	GCATGA	2	12	27618	27629	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	392384582
18	NC_016619	GCCTTC	2	12	30076	30087	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384585
19	NC_016619	CGATCA	2	12	35993	36004	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	392384588
20	NC_016619	GTGGCG	2	12	36283	36294	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	392384588
21	NC_016619	TGGCGT	2	12	40638	40649	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	392384595
22	NC_016619	TGCTTC	2	12	42125	42136	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016619	CGCCGT	2	12	47330	47341	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384601
24	NC_016619	GCCATC	2	12	50109	50120	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392384602
25	NC_016619	GCCGGC	2	12	51729	51740	0 %	0 %	50 %	50 %	392384604
26	NC_016619	AGGCCG	2	12	52458	52469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016619	GCCCTG	2	12	53498	53509	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384606
28	NC_016619	CTGCCT	2	12	53743	53754	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384607
29	NC_016619	AAGCCC	2	12	60139	60150	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_016619	GGGCGC	2	12	64910	64921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	392384620
31	NC_016619	CGCCGG	2	12	64985	64996	0 %	0 %	50 %	50 %	392384620
32	NC_016619	ACGTCA	2	12	67300	67311	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	392384621
33	NC_016619	TCATCG	2	12	67327	67338	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392384621
34	NC_016619	TTGTCG	2	12	70964	70975	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016619	GACCGC	2	12	71457	71468	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384625
36	NC_016619	AGGGGC	2	12	71920	71931	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392384625
37	NC_016619	TGGCCG	2	12	73262	73273	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384627
38	NC_016619	TGGCGC	2	12	73749	73760	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384628
39	NC_016619	CGAACA	2	12	77699	77710	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	392384633
40	NC_016619	CGCTGC	2	12	79639	79650	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384634
41	NC_016619	CCGAGC	2	12	80287	80298	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384634
42	NC_016619	AGACGA	2	12	80615	80626	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	392384634
43	NC_016619	GGAAGC	2	12	81451	81462	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392384635
44	NC_016619	CTTCGC	2	12	81997	82008	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384635
45	NC_016619	CGCCGT	2	12	82834	82845	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384635
46	NC_016619	TCACCG	2	12	83146	83157	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392384635
47	NC_016619	TCCTCG	2	12	84675	84686	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384635
48	NC_016619	GTCGGC	2	12	84806	84817	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384635
49	NC_016619	CCGTCG	2	12	85443	85454	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384635
50	NC_016619	GACGTC	2	12	86513	86524	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392384635
51	NC_016619	TCTGGT	2	12	87388	87399	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	392384635
52	NC_016619	GCTGCC	2	12	87947	87958	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384635
53	NC_016619	GAGCGA	2	12	89214	89225	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392384636
54	NC_016619	TGTCGC	2	12	89235	89246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392384636
55	NC_016619	GATGGC	2	12	89337	89348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392384636
56	NC_016619	CCCAGC	2	12	95270	95281	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392384644
57	NC_016619	GCGGAT	2	12	95838	95849	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016619	ACCCGC	2	12	97596	97607	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392384645
59	NC_016619	GCCTCA	2	12	101002	101013	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392384648
60	NC_016619	GCTGTG	2	12	101441	101452	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	392384650
61	NC_016619	GACGGG	2	12	102270	102281	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392384650
62	NC_016619	CATCTC	2	12	102926	102937	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	392384650
63	NC_016619	AGTGCG	2	12	104072	104083	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392384651
64	NC_016619	AACAGA	2	12	110287	110298	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	392384658
65	NC_016619	GGCCGC	2	12	115518	115529	0 %	0 %	50 %	50 %	392384664
66	NC_016619	TCGATC	2	12	116697	116708	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392384666
67	NC_016619	CGCCGG	2	12	118789	118800	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016619	GCCGGC	2	12	119001	119012	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_016619	GCGTCG	2	12	120266	120277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384669
70	NC_016619	CGCAGG	2	12	121378	121389	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016619	CAGGCC	2	12	126451	126462	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384676
72	NC_016619	GCGTCC	2	12	127792	127803	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384676
73	NC_016619	ACCCGC	2	12	129754	129765	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392384678
74	NC_016619	GCCGAG	2	12	130276	130287	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384678
75	NC_016619	CGCGGC	2	12	132617	132628	0 %	0 %	50 %	50 %	392384679
76	NC_016619	GCCTTC	2	12	133402	133413	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384682
77	NC_016619	CGAGGC	2	12	134342	134353	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384682
78	NC_016619	GAAGAC	2	12	135540	135551	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016619	CTCGTC	2	12	137984	137995	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384684
80	NC_016619	CTCGGT	2	12	138347	138358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392384684
81	NC_016619	GGCCGG	2	12	142934	142945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	392384686
82	NC_016619	CGGCAC	2	12	143573	143584	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384686
83	NC_016619	GCGCGA	2	12	144245	144256	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384686
84	NC_016619	TCGGCA	2	12	144295	144306	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392384686
85	NC_016619	CGATCC	2	12	145286	145297	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392384686
86	NC_016619	CGGCGA	2	12	145806	145817	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384687
87	NC_016619	CGGGGA	3	18	147125	147142	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392384688
88	NC_016619	ACCCGG	2	12	148604	148615	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384688
89	NC_016619	GATTCG	2	12	150051	150062	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	392384690
90	NC_016619	GATCTC	2	12	150854	150865	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392384690
91	NC_016619	CCGGGC	2	12	153504	153515	0 %	0 %	50 %	50 %	392384694
92	NC_016619	CGCCGG	2	12	154231	154242	0 %	0 %	50 %	50 %	392384696
93	NC_016619	CCGTGT	2	12	154797	154808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_016619	ACCGGA	2	12	156443	156454	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016619	TGCCGG	2	12	157220	157231	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392384700
96	NC_016619	CCTTGC	2	12	157802	157813	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392384700
97	NC_016619	CTTCCG	2	12	160151	160162	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_016619	GGGAAT	2	12	161332	161343	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	392384703
99	NC_016619	GGCCAT	2	12	161526	161537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392384703
100	NC_016619	GCCGTC	2	12	163410	163421	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384704
101	NC_016619	GCGACC	2	12	164592	164603	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384705
102	NC_016619	GCGACC	2	12	164949	164960	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384705
103	NC_016619	GACGGC	2	12	169923	169934	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392384712
104	NC_016619	TCCAGG	2	12	170263	170274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392384712
105	NC_016619	CGTCAA	2	12	170315	170326	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	392384712
106	NC_016619	CCGCGC	2	12	170423	170434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392384712
107	NC_016619	CCTCCG	2	12	171284	171295	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	392384713
108	NC_016619	CGCTCG	2	12	172159	172170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392384713
109	NC_016619	GCAACG	2	12	172343	172354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	392384713
110	NC_016619	CGGCGC	2	12	179755	179766	0 %	0 %	50 %	50 %	392384716
111	NC_016619	CCGCGC	3	18	180862	180879	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392384716
112	NC_016619	CGCCGA	2	12	183579	183590	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384717
113	NC_016619	GACAAG	2	12	184225	184236	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	392384717
114	NC_016619	GCTGGT	2	12	187178	187189	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	392384719
115	NC_016619	ACGCCG	2	12	187723	187734	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392384719
116	NC_016619	ACGGCA	2	12	190851	190862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	392384720
117	NC_016619	GCCATC	2	12	191223	191234	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.