MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-4

Total Repeats: 311

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016607	CAG	2	6	245	250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
2	NC_016607	CGG	2	6	454	459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184518
3	NC_016607	GAT	2	6	524	529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
4	NC_016607	CTA	2	6	557	562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184518
5	NC_016607	GAA	2	6	590	595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184518
6	NC_016607	AGC	2	6	620	625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
7	NC_016607	AAT	2	6	693	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184518
8	NC_016607	TGA	2	6	775	780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
9	NC_016607	TGC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
10	NC_016607	TCT	2	6	849	854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184518
11	NC_016607	GTC	2	6	862	867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
12	NC_016607	ACA	2	6	906	911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184518
13	NC_016607	CAG	2	6	990	995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
14	NC_016607	GTT	2	6	1167	1172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184518
15	NC_016607	AGC	2	6	1370	1375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
16	NC_016607	GAC	2	6	1421	1426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
17	NC_016607	GCC	2	6	1592	1597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184518
18	NC_016607	TGC	2	6	1636	1641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016607	CTC	2	6	1678	1683	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_016607	TTG	2	6	1684	1689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016607	TAA	2	6	1834	1839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184519
22	NC_016607	GTA	2	6	1852	1857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184519
23	NC_016607	CTG	2	6	1924	1929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184519
24	NC_016607	CTA	2	6	1989	1994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
25	NC_016607	CAT	2	6	2122	2127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
26	NC_016607	CAG	2	6	2140	2145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184519
27	NC_016607	GTT	2	6	2187	2192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184519
28	NC_016607	ATA	2	6	2328	2333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016607	TGG	2	6	2483	2488	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
30	NC_016607	GTG	2	6	2489	2494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
31	NC_016607	TTA	2	6	2507	2512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
32	NC_016607	GTT	2	6	2635	2640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
33	NC_016607	GCT	2	6	2666	2671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184520
34	NC_016607	GGC	2	6	2680	2685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184520
35	NC_016607	TCA	2	6	2745	2750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184520
36	NC_016607	ACA	2	6	2847	2852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184520
37	NC_016607	CAG	2	6	2887	2892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
38	NC_016607	CTT	2	6	2943	2948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
39	NC_016607	CTT	2	6	2988	2993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
40	NC_016607	AAG	2	6	3035	3040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184520
41	NC_016607	AGT	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184520
42	NC_016607	CAG	2	6	3174	3179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
43	NC_016607	GTT	2	6	3212	3217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
44	NC_016607	TTA	2	6	3350	3355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
45	NC_016607	AGC	2	6	3419	3424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
46	NC_016607	GGT	2	6	3444	3449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
47	NC_016607	CCT	2	6	3528	3533	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_016607	TAA	2	6	3844	3849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016607	CAG	2	6	3915	3920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016607	TGA	2	6	3973	3978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016607	ACT	2	6	4021	4026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016607	CAA	2	6	4049	4054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016607	GCG	2	6	4057	4062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016607	TGA	2	6	4141	4146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016607	ACT	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016607	TGG	2	6	4271	4276	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016607	GAA	2	6	4316	4321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016607	TGG	2	6	4469	4474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016607	AAG	2	6	4684	4689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016607	AGT	2	6	4730	4735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016607	ATA	2	6	4814	4819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184521
62	NC_016607	TTG	2	6	4886	4891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184521
63	NC_016607	GAA	3	9	4927	4935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
64	NC_016607	AAG	2	6	5000	5005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
65	NC_016607	TAA	2	6	5063	5068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016607	TGA	2	6	5079	5084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016607	TTA	2	6	5244	5249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184522
68	NC_016607	TTA	2	6	5353	5358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
69	NC_016607	TTC	2	6	5424	5429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184523
70	NC_016607	TTA	2	6	5449	5454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
71	NC_016607	TTG	2	6	5592	5597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184523
72	NC_016607	TGA	2	6	5751	5756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184524
73	NC_016607	GTT	2	6	5772	5777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184524
74	NC_016607	CTT	2	6	5829	5834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184524
75	NC_016607	AAT	2	6	5884	5889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016607	AGA	2	6	5985	5990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016607	AAC	2	6	6025	6030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_016607	ACA	2	6	6085	6090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016607	TGA	2	6	6225	6230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
80	NC_016607	AAG	2	6	6233	6238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184525
81	NC_016607	TTG	2	6	6782	6787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184525
82	NC_016607	CAA	2	6	6862	6867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
83	NC_016607	AAT	2	6	6904	6909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184525
84	NC_016607	CGC	2	6	7042	7047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
85	NC_016607	ATT	2	6	7113	7118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
86	NC_016607	CAA	2	6	7129	7134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
87	NC_016607	ATT	2	6	7344	7349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
88	NC_016607	TTA	2	6	7384	7389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
89	NC_016607	CAA	2	6	7393	7398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
90	NC_016607	TGA	2	6	7433	7438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
91	NC_016607	ACT	2	6	7482	7487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
92	NC_016607	CAG	2	6	7502	7507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
93	NC_016607	AGC	2	6	7508	7513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
94	NC_016607	GAT	2	6	7624	7629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
95	NC_016607	CCG	2	6	7732	7737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
96	NC_016607	CAA	2	6	7936	7941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
97	NC_016607	CTA	2	6	8016	8021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
98	NC_016607	GGC	2	6	8176	8181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184525
99	NC_016607	AGA	2	6	8260	8265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016607	TCA	2	6	8271	8276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016607	AAC	2	6	8833	8838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016607	GCT	2	6	8919	8924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016607	TTA	2	6	8925	8930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016607	GCG	2	6	8988	8993	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016607	AAC	2	6	9023	9028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016607	AAC	2	6	9236	9241	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_016607	GAA	2	6	9375	9380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016607	CAA	2	6	9439	9444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016607	GTT	2	6	9464	9469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016607	TAT	2	6	9504	9509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016607	ACT	2	6	9825	9830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
112	NC_016607	GAA	2	6	9864	9869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
113	NC_016607	ATG	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
114	NC_016607	TGA	2	6	9884	9889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
115	NC_016607	CAA	2	6	9891	9896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
116	NC_016607	ATG	2	6	9922	9927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
117	NC_016607	ATA	2	6	9952	9957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
118	NC_016607	ATA	2	6	10006	10011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
119	NC_016607	ATA	2	6	10060	10065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
120	NC_016607	AGC	2	6	10112	10117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
121	NC_016607	CAA	2	6	10170	10175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
122	NC_016607	CTA	2	6	10180	10185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
123	NC_016607	TAC	2	6	10311	10316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
124	NC_016607	ATG	2	6	10357	10362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
125	NC_016607	AAT	2	6	10449	10454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
126	NC_016607	CAA	2	6	10473	10478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
127	NC_016607	AAT	2	6	10485	10490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
128	NC_016607	TGA	2	6	10505	10510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
129	NC_016607	TAT	2	6	10569	10574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
130	NC_016607	TAA	2	6	10577	10582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
131	NC_016607	AAT	2	6	10614	10619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
132	NC_016607	TAA	2	6	10634	10639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
133	NC_016607	TAT	2	6	10698	10703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
134	NC_016607	TAA	2	6	10706	10711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
135	NC_016607	CAA	2	6	10731	10736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
136	NC_016607	AAT	2	6	10743	10748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
137	NC_016607	TGA	2	6	10763	10768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
138	NC_016607	TAT	2	6	10827	10832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
139	NC_016607	TAA	2	6	10835	10840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
140	NC_016607	AAT	2	6	10872	10877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
141	NC_016607	TAA	2	6	10892	10897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
142	NC_016607	TAT	2	6	10956	10961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
143	NC_016607	TAA	2	6	10964	10969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
144	NC_016607	AAT	2	6	11001	11006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
145	NC_016607	TAA	2	6	11021	11026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
146	NC_016607	TAT	2	6	11085	11090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
147	NC_016607	TAA	2	6	11093	11098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
148	NC_016607	ATT	2	6	11134	11139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
149	NC_016607	TGA	2	6	11150	11155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
150	NC_016607	AGA	2	6	11185	11190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
151	NC_016607	AAT	2	6	11223	11228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
152	NC_016607	AAT	2	6	11259	11264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
153	NC_016607	TGA	2	6	11279	11284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
154	NC_016607	TAT	2	6	11343	11348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
155	NC_016607	TAA	2	6	11351	11356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
156	NC_016607	AAT	2	6	11388	11393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
157	NC_016607	TAA	2	6	11408	11413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
158	NC_016607	AAT	2	6	11451	11456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
159	NC_016607	CAA	2	6	11505	11510	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
160	NC_016607	ATT	2	6	11511	11516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
161	NC_016607	TAA	2	6	11537	11542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
162	NC_016607	CAA	2	6	11637	11642	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
163	NC_016607	TTA	2	6	11666	11671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
164	NC_016607	TAA	2	6	11675	11680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
165	NC_016607	ATT	2	6	11716	11721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
166	NC_016607	TGA	2	6	11732	11737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
167	NC_016607	TAC	2	6	11811	11816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
168	NC_016607	TAA	2	6	11819	11824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
169	NC_016607	CAG	2	6	11844	11849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
170	NC_016607	ACA	2	6	11881	11886	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
171	NC_016607	TAT	2	6	11940	11945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
172	NC_016607	AGC	2	6	12038	12043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
173	NC_016607	ACA	2	6	12054	12059	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
174	NC_016607	CAA	2	6	12120	12125	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
175	NC_016607	CAG	3	9	12244	12252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
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183	NC_016607	TAC	2	6	12665	12670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
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185	NC_016607	ATT	2	6	12872	12877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
186	NC_016607	CTT	2	6	12955	12960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184526
187	NC_016607	TGC	3	9	12980	12988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184526
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211	NC_016607	ATA	2	6	14395	14400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
212	NC_016607	GTG	2	6	14413	14418	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184526
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215	NC_016607	AGG	2	6	14873	14878	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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241	NC_016607	GTT	2	6	17281	17286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184528
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243	NC_016607	ATG	2	6	17451	17456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
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245	NC_016607	GGC	2	6	17657	17662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184528
246	NC_016607	ATG	2	6	17663	17668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
247	NC_016607	ATG	2	6	17738	17743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184528
248	NC_016607	GAT	2	6	17858	17863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
249	NC_016607	TCT	2	6	17951	17956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184529
250	NC_016607	TGA	2	6	18042	18047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184529
251	NC_016607	TGA	2	6	18051	18056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184529
252	NC_016607	ATT	2	6	18212	18217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184529
253	NC_016607	CGC	2	6	18252	18257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184529
254	NC_016607	CGG	2	6	18285	18290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184529
255	NC_016607	ATT	2	6	18326	18331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184529
256	NC_016607	TTC	2	6	18377	18382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184529
257	NC_016607	GCT	2	6	18394	18399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184529
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259	NC_016607	GTT	2	6	18593	18598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184529
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310	NC_016607	TTG	2	6	22687	22692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
311	NC_016607	GTG	2	6	23019	23024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.