MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 plasmid pPECL-4

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016607	CAG	2	6	245	250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
2	NC_016607	CGG	2	6	454	459	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184518
3	NC_016607	GAT	2	6	524	529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
4	NC_016607	CTA	2	6	557	562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184518
5	NC_016607	GAA	2	6	590	595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184518
6	NC_016607	AGC	2	6	620	625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
7	NC_016607	AAT	2	6	693	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184518
8	NC_016607	TGA	2	6	775	780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184518
9	NC_016607	TGC	2	6	797	802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
10	NC_016607	TCT	2	6	849	854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184518
11	NC_016607	GTC	2	6	862	867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184518
12	NC_016607	ACA	2	6	906	911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184518
13	NC_016607	CAG	2	6	990	995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
14	NC_016607	GTT	2	6	1167	1172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184518
15	NC_016607	AGC	2	6	1370	1375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
16	NC_016607	GAC	2	6	1421	1426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184518
17	NC_016607	GCC	2	6	1592	1597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184518
18	NC_016607	TAA	2	6	1834	1839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184519
19	NC_016607	GTA	2	6	1852	1857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184519
20	NC_016607	CTG	2	6	1924	1929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184519
21	NC_016607	CTA	2	6	1989	1994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
22	NC_016607	CAT	2	6	2122	2127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184519
23	NC_016607	CAG	2	6	2140	2145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184519
24	NC_016607	GTT	2	6	2187	2192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184519
25	NC_016607	TGG	2	6	2483	2488	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
26	NC_016607	GTG	2	6	2489	2494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
27	NC_016607	TTA	2	6	2507	2512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
28	NC_016607	GTT	2	6	2635	2640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
29	NC_016607	GCT	2	6	2666	2671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381184520
30	NC_016607	GGC	2	6	2680	2685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184520
31	NC_016607	TCA	2	6	2745	2750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184520
32	NC_016607	ACA	2	6	2847	2852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184520
33	NC_016607	CAG	2	6	2887	2892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
34	NC_016607	CTT	2	6	2943	2948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
35	NC_016607	CTT	2	6	2988	2993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184520
36	NC_016607	AAG	2	6	3035	3040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184520
37	NC_016607	AGT	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184520
38	NC_016607	CAG	2	6	3174	3179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
39	NC_016607	GTT	2	6	3212	3217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184520
40	NC_016607	TTA	2	6	3350	3355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184520
41	NC_016607	AGC	2	6	3419	3424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184520
42	NC_016607	GGT	2	6	3444	3449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184520
43	NC_016607	ATA	2	6	4814	4819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184521
44	NC_016607	TTG	2	6	4886	4891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184521
45	NC_016607	GAA	3	9	4927	4935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
46	NC_016607	AAG	2	6	5000	5005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184521
47	NC_016607	TTA	2	6	5244	5249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184522
48	NC_016607	TTA	2	6	5353	5358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
49	NC_016607	TTC	2	6	5424	5429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184523
50	NC_016607	TTA	2	6	5449	5454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184523
51	NC_016607	TTG	2	6	5592	5597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184523
52	NC_016607	TGA	2	6	5751	5756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184524
53	NC_016607	GTT	2	6	5772	5777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184524
54	NC_016607	CTT	2	6	5829	5834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184524
55	NC_016607	TGA	2	6	6225	6230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
56	NC_016607	AAG	2	6	6233	6238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184525
57	NC_016607	TTG	2	6	6782	6787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381184525
58	NC_016607	CAA	2	6	6862	6867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
59	NC_016607	AAT	2	6	6904	6909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184525
60	NC_016607	CGC	2	6	7042	7047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
61	NC_016607	ATT	2	6	7113	7118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
62	NC_016607	CAA	2	6	7129	7134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
63	NC_016607	ATT	2	6	7344	7349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
64	NC_016607	TTA	2	6	7384	7389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184525
65	NC_016607	CAA	2	6	7393	7398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
66	NC_016607	TGA	2	6	7433	7438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
67	NC_016607	ACT	2	6	7482	7487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
68	NC_016607	CAG	2	6	7502	7507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
69	NC_016607	AGC	2	6	7508	7513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184525
70	NC_016607	GAT	2	6	7624	7629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184525
71	NC_016607	CCG	2	6	7732	7737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	381184525
72	NC_016607	CAA	2	6	7936	7941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184525
73	NC_016607	CTA	2	6	8016	8021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184525
74	NC_016607	GGC	2	6	8176	8181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381184525
75	NC_016607	ACT	2	6	9825	9830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
76	NC_016607	GAA	2	6	9864	9869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
77	NC_016607	ATG	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
78	NC_016607	TGA	2	6	9884	9889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
79	NC_016607	CAA	2	6	9891	9896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
80	NC_016607	ATG	2	6	9922	9927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
81	NC_016607	ATA	2	6	9952	9957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
82	NC_016607	ATA	2	6	10006	10011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
83	NC_016607	ATA	2	6	10060	10065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
84	NC_016607	AGC	2	6	10112	10117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184526
85	NC_016607	CAA	2	6	10170	10175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
86	NC_016607	CTA	2	6	10180	10185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
87	NC_016607	TAC	2	6	10311	10316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184526
88	NC_016607	ATG	2	6	10357	10362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
89	NC_016607	AAT	2	6	10449	10454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
90	NC_016607	CAA	2	6	10473	10478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
91	NC_016607	AAT	2	6	10485	10490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
92	NC_016607	TGA	2	6	10505	10510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
93	NC_016607	TAT	2	6	10569	10574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
94	NC_016607	TAA	2	6	10577	10582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
95	NC_016607	AAT	2	6	10614	10619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
96	NC_016607	TAA	2	6	10634	10639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
97	NC_016607	TAT	2	6	10698	10703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
98	NC_016607	TAA	2	6	10706	10711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
99	NC_016607	CAA	2	6	10731	10736	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
100	NC_016607	AAT	2	6	10743	10748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
101	NC_016607	TGA	2	6	10763	10768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
102	NC_016607	TAT	2	6	10827	10832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
103	NC_016607	TAA	2	6	10835	10840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
104	NC_016607	AAT	2	6	10872	10877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
105	NC_016607	TAA	2	6	10892	10897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
106	NC_016607	TAT	2	6	10956	10961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
107	NC_016607	TAA	2	6	10964	10969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
108	NC_016607	AAT	2	6	11001	11006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
109	NC_016607	TAA	2	6	11021	11026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
110	NC_016607	TAT	2	6	11085	11090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
111	NC_016607	TAA	2	6	11093	11098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
112	NC_016607	ATT	2	6	11134	11139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
113	NC_016607	TGA	2	6	11150	11155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
114	NC_016607	AGA	2	6	11185	11190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184526
115	NC_016607	AAT	2	6	11223	11228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
116	NC_016607	AAT	2	6	11259	11264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
117	NC_016607	TGA	2	6	11279	11284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
118	NC_016607	TAT	2	6	11343	11348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
119	NC_016607	TAA	2	6	11351	11356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
120	NC_016607	AAT	2	6	11388	11393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
121	NC_016607	TAA	2	6	11408	11413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
122	NC_016607	AAT	2	6	11451	11456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
123	NC_016607	CAA	2	6	11505	11510	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
124	NC_016607	ATT	2	6	11511	11516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
125	NC_016607	TAA	2	6	11537	11542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
126	NC_016607	CAA	2	6	11637	11642	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381184526
127	NC_016607	TTA	2	6	11666	11671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
128	NC_016607	TAA	2	6	11675	11680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381184526
129	NC_016607	ATT	2	6	11716	11721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381184526
130	NC_016607	TGA	2	6	11732	11737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184526
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254	NC_016607	GTG	2	6	21855	21860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184533
255	NC_016607	AAG	2	6	21917	21922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184533
256	NC_016607	AGA	2	6	22144	22149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184533
257	NC_016607	TGG	2	6	22153	22158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	381184533
258	NC_016607	AGA	2	6	22224	22229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381184533
259	NC_016607	CTT	2	6	22266	22271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381184533
260	NC_016607	GAC	2	6	22360	22365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	381184533
261	NC_016607	CAT	2	6	22399	22404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184533
262	NC_016607	TAC	2	6	22453	22458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381184533
263	NC_016607	GTA	2	6	22469	22474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381184533

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.