MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 chromosome

Total Repeats: 255

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016605	TTTAT	2	10	14996	15005	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016605	TATTT	2	10	17470	17479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016605	TAAAA	2	10	28176	28185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016605	CTAAA	2	10	29734	29743	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016605	TCAAG	2	10	55164	55173	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016605	AATGA	2	10	58495	58504	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016605	GGTAA	2	10	58667	58676	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016605	GTCTG	2	10	59150	59159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016605	TCGTG	2	10	59484	59493	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016605	AAAAT	2	10	69290	69299	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016605	TAAAT	2	10	74615	74624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016605	GATTT	2	10	80076	80085	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016605	GATTT	2	10	87788	87797	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016605	AGAGA	2	10	93081	93090	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016605	GCTAT	2	10	102528	102537	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016605	AAATT	2	10	105590	105599	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016605	TAAAT	2	10	110445	110454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016605	AATTA	2	10	116945	116954	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016605	AAGTC	2	10	122142	122151	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016605	TAAAA	2	10	126361	126370	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016605	CAAAA	2	10	137496	137505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016605	AAATT	2	10	148468	148477	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016605	ATGTG	2	10	158479	158488	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016605	TAATA	2	10	162870	162879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016605	TTAAT	2	10	170097	170106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016605	TCAAT	2	10	174035	174044	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016605	CCAGT	2	10	175241	175250	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_016605	ATTTT	2	10	181489	181498	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016605	AAAAT	2	10	194553	194562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016605	AGTAT	2	10	194589	194598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016605	TATCA	2	10	204728	204737	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016605	TTATT	2	10	209348	209357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016605	TAAAA	2	10	219748	219757	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016605	TAGAG	2	10	223442	223451	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016605	TTTTA	2	10	227559	227568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016605	TAGAA	2	10	237744	237753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016605	AAAGA	2	10	255734	255743	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016605	AATTT	2	10	273811	273820	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016605	TGATA	2	10	278991	279000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016605	AATGA	2	10	282115	282124	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016605	GGTAA	2	10	282287	282296	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016605	GTCTG	2	10	282770	282779	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016605	TCGTG	2	10	283104	283113	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016605	TTATT	2	10	287370	287379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016605	GAACA	2	10	287463	287472	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016605	AATTT	2	10	288138	288147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016605	GCAAT	2	10	291116	291125	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_016605	TAAGA	2	10	298290	298299	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016605	ACCAA	2	10	312606	312615	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_016605	GTAAG	2	10	312684	312693	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016605	GATTG	2	10	317428	317437	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016605	TAAAA	2	10	320024	320033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016605	CAGCT	2	10	326025	326034	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016605	GGAAA	2	10	328891	328900	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016605	GGAAA	2	10	329013	329022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016605	AAATT	2	10	329319	329328	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016605	AGCCC	2	10	336085	336094	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_016605	ACAAA	2	10	348055	348064	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016605	AATGG	2	10	356025	356034	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016605	TGTAT	2	10	356145	356154	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016605	CGTTT	2	10	360775	360784	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016605	CAAAT	2	10	363147	363156	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016605	GAATG	2	10	364119	364128	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016605	TTAAA	2	10	383843	383852	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016605	AGGCT	2	10	383864	383873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_016605	AATCT	2	10	383923	383932	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016605	TTTAC	2	10	385008	385017	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016605	AATTA	2	10	385078	385087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016605	TTATC	2	10	397035	397044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016605	AATAC	2	10	397123	397132	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016605	TTTGT	2	10	409888	409897	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016605	AAATT	2	10	421988	421997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016605	TTAGT	2	10	426546	426555	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016605	TACTG	2	10	426584	426593	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016605	AAGTG	2	10	432483	432492	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016605	TAATT	2	10	434775	434784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016605	GATTT	2	10	442613	442622	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016605	TACAA	2	10	446685	446694	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_016605	TAAAA	2	10	450979	450988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016605	AGAAA	2	10	451029	451038	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016605	TAATC	2	10	453795	453804	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_016605	AAATT	2	10	457531	457540	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016605	AATTT	2	10	457600	457609	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016605	GGAAG	2	10	462104	462113	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016605	AAAGA	2	10	466230	466239	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016605	GCGTA	2	10	493585	493594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_016605	TTACT	2	10	497245	497254	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016605	GATCA	2	10	497978	497987	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016605	TTTTG	2	10	500099	500108	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016605	AAATT	2	10	508320	508329	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016605	TTTTA	2	10	511856	511865	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016605	ATTGA	2	10	517065	517074	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016605	TTAAG	2	10	533339	533348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016605	ATCAC	2	10	538165	538174	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016605	ATTTT	2	10	547740	547749	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016605	GAAAA	2	10	547768	547777	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016605	AAGGA	2	10	556815	556824	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016605	TAATA	2	10	557607	557616	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016605	TTTAT	2	10	560088	560097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016605	AAGAA	2	10	574172	574181	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016605	TGAAT	2	10	593669	593678	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016605	ACATT	2	10	593683	593692	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_016605	TGTGG	2	10	597663	597672	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016605	AAAAT	2	10	610724	610733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016605	TAAAA	2	10	613277	613286	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016605	TGTAG	2	10	617217	617226	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016605	ATATT	2	10	633251	633260	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016605	TTTAT	2	10	648559	648568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016605	ATTTT	2	10	652527	652536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016605	AAAAG	2	10	652610	652619	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016605	TTTTA	2	10	668230	668239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016605	TGAAA	2	10	676046	676055	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016605	TTTTG	2	10	682945	682954	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016605	GTTAT	2	10	692305	692314	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016605	TAAAA	2	10	698798	698807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016605	GGGAA	2	10	703809	703818	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016605	AGTTA	2	10	723816	723825	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016605	AGTTT	2	10	726988	726997	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016605	AATGA	2	10	774104	774113	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016605	GGTAA	2	10	774276	774285	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016605	GTCTG	2	10	774759	774768	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016605	TCGTG	2	10	775093	775102	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016605	TAATT	2	10	779976	779985	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016605	TAAAA	2	10	820472	820481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016605	ATGAA	2	10	830100	830109	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016605	TTTTG	2	10	832045	832054	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016605	TTTTA	2	10	838770	838779	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016605	ATAAA	2	10	851880	851889	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016605	ACTTG	2	10	868825	868834	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016605	TTAAA	2	10	872625	872634	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016605	TCATT	2	10	872763	872772	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016605	TATTT	2	10	874263	874272	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016605	ACTAG	2	10	888499	888508	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016605	TTCTT	2	10	890350	890359	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016605	TTAAA	2	10	894889	894898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016605	TTATT	2	10	903904	903913	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016605	TTTAA	2	10	936535	936544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016605	ATTTA	2	10	939939	939948	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016605	GAATG	2	10	942762	942771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016605	TATGA	2	10	968482	968491	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016605	TCATT	2	10	972996	973005	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016605	AAATT	2	10	994350	994359	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016605	AAACA	2	10	1010688	1010697	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_016605	TTACT	2	10	1023545	1023554	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016605	TATAA	2	10	1033324	1033333	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016605	AAAAT	2	10	1074329	1074338	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016605	TATTT	2	10	1074410	1074419	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.