MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Azospirillum brasilense Sp245 plasmid AZOBR_p6

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016597	TGTGGG	2	12	2540	2551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	392380389
2	NC_016597	CGAGGC	2	12	3249	3260	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380389
3	NC_016597	CTGTGC	2	12	3577	3588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380389
4	NC_016597	CATCCG	2	12	3654	3665	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380389
5	NC_016597	CGACGC	2	12	3813	3824	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380389
6	NC_016597	CGCGCC	2	12	6199	6210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392380390
7	NC_016597	CTGCGG	2	12	10588	10599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392380395
8	NC_016597	CCGAGC	2	12	12327	12338	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380396
9	NC_016597	CTCCGC	2	12	12383	12394	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	392380396
10	NC_016597	GCGATG	2	12	14596	14607	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380398
11	NC_016597	CCAGCG	2	12	15410	15421	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380398
12	NC_016597	GCCGTA	2	12	17314	17325	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392380399
13	NC_016597	CGCTCA	2	12	17741	17752	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380399
14	NC_016597	AGGGGC	2	12	18453	18464	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392380400
15	NC_016597	GCGTCT	2	12	19023	19034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380400
16	NC_016597	GGTGAC	2	12	20140	20151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380400
17	NC_016597	GCCGAC	2	12	20339	20350	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380400
18	NC_016597	GCGGAC	2	12	21731	21742	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380402
19	NC_016597	CTTGGC	3	18	21806	21823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380402
20	NC_016597	ACCTTC	2	12	23984	23995	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	392380403
21	NC_016597	CATGGA	2	12	24360	24371	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	392380404
22	NC_016597	TCCAGA	2	12	25945	25956	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	392380406
23	NC_016597	GGCCAG	2	12	27279	27290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380406
24	NC_016597	GGAAGG	2	12	28120	28131	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	392380407
25	NC_016597	TGAAGG	2	12	29839	29850	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	392380410
26	NC_016597	GGTCGA	2	12	30085	30096	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380410
27	NC_016597	CCGGCC	2	12	30348	30359	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	392380410
28	NC_016597	CGCCGG	2	12	31372	31383	0 %	0 %	50 %	50 %	392380411
29	NC_016597	GGAACA	2	12	33479	33490	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	392380412
30	NC_016597	CGCCGG	2	12	35029	35040	0 %	0 %	50 %	50 %	392380413
31	NC_016597	CGGCAC	2	12	36642	36653	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380414
32	NC_016597	GCCGGC	2	12	38625	38636	0 %	0 %	50 %	50 %	392380415
33	NC_016597	GCGTCA	2	12	39853	39864	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392380416
34	NC_016597	GGCGTC	2	12	39887	39898	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392380416
35	NC_016597	CCAGTT	2	12	40279	40290	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392380416
36	NC_016597	CCGTAG	2	12	40780	40791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392380417
37	NC_016597	TCCTCG	2	12	43248	43259	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392380418
38	NC_016597	CCTCCC	2	12	44698	44709	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	392380418
39	NC_016597	CGACAG	2	12	45596	45607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	392380419
40	NC_016597	CGGTGA	2	12	45622	45633	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380419
41	NC_016597	TGCCCG	2	12	46012	46023	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392380419
42	NC_016597	CTCGGC	2	12	49251	49262	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392380421
43	NC_016597	GGCAAG	2	12	49560	49571	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392380421
44	NC_016597	GTCAGG	2	12	50306	50317	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380422
45	NC_016597	GGGATG	2	12	55151	55162	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	392380426
46	NC_016597	GCAGGG	2	12	66426	66437	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392380435
47	NC_016597	AACAGA	2	12	66475	66486	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	392380435
48	NC_016597	AAACGG	2	12	66721	66732	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	392380435
49	NC_016597	CGAACG	2	12	67498	67509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	392380435
50	NC_016597	GGCCGT	2	12	69018	69029	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392380436
51	NC_016597	CGGCCT	2	12	72782	72793	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392380439
52	NC_016597	GCGTGC	2	12	73202	73213	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392380439
53	NC_016597	CCCTAC	2	12	73276	73287	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	392380439
54	NC_016597	CCGCAC	2	12	75296	75307	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392380440
55	NC_016597	CCCATC	2	12	77562	77573	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	392380441
56	NC_016597	GGAGGC	2	12	77651	77662	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392380441
57	NC_016597	ACCGGG	2	12	78621	78632	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380441
58	NC_016597	CGGTGC	2	12	79789	79800	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	392380441
59	NC_016597	CGCCGG	2	12	79849	79860	0 %	0 %	50 %	50 %	392380441
60	NC_016597	ACGGCA	2	12	80332	80343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	392380441
61	NC_016597	GACGGC	2	12	82737	82748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380444
62	NC_016597	CAGGAA	2	12	84936	84947	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	392380446
63	NC_016597	TCCTGA	2	12	88660	88671	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392380449
64	NC_016597	GCCTTC	2	12	91046	91057	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	392380452
65	NC_016597	CCGCGA	2	12	94781	94792	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380456
66	NC_016597	CATCGG	2	12	95207	95218	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392380456
67	NC_016597	CGACGG	2	12	95222	95233	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380456
68	NC_016597	GATGAA	2	12	97352	97363	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	392380458
69	NC_016597	TGCCGT	2	12	98209	98220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380459
70	NC_016597	CGTAGG	2	12	98581	98592	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380459
71	NC_016597	CGTTGC	2	12	99532	99543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380459
72	NC_016597	CCGCCA	2	12	99828	99839	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392380459
73	NC_016597	AGGGGG	2	12	99967	99978	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	392380459
74	NC_016597	GTGGAT	2	12	100133	100144	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	392380459
75	NC_016597	CGTAGG	2	12	101307	101318	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380460
76	NC_016597	CCGCTG	2	12	101507	101518	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	392380460
77	NC_016597	CGGGCG	2	12	105451	105462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	392380462
78	NC_016597	GCCTTG	2	12	107750	107761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380465
79	NC_016597	CGCGGC	2	12	110505	110516	0 %	0 %	50 %	50 %	392380466
80	NC_016597	GATCCT	2	12	112137	112148	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392380468
81	NC_016597	CCCGCT	2	12	113006	113017	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	392380468
82	NC_016597	CAGCCC	2	12	114275	114286	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	392380469
83	NC_016597	CGCAGC	2	12	117605	117616	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380470
84	NC_016597	GAAGGC	2	12	118576	118587	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392380471
85	NC_016597	CGGCTT	2	12	122291	122302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380474
86	NC_016597	GCTACC	2	12	122848	122859	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380474
87	NC_016597	GCCCAG	2	12	122910	122921	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	392380474
88	NC_016597	GGCGCG	2	12	126558	126569	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	392380477
89	NC_016597	CACGGT	2	12	131448	131459	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	392380479
90	NC_016597	TCCGCC	2	12	134420	134431	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	392380483
91	NC_016597	AGGGTC	2	12	134561	134572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	392380483
92	NC_016597	GGGCAG	2	12	134842	134853	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	392380484
93	NC_016597	CGTCTG	2	12	135364	135375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380484
94	NC_016597	CTCGAT	2	12	136242	136253	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	392380485
95	NC_016597	TGCGGG	2	12	138220	138231	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	392380486
96	NC_016597	GCAGGC	2	12	139282	139293	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380486
97	NC_016597	CGGAGA	2	12	143651	143662	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392380494
98	NC_016597	CTCGGT	2	12	148564	148575	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	392380496
99	NC_016597	CCGGCG	2	12	151621	151632	0 %	0 %	50 %	50 %	392380498
100	NC_016597	TCGACC	2	12	156342	156353	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380506
101	NC_016597	GACCTC	2	12	158961	158972	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380507
102	NC_016597	CGGAGC	2	12	163882	163893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	392380512
103	NC_016597	GAAGCG	2	12	166065	166076	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	392380512
104	NC_016597	CCGATC	2	12	166858	166869	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	392380512

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.