MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia sp. YI23 plasmid byi_2p

Total Repeats: 260

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016591	GCGGT	2	10	4872	4881	0 %	20 %	60 %	20 %	377807006
2	NC_016591	GCGAC	2	10	5163	5172	20 %	0 %	40 %	40 %	377807006
3	NC_016591	AATCG	2	10	9757	9766	40 %	20 %	20 %	20 %	377807011
4	NC_016591	CTCGC	2	10	10562	10571	0 %	20 %	20 %	60 %	377807011
5	NC_016591	TGTCG	2	10	11420	11429	0 %	40 %	40 %	20 %	377807012
6	NC_016591	TGACC	2	10	12005	12014	20 %	20 %	20 %	40 %	377807013
7	NC_016591	CGATC	2	10	12737	12746	20 %	20 %	20 %	40 %	377807014
8	NC_016591	CGCGT	2	10	16910	16919	0 %	20 %	40 %	40 %	377807017
9	NC_016591	CTCGC	2	10	20033	20042	0 %	20 %	20 %	60 %	377807020
10	NC_016591	TGATC	2	10	22967	22976	20 %	40 %	20 %	20 %	377807022
11	NC_016591	GATTC	2	10	23390	23399	20 %	40 %	20 %	20 %	377807022
12	NC_016591	GACCC	2	10	25436	25445	20 %	0 %	20 %	60 %	377807023
13	NC_016591	GACGG	2	10	26512	26521	20 %	0 %	60 %	20 %	377807023
14	NC_016591	CCGAT	2	10	26702	26711	20 %	20 %	20 %	40 %	377807023
15	NC_016591	CAAGC	2	10	27893	27902	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016591	TTTTC	2	10	29838	29847	0 %	80 %	0 %	20 %	377807024
17	NC_016591	ATCGA	2	10	33121	33130	40 %	20 %	20 %	20 %	377807027
18	NC_016591	ATGAA	2	10	34968	34977	60 %	20 %	20 %	0 %	377807028
19	NC_016591	CCTGC	2	10	36392	36401	0 %	20 %	20 %	60 %	377807030
20	NC_016591	GCTCT	2	10	36817	36826	0 %	40 %	20 %	40 %	377807031
21	NC_016591	TGCAC	2	10	37035	37044	20 %	20 %	20 %	40 %	377807031
22	NC_016591	TTTTG	2	10	38901	38910	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016591	GAGGT	2	10	39076	39085	20 %	20 %	60 %	0 %	377807033
24	NC_016591	AACGG	2	10	45277	45286	40 %	0 %	40 %	20 %	377807039
25	NC_016591	CTCAA	2	10	45654	45663	40 %	20 %	0 %	40 %	377807040
26	NC_016591	GCATC	2	10	46565	46574	20 %	20 %	20 %	40 %	377807041
27	NC_016591	GAAAG	2	10	47857	47866	60 %	0 %	40 %	0 %	377807043
28	NC_016591	ATGCC	2	10	52101	52110	20 %	20 %	20 %	40 %	377807049
29	NC_016591	GTTTC	2	10	52164	52173	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016591	ACTGC	2	10	53310	53319	20 %	20 %	20 %	40 %	377807051
31	NC_016591	GGGCA	2	10	56066	56075	20 %	0 %	60 %	20 %	377807053
32	NC_016591	CAGCC	2	10	57897	57906	20 %	0 %	20 %	60 %	377807057
33	NC_016591	AGCGG	2	10	59920	59929	20 %	0 %	60 %	20 %	377807059
34	NC_016591	GCTTG	2	10	60703	60712	0 %	40 %	40 %	20 %	377807059
35	NC_016591	ATCAA	2	10	65208	65217	60 %	20 %	0 %	20 %	377807066
36	NC_016591	GGGCG	2	10	70082	70091	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016591	CTGGG	2	10	70263	70272	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016591	GGGGC	2	10	70973	70982	0 %	0 %	80 %	20 %	377807073
39	NC_016591	GATGG	2	10	71017	71026	20 %	20 %	60 %	0 %	377807073
40	NC_016591	GGTGA	2	10	71428	71437	20 %	20 %	60 %	0 %	377807073
41	NC_016591	GCGGT	2	10	73842	73851	0 %	20 %	60 %	20 %	377807075
42	NC_016591	AAATT	2	10	75200	75209	60 %	40 %	0 %	0 %	377807077
43	NC_016591	GGGAA	2	10	75511	75520	40 %	0 %	60 %	0 %	377807077
44	NC_016591	ATAGG	2	10	75544	75553	40 %	20 %	40 %	0 %	377807077
45	NC_016591	CAGCG	2	10	77169	77178	20 %	0 %	40 %	40 %	377807079
46	NC_016591	TCGAC	2	10	77205	77214	20 %	20 %	20 %	40 %	377807079
47	NC_016591	ACAGC	2	10	78026	78035	40 %	0 %	20 %	40 %	377807079
48	NC_016591	GCGAT	2	10	80373	80382	20 %	20 %	40 %	20 %	377807083
49	NC_016591	GTCGC	2	10	80528	80537	0 %	20 %	40 %	40 %	377807083
50	NC_016591	CATTT	2	10	83454	83463	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016591	CACTG	2	10	84597	84606	20 %	20 %	20 %	40 %	377807090
52	NC_016591	GCGGG	2	10	84704	84713	0 %	0 %	80 %	20 %	377807090
53	NC_016591	TGGCA	2	10	85758	85767	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016591	CAATG	2	10	86109	86118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016591	CGCGC	2	10	88150	88159	0 %	0 %	40 %	60 %	377807098
56	NC_016591	GTCGC	2	10	90068	90077	0 %	20 %	40 %	40 %	377807100
57	NC_016591	GGGCG	2	10	90459	90468	0 %	0 %	80 %	20 %	377807101
58	NC_016591	GATCG	2	10	90984	90993	20 %	20 %	40 %	20 %	377807102
59	NC_016591	CGCCC	2	10	91094	91103	0 %	0 %	20 %	80 %	377807102
60	NC_016591	TTTGA	2	10	92923	92932	20 %	60 %	20 %	0 %	377807104
61	NC_016591	CACGA	2	10	93501	93510	40 %	0 %	20 %	40 %	377807105
62	NC_016591	CCGCA	2	10	94251	94260	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_016591	TCGCG	2	10	94473	94482	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016591	CGACC	2	10	94696	94705	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_016591	CTGTC	2	10	96333	96342	0 %	40 %	20 %	40 %	377807108
66	NC_016591	GAAGC	2	10	96699	96708	40 %	0 %	40 %	20 %	377807108
67	NC_016591	GGAGA	2	10	98027	98036	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016591	ATCTC	2	10	102670	102679	20 %	40 %	0 %	40 %	377807111
69	NC_016591	AGGTG	2	10	103021	103030	20 %	20 %	60 %	0 %	377807112
70	NC_016591	GCACG	2	10	103435	103444	20 %	0 %	40 %	40 %	377807112
71	NC_016591	GCAGA	2	10	104121	104130	40 %	0 %	40 %	20 %	377807113
72	NC_016591	GCACA	2	10	104225	104234	40 %	0 %	20 %	40 %	377807113
73	NC_016591	ATGCC	2	10	104442	104451	20 %	20 %	20 %	40 %	377807114
74	NC_016591	TGGGC	2	10	104984	104993	0 %	20 %	60 %	20 %	377807115
75	NC_016591	GTCGA	2	10	105744	105753	20 %	20 %	40 %	20 %	377807115
76	NC_016591	TTTCC	2	10	106187	106196	0 %	60 %	0 %	40 %	377807115
77	NC_016591	TGTCC	2	10	106544	106553	0 %	40 %	20 %	40 %	377807115
78	NC_016591	AGCGA	2	10	111536	111545	40 %	0 %	40 %	20 %	377807120
79	NC_016591	CAGTG	2	10	112132	112141	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016591	GACAG	2	10	112752	112761	40 %	0 %	40 %	20 %	377807122
81	NC_016591	TTGCC	2	10	120175	120184	0 %	40 %	20 %	40 %	377807133
82	NC_016591	GTCGT	2	10	121684	121693	0 %	40 %	40 %	20 %	377807135
83	NC_016591	CGCCA	2	10	125189	125198	20 %	0 %	20 %	60 %	377807141
84	NC_016591	GGGCC	2	10	127615	127624	0 %	0 %	60 %	40 %	377807143
85	NC_016591	AACCA	2	10	129222	129231	60 %	0 %	0 %	40 %	377807145
86	NC_016591	CGTGC	2	10	130198	130207	0 %	20 %	40 %	40 %	377807146
87	NC_016591	TCGCC	2	10	131494	131503	0 %	20 %	20 %	60 %	377807148
88	NC_016591	GTCGG	2	10	132339	132348	0 %	20 %	60 %	20 %	377807149
89	NC_016591	GTTCG	2	10	132987	132996	0 %	40 %	40 %	20 %	377807150
90	NC_016591	CTTTT	2	10	133241	133250	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016591	CTGTT	2	10	137433	137442	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016591	CTGAC	2	10	140375	140384	20 %	20 %	20 %	40 %	377807159
93	NC_016591	GAGCA	2	10	144739	144748	40 %	0 %	40 %	20 %	377807166
94	NC_016591	GCGAC	2	10	145012	145021	20 %	0 %	40 %	40 %	377807166
95	NC_016591	CGTCA	2	10	145644	145653	20 %	20 %	20 %	40 %	377807167
96	NC_016591	TGGCG	2	10	146021	146030	0 %	20 %	60 %	20 %	377807168
97	NC_016591	GCTTC	2	10	146283	146292	0 %	40 %	20 %	40 %	377807168
98	NC_016591	TGCGC	2	10	147408	147417	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_016591	ACCCG	2	10	148193	148202	20 %	0 %	20 %	60 %	377807173
100	NC_016591	CGAAA	2	10	148692	148701	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016591	CATTT	2	10	151973	151982	20 %	60 %	0 %	20 %	377807177
102	NC_016591	TGGGC	2	10	152401	152410	0 %	20 %	60 %	20 %	377807177
103	NC_016591	GCGCT	2	10	152532	152541	0 %	20 %	40 %	40 %	377807178
104	NC_016591	TCGAA	2	10	152909	152918	40 %	20 %	20 %	20 %	377807178
105	NC_016591	CCCGC	2	10	155480	155489	0 %	0 %	20 %	80 %	377807180
106	NC_016591	GGGTA	2	10	155789	155798	20 %	20 %	60 %	0 %	377807180
107	NC_016591	GGCCG	2	10	156696	156705	0 %	0 %	60 %	40 %	377807182
108	NC_016591	TGCGT	2	10	157744	157753	0 %	40 %	40 %	20 %	377807183
109	NC_016591	CTTCT	2	10	159872	159881	0 %	60 %	0 %	40 %	377807187
110	NC_016591	TGCAC	2	10	159910	159919	20 %	20 %	20 %	40 %	377807187
111	NC_016591	TTCCG	2	10	160577	160586	0 %	40 %	20 %	40 %	377807188
112	NC_016591	CCGAT	2	10	162161	162170	20 %	20 %	20 %	40 %	377807191
113	NC_016591	GAGCG	2	10	163359	163368	20 %	0 %	60 %	20 %	377807193
114	NC_016591	GGGCC	2	10	163523	163532	0 %	0 %	60 %	40 %	377807193
115	NC_016591	GGGGT	2	10	166311	166320	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016591	CCTGC	2	10	166444	166453	0 %	20 %	20 %	60 %	377807197
117	NC_016591	CGTCG	2	10	167015	167024	0 %	20 %	40 %	40 %	377807197
118	NC_016591	GGTGA	2	10	167412	167421	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016591	GAGGG	2	10	167594	167603	20 %	0 %	80 %	0 %	377807198
120	NC_016591	GGACT	2	10	170567	170576	20 %	20 %	40 %	20 %	377807202
121	NC_016591	CGGCA	2	10	172000	172009	20 %	0 %	40 %	40 %	377807204
122	NC_016591	TGCAG	2	10	173180	173189	20 %	20 %	40 %	20 %	377807206
123	NC_016591	CTCAT	2	10	173868	173877	20 %	40 %	0 %	40 %	377807207
124	NC_016591	CGCGG	2	10	174680	174689	0 %	0 %	60 %	40 %	377807208
125	NC_016591	ACCCG	2	10	175079	175088	20 %	0 %	20 %	60 %	377807208
126	NC_016591	GTTGG	2	10	176342	176351	0 %	40 %	60 %	0 %	377807208
127	NC_016591	TTCGA	2	10	177453	177462	20 %	40 %	20 %	20 %	377807210
128	NC_016591	AGTCA	2	10	177733	177742	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016591	GTGGA	2	10	182894	182903	20 %	20 %	60 %	0 %	377807219
130	NC_016591	TTTTC	2	10	183367	183376	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016591	ACCGG	2	10	184151	184160	20 %	0 %	40 %	40 %	377807221
132	NC_016591	TTTTC	2	10	191488	191497	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016591	CGGTG	2	10	192147	192156	0 %	20 %	60 %	20 %	377807229
134	NC_016591	CGCCA	2	10	192193	192202	20 %	0 %	20 %	60 %	377807229
135	NC_016591	TGTCA	2	10	192547	192556	20 %	40 %	20 %	20 %	377807230
136	NC_016591	CGGCG	2	10	194409	194418	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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138	NC_016591	ATGGC	2	10	195427	195436	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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140	NC_016591	TGGCT	2	10	204254	204263	0 %	40 %	40 %	20 %	377807241
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259	NC_016591	GCAAT	2	10	355113	355122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
260	NC_016591	ATTTT	2	10	355311	355320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.