MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Azospirillum lipoferum 4B plasmid AZO_p6

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016588	GCGGCC	2	12	2031	2042	0 %	0 %	50 %	50 %	374999498
2	NC_016588	CTGGCC	2	12	4448	4459	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999501
3	NC_016588	GATCCT	2	12	5671	5682	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999501
4	NC_016588	CGGCCT	2	12	11299	11310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999506
5	NC_016588	TGGCCT	2	12	11419	11430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999506
6	NC_016588	CCTGCG	2	12	12068	12079	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999507
7	NC_016588	CTGGGC	2	12	13032	13043	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999507
8	NC_016588	TCGATC	2	12	13167	13178	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999507
9	NC_016588	TCCGCT	2	12	13276	13287	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	374999507
10	NC_016588	CCAGCG	2	12	13685	13696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999507
11	NC_016588	GATCCT	2	12	13733	13744	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999507
12	NC_016588	CATCGA	2	12	14765	14776	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	374999508
13	NC_016588	TGGAGG	2	12	15082	15093	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	374999508
14	NC_016588	GTCGCG	2	12	19511	19522	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999510
15	NC_016588	GACGAG	2	12	23591	23602	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	374999513
16	NC_016588	GGGCAA	2	12	27094	27105	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	374999515
17	NC_016588	CAGCGG	2	12	29214	29225	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374999517
18	NC_016588	CAGCCG	2	12	29699	29710	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999517
19	NC_016588	CCGGCA	2	12	30560	30571	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999518
20	NC_016588	CGGCCG	2	12	32022	32033	0 %	0 %	50 %	50 %	374999519
21	NC_016588	CGGCTT	2	12	32342	32353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999519
22	NC_016588	GCCGGC	2	12	34406	34417	0 %	0 %	50 %	50 %	374999521
23	NC_016588	ACGCCC	2	12	36540	36551	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	374999523
24	NC_016588	TGCCGG	2	12	37552	37563	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999524
25	NC_016588	CGACGC	2	12	38179	38190	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999525
26	NC_016588	TCGTAA	2	12	43224	43235	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	374999532
27	NC_016588	TGAAGC	2	12	43360	43371	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	374999532
28	NC_016588	CTTCAG	2	12	43961	43972	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999532
29	NC_016588	CGAAGA	2	12	45390	45401	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	374999534
30	NC_016588	AGGGCG	2	12	46041	46052	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	374999535
31	NC_016588	ATGCGC	2	12	47419	47430	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999537
32	NC_016588	CCCCCG	2	12	48337	48348	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	374999538
33	NC_016588	CTGGGC	2	12	50101	50112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999539
34	NC_016588	GCCGCA	2	12	51237	51248	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999539
35	NC_016588	TTGCGC	2	12	52549	52560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999540
36	NC_016588	TGAACA	2	12	52823	52834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	374999540
37	NC_016588	CCAGCC	2	12	53525	53536	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	374999541
38	NC_016588	CTTCAT	2	12	55895	55906	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	374999544
39	NC_016588	CCAAGC	2	12	56671	56682	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	374999544
40	NC_016588	TGCCGA	2	12	58721	58732	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999546
41	NC_016588	GGTCGC	2	12	62885	62896	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999550
42	NC_016588	GCCGAC	2	12	64562	64573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999551
43	NC_016588	GGCGAT	2	12	66420	66431	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999552
44	NC_016588	TGCCGC	2	12	66773	66784	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999552
45	NC_016588	TCGACT	2	12	68111	68122	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999552
46	NC_016588	ACCGTC	2	12	69891	69902	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999553
47	NC_016588	CCACCG	2	12	72110	72121	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	374999554
48	NC_016588	GACGGT	2	12	73743	73754	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999554
49	NC_016588	CGCCGG	2	12	73962	73973	0 %	0 %	50 %	50 %	374999554
50	NC_016588	CGGCCC	2	12	75994	76005	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	374999557
51	NC_016588	CCGGAG	2	12	77564	77575	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374999559
52	NC_016588	CGGGCT	2	12	77786	77797	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999559
53	NC_016588	CGGTGG	2	12	78986	78997	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	374999559
54	NC_016588	CTGGTT	2	12	79703	79714	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	374999560
55	NC_016588	GCCTTG	2	12	79871	79882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999560
56	NC_016588	CCCTGA	2	12	79884	79895	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999560
57	NC_016588	GTGCCC	3	18	79974	79991	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999560
58	NC_016588	TGACGG	2	12	80533	80544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
59	NC_016588	ACCGTC	2	12	80619	80630	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999560
60	NC_016588	CGGTGG	2	12	81046	81057	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	374999560
61	NC_016588	GACGGT	2	12	81452	81463	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
62	NC_016588	CGTCGG	2	12	81703	81714	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
63	NC_016588	GTCAGG	2	12	81990	82001	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
64	NC_016588	GCCGAT	2	12	82388	82399	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999560
65	NC_016588	CGGTGA	2	12	82528	82539	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
66	NC_016588	GGTGAC	2	12	82553	82564	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
67	NC_016588	TCAGCG	2	12	82741	82752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999560
68	NC_016588	GGTGAC	3	18	82913	82930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
69	NC_016588	GGCGCC	2	12	83921	83932	0 %	0 %	50 %	50 %	374999560
70	NC_016588	GCCGGT	2	12	84500	84511	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
71	NC_016588	CGCTGC	2	12	84541	84552	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999560
72	NC_016588	GTGCCG	2	12	84639	84650	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
73	NC_016588	TGCCGG	2	12	84664	84675	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
74	NC_016588	GCTGGT	2	12	85256	85267	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999560
75	NC_016588	GCTGGT	2	12	85538	85549	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999560
76	NC_016588	ACCGGC	2	12	85595	85606	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999560
77	NC_016588	GCTGGT	2	12	85820	85831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999560
78	NC_016588	CCAGCG	2	12	85915	85926	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999560
79	NC_016588	TCAGCG	2	12	85981	85992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999560
80	NC_016588	CAGGGT	2	12	86039	86050	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
81	NC_016588	GCCGCT	2	12	86075	86086	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999560
82	NC_016588	GCCGGT	2	12	86171	86182	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
83	NC_016588	GTGCCG	2	12	86961	86972	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
84	NC_016588	GGCGTT	2	12	87203	87214	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999560
85	NC_016588	GTGCCG	2	12	87417	87428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
86	NC_016588	CCGTCA	2	12	88378	88389	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999560
87	NC_016588	GTTGCT	2	12	88496	88507	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	374999560
88	NC_016588	TGATCG	2	12	88522	88533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374999560
89	NC_016588	CGGTGC	2	12	89182	89193	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999560
90	NC_016588	GGTCAG	2	12	89270	89281	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
91	NC_016588	TGCCGC	2	12	89284	89295	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999560
92	NC_016588	CAGCGT	2	12	90080	90091	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999560
93	NC_016588	CAGGGT	2	12	90185	90196	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
94	NC_016588	CAGGGT	2	12	90455	90466	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
95	NC_016588	CAGGGT	2	12	90725	90736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
96	NC_016588	CAGGGT	2	12	90995	91006	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
97	NC_016588	CAGGGT	2	12	91265	91276	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
98	NC_016588	CGTTGG	2	12	91783	91794	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999560
99	NC_016588	GTTGAT	2	12	92459	92470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	374999560
100	NC_016588	TGGTGT	2	12	92767	92778	0 %	50 %	50 %	0 %	374999560
101	NC_016588	GTGAGC	2	12	93999	94010	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999560
102	NC_016588	GCCAGG	2	12	95913	95924	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374999561
103	NC_016588	GACCGG	2	12	96286	96297	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374999561
104	NC_016588	GTGGCG	2	12	99713	99724	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	374999564
105	NC_016588	TGGGGC	2	12	101439	101450	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	374999565
106	NC_016588	TCGGCA	2	12	101873	101884	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999566
107	NC_016588	TGTCGA	2	12	102278	102289	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	374999567
108	NC_016588	GCGACG	2	12	111581	111592	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	374999578
109	NC_016588	AGGCGT	2	12	112789	112800	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999579
110	NC_016588	GGTCGT	2	12	115916	115927	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	374999581
111	NC_016588	TCCTGG	2	12	118460	118471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999583
112	NC_016588	CGGTGA	2	12	118695	118706	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999583
113	NC_016588	TGGCGA	2	12	121140	121151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999586
114	NC_016588	CTGCCC	2	12	121281	121292	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	374999586
115	NC_016588	GGCCAT	2	12	131719	131730	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999599
116	NC_016588	AAGGCG	2	12	133700	133711	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	374999601
117	NC_016588	CAGCAC	2	12	134681	134692	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	374999602
118	NC_016588	GGGGCA	2	12	134733	134744	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	374999602
119	NC_016588	GGGGCA	2	12	134751	134762	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	374999602
120	NC_016588	CGACCC	2	12	138281	138292	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	374999605
121	NC_016588	CGGCAC	2	12	138729	138740	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999605
122	NC_016588	TGTTCA	2	12	138845	138856	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	374999605
123	NC_016588	CATCGC	2	12	140167	140178	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999606
124	NC_016588	CTCGGC	2	12	141900	141911	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999608
125	NC_016588	ACCGAC	2	12	142206	142217	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	374999608
126	NC_016588	CTCAGG	2	12	152534	152545	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999616
127	NC_016588	TTCCAG	2	12	152619	152630	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999617
128	NC_016588	CAGACG	2	12	154694	154705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374999620
129	NC_016588	CCAGTC	2	12	155781	155792	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999622
130	NC_016588	GGCGAT	2	12	156634	156645	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999623
131	NC_016588	GATGTA	2	12	156673	156684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	374999623
132	NC_016588	TATGCC	2	12	169053	169064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999635
133	NC_016588	CGGAAC	2	12	169516	169527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374999635
134	NC_016588	GCCCTT	2	12	171961	171972	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	374999637
135	NC_016588	TCGGCG	2	12	172613	172624	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999637
136	NC_016588	CAGCTC	2	12	172630	172641	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999637
137	NC_016588	CGTCAC	2	12	178171	178182	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999642
138	NC_016588	CCCCGG	2	12	178996	179007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	374999642
139	NC_016588	CTTCTG	2	12	179640	179651	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374999643
140	NC_016588	CAATTC	2	12	180001	180012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	374999643
141	NC_016588	CTCGAC	2	12	180243	180254	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999643
142	NC_016588	CCACCC	2	12	181768	181779	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	374999645
143	NC_016588	GCCCGA	2	12	186040	186051	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999648
144	NC_016588	CCTCGG	2	12	187305	187316	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999649
145	NC_016588	CGCAAG	2	12	192070	192081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	374999654
146	NC_016588	GAGCGT	2	12	195581	195592	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	374999656
147	NC_016588	CGACGC	2	12	196496	196507	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	374999657
148	NC_016588	CGGCTA	2	12	196595	196606	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	374999657
149	NC_016588	TGTTCC	2	12	196735	196746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374999657
150	NC_016588	CATCGC	2	12	200922	200933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	374999661
151	NC_016588	ATCCTG	2	12	200959	200970	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	374999661
152	NC_016588	TGGAGG	2	12	202310	202321	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	374999662
153	NC_016588	CCTTCC	2	12	202388	202399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	374999662
154	NC_016588	GTCGCC	2	12	203720	203731	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999664
155	NC_016588	GCTGCG	2	12	203833	203844	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999664
156	NC_016588	TCGCCG	2	12	203921	203932	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999664
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159	NC_016588	CTTGTC	2	12	208358	208369	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	374999667
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163	NC_016588	GTCGCG	2	12	215973	215984	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	374999673
164	NC_016588	GGTCTC	2	12	216099	216110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	374999673
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209	NC_016588	TCGGCC	2	12	293882	293893	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	374999727

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.