MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 2

Total Repeats: 727

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016446	CGCAG	2	10	4045	4054	20 %	0 %	40 %	40 %	360037217
2	NC_016446	GTTTT	2	10	6186	6195	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016446	AGCGA	2	10	9765	9774	40 %	0 %	40 %	20 %	360037225
4	NC_016446	TATGG	2	10	10937	10946	20 %	40 %	40 %	0 %	360037226
5	NC_016446	GCACT	2	10	10965	10974	20 %	20 %	20 %	40 %	360037226
6	NC_016446	TAATT	2	10	11281	11290	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016446	TCATT	2	10	11384	11393	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016446	AATCA	2	10	12708	12717	60 %	20 %	0 %	20 %	360037227
9	NC_016446	GCAGT	2	10	14592	14601	20 %	20 %	40 %	20 %	360037228
10	NC_016446	GTCTT	2	10	18366	18375	0 %	60 %	20 %	20 %	360037233
11	NC_016446	AAATT	2	10	18447	18456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016446	GATAT	2	10	19059	19068	40 %	40 %	20 %	0 %	360037234
13	NC_016446	GCGCG	2	10	21072	21081	0 %	0 %	60 %	40 %	360037235
14	NC_016446	AATCG	2	10	21551	21560	40 %	20 %	20 %	20 %	360037235
15	NC_016446	ACCCA	2	10	24740	24749	40 %	0 %	0 %	60 %	360037239
16	NC_016446	TGCTC	2	10	25716	25725	0 %	40 %	20 %	40 %	360037240
17	NC_016446	GTGGA	2	10	25936	25945	20 %	20 %	60 %	0 %	360037240
18	NC_016446	ACAAG	2	10	30156	30165	60 %	0 %	20 %	20 %	360037243
19	NC_016446	GTTTA	2	10	35739	35748	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016446	GTACG	2	10	36296	36305	20 %	20 %	40 %	20 %	360037251
21	NC_016446	CTTTT	2	10	36531	36540	0 %	80 %	0 %	20 %	360037251
22	NC_016446	ATCTC	2	10	36826	36835	20 %	40 %	0 %	40 %	360037251
23	NC_016446	CTGCT	2	10	38475	38484	0 %	40 %	20 %	40 %	360037254
24	NC_016446	CATTG	2	10	39850	39859	20 %	40 %	20 %	20 %	360037258
25	NC_016446	AAAAT	2	10	41793	41802	80 %	20 %	0 %	0 %	360037260
26	NC_016446	CAAAG	2	10	44448	44457	60 %	0 %	20 %	20 %	360037263
27	NC_016446	AGAAA	2	10	45457	45466	80 %	0 %	20 %	0 %	360037265
28	NC_016446	TTGGT	2	10	45906	45915	0 %	60 %	40 %	0 %	360037265
29	NC_016446	TAGCT	2	10	49321	49330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016446	TGAAC	2	10	50377	50386	40 %	20 %	20 %	20 %	360037275
31	NC_016446	CTCGA	2	10	50415	50424	20 %	20 %	20 %	40 %	360037275
32	NC_016446	AACCT	2	10	52209	52218	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016446	TCGTG	2	10	53581	53590	0 %	40 %	40 %	20 %	360037280
34	NC_016446	TTGAT	2	10	54280	54289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016446	AGTTT	2	10	57503	57512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016446	AAACA	2	10	63698	63707	80 %	0 %	0 %	20 %	360037297
37	NC_016446	ACTGA	2	10	66012	66021	40 %	20 %	20 %	20 %	360037303
38	NC_016446	GTAGT	2	10	66542	66551	20 %	40 %	40 %	0 %	360037304
39	NC_016446	TTCAG	2	10	67832	67841	20 %	40 %	20 %	20 %	360037307
40	NC_016446	TGAAC	2	10	69148	69157	40 %	20 %	20 %	20 %	360037310
41	NC_016446	CTCGA	2	10	69186	69195	20 %	20 %	20 %	40 %	360037310
42	NC_016446	CTCAG	2	10	71829	71838	20 %	20 %	20 %	40 %	360037313
43	NC_016446	TGCAT	2	10	72799	72808	20 %	40 %	20 %	20 %	360037314
44	NC_016446	ATTGC	2	10	73181	73190	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_016446	AGAGT	2	10	73416	73425	40 %	20 %	40 %	0 %	360037315
46	NC_016446	TGAAT	2	10	75929	75938	40 %	40 %	20 %	0 %	360037321
47	NC_016446	TGCGT	2	10	76091	76100	0 %	40 %	40 %	20 %	360037322
48	NC_016446	AGAGT	2	10	76369	76378	40 %	20 %	40 %	0 %	360037323
49	NC_016446	GCTGC	2	10	83371	83380	0 %	20 %	40 %	40 %	360037333
50	NC_016446	GGTTT	2	10	91638	91647	0 %	60 %	40 %	0 %	360037345
51	NC_016446	TTGAT	2	10	93077	93086	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016446	CATCA	2	10	94862	94871	40 %	20 %	0 %	40 %	360037348
53	NC_016446	TAATT	2	10	94916	94925	40 %	60 %	0 %	0 %	360037348
54	NC_016446	ATCAA	2	10	98357	98366	60 %	20 %	0 %	20 %	360037351
55	NC_016446	AGCTT	2	10	98902	98911	20 %	40 %	20 %	20 %	360037352
56	NC_016446	GAACA	2	10	98922	98931	60 %	0 %	20 %	20 %	360037352
57	NC_016446	TGAAC	2	10	99270	99279	40 %	20 %	20 %	20 %	360037353
58	NC_016446	CTCGA	2	10	99308	99317	20 %	20 %	20 %	40 %	360037353
59	NC_016446	TGAGT	2	10	99784	99793	20 %	40 %	40 %	0 %	360037354
60	NC_016446	TTTTA	2	10	99964	99973	20 %	80 %	0 %	0 %	360037355
61	NC_016446	GAAAG	2	10	101329	101338	60 %	0 %	40 %	0 %	360037359
62	NC_016446	ACTGA	2	10	102261	102270	40 %	20 %	20 %	20 %	360037360
63	NC_016446	TTCAT	2	10	103949	103958	20 %	60 %	0 %	20 %	360037363
64	NC_016446	CTTTG	2	10	104957	104966	0 %	60 %	20 %	20 %	360037365
65	NC_016446	ACTTC	2	10	105365	105374	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_016446	CATCC	2	10	105766	105775	20 %	20 %	0 %	60 %	360037366
67	NC_016446	GGATT	2	10	109384	109393	20 %	40 %	40 %	0 %	360037370
68	NC_016446	ACTGT	2	10	110178	110187	20 %	40 %	20 %	20 %	360037371
69	NC_016446	TAGCT	2	10	115164	115173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016446	GTGAT	2	10	115602	115611	20 %	40 %	40 %	0 %	360037376
71	NC_016446	AAATG	2	10	115741	115750	60 %	20 %	20 %	0 %	360037376
72	NC_016446	AGCTC	2	10	115839	115848	20 %	20 %	20 %	40 %	360037377
73	NC_016446	AGCTT	2	10	118964	118973	20 %	40 %	20 %	20 %	360037381
74	NC_016446	GAACA	2	10	118984	118993	60 %	0 %	20 %	20 %	360037381
75	NC_016446	AAACT	2	10	119267	119276	60 %	20 %	0 %	20 %	360037381
76	NC_016446	TTCAG	2	10	120002	120011	20 %	40 %	20 %	20 %	360037383
77	NC_016446	AATTA	2	10	120488	120497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016446	GTTTT	2	10	123575	123584	0 %	80 %	20 %	0 %	360037391
79	NC_016446	CGTGT	2	10	126615	126624	0 %	40 %	40 %	20 %	360037397
80	NC_016446	ATATC	2	10	128920	128929	40 %	40 %	0 %	20 %	360037399
81	NC_016446	TGGGT	2	10	129934	129943	0 %	40 %	60 %	0 %	360037401
82	NC_016446	TAAGT	2	10	131199	131208	40 %	40 %	20 %	0 %	360037402
83	NC_016446	TTCAG	2	10	135116	135125	20 %	40 %	20 %	20 %	360037409
84	NC_016446	CTCAT	2	10	137501	137510	20 %	40 %	0 %	40 %	360037414
85	NC_016446	AAACA	2	10	138374	138383	80 %	0 %	0 %	20 %	360037414
86	NC_016446	TGTGC	2	10	139785	139794	0 %	40 %	40 %	20 %	360037414
87	NC_016446	ATCGC	2	10	141769	141778	20 %	20 %	20 %	40 %	360037415
88	NC_016446	GTGTG	2	10	142223	142232	0 %	40 %	60 %	0 %	360037415
89	NC_016446	AACGT	2	10	142675	142684	40 %	20 %	20 %	20 %	360037415
90	NC_016446	TACTG	2	10	144580	144589	20 %	40 %	20 %	20 %	360037417
91	NC_016446	GCAGA	2	10	144599	144608	40 %	0 %	40 %	20 %	360037417
92	NC_016446	CAGCG	2	10	147957	147966	20 %	0 %	40 %	40 %	360037421
93	NC_016446	GATGT	2	10	149653	149662	20 %	40 %	40 %	0 %	360037422
94	NC_016446	CTAGG	2	10	149903	149912	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016446	AGGCA	2	10	150987	150996	40 %	0 %	40 %	20 %	360037424
96	NC_016446	TCGGG	2	10	159238	159247	0 %	20 %	60 %	20 %	360037428
97	NC_016446	CAATT	2	10	159885	159894	40 %	40 %	0 %	20 %	360037428
98	NC_016446	CTTTA	2	10	160016	160025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016446	CAAAG	2	10	160407	160416	60 %	0 %	20 %	20 %	360037429
100	NC_016446	AAAAC	2	10	161340	161349	80 %	0 %	0 %	20 %	360037429
101	NC_016446	GGCTT	2	10	168505	168514	0 %	40 %	40 %	20 %	360037433
102	NC_016446	GTGAG	2	10	168909	168918	20 %	20 %	60 %	0 %	360037433
103	NC_016446	GCTTG	2	10	170886	170895	0 %	40 %	40 %	20 %	360037434
104	NC_016446	TTCGA	2	10	170931	170940	20 %	40 %	20 %	20 %	360037434
105	NC_016446	TAAAA	2	10	171715	171724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016446	ATCTC	2	10	176243	176252	20 %	40 %	0 %	40 %	360037441
107	NC_016446	CGCAG	2	10	176742	176751	20 %	0 %	40 %	40 %	360037442
108	NC_016446	TGACT	2	10	176840	176849	20 %	40 %	20 %	20 %	360037442
109	NC_016446	ATCAC	2	10	177432	177441	40 %	20 %	0 %	40 %	360037443
110	NC_016446	CTTGG	2	10	177469	177478	0 %	40 %	40 %	20 %	360037443
111	NC_016446	CTGAA	2	10	178036	178045	40 %	20 %	20 %	20 %	360037443
112	NC_016446	ATAGG	2	10	178802	178811	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016446	AAAGC	2	10	179018	179027	60 %	0 %	20 %	20 %	360037445
114	NC_016446	CTGCG	2	10	181211	181220	0 %	20 %	40 %	40 %	360037447
115	NC_016446	CGCGG	2	10	181572	181581	0 %	0 %	60 %	40 %	360037447
116	NC_016446	TAGGA	2	10	182489	182498	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016446	GCGCA	2	10	182705	182714	20 %	0 %	40 %	40 %	360037448
118	NC_016446	GGTGA	2	10	183407	183416	20 %	20 %	60 %	0 %	360037448
119	NC_016446	TGCCG	2	10	183844	183853	0 %	20 %	40 %	40 %	360037448
120	NC_016446	GATGT	2	10	185445	185454	20 %	40 %	40 %	0 %	360037449
121	NC_016446	GATTC	2	10	185463	185472	20 %	40 %	20 %	20 %	360037449
122	NC_016446	ACCTT	2	10	186468	186477	20 %	40 %	0 %	40 %	360037451
123	NC_016446	ACCAA	2	10	187401	187410	60 %	0 %	0 %	40 %	360037452
124	NC_016446	CAAAC	2	10	188741	188750	60 %	0 %	0 %	40 %	360037454
125	NC_016446	GCAAA	2	10	189145	189154	60 %	0 %	20 %	20 %	360037454
126	NC_016446	TACGT	2	10	189299	189308	20 %	40 %	20 %	20 %	360037454
127	NC_016446	AAATC	2	10	190578	190587	60 %	20 %	0 %	20 %	360037454
128	NC_016446	TGGTT	2	10	193638	193647	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016446	TTTTC	2	10	195377	195386	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016446	ATTGA	2	10	197053	197062	40 %	40 %	20 %	0 %	360037459
131	NC_016446	GGGCG	2	10	197633	197642	0 %	0 %	80 %	20 %	360037460
132	NC_016446	CCGTT	2	10	197999	198008	0 %	40 %	20 %	40 %	360037460
133	NC_016446	CCCAG	2	10	204252	204261	20 %	0 %	20 %	60 %	360037466
134	NC_016446	AGCTG	2	10	205579	205588	20 %	20 %	40 %	20 %	360037467
135	NC_016446	AATTA	2	10	208423	208432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016446	ACTTT	2	10	211085	211094	20 %	60 %	0 %	20 %	360037474
137	NC_016446	CTGGT	2	10	212888	212897	0 %	40 %	40 %	20 %	360037475
138	NC_016446	AACTC	2	10	213356	213365	40 %	20 %	0 %	40 %	360037475
139	NC_016446	CAACC	2	10	215813	215822	40 %	0 %	0 %	60 %	360037477
140	NC_016446	CAAAT	2	10	216427	216436	60 %	20 %	0 %	20 %	360037477
141	NC_016446	AAACC	2	10	216941	216950	60 %	0 %	0 %	40 %	360037477
142	NC_016446	GCATT	2	10	217961	217970	20 %	40 %	20 %	20 %	360037478
143	NC_016446	CGCAC	2	10	217984	217993	20 %	0 %	20 %	60 %	360037478
144	NC_016446	TGGCT	2	10	219930	219939	0 %	40 %	40 %	20 %	360037480
145	NC_016446	AAGCA	2	10	220763	220772	60 %	0 %	20 %	20 %	360037481
146	NC_016446	TTGCC	2	10	220824	220833	0 %	40 %	20 %	40 %	360037481
147	NC_016446	ACTAA	2	10	221994	222003	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_016446	GCCGT	2	10	222157	222166	0 %	20 %	40 %	40 %	360037483
149	NC_016446	TGCTT	2	10	222284	222293	0 %	60 %	20 %	20 %	360037483
150	NC_016446	AGCGC	2	10	224812	224821	20 %	0 %	40 %	40 %	360037486
151	NC_016446	TGGTG	2	10	225476	225485	0 %	40 %	60 %	0 %	360037488
152	NC_016446	CCAAG	2	10	227064	227073	40 %	0 %	20 %	40 %	360037489
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154	NC_016446	ATAGT	2	10	231056	231065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_016446	CACAC	2	10	232392	232401	40 %	0 %	0 %	60 %	360037493
156	NC_016446	TCAGT	2	10	233316	233325	20 %	40 %	20 %	20 %	360037495
157	NC_016446	TTATT	2	10	234352	234361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_016446	GGTTG	2	10	235070	235079	0 %	40 %	60 %	0 %	360037496
159	NC_016446	CAAAT	2	10	239703	239712	60 %	20 %	0 %	20 %	360037500
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161	NC_016446	TACCC	2	10	241830	241839	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
162	NC_016446	CGATG	2	10	242524	242533	20 %	20 %	40 %	20 %	360037502
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164	NC_016446	ACCTT	2	10	243466	243475	20 %	40 %	0 %	40 %	360037503
165	NC_016446	GGGCT	2	10	244061	244070	0 %	20 %	60 %	20 %	360037503
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168	NC_016446	AGTGT	2	10	246701	246710	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
169	NC_016446	TTCAA	2	10	247936	247945	40 %	40 %	0 %	20 %	360037509
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177	NC_016446	TTGGG	2	10	259527	259536	0 %	40 %	60 %	0 %	360037521
178	NC_016446	CATCG	2	10	259760	259769	20 %	20 %	20 %	40 %	360037521
179	NC_016446	CGCAG	2	10	260283	260292	20 %	0 %	40 %	40 %	360037521
180	NC_016446	CGATT	2	10	260805	260814	20 %	40 %	20 %	20 %	360037522
181	NC_016446	TTCCC	2	10	262146	262155	0 %	40 %	0 %	60 %	360037522
182	NC_016446	ATTGG	2	10	263555	263564	20 %	40 %	40 %	0 %	360037523
183	NC_016446	CAAGA	2	10	264239	264248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
184	NC_016446	AGAGC	2	10	264349	264358	40 %	0 %	40 %	20 %	360037524
185	NC_016446	ACTTT	2	10	265731	265740	20 %	60 %	0 %	20 %	360037524
186	NC_016446	TTTGG	2	10	266032	266041	0 %	60 %	40 %	0 %	360037524
187	NC_016446	GCACA	2	10	267949	267958	40 %	0 %	20 %	40 %	360037526
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189	NC_016446	GCGCT	2	10	274383	274392	0 %	20 %	40 %	40 %	360037535
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191	NC_016446	TTCAT	2	10	278684	278693	20 %	60 %	0 %	20 %	360037539
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194	NC_016446	GCAGC	2	10	284486	284495	20 %	0 %	40 %	40 %	360037546
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197	NC_016446	AAAGA	2	10	286799	286808	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_016446	GAAAA	2	10	286813	286822	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_016446	CAAAC	2	10	286997	287006	60 %	0 %	0 %	40 %	360037549
200	NC_016446	CAGCG	2	10	288454	288463	20 %	0 %	40 %	40 %	360037550
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202	NC_016446	CATCC	2	10	293273	293282	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
203	NC_016446	CCTTT	2	10	294724	294733	0 %	60 %	0 %	40 %	360037554
204	NC_016446	CATTG	2	10	297358	297367	20 %	40 %	20 %	20 %	360037556
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207	NC_016446	CTTTT	2	10	302677	302686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
208	NC_016446	AATCC	2	10	303311	303320	40 %	20 %	0 %	40 %	360037562
209	NC_016446	AATTG	2	10	308587	308596	40 %	40 %	20 %	0 %	360037567
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211	NC_016446	GCGCT	2	10	310996	311005	0 %	20 %	40 %	40 %	360037570
212	NC_016446	AAGCG	2	10	312514	312523	40 %	0 %	40 %	20 %	360037571
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216	NC_016446	GCTGA	2	10	315711	315720	20 %	20 %	40 %	20 %	360037574
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239	NC_016446	ACTCA	2	10	359111	359120	40 %	20 %	0 %	40 %	360037612
240	NC_016446	CAACC	2	10	359667	359676	40 %	0 %	0 %	60 %	360037613
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248	NC_016446	GCACC	2	10	369999	370008	20 %	0 %	20 %	60 %	360037623
249	NC_016446	AGGTT	2	10	373965	373974	20 %	40 %	40 %	0 %	360037626
250	NC_016446	GCAGT	2	10	376506	376515	20 %	20 %	40 %	20 %	360037628
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252	NC_016446	TGTTT	2	10	380652	380661	0 %	80 %	20 %	0 %	360037633
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258	NC_016446	CCGTA	2	10	389349	389358	20 %	20 %	20 %	40 %	360037643
259	NC_016446	GCGTA	2	10	389985	389994	20 %	20 %	40 %	20 %	360037643
260	NC_016446	ATCCC	2	10	390472	390481	20 %	20 %	0 %	60 %	360037644
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263	NC_016446	GCACG	2	10	395197	395206	20 %	0 %	40 %	40 %	360037649
264	NC_016446	ACAGC	2	10	396739	396748	40 %	0 %	20 %	40 %	360037650
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