MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 1

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016445	CATTAT	2	12	45438	45449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016445	TAAACC	2	12	168247	168258	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016445	TGAAAT	2	12	244231	244242	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016445	TCCTTG	2	12	315833	315844	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016445	TTTAAA	2	12	330520	330531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016445	TCCTCA	2	12	347930	347941	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_016445	ATTTTT	2	12	413913	413924	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016445	CCAGTG	2	12	441184	441195	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016445	TATCCT	2	12	455310	455321	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_016445	TAATAC	2	12	455473	455484	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016445	AAAGAG	2	12	470377	470388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016445	TTATTT	2	12	475894	475905	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016445	AGCCTA	2	12	485683	485694	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_016445	ATTTAT	2	12	514594	514605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016445	AGTGTG	2	12	598304	598315	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016445	AAAGGA	2	12	613277	613288	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016445	TGCAAT	2	12	689397	689408	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016445	TTAGAT	2	12	752390	752401	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016445	TGCCTA	2	12	809980	809991	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016445	AACGCT	2	12	839264	839275	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016445	GTTTAC	2	12	894357	894368	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016445	GCAGCG	2	12	895456	895467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016445	TTCAAG	2	12	918769	918780	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016445	CTCTGG	2	12	1055131	1055142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016445	GTTAAG	2	12	1228610	1228621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016445	GCGCTA	2	12	1343296	1343307	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016445	ATAAAA	2	12	1438774	1438785	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016445	GATCAA	2	12	1476357	1476368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016445	GGGATT	2	12	1519393	1519404	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016445	AACGAA	2	12	1519448	1519459	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016445	TGAAAC	2	12	1522555	1522566	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016445	TACCTA	2	12	1555706	1555717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016445	CAAGCT	2	12	1560623	1560634	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016445	CGGCAT	2	12	1563038	1563049	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_016445	AATTCC	2	12	1569634	1569645	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016445	AAAGAG	2	12	1595714	1595725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016445	TAAATG	2	12	1630676	1630687	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016445	ACCCAA	2	12	1636054	1636065	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_016445	AATTGA	2	12	1645439	1645450	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016445	TATTAA	2	12	1707691	1707702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016445	TTACAT	2	12	1707864	1707875	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016445	CAAAAG	2	12	1725871	1725882	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016445	TCACCT	2	12	1742702	1742713	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_016445	TAGCCA	2	12	1773122	1773133	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016445	CATCTC	2	12	1819146	1819157	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_016445	AAAAAG	2	12	1836539	1836550	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016445	GGCTTT	2	12	1836682	1836693	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016445	AAGGTT	2	12	1838289	1838300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016445	CCCTGC	2	12	1904089	1904100	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_016445	GGTAAT	2	12	1992582	1992593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016445	ATTTTT	2	12	1993992	1994003	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016445	AGCTCT	2	12	2064447	2064458	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016445	GCCTCC	2	12	2088287	2088298	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_016445	CACCAA	2	12	2122329	2122340	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_016445	ACACAA	2	12	2141955	2141966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016445	ATTTCA	2	12	2147524	2147535	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016445	AATATG	2	12	2153437	2153448	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016445	TTTTGA	2	12	2154290	2154301	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016445	TAACAA	2	12	2182039	2182050	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016445	GGTTCA	2	12	2192594	2192605	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016445	TTGCAG	2	12	2217828	2217839	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016445	TTTCGC	2	12	2220509	2220520	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016445	TGAAAT	2	12	2265461	2265472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016445	ATTCAG	2	12	2324302	2324313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016445	CAAAGG	2	12	2325758	2325769	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016445	ATTTCA	2	12	2399183	2399194	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016445	CATTAG	2	12	2405085	2405096	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016445	GAGCGA	2	12	2451508	2451519	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016445	ATTTCA	2	12	2496419	2496430	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016445	CTCTTT	2	12	2530976	2530987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016445	TACTCT	2	12	2533273	2533284	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016445	TTTTGA	2	12	2547009	2547020	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016445	GGCGTC	2	12	2549495	2549506	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016445	TGAAAT	2	12	2580571	2580582	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016445	TACCGC	2	12	2600448	2600459	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_016445	ATTTTT	2	12	2603719	2603730	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016445	CTTTGT	2	12	2655208	2655219	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016445	CTATGT	2	12	2709144	2709155	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016445	TGAAAT	2	12	2752193	2752204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016445	TGTCTT	2	12	2753585	2753596	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016445	GCTTTT	2	12	2763718	2763729	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016445	TCAAAA	2	12	2780238	2780249	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016445	CTTTTT	2	12	2785026	2785037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016445	TAAGGT	2	12	2786123	2786134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016445	TGGCGT	2	12	2819567	2819578	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016445	TGAAAT	2	12	2829975	2829986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016445	TTTATT	2	12	2878617	2878628	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016445	CCTTAT	2	12	2884169	2884180	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016445	ACGTGA	2	12	2884245	2884256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016445	TCACTG	2	12	2886187	2886198	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016445	CTATGC	2	12	2887500	2887511	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_016445	TTTCCC	2	12	2905751	2905762	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_016445	ACTTTG	2	12	2934799	2934810	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016445	TTGGTT	2	12	2947074	2947085	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016445	TTTTTG	2	12	2949675	2949686	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016445	GTCATA	2	12	2953088	2953099	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016445	TTTAGT	2	12	3002697	3002708	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016445	TAAATT	2	12	3014064	3014075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016445	TGATGG	2	12	3027590	3027601	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.