MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Blattabacterium sp. (Mastotermes darwiniensis) str. MADAR chromosome

Total Repeats: 356

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016146	AAAGGA	2	12	2918	2929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357420710
2	NC_016146	AAATAA	2	12	3255	3266	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420710
3	NC_016146	TAGAAA	2	12	4339	4350	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420711
4	NC_016146	GAATTG	2	12	8096	8107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357420714
5	NC_016146	AATAGG	2	12	8241	8252	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420714
6	NC_016146	AGATGC	2	12	8334	8345	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	357420714
7	NC_016146	GGATTT	2	12	9440	9451	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	357420715
8	NC_016146	TATTCT	2	12	9838	9849	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420715
9	NC_016146	CCAAAA	2	12	12893	12904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	357420717
10	NC_016146	TACAGC	2	12	13006	13017	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357420717
11	NC_016146	TATTTT	2	12	15821	15832	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	357420720
12	NC_016146	TTAAAA	2	12	17956	17967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357420722
13	NC_016146	TATGGA	2	12	18945	18956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357420723
14	NC_016146	ATTCTA	2	12	19339	19350	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420723
15	NC_016146	AAAAAT	2	12	21373	21384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420724
16	NC_016146	ATTTTG	2	12	21771	21782	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	357420725
17	NC_016146	AAAGAA	2	12	22981	22992	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420726
18	NC_016146	AAAATA	2	12	24642	24653	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420727
19	NC_016146	TTTCCA	2	12	25483	25494	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420728
20	NC_016146	AAAATA	2	12	25597	25608	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420728
21	NC_016146	GAAAAA	2	12	28163	28174	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420731
22	NC_016146	AATAAA	2	12	28421	28432	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420731
23	NC_016146	ACTAAA	2	12	30500	30511	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	357420732
24	NC_016146	ACAAAA	2	12	31598	31609	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	357420733
25	NC_016146	TTTAAT	2	12	35579	35590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357420736
26	NC_016146	ACTTTT	2	12	37504	37515	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420738
27	NC_016146	AAAGAA	2	12	38699	38710	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420739
28	NC_016146	AAAAGT	2	12	39506	39517	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420740
29	NC_016146	ATTCCT	2	12	40305	40316	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420741
30	NC_016146	ATTTTA	2	12	42940	42951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357420742
31	NC_016146	GAATTA	2	12	44383	44394	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420743
32	NC_016146	AAATAT	2	12	44541	44552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357420744
33	NC_016146	AATTGG	2	12	47615	47626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357420745
34	NC_016146	ATAAAA	2	12	49792	49803	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420745
35	NC_016146	GAAAAA	2	12	50690	50701	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420746
36	NC_016146	GCTATA	2	12	51360	51371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357420747
37	NC_016146	CCAAAT	2	12	51517	51528	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	357420747
38	NC_016146	TAAAAA	2	12	51595	51606	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420747
39	NC_016146	ATTTTT	2	12	53841	53852	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	357420750
40	NC_016146	TCTTTT	2	12	54643	54654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357420750
41	NC_016146	GCTTTA	2	12	58161	58172	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357420753
42	NC_016146	TAATTT	2	12	58177	58188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357420753
43	NC_016146	AGCAAT	2	12	58352	58363	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	357420753
44	NC_016146	TTTTAC	2	12	58520	58531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420753
45	NC_016146	TCTATT	2	12	59746	59757	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420755
46	NC_016146	GTTCCT	2	12	59795	59806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	357420755
47	NC_016146	TCTAAT	2	12	60343	60354	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420755
48	NC_016146	TGAATA	2	12	61456	61467	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420756
49	NC_016146	GATTAT	2	12	62317	62328	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	357420757
50	NC_016146	TGAATT	2	12	63705	63716	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	357420759
51	NC_016146	ATAGGA	2	12	66444	66455	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420762
52	NC_016146	TTTATT	2	12	68279	68290	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	357420763
53	NC_016146	CAATAA	2	12	68720	68731	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	357420763
54	NC_016146	AACCCT	2	12	72336	72347	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	357420765
55	NC_016146	TTTCCT	2	12	72951	72962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357420766
56	NC_016146	AAATTA	2	12	78975	78986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357420769
57	NC_016146	TTCTTT	2	12	80373	80384	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357420770
58	NC_016146	TAAATA	2	12	83958	83969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357420775
59	NC_016146	ATAAAA	2	12	95374	95385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420786
60	NC_016146	ATTGGA	2	12	96333	96344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357420786
61	NC_016146	TTTCTT	2	12	96847	96858	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357420787
62	NC_016146	CATGTA	2	12	96880	96891	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357420787
63	NC_016146	CATAAT	2	12	98020	98031	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	357420788
64	NC_016146	CAATAT	2	12	101228	101239	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	357420790
65	NC_016146	GTAATT	2	12	102105	102116	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	357420791
66	NC_016146	GAAAAA	2	12	102448	102459	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420791
67	NC_016146	TACATT	2	12	103569	103580	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420793
68	NC_016146	AGAATA	2	12	105708	105719	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420794
69	NC_016146	TTATTT	2	12	108397	108408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	357420797
70	NC_016146	AATAGG	2	12	108608	108619	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420797
71	NC_016146	AAAATT	2	12	110250	110261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357420797
72	NC_016146	AGTATA	2	12	110900	110911	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420798
73	NC_016146	AGGAAA	2	12	112126	112137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357420800
74	NC_016146	AAAAAT	2	12	113082	113093	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420801
75	NC_016146	GGAATA	2	12	113269	113280	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420801
76	NC_016146	AGAAAA	2	12	115541	115552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420804
77	NC_016146	AAAAAT	2	12	115661	115672	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420804
78	NC_016146	ATTAAT	2	12	116265	116276	50 %	50 %	0 %	0 %	357420805
79	NC_016146	CTATTC	2	12	116720	116731	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420805
80	NC_016146	TCCTTC	2	12	116968	116979	0 %	50 %	0 %	50 %	357420806
81	NC_016146	TAACAA	2	12	117095	117106	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	357420806
82	NC_016146	TATCTT	2	12	117557	117568	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420806
83	NC_016146	TTCTAT	2	12	119180	119191	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420809
84	NC_016146	ATTGAA	2	12	120755	120766	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420810
85	NC_016146	AGATTT	2	12	121993	122004	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	357420811
86	NC_016146	AAAATG	2	12	129496	129507	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420817
87	NC_016146	ATAAGG	2	12	129543	129554	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420817
88	NC_016146	CATAGC	2	12	130252	130263	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357420817
89	NC_016146	TTTCAT	2	12	133723	133734	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420819
90	NC_016146	AAAAAT	2	12	139747	139758	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420826
91	NC_016146	TCTATA	2	12	141477	141488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420827
92	NC_016146	TTAGAA	2	12	141792	141803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420827
93	NC_016146	CTTTTA	2	12	144165	144176	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420830
94	NC_016146	TGTACG	2	12	144437	144448	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	357420831
95	NC_016146	TCTATA	2	12	146666	146677	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420834
96	NC_016146	TTTTAA	2	12	146706	146717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357420834
97	NC_016146	ATAAAA	2	12	147635	147646	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420834
98	NC_016146	ATGGCT	2	12	147734	147745	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	357420834
99	NC_016146	TAATTC	2	12	151357	151368	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420839
100	NC_016146	ATTCTA	2	12	154875	154886	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	357420843
101	NC_016146	TAACCA	2	12	155184	155195	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	357420844
102	NC_016146	ATCCTT	2	12	155839	155850	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420844
103	NC_016146	ATATCC	2	12	156610	156621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357420844
104	NC_016146	TTCCCA	2	12	158604	158615	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	357420847
105	NC_016146	TTTCCA	2	12	160288	160299	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420849
106	NC_016146	CTATTC	2	12	162674	162685	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	357420851
107	NC_016146	AAAATA	2	12	163306	163317	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420852
108	NC_016146	ATGAAT	2	12	164751	164762	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	357420853
109	NC_016146	TAGAAA	2	12	165835	165846	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420854
110	NC_016146	GAATAG	2	12	165907	165918	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357420854
111	NC_016146	TTCTAT	2	12	170815	170826	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420861
112	NC_016146	ATTATA	2	12	171054	171065	50 %	50 %	0 %	0 %	357420861
113	NC_016146	ATTTCT	2	12	171695	171706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357420862
114	NC_016146	TTTATT	2	12	172288	172299	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	357420862
115	NC_016146	GCTTTA	2	12	173660	173671	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357420863
116	NC_016146	GAAAAT	2	12	176953	176964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420867
117	NC_016146	TAAAAA	2	12	179247	179258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	357420869
118	NC_016146	AGAAAA	2	12	180391	180402	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	357420870
119	NC_016146	GAATAA	2	12	180459	180470	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	357420870
120	NC_016146	TTTGAT	2	12	181368	181379	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	357420871
121	NC_016146	TTTTCT	2	12	181881	181892	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357420872
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352	NC_016146	AAATCA	2	12	582789	582800	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	357421242
353	NC_016146	TCTATT	2	12	583389	583400	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357421242
354	NC_016146	TTCTTA	2	12	584798	584809	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357421243
355	NC_016146	CACAAT	2	12	584842	584853	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	357421243
356	NC_016146	ATTTCT	2	12	586194	586205	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	357421245

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.