MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Blattabacterium sp. (Mastotermes darwiniensis) str. MADAR chromosome

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016146	TATT	2	8	7211	7218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016146	TCAT	2	8	10726	10733	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_016146	TTTA	2	8	10787	10794	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016146	ATAA	2	8	10832	10839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016146	TAAA	2	8	10929	10936	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016146	ACAA	2	8	16515	16522	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_016146	TAAT	2	8	18676	18683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016146	TTTA	2	8	24156	24163	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016146	ATAA	2	8	24200	24207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016146	AAAC	2	8	24293	24300	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016146	TTTA	2	8	33359	33366	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016146	TAAA	2	8	34389	34396	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016146	ATGA	2	8	35437	35444	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016146	TACA	2	8	37353	37360	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016146	TTTC	2	8	37619	37626	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_016146	TGAA	2	8	61870	61877	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016146	TTTG	2	8	69082	69089	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016146	CATT	2	8	69127	69134	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016146	TTCT	2	8	69408	69415	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_016146	AATA	2	8	69454	69461	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016146	AACA	2	8	69646	69653	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_016146	TCTT	2	8	72476	72483	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_016146	ATGA	2	8	74955	74962	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016146	CCAT	2	8	74996	75003	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016146	TTTG	2	8	75015	75022	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016146	TGAA	2	8	83503	83510	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016146	GAAG	2	8	83525	83532	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016146	TTTC	2	8	94848	94855	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_016146	ATTT	2	8	98042	98049	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016146	GGAA	2	8	100188	100195	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016146	AATA	2	8	100260	100267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016146	ATCG	2	8	105324	105331	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_016146	AGAT	2	8	105336	105343	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016146	ATTA	2	8	108128	108135	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016146	TCAA	2	8	113648	113655	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_016146	TAAA	2	8	113703	113710	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016146	TTGA	2	8	113726	113733	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016146	ATAA	2	8	114138	114145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016146	TAAA	2	8	114783	114790	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016146	CTTT	2	8	115897	115904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016146	TTTA	2	8	115915	115922	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016146	AACC	2	8	117827	117834	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016146	TTTA	2	8	135064	135071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016146	ATTT	2	8	138844	138851	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016146	TAAT	2	8	144384	144391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016146	GTAA	2	8	148511	148518	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016146	ATAA	2	8	155000	155007	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016146	TATC	2	8	157678	157685	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_016146	AATG	2	8	158405	158412	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016146	ATTT	2	8	160177	160184	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016146	ATTC	2	8	162157	162164	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_016146	ATGA	2	8	188946	188953	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016146	AAAT	2	8	192815	192822	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016146	TTTC	2	8	195626	195633	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_016146	TTTC	2	8	195659	195666	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_016146	TATT	2	8	196155	196162	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016146	AATT	2	8	212385	212392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016146	TATT	2	8	229687	229694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016146	ATCA	2	8	229722	229729	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_016146	CTTT	2	8	230787	230794	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_016146	AAAT	2	8	230952	230959	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016146	TCAA	2	8	231006	231013	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_016146	TCTT	2	8	243484	243491	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_016146	AGTA	2	8	244182	244189	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016146	TTTA	2	8	248150	248157	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016146	TTTA	2	8	251723	251730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016146	AATT	2	8	251731	251738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016146	AAAG	2	8	254702	254709	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016146	CTTT	2	8	254871	254878	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016146	GAAA	2	8	260658	260665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016146	GATA	2	8	260685	260692	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016146	TTAA	2	8	265670	265677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016146	ATTT	2	8	267529	267536	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016146	AAAT	2	8	279212	279219	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016146	AGTC	2	8	302721	302728	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_016146	ATGT	2	8	312279	312286	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016146	TTAT	2	8	316610	316617	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016146	TATT	2	8	318647	318654	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016146	GTAT	2	8	318852	318859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016146	AGCA	2	8	319031	319038	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016146	TATT	2	8	319066	319073	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016146	AGAA	2	8	319216	319223	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016146	CAAG	2	8	320054	320061	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016146	TCTT	2	8	320101	320108	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_016146	ATAG	2	8	320653	320660	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016146	TTAA	2	8	321164	321171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016146	AAGG	2	8	321526	321533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016146	AGTA	2	8	321838	321845	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016146	CTGT	2	8	322186	322193	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_016146	TTGT	2	8	322205	322212	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016146	TGAT	2	8	322925	322932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016146	TCGC	2	8	323028	323035	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_016146	CTTA	2	8	323259	323266	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_016146	TCTT	3	12	323273	323284	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_016146	TATG	2	8	323286	323293	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016146	AACT	2	8	324806	324813	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_016146	AGGT	2	8	324923	324930	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016146	AAAC	2	8	325225	325232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_016146	ATTA	2	8	329849	329856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016146	CAAC	2	8	331603	331610	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016146	ATAA	2	8	332275	332282	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016146	TCTA	2	8	337969	337976	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_016146	ATTT	2	8	337989	337996	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016146	TCAA	2	8	348022	348029	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_016146	ACAA	2	8	367562	367569	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_016146	ATTT	2	8	390953	390960	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016146	AAAT	2	8	397178	397185	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016146	ATTT	2	8	398650	398657	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016146	ATAA	2	8	401707	401714	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016146	TTTA	2	8	401998	402005	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016146	ATGA	2	8	406377	406384	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016146	TAAA	2	8	409414	409421	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016146	TATT	2	8	412207	412214	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016146	ATTA	2	8	413980	413987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016146	TAAA	2	8	440394	440401	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016146	TTTA	2	8	448415	448422	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016146	AATA	2	8	448429	448436	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016146	AATT	2	8	450559	450566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016146	ATTT	2	8	462012	462019	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016146	GATG	2	8	462067	462074	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016146	ATGA	2	8	462100	462107	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016146	CTTT	3	12	462219	462230	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_016146	CCTC	2	8	464881	464888	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_016146	AAAT	2	8	464916	464923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016146	TCCA	2	8	465030	465037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_016146	TCTT	2	8	465146	465153	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_016146	CCAA	2	8	465154	465161	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016146	GTTT	2	8	465325	465332	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016146	AAGA	2	8	476276	476283	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016146	AAAT	2	8	477252	477259	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016146	TTTA	2	8	477441	477448	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016146	ATCT	2	8	479331	479338	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_016146	ATTT	2	8	481451	481458	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016146	CAAA	2	8	481485	481492	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016146	ATTT	2	8	482524	482531	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016146	TATT	2	8	482534	482541	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016146	TATT	2	8	502026	502033	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016146	ATAA	2	8	503867	503874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016146	AAAC	2	8	506055	506062	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_016146	ATTT	2	8	516154	516161	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016146	TAAA	2	8	516231	516238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016146	TTCA	2	8	517382	517389	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_016146	GGTA	2	8	521743	521750	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016146	GTAG	2	8	521761	521768	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016146	ATGG	2	8	525495	525502	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016146	ATTT	2	8	526606	526613	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016146	TATT	2	8	526743	526750	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016146	TCTT	2	8	526894	526901	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_016146	ATAA	2	8	541132	541139	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016146	CAAA	2	8	541216	541223	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016146	GAAA	2	8	541224	541231	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016146	TAAA	2	8	541372	541379	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016146	AATT	2	8	546580	546587	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016146	TTCT	2	8	552539	552546	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_016146	ATAA	2	8	555944	555951	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_016146	TTGT	2	8	556190	556197	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
157	NC_016146	AACC	2	8	556265	556272	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_016146	TCAT	2	8	557308	557315	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_016146	ATAA	2	8	557637	557644	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_016146	CATT	2	8	569154	569161	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_016146	TAAT	2	8	570543	570550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_016146	GGGA	2	8	574608	574615	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.