MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methylomicrobium alcaliphilum chromosome

Total Repeats: 1592

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_016112	TATCGA	2	12	4402985	4402996	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407133
1502	NC_016112	CAAGGC	2	12	4404083	4404094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357407133
1503	NC_016112	GTTAAG	2	12	4405362	4405373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357407134
1504	NC_016112	TGGTTT	2	12	4406558	4406569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	357407136
1505	NC_016112	CCGATA	2	12	4411069	4411080	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407141
1506	NC_016112	GATTTC	2	12	4412336	4412347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357407142
1507	NC_016112	TTGATC	2	12	4412462	4412473	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357407142
1508	NC_016112	GCGTTC	2	12	4414941	4414952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	357407143
1509	NC_016112	GATTTT	2	12	4418137	4418148	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	357407144
1510	NC_016112	TACCTA	2	12	4419611	4419622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357407146
1511	NC_016112	CGCATG	2	12	4420556	4420567	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407147
1512	NC_016112	GGCATG	2	12	4421128	4421139	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	357407147
1513	NC_016112	GGCATG	2	12	4421632	4421643	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	357407147
1514	NC_016112	GGTATG	2	12	4421725	4421736	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	357407147
1515	NC_016112	CTTTTT	2	12	4422570	4422581	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357407148
1516	NC_016112	ATCGTA	2	12	4427429	4427440	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407154
1517	NC_016112	GGAAAA	2	12	4432103	4432114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357407159
1518	NC_016112	ATCGCA	3	18	4439475	4439492	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407166
1519	NC_016112	CGTTCG	2	12	4447711	4447722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	357407174
1520	NC_016112	GCATCG	2	12	4448101	4448112	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407174
1521	NC_016112	GAGCAA	2	12	4448244	4448255	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	357407174
1522	NC_016112	TGGCGC	2	12	4449862	4449873	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	357407175
1523	NC_016112	TCGGCG	2	12	4452592	4452603	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	357407177
1524	NC_016112	GCATGG	2	12	4453152	4453163	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	357407178
1525	NC_016112	ACTGGA	2	12	4453412	4453423	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	357407179
1526	NC_016112	TTTGAG	2	12	4458365	4458376	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	357407182
1527	NC_016112	GTTCAA	2	12	4458656	4458667	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407182
1528	NC_016112	ATCGAT	2	12	4460645	4460656	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407182
1529	NC_016112	GCGCTT	2	12	4469730	4469741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	357407187
1530	NC_016112	ATTAGC	2	12	4471057	4471068	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407188
1531	NC_016112	CATCAA	2	12	4481947	4481958	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	357407196
1532	NC_016112	CTCGAT	2	12	4484393	4484404	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	357407198
1533	NC_016112	ATGCCG	2	12	4496123	4496134	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407209
1534	NC_016112	CGTTCG	2	12	4496573	4496584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	357407209
1535	NC_016112	CGATTA	2	12	4499030	4499041	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407210
1536	NC_016112	AATCCG	2	12	4501412	4501423	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407213
1537	NC_016112	CCCCAA	2	12	4501686	4501697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	357407214
1538	NC_016112	AACCGG	2	12	4502905	4502916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357407215
1539	NC_016112	CGCCGA	2	12	4506644	4506655	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	357407220
1540	NC_016112	CTATCG	2	12	4514187	4514198	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	357407229
1541	NC_016112	ACCGAC	2	12	4517121	4517132	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	357407232
1542	NC_016112	AAGACG	2	12	4517527	4517538	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	357407232
1543	NC_016112	CGCTGA	2	12	4517629	4517640	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407232
1544	NC_016112	GCGCAC	2	12	4519472	4519483	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	357407233
1545	NC_016112	ATCAGC	2	12	4528685	4528696	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407247
1546	NC_016112	TTTTCT	2	12	4533031	4533042	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	357407253
1547	NC_016112	GACTTT	2	12	4533658	4533669	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357407253
1548	NC_016112	CAATTC	2	12	4535714	4535725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357407254
1549	NC_016112	ATTGAT	2	12	4537622	4537633	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	357407254
1550	NC_016112	CATAAG	2	12	4549370	4549381	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	357407262
1551	NC_016112	TAAAAC	2	12	4563241	4563252	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	357407277
1552	NC_016112	ATCAAT	2	12	4564296	4564307	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	357407277
1553	NC_016112	TAGTCA	2	12	4565847	4565858	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407278
1554	NC_016112	AATGCT	2	12	4569005	4569016	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407281
1555	NC_016112	CAATGA	2	12	4570036	4570047	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	357407281
1556	NC_016112	TTCCGT	2	12	4574543	4574554	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	357407287
1557	NC_016112	ATATCG	2	12	4574895	4574906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407287
1558	NC_016112	TCAACA	2	12	4575945	4575956	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	357407289
1559	NC_016112	GCAGGA	2	12	4578619	4578630	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	357407291
1560	NC_016112	GAAATC	2	12	4581687	4581698	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	357407293
1561	NC_016112	CGAGCG	2	12	4590193	4590204	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	357407298
1562	NC_016112	GCTGCC	2	12	4590836	4590847	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	357407298
1563	NC_016112	CGCTGC	2	12	4594210	4594221	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	357407301
1564	NC_016112	TTGGGC	2	12	4596069	4596080	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	357407303
1565	NC_016112	CGGCAG	2	12	4598656	4598667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	357407307
1566	NC_016112	ACTTCA	2	12	4599545	4599556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357407308
1567	NC_016112	TCGGTT	2	12	4599737	4599748	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	357407308
1568	NC_016112	GATTGG	2	12	4603667	4603678	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	357407313
1569	NC_016112	GATCGG	2	12	4603697	4603708	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	357407313
1570	NC_016112	TCGATA	2	12	4604233	4604244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407313
1571	NC_016112	GTCTTC	2	12	4606497	4606508	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	357407315
1572	NC_016112	TGCCGA	2	12	4608983	4608994	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407317
1573	NC_016112	ATTCGG	2	12	4609174	4609185	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	357407317
1574	NC_016112	GTGAAA	2	12	4611601	4611612	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357407319
1575	NC_016112	TGTCGG	2	12	4613101	4613112	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	357407320
1576	NC_016112	TTATCG	2	12	4613298	4613309	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	357407320
1577	NC_016112	GTTTCG	2	12	4616883	4616894	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	357407323
1578	NC_016112	GCTTCC	2	12	4619851	4619862	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	357407324
1579	NC_016112	CAACTT	2	12	4623176	4623187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357407326
1580	NC_016112	CAGCGC	2	12	4629289	4629300	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	357407330
1581	NC_016112	CGGAAC	2	12	4630196	4630207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357407331
1582	NC_016112	TATCGA	2	12	4632998	4633009	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	357407333
1583	NC_016112	GACTCA	2	12	4638312	4638323	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407339
1584	NC_016112	GCCGAT	2	12	4641239	4641250	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	357407341
1585	NC_016112	CCGTTC	2	12	4643022	4643033	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	357407343
1586	NC_016112	CCATGA	2	12	4643851	4643862	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	357407344
1587	NC_016112	TTTTTG	2	12	4656675	4656686	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	357407358
1588	NC_016112	CATTGC	2	12	4657671	4657682	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	357407360
1589	NC_016112	TGCGGT	2	12	4659393	4659404	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	357407362
1590	NC_016112	TTCGTG	2	12	4662855	4662866	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	357407366
1591	NC_016112	TGTCGC	2	12	4665023	4665034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	357407368
1592	NC_016112	CCTTAA	2	12	4668098	4668109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357407370

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.