MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia japonica YH

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016050	AGAAAA	2	12	14175	14186	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016050	AAAACA	2	12	18179	18190	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016050	AGAAAA	2	12	26829	26840	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016050	ACAAAT	2	12	27633	27644	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016050	TAAAGT	2	12	27803	27814	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016050	AATACA	2	12	37759	37770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016050	TTTTTG	2	12	38333	38344	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016050	AAGAAA	2	12	39262	39273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016050	TTTTAT	2	12	39521	39532	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016050	AAGAGT	2	12	42267	42278	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016050	ATATTA	2	12	45642	45653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016050	AAAGCT	2	12	45826	45837	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_016050	TACTAA	2	12	46030	46041	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016050	ATTAAT	2	12	46388	46399	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016050	ATACTG	2	12	46474	46485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016050	TTAAGG	2	12	46708	46719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016050	TTAAAG	2	12	48418	48429	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016050	AGTATT	2	12	52866	52877	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016050	TGGTGT	2	12	66728	66739	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016050	ATAAAA	2	12	70891	70902	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016050	ATTTAT	2	12	70924	70935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016050	TATAGT	2	12	77326	77337	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016050	GAAAGA	2	12	77407	77418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016050	TTTTAA	2	12	95384	95395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016050	TAAAAA	2	12	98636	98647	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016050	ACTAGT	2	12	120384	120395	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016050	TATTTT	2	12	133584	133595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016050	TCATTG	2	12	160734	160745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016050	CAATAT	2	12	166629	166640	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016050	TTTTAA	2	12	173402	173413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016050	TATTTA	2	12	213647	213658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016050	AAATGA	2	12	214957	214968	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016050	CACTAC	2	12	232135	232146	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_016050	AGCTTC	2	12	234022	234033	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_016050	TATTTT	2	12	258519	258530	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016050	CAATAT	2	12	258934	258945	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016050	CTTTAA	2	12	266845	266856	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016050	AAATAA	2	12	266991	267002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016050	AAAATG	2	12	267057	267068	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016050	TGCAGT	2	12	268310	268321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016050	ATTATA	2	12	269186	269197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016050	ATTGCA	2	12	279690	279701	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_016050	TCTTTT	2	12	285476	285487	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016050	TAAAAT	2	12	288363	288374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016050	CCTGAA	2	12	289980	289991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016050	GCCTTT	2	12	292354	292365	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016050	TATTGT	2	12	299003	299014	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016050	TCAATA	2	12	311717	311728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016050	ATCTTT	2	12	311793	311804	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016050	ATTAGA	2	12	312634	312645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016050	GATATA	2	12	313974	313985	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016050	AATATT	2	12	348170	348181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016050	GCTATA	2	12	371928	371939	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016050	ATTTAT	2	12	376544	376555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016050	TTCTAA	2	12	376601	376612	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016050	AAGATA	2	12	377828	377839	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016050	ATAAAA	2	12	378297	378308	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016050	CAGTTT	2	12	379273	379284	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016050	TTTTAC	2	12	380336	380347	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016050	ATATAA	2	12	383207	383218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016050	TATTGT	2	12	392642	392653	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016050	TAAAAT	2	12	394310	394321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016050	AAATTA	2	12	394333	394344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016050	AAATAA	2	12	411797	411808	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016050	TTCTAA	2	12	453098	453109	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016050	AATATC	2	12	491624	491635	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_016050	ATTTTG	2	12	494760	494771	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016050	TTGGCG	2	12	500280	500291	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016050	AAATTT	2	12	500328	500339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016050	TATTCC	2	12	511194	511205	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016050	ATCAGT	2	12	515109	515120	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016050	ATTTGA	2	12	515388	515399	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016050	AATTTA	2	12	516449	516460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016050	TCGGGA	2	12	520165	520176	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016050	ATACCG	2	12	524177	524188	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_016050	TTAATT	2	12	530152	530163	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016050	AATTTA	2	12	551737	551748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016050	ATAGCA	2	12	554885	554896	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016050	TAGTTT	2	12	555116	555127	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016050	TATTAA	2	12	558559	558570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016050	TAGTAT	2	12	567523	567534	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016050	ACTTGT	2	12	567867	567878	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016050	TATATT	2	12	568651	568662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016050	CATATT	2	12	569182	569193	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016050	TGCTTG	2	12	569308	569319	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016050	TATCAA	2	12	569608	569619	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016050	CAAAAA	2	12	575216	575227	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016050	AATATA	2	12	589295	589306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016050	GATTTT	2	12	603402	603413	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016050	GCTTGT	2	12	603626	603637	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016050	ACAAAA	2	12	612637	612648	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016050	GTTAGC	2	12	618660	618671	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016050	AAAGCT	2	12	634655	634666	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016050	TGCTTC	2	12	677134	677145	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016050	TAAAAC	2	12	678051	678062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016050	ATATAA	2	12	679409	679420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016050	TGAAAA	2	12	705325	705336	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016050	GCTTAC	2	12	708703	708714	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016050	TGATGG	2	12	709772	709783	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016050	TACAAA	2	12	717397	717408	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016050	ATTATA	2	12	719546	719557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016050	CTATTT	2	12	734666	734677	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016050	ATACCG	2	12	751451	751462	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016050	GTAAAA	2	12	754679	754690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016050	AAGTAA	2	12	767006	767017	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016050	ACTATT	2	12	783067	783078	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016050	ATCGAT	2	12	824512	824523	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016050	AATCAA	2	12	826488	826499	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_016050	AAAGTA	2	12	831012	831023	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016050	GCCTAT	2	12	854125	854136	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016050	GAGTAA	2	12	858685	858696	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016050	TTTGAA	2	12	860792	860803	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016050	CATGGC	2	12	865491	865502	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016050	GTATTT	2	12	879034	879045	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016050	TAGATA	2	12	889219	889230	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016050	TGATGT	2	12	900233	900244	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016050	ATACTA	2	12	909838	909849	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016050	TTTAAA	2	12	919529	919540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016050	TTAATT	2	12	922701	922712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016050	GAGCAA	2	12	924902	924913	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016050	GGTTTA	2	12	925547	925558	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016050	TTTTAA	2	12	925850	925861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016050	TTTTAT	2	12	936780	936791	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016050	ACTTCC	2	12	938794	938805	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_016050	CTATAA	2	12	939578	939589	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016050	AAATTT	2	12	959060	959071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016050	TTTATC	2	12	960968	960979	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_016050	ACAAAA	2	12	966425	966436	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016050	TTTTTA	2	12	974239	974250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016050	TGCTCT	2	12	980705	980716	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_016050	TTAAAT	2	12	995177	995188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016050	ATTAGG	2	12	1000663	1000674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016050	AATTAT	2	12	1003518	1003529	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016050	CATTGT	2	12	1005263	1005274	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_016050	CATATT	2	12	1010277	1010288	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_016050	AATTTA	2	12	1024667	1024678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016050	GTTTTT	2	12	1041917	1041928	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016050	TTAATA	2	12	1043498	1043509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016050	CAAGAA	2	12	1043600	1043611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_016050	TACACC	2	12	1046968	1046979	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_016050	CTTTAT	2	12	1047063	1047074	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_016050	ATTTAA	2	12	1055683	1055694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016050	TTAAAT	2	12	1055705	1055716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016050	TTATAT	2	12	1055912	1055923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016050	TTAGTT	2	12	1057580	1057591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_016050	TTGCTG	2	12	1258077	1258088	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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162	NC_016050	ATAAAA	2	12	1267254	1267265	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.