MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia japonica YH

Total Repeats: 410

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016050	AAAGTA	2	12	1075	1086	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273055
2	NC_016050	AAAACC	2	12	4849	4860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	350273058
3	NC_016050	CAAAAT	2	12	5701	5712	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	350273058
4	NC_016050	ATTAAA	2	12	15348	15359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	350273064
5	NC_016050	TTTAAA	2	12	16945	16956	50 %	50 %	0 %	0 %	350273066
6	NC_016050	CTAATT	2	12	16994	17005	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	350273066
7	NC_016050	CTATAT	2	12	17609	17620	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	350273066
8	NC_016050	CAAAGT	2	12	20603	20614	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	350273067
9	NC_016050	ATTTAG	2	12	22341	22352	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	350273067
10	NC_016050	CAGATG	2	12	23073	23084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273067
11	NC_016050	GAAGCT	2	12	23297	23308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273067
12	NC_016050	GAAGCT	2	12	23420	23431	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273067
13	NC_016050	GAAGCT	2	12	23543	23554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273067
14	NC_016050	GCATTA	2	12	24809	24820	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	350273067
15	NC_016050	GCATTA	2	12	24893	24904	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	350273067
16	NC_016050	TCCGAT	2	12	25010	25021	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	350273067
17	NC_016050	ATTTAA	2	12	25408	25419	50 %	50 %	0 %	0 %	350273067
18	NC_016050	CATATA	2	12	34337	34348	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	350273076
19	NC_016050	ATTTTT	2	12	48948	48959	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	350273083
20	NC_016050	ATTGCT	2	12	57360	57371	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	350273086
21	NC_016050	ATTTAT	2	12	57947	57958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	350273087
22	NC_016050	ATAAGG	2	12	58146	58157	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	350273087
23	NC_016050	ATCAGA	2	12	61989	62000	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	350273091
24	NC_016050	TAATAT	2	12	71742	71753	50 %	50 %	0 %	0 %	350273097
25	NC_016050	CAGCAA	2	12	72402	72413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	350273098
26	NC_016050	ATAGTG	2	12	72733	72744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	350273098
27	NC_016050	ATTACT	2	12	72810	72821	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	350273098
28	NC_016050	AAAAAG	2	12	73561	73572	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	350273098
29	NC_016050	ATCCTG	2	12	79107	79118	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	350273104
30	NC_016050	AAAGCT	2	12	79526	79537	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	350273104
31	NC_016050	GTAATA	2	12	80165	80176	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	350273104
32	NC_016050	AGTAAA	2	12	88660	88671	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273113
33	NC_016050	AAGGAC	2	12	90551	90562	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	350273116
34	NC_016050	CGTGAT	2	12	91523	91534	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	350273119
35	NC_016050	TTGATT	2	12	94019	94030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	350273120
36	NC_016050	CCAAAG	2	12	94918	94929	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	350273121
37	NC_016050	GAAGCA	2	12	95111	95122	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	350273121
38	NC_016050	TAAAGG	2	12	97217	97228	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	350273122
39	NC_016050	TTTTTA	2	12	100997	101008	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	350273124
40	NC_016050	CCTATA	2	12	105841	105852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273130
41	NC_016050	TTTTAA	2	12	106025	106036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	350273130
42	NC_016050	ACCTAT	2	12	106074	106085	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273130
43	NC_016050	ACCGCT	2	12	107422	107433	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	350273131
44	NC_016050	TGTATT	2	12	113026	113037	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	350273135
45	NC_016050	TAGCGG	2	12	122150	122161	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	350273139
46	NC_016050	CTTTTT	2	12	122509	122520	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	350273139
47	NC_016050	CTCAAT	2	12	125467	125478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273142
48	NC_016050	TTTATT	2	12	127669	127680	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	350273146
49	NC_016050	TAAAAT	2	12	131654	131665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	350273149
50	NC_016050	CTTTGT	2	12	138775	138786	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	350273157
51	NC_016050	TTGCTA	2	12	140865	140876	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	350273158
52	NC_016050	AAGATA	2	12	141030	141041	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273158
53	NC_016050	CTTTAG	2	12	141192	141203	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	350273158
54	NC_016050	TTTAGT	2	12	141851	141862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	350273158
55	NC_016050	TATACC	2	12	144533	144544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273159
56	NC_016050	TAATGC	2	12	145622	145633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	350273160
57	NC_016050	GATTCC	2	12	145856	145867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	350273160
58	NC_016050	AAAGAT	2	12	146445	146456	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273160
59	NC_016050	TAAAGA	2	12	146669	146680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273160
60	NC_016050	TTTATC	2	12	159510	159521	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	350273165
61	NC_016050	GATTTT	2	12	159805	159816	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	350273166
62	NC_016050	CTTTTG	2	12	162363	162374	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	350273168
63	NC_016050	GTAAAA	2	12	163687	163698	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273169
64	NC_016050	ATTGAG	2	12	166980	166991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	350273173
65	NC_016050	AAAGAA	2	12	169620	169631	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	350273175
66	NC_016050	TCAAGC	2	12	169637	169648	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	350273175
67	NC_016050	GTTGAG	2	12	170192	170203	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	350273176
68	NC_016050	ATCTAA	2	12	170829	170840	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	350273176
69	NC_016050	AAGTAA	2	12	171988	171999	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	350273177
70	NC_016050	TTAGAG	2	12	174839	174850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	350273181
71	NC_016050	GAACAA	2	12	178349	178360	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	350273184
72	NC_016050	ATAAAA	2	12	179766	179777	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	350273184
73	NC_016050	TTTTTA	2	12	180828	180839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	350273185
74	NC_016050	CTGTAG	2	12	183823	183834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	350273190
75	NC_016050	TTAAAA	2	12	186066	186077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	350273191
76	NC_016050	ATAATT	2	12	194000	194011	50 %	50 %	0 %	0 %	350273193
77	NC_016050	GATGTT	2	12	195894	195905	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	350273194
78	NC_016050	AAAAAT	2	12	198374	198385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	350273197
79	NC_016050	AAGCCC	2	12	207404	207415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	350273203
80	NC_016050	CTTTAG	2	12	216920	216931	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	350273213
81	NC_016050	TGCCGA	2	12	217410	217421	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	350273213
82	NC_016050	ATATTT	2	12	217909	217920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	350273213
83	NC_016050	GTTTCA	2	12	221208	221219	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	350273217
84	NC_016050	AAAAGC	2	12	222393	222404	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	350273218
85	NC_016050	TTTCTT	2	12	223842	223853	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	350273220
86	NC_016050	AAATTA	2	12	225015	225026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	350273222
87	NC_016050	AGTTAA	2	12	226950	226961	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	350273223
88	NC_016050	TCATAA	2	12	228927	228938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	350273224
89	NC_016050	TAAATT	2	12	230628	230639	50 %	50 %	0 %	0 %	350273226
90	NC_016050	CTAGCA	2	12	234413	234424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	350273227
91	NC_016050	AAAGCA	2	12	238116	238127	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	350273229
92	NC_016050	GTACGA	2	12	242161	242172	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273233
93	NC_016050	CTTCTA	2	12	243158	243169	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	350273233
94	NC_016050	ATCTCA	2	12	246037	246048	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273235
95	NC_016050	TTCTTT	2	12	247430	247441	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	350273236
96	NC_016050	TAGGGA	2	12	247869	247880	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	350273236
97	NC_016050	TACTTC	2	12	249766	249777	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	350273238
98	NC_016050	CTATAT	2	12	273816	273827	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	350273254
99	NC_016050	TTAAAG	2	12	282488	282499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	350273260
100	NC_016050	AGGGTA	2	12	282806	282817	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	350273260
101	NC_016050	TAAAAA	2	12	293478	293489	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	350273266
102	NC_016050	GTCGTT	2	12	294671	294682	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	350273267
103	NC_016050	CAAATA	2	12	295552	295563	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	350273268
104	NC_016050	TTTGGA	2	12	296377	296388	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	350273269
105	NC_016050	CCTGAA	2	12	297289	297300	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	350273270
106	NC_016050	TTTTGC	2	12	302895	302906	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	350273276
107	NC_016050	TACTAA	2	12	305890	305901	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	350273279
108	NC_016050	TATTGA	2	12	306613	306624	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	350273279
109	NC_016050	GGGATA	2	12	307508	307519	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	350273280
110	NC_016050	GGCAAT	2	12	308516	308527	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273280
111	NC_016050	TTGTTC	2	12	312264	312275	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	350273282
112	NC_016050	GAAGAT	2	12	315527	315538	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	350273284
113	NC_016050	TGAAGC	2	12	317103	317114	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273285
114	NC_016050	ATGATA	2	12	317439	317450	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	350273285
115	NC_016050	GAAGTA	2	12	318652	318663	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	350273286
116	NC_016050	TTTTAC	2	12	320344	320355	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	350273287
117	NC_016050	AGAGCT	2	12	320599	320610	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273287
118	NC_016050	CAAGAT	2	12	321894	321905	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	350273288
119	NC_016050	TTAATA	2	12	321949	321960	50 %	50 %	0 %	0 %	350273288
120	NC_016050	CGGTAT	2	12	322946	322957	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	350273288
121	NC_016050	AGGAAA	2	12	326633	326644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	350273293
122	NC_016050	TAACTC	2	12	330301	330312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	350273295
123	NC_016050	ACCGCT	2	12	331988	331999	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	350273296
124	NC_016050	AAGTTT	2	12	333248	333259	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	350273298
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127	NC_016050	TAGCTG	2	12	346377	346388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	350273313
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130	NC_016050	TTAATT	2	12	349351	349362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	350273315
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137	NC_016050	TTTCAT	2	12	385915	385926	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	350273342
138	NC_016050	GTAATA	2	12	386519	386530	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	350273342
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141	NC_016050	TTAGTA	2	12	393914	393925	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	350273350
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149	NC_016050	AGTGCA	2	12	427413	427424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	350273375
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231	NC_016050	CATATG	2	12	674808	674819	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	350273560
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233	NC_016050	TCACCG	2	12	682397	682408	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	350273566
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.