MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia japonica YH

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016050	AATTA	2	10	9251	9260	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016050	TAGCT	2	10	10796	10805	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016050	GAATT	2	10	11323	11332	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016050	CGCTC	2	10	12741	12750	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_016050	TAACT	2	10	15131	15140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016050	TTTAA	2	10	20140	20149	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016050	TATAA	2	10	26294	26303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016050	AGTTC	2	10	26403	26412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016050	ATATT	2	10	28396	28405	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016050	ATATT	2	10	28431	28440	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016050	ATGTT	2	10	29345	29354	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016050	ATGCT	2	10	32990	32999	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016050	ATTTT	2	10	35548	35557	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016050	TTTAT	2	10	35656	35665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016050	TTAAT	2	10	37113	37122	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016050	TGTAA	2	10	37294	37303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016050	TTAGT	2	10	39669	39678	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016050	CTTTT	2	10	41543	41552	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016050	TTTTA	2	10	42050	42059	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016050	TAAGT	2	10	45363	45372	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016050	GAGAG	2	10	46048	46057	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016050	CAAAC	2	10	46100	46109	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_016050	ACGTA	2	10	46270	46279	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016050	CTAAC	2	10	47016	47025	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_016050	AAAAC	2	10	47386	47395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016050	TAACT	2	10	48119	48128	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016050	AAGAG	2	10	50945	50954	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016050	AGTAC	2	10	51317	51326	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016050	TTTCT	2	10	52191	52200	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016050	CATTA	2	10	53257	53266	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016050	GATAA	2	10	66771	66780	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016050	CTTGT	2	10	67017	67026	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016050	TAAAT	2	10	72153	72162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016050	AAAGC	2	10	72213	72222	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016050	ATACA	2	10	86176	86185	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016050	TTGTA	2	10	100468	100477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016050	AATTA	2	10	101773	101782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016050	TTTAT	2	10	109594	109603	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016050	TAATA	2	10	110509	110518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016050	GCAAG	2	10	128747	128756	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016050	TTAAA	2	10	130681	130690	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016050	CTTGT	2	10	132573	132582	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016050	TATTT	2	10	132989	132998	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016050	CGCTC	2	10	134862	134871	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_016050	TCAAT	2	10	135706	135715	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016050	ATGGT	2	10	151630	151639	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016050	AGGAG	2	10	151885	151894	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016050	TATTT	2	10	152561	152570	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016050	ATGTC	2	10	155073	155082	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016050	AAAGA	2	10	158056	158065	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016050	AATTA	2	10	158095	158104	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016050	ATATC	2	10	177561	177570	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016050	AAATC	2	10	184612	184621	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016050	TTTAA	2	10	184680	184689	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016050	GAGAG	2	10	184891	184900	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016050	CGCTC	2	10	193585	193594	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_016050	TTTAT	2	10	209567	209576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016050	TCGCT	2	10	209850	209859	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_016050	AATTA	2	10	213504	213513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016050	TAAAT	2	10	213521	213530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016050	TAAAA	2	10	213556	213565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016050	AGACA	2	10	213618	213627	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016050	GTTTT	2	10	214096	214105	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016050	ATTAT	2	10	215676	215685	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016050	ATTTA	2	10	218162	218171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016050	AAATT	2	10	219711	219720	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016050	TTTCT	2	10	219726	219735	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016050	GTCAA	2	10	222204	222213	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016050	TAATA	2	10	228673	228682	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016050	ATTTA	2	10	230259	230268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016050	TAAAT	2	10	230328	230337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016050	TATAT	2	10	231698	231707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016050	ATTAA	2	10	234163	234172	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016050	ATACT	2	10	236258	236267	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016050	ACTAA	2	10	236292	236301	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016050	ATTAT	2	10	236947	236956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016050	AAATA	2	10	237208	237217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016050	TCGCT	2	10	249739	249748	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016050	TTTGA	2	10	251693	251702	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016050	CTACA	2	10	260519	260528	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016050	GTATT	2	10	261298	261307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016050	TATAT	2	10	261420	261429	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016050	AACTA	2	10	264942	264951	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016050	TAATA	2	10	267507	267516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016050	AAGGA	2	10	267849	267858	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016050	TATAA	2	10	268524	268533	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016050	AAAAC	2	10	278224	278233	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016050	AAAAT	2	10	279052	279061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016050	ACGAT	2	10	279517	279526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016050	ATTGG	2	10	284598	284607	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016050	TTATT	2	10	284789	284798	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016050	TATAC	2	10	285017	285026	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016050	TAAAA	2	10	286274	286283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016050	CGAAG	2	10	290586	290595	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016050	GATAT	2	10	291528	291537	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016050	ATCCC	2	10	291650	291659	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_016050	TGCAA	2	10	291735	291744	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016050	TAATA	2	10	295278	295287	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016050	TAATT	2	10	298504	298513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016050	GATAT	2	10	309044	309053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016050	TATGA	2	10	309571	309580	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016050	AAAGA	2	10	312223	312232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016050	ATAAA	2	10	313697	313706	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016050	ATTTT	2	10	313829	313838	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016050	TAAAA	2	10	313877	313886	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016050	GATTT	2	10	327633	327642	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016050	AGTTT	2	10	327722	327731	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016050	TTAAT	2	10	328968	328977	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016050	CTTAT	2	10	328994	329003	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016050	ATCTA	2	10	329354	329363	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016050	TAAAA	2	10	352394	352403	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016050	TTTAA	2	10	357823	357832	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016050	ATATT	2	10	361201	361210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016050	AGGAA	2	10	361286	361295	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016050	ATAAA	2	10	362602	362611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016050	TTACT	2	10	370182	370191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016050	TCTGC	2	10	370506	370515	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_016050	ATTAA	2	10	372277	372286	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016050	TGATA	2	10	372848	372857	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016050	GTTTG	2	10	378162	378171	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016050	GCTAA	2	10	378794	378803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016050	AAAGC	2	10	379299	379308	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016050	GATAT	2	10	382315	382324	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016050	TTAAT	2	10	394243	394252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016050	AATTT	2	10	402933	402942	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016050	TTAAT	2	10	404022	404031	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016050	AAGAT	2	10	411635	411644	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016050	CAATA	2	10	412135	412144	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016050	TAATT	2	10	417525	417534	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016050	TTATG	2	10	421699	421708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016050	AGAAA	2	10	422760	422769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016050	ATATA	2	10	423845	423854	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016050	ACTTT	2	10	423981	423990	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_016050	ATTAA	2	10	427002	427011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016050	AATAA	2	10	430311	430320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016050	CGCTC	2	10	437976	437985	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_016050	TAATT	2	10	440561	440570	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016050	AAGCT	2	10	440617	440626	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_016050	GATTT	2	10	441238	441247	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016050	TGATT	2	10	441284	441293	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016050	TAAAA	2	10	441472	441481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016050	CGCTC	2	10	445339	445348	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_016050	CGCTC	2	10	445786	445795	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
144	NC_016050	TAATT	2	10	454077	454086	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016050	TGATA	2	10	455071	455080	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016050	TAAAT	2	10	464366	464375	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016050	GAATA	2	10	470269	470278	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016050	TATAT	2	10	476278	476287	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016050	GAAAT	2	10	484999	485008	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016050	TTTTA	2	10	485893	485902	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016050	TTTTA	2	10	492127	492136	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016050	TTAAT	2	10	494620	494629	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016050	TGAAA	2	10	495649	495658	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016050	CTTTA	2	10	500212	500221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_016050	TCGCT	2	10	505295	505304	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_016050	TCGCT	2	10	507053	507062	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_016050	TAAAA	2	10	507077	507086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_016050	ATTAA	2	10	512384	512393	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_016050	GCTTC	2	10	513985	513994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NC_016050	ATCCC	2	10	514211	514220	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
161	NC_016050	TTTCT	2	10	514377	514386	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_016050	AAATA	2	10	520197	520206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_016050	ATGTT	2	10	520600	520609	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_016050	TTAAT	2	10	528953	528962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_016050	ATTTA	2	10	539007	539016	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_016050	ATTTT	2	10	540441	540450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_016050	TTTTA	2	10	546691	546700	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_016050	ATACT	2	10	554868	554877	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_016050	TTTAG	2	10	556508	556517	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_016050	TTTAT	2	10	558533	558542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_016050	AGACA	2	10	564721	564730	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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183	NC_016050	TTATA	2	10	599299	599308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_016050	ACATA	2	10	600462	600471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_016050	TTATT	2	10	603744	603753	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_016050	TTAAT	2	10	612582	612591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_016050	TATAT	2	10	622154	622163	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_016050	CAGTT	2	10	626727	626736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_016050	GTCAA	2	10	636975	636984	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_016050	TAATT	2	10	645122	645131	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_016050	TAGTT	2	10	645548	645557	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_016050	GGGTA	2	10	863874	863883	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_016050	TTTCT	2	10	884336	884345	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_016050	TCGTG	2	10	890333	890342	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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293	NC_016050	AATTC	2	10	895411	895420	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_016050	ACTAA	2	10	900389	900398	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_016050	GTACT	2	10	902746	902755	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_016050	TTACT	2	10	904796	904805	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
297	NC_016050	TAAAA	2	10	909605	909614	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_016050	AAAAG	2	10	909735	909744	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016050	ATAAA	2	10	917897	917906	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016050	TACAT	2	10	920669	920678	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
301	NC_016050	TTTAT	2	10	922465	922474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_016050	AAATT	2	10	924589	924598	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_016050	TATTC	2	10	925294	925303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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305	NC_016050	TCGCT	2	10	932256	932265	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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332	NC_016050	TCATA	2	10	1024170	1024179	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
333	NC_016050	CCGAA	2	10	1024488	1024497	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
334	NC_016050	TACAT	2	10	1024501	1024510	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
335	NC_016050	AGTCA	2	10	1031019	1031028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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338	NC_016050	CATAA	2	10	1041972	1041981	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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340	NC_016050	TTTAT	2	10	1045983	1045992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_016050	AAAAT	2	10	1046777	1046786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_016050	ATATA	2	10	1055331	1055340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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351	NC_016050	TTAAA	2	10	1084778	1084787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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355	NC_016050	ATAAA	2	10	1114650	1114659	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
356	NC_016050	TGTCT	2	10	1119010	1119019	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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389	NC_016050	GCTTT	2	10	1265967	1265976	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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395	NC_016050	TTTAT	2	10	1275679	1275688	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
396	NC_016050	ATTTT	2	10	1278485	1278494	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
397	NC_016050	AGTTA	2	10	1279516	1279525	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
398	NC_016050	CTTTC	2	10	1280042	1280051	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.