MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS1

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015979	GAAC	2	8	61	68	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015979	TCAA	2	8	356	363	50 %	25 %	0 %	25 %	347533701
3	NC_015979	TAGA	2	8	617	624	50 %	25 %	25 %	0 %	347533701
4	NC_015979	AGTC	2	8	953	960	25 %	25 %	25 %	25 %	347533701
5	NC_015979	TAAT	2	8	1001	1008	50 %	50 %	0 %	0 %	347533701
6	NC_015979	AAAC	2	8	1030	1037	75 %	0 %	0 %	25 %	347533701
7	NC_015979	TAAT	2	8	1433	1440	50 %	50 %	0 %	0 %	347533701
8	NC_015979	TAGA	2	8	1757	1764	50 %	25 %	25 %	0 %	347533701
9	NC_015979	TAAA	2	8	1905	1912	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015979	AGCA	2	8	2443	2450	50 %	0 %	25 %	25 %	347533702
11	NC_015979	TGAG	2	8	2561	2568	25 %	25 %	50 %	0 %	347533703
12	NC_015979	ACTC	2	8	2647	2654	25 %	25 %	0 %	50 %	347533703
13	NC_015979	AATC	2	8	2982	2989	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015979	AAAG	2	8	3105	3112	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015979	ATAA	2	8	3462	3469	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015979	TTCC	2	8	3985	3992	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015979	ATGA	2	8	4098	4105	50 %	25 %	25 %	0 %	347533704
18	NC_015979	TAAA	2	8	5565	5572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015979	TAAT	2	8	5660	5667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015979	GGAT	2	8	5699	5706	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015979	TGTT	2	8	5739	5746	0 %	75 %	25 %	0 %	347533707
22	NC_015979	AACT	2	8	6441	6448	50 %	25 %	0 %	25 %	347533708
23	NC_015979	CTAA	2	8	6662	6669	50 %	25 %	0 %	25 %	347533708
24	NC_015979	TGGC	2	8	7240	7247	0 %	25 %	50 %	25 %	347533708
25	NC_015979	GGAC	2	8	7368	7375	25 %	0 %	50 %	25 %	347533708
26	NC_015979	GTTA	2	8	8287	8294	25 %	50 %	25 %	0 %	347533709
27	NC_015979	GTAT	2	8	8324	8331	25 %	50 %	25 %	0 %	347533709
28	NC_015979	AAGA	2	8	8626	8633	75 %	0 %	25 %	0 %	347533710
29	NC_015979	CCAA	2	8	8696	8703	50 %	0 %	0 %	50 %	347533710
30	NC_015979	TTAA	2	8	8856	8863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015979	ACTA	2	8	8946	8953	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015979	ATTT	2	8	9074	9081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015979	TATC	2	8	9092	9099	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015979	TTAA	2	8	10004	10011	50 %	50 %	0 %	0 %	347533714
35	NC_015979	ACTG	2	8	10081	10088	25 %	25 %	25 %	25 %	347533714
36	NC_015979	ATTT	2	8	10801	10808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015979	GAAA	2	8	10941	10948	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015979	TAAG	2	8	10979	10986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015979	CAGG	2	8	11569	11576	25 %	0 %	50 %	25 %	347533716
40	NC_015979	TAAT	2	8	11964	11971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015979	TAAC	2	8	12647	12654	50 %	25 %	0 %	25 %	347533718
42	NC_015979	GCGT	2	8	12799	12806	0 %	25 %	50 %	25 %	347533718
43	NC_015979	CAGG	2	8	12932	12939	25 %	0 %	50 %	25 %	347533718
44	NC_015979	TGGT	2	8	13236	13243	0 %	50 %	50 %	0 %	347533718
45	NC_015979	CTTG	2	8	13259	13266	0 %	50 %	25 %	25 %	347533718
46	NC_015979	GCCG	2	8	13413	13420	0 %	0 %	50 %	50 %	347533718
47	NC_015979	TGAT	2	8	13599	13606	25 %	50 %	25 %	0 %	347533718
48	NC_015979	TCAA	2	8	13648	13655	50 %	25 %	0 %	25 %	347533718
49	NC_015979	ATTC	2	8	13772	13779	25 %	50 %	0 %	25 %	347533718
50	NC_015979	AGGA	2	8	14929	14936	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015979	CAAA	2	8	14971	14978	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_015979	TTAG	2	8	15546	15553	25 %	50 %	25 %	0 %	347533720
53	NC_015979	TCGA	2	8	15617	15624	25 %	25 %	25 %	25 %	347533720
54	NC_015979	GATT	2	8	15747	15754	25 %	50 %	25 %	0 %	347533720
55	NC_015979	TTCG	2	8	16126	16133	0 %	50 %	25 %	25 %	347533720
56	NC_015979	ATTT	2	8	16613	16620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015979	GTTA	2	8	17648	17655	25 %	50 %	25 %	0 %	347533721
58	NC_015979	ATTT	2	8	18464	18471	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015979	TCAA	2	8	18677	18684	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015979	TGAT	2	8	18747	18754	25 %	50 %	25 %	0 %	347533722
61	NC_015979	CTAA	2	8	18755	18762	50 %	25 %	0 %	25 %	347533722
62	NC_015979	TCAC	2	8	18828	18835	25 %	25 %	0 %	50 %	347533722
63	NC_015979	AATT	2	8	18856	18863	50 %	50 %	0 %	0 %	347533722
64	NC_015979	AATT	2	8	18900	18907	50 %	50 %	0 %	0 %	347533722
65	NC_015979	GATC	2	8	19019	19026	25 %	25 %	25 %	25 %	347533722
66	NC_015979	TTAG	2	8	19052	19059	25 %	50 %	25 %	0 %	347533722
67	NC_015979	CAAT	2	8	20166	20173	50 %	25 %	0 %	25 %	347533722
68	NC_015979	ACAA	2	8	20283	20290	75 %	0 %	0 %	25 %	347533722
69	NC_015979	TTTC	2	8	20582	20589	0 %	75 %	0 %	25 %	347533722
70	NC_015979	TGGT	2	8	21103	21110	0 %	50 %	50 %	0 %	347533722
71	NC_015979	AGGA	2	8	21485	21492	50 %	0 %	50 %	0 %	347533722
72	NC_015979	TGGC	2	8	21622	21629	0 %	25 %	50 %	25 %	347533723
73	NC_015979	CCAA	2	8	21960	21967	50 %	0 %	0 %	50 %	347533723
74	NC_015979	GGAA	2	8	23041	23048	50 %	0 %	50 %	0 %	347533723
75	NC_015979	CAAG	2	8	23091	23098	50 %	0 %	25 %	25 %	347533723
76	NC_015979	GCAA	2	8	23600	23607	50 %	0 %	25 %	25 %	347533724
77	NC_015979	TTGA	2	8	23655	23662	25 %	50 %	25 %	0 %	347533724
78	NC_015979	GATT	2	8	24066	24073	25 %	50 %	25 %	0 %	347533725
79	NC_015979	TTAG	2	8	24172	24179	25 %	50 %	25 %	0 %	347533725
80	NC_015979	GAAC	2	8	24498	24505	50 %	0 %	25 %	25 %	347533725
81	NC_015979	CATT	2	8	24551	24558	25 %	50 %	0 %	25 %	347533725
82	NC_015979	AGTA	2	8	24805	24812	50 %	25 %	25 %	0 %	347533725
83	NC_015979	ATCC	2	8	25065	25072	25 %	25 %	0 %	50 %	347533726
84	NC_015979	TGAA	2	8	25143	25150	50 %	25 %	25 %	0 %	347533726
85	NC_015979	TGAT	2	8	25302	25309	25 %	50 %	25 %	0 %	347533726
86	NC_015979	CAAG	2	8	25486	25493	50 %	0 %	25 %	25 %	347533726
87	NC_015979	GAAC	2	8	25655	25662	50 %	0 %	25 %	25 %	347533726
88	NC_015979	TATC	2	8	25740	25747	25 %	50 %	0 %	25 %	347533727
89	NC_015979	AATT	2	8	26164	26171	50 %	50 %	0 %	0 %	347533727
90	NC_015979	AAAC	2	8	26328	26335	75 %	0 %	0 %	25 %	347533727
91	NC_015979	GATG	2	8	26519	26526	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015979	CTTA	2	8	26539	26546	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015979	CTTT	2	8	26598	26605	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_015979	TCAA	2	8	26805	26812	50 %	25 %	0 %	25 %	347533728
95	NC_015979	TAAC	2	8	27855	27862	50 %	25 %	0 %	25 %	347533728
96	NC_015979	AGTC	2	8	28174	28181	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015979	AGGA	2	8	28961	28968	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015979	CAAA	2	8	29003	29010	75 %	0 %	0 %	25 %	347533730
99	NC_015979	GGCT	2	8	29161	29168	0 %	25 %	50 %	25 %	347533730
100	NC_015979	ATTC	2	8	29718	29725	25 %	50 %	0 %	25 %	347533731
101	NC_015979	CAAC	2	8	29848	29855	50 %	0 %	0 %	50 %	347533731
102	NC_015979	ATTT	2	8	30165	30172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015979	TTGG	2	8	30767	30774	0 %	50 %	50 %	0 %	347533732
104	NC_015979	GCCC	2	8	30844	30851	0 %	0 %	25 %	75 %	347533732
105	NC_015979	CCAG	2	8	30928	30935	25 %	0 %	25 %	50 %	347533732
106	NC_015979	TCTT	2	8	30936	30943	0 %	75 %	0 %	25 %	347533732
107	NC_015979	TCAT	2	8	30992	30999	25 %	50 %	0 %	25 %	347533732
108	NC_015979	GGTT	2	8	31056	31063	0 %	50 %	50 %	0 %	347533732
109	NC_015979	CAAC	2	8	31294	31301	50 %	0 %	0 %	50 %	347533732
110	NC_015979	AACT	2	8	31788	31795	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015979	TAGA	2	8	32209	32216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015979	TAGA	2	8	32231	32238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015979	TAGA	2	8	32253	32260	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015979	TAGA	2	8	32275	32282	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015979	TAGA	2	8	32297	32304	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015979	TAGA	2	8	32319	32326	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015979	TAGA	2	8	32341	32348	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015979	TAGA	2	8	32363	32370	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015979	TAGA	2	8	32385	32392	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015979	TAGA	2	8	32407	32414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015979	TAGA	2	8	32429	32436	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015979	TAGA	2	8	32451	32458	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015979	TAGA	2	8	32473	32480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015979	TAGA	2	8	32495	32502	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015979	TAGA	2	8	32517	32524	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015979	TAGA	2	8	32539	32546	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015979	TAGA	2	8	32561	32568	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015979	AATC	2	8	33169	33176	50 %	25 %	0 %	25 %	347533733
129	NC_015979	AAAG	2	8	33297	33304	75 %	0 %	25 %	0 %	347533733
130	NC_015979	CATT	2	8	33663	33670	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015979	ATTA	2	8	33692	33699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015979	ATTA	2	8	33813	33820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015979	TGCT	2	8	33982	33989	0 %	50 %	25 %	25 %	347533734
134	NC_015979	AAAG	2	8	34349	34356	75 %	0 %	25 %	0 %	347533734
135	NC_015979	AAGG	2	8	34479	34486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015979	TAAA	2	8	34692	34699	75 %	25 %	0 %	0 %	347533735
137	NC_015979	GATT	2	8	34972	34979	25 %	50 %	25 %	0 %	347533735
138	NC_015979	AGTT	2	8	35016	35023	25 %	50 %	25 %	0 %	347533735
139	NC_015979	GAAT	2	8	35029	35036	50 %	25 %	25 %	0 %	347533735
140	NC_015979	CATC	2	8	35324	35331	25 %	25 %	0 %	50 %	347533735
141	NC_015979	ATTA	2	8	35546	35553	50 %	50 %	0 %	0 %	347533735
142	NC_015979	TTAT	2	8	35787	35794	25 %	75 %	0 %	0 %	347533735
143	NC_015979	TTGA	2	8	35822	35829	25 %	50 %	25 %	0 %	347533735
144	NC_015979	ACTA	2	8	36458	36465	50 %	25 %	0 %	25 %	347533735
145	NC_015979	TTTG	2	8	36679	36686	0 %	75 %	25 %	0 %	347533736
146	NC_015979	TAAG	2	8	36965	36972	50 %	25 %	25 %	0 %	347533736
147	NC_015979	AAAT	2	8	37047	37054	75 %	25 %	0 %	0 %	347533736
148	NC_015979	CTTA	2	8	37601	37608	25 %	50 %	0 %	25 %	347533736
149	NC_015979	CGTA	2	8	37724	37731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_015979	CAAA	2	8	37915	37922	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_015979	TAAT	2	8	38219	38226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015979	AGAA	2	8	38391	38398	75 %	0 %	25 %	0 %	347533737
153	NC_015979	GATG	2	8	38428	38435	25 %	25 %	50 %	0 %	347533737
154	NC_015979	TGGT	2	8	38440	38447	0 %	50 %	50 %	0 %	347533737
155	NC_015979	CAAG	2	8	39618	39625	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_015979	ACCA	2	8	39728	39735	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_015979	ACTC	2	8	39916	39923	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_015979	AATC	2	8	40107	40114	50 %	25 %	0 %	25 %	347533738
159	NC_015979	AAAT	2	8	40806	40813	75 %	25 %	0 %	0 %	347533738
160	NC_015979	GTTT	2	8	40909	40916	0 %	75 %	25 %	0 %	347533738
161	NC_015979	TGGT	2	8	41248	41255	0 %	50 %	50 %	0 %	347533738
162	NC_015979	TGTT	2	8	41350	41357	0 %	75 %	25 %	0 %	347533738
163	NC_015979	TGTT	2	8	41537	41544	0 %	75 %	25 %	0 %	347533738
164	NC_015979	GAAA	2	8	41927	41934	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
165	NC_015979	GAGT	2	8	42495	42502	25 %	25 %	50 %	0 %	347533739
166	NC_015979	TTCG	2	8	42963	42970	0 %	50 %	25 %	25 %	347533739
167	NC_015979	CCAA	2	8	43144	43151	50 %	0 %	0 %	50 %	347533739
168	NC_015979	TGAT	2	8	44044	44051	25 %	50 %	25 %	0 %	347533740
169	NC_015979	CTGA	2	8	45398	45405	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_015979	GTGA	2	8	45485	45492	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_015979	AACA	2	8	45870	45877	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
172	NC_015979	ACAG	2	8	45891	45898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
173	NC_015979	CAAG	2	8	46055	46062	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
174	NC_015979	ATGT	2	8	46482	46489	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
175	NC_015979	TATG	2	8	47215	47222	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
176	NC_015979	TAAC	2	8	47368	47375	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
177	NC_015979	TCAA	2	8	48199	48206	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
178	NC_015979	CCAA	2	8	48318	48325	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
179	NC_015979	CGAA	2	8	48820	48827	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
180	NC_015979	AAAG	2	8	49337	49344	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015979	TAAA	2	8	49367	49374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_015979	GATT	2	8	49608	49615	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
183	NC_015979	GCTA	2	8	50054	50061	25 %	25 %	25 %	25 %	347533741
184	NC_015979	AAGA	2	8	50071	50078	75 %	0 %	25 %	0 %	347533741
185	NC_015979	ATGA	2	8	50762	50769	50 %	25 %	25 %	0 %	347533743
186	NC_015979	ACTT	2	8	51254	51261	25 %	50 %	0 %	25 %	347533744
187	NC_015979	AGTT	2	8	51447	51454	25 %	50 %	25 %	0 %	347533744
188	NC_015979	GTTT	2	8	52364	52371	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
189	NC_015979	AATT	2	8	52451	52458	50 %	50 %	0 %	0 %	347533745
190	NC_015979	AAAT	2	8	53462	53469	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_015979	AGCC	2	8	54283	54290	25 %	0 %	25 %	50 %	347533747
192	NC_015979	TTCC	2	8	54482	54489	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
193	NC_015979	TATG	2	8	54677	54684	25 %	50 %	25 %	0 %	347533748
194	NC_015979	TTAT	3	12	55535	55546	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_015979	TACA	2	8	55566	55573	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
196	NC_015979	TGTA	2	8	55584	55591	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
197	NC_015979	AAAG	2	8	55923	55930	75 %	0 %	25 %	0 %	347533749
198	NC_015979	TTCA	2	8	56686	56693	25 %	50 %	0 %	25 %	347533750
199	NC_015979	CTAA	2	8	56807	56814	50 %	25 %	0 %	25 %	347533750
200	NC_015979	TATT	2	8	56868	56875	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_015979	CATA	2	8	57081	57088	50 %	25 %	0 %	25 %	347533751
202	NC_015979	ATGT	2	8	57763	57770	25 %	50 %	25 %	0 %	347533752
203	NC_015979	TAAT	2	8	57928	57935	50 %	50 %	0 %	0 %	347533752
204	NC_015979	AAGC	2	8	58193	58200	50 %	0 %	25 %	25 %	347533752
205	NC_015979	AAAT	2	8	58483	58490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
206	NC_015979	CATA	2	8	58554	58561	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.