MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 chromosome

Total Repeats: 587

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015978	CCAGAT	2	12	5161	5172	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347533758
2	NC_015978	TGAAGA	2	12	8102	8113	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533759
3	NC_015978	GAAAAA	2	12	8397	8408	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533759
4	NC_015978	AGATGG	2	12	8429	8440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347533759
5	NC_015978	TAAAGG	2	12	12640	12651	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533764
6	NC_015978	AACCAA	2	12	13784	13795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533765
7	NC_015978	CGAACA	2	12	14036	14047	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	347533765
8	NC_015978	TGAAGT	2	12	14420	14431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533765
9	NC_015978	GAAGTT	2	12	16039	16050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533767
10	NC_015978	TGAATT	2	12	16446	16457	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533767
11	NC_015978	TAAAGT	2	12	19044	19055	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533769
12	NC_015978	CCTTTA	2	12	20598	20609	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	347533770
13	NC_015978	AAGTGG	2	12	20723	20734	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347533771
14	NC_015978	TTATTC	2	12	23608	23619	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533773
15	NC_015978	ATTGCC	2	12	24169	24180	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347533774
16	NC_015978	AAACGA	2	12	27595	27606	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	347533775
17	NC_015978	AATTGC	2	12	28813	28824	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533776
18	NC_015978	GAAAAC	2	12	29147	29158	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	347533777
19	NC_015978	CTAAAA	2	12	29508	29519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	347533777
20	NC_015978	CTTTTT	2	12	31664	31675	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015978	TATATC	2	12	40428	40439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015978	ACTAAT	2	12	45379	45390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015978	TTTTAA	2	12	51005	51016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533789
24	NC_015978	TGGTGC	2	12	57822	57833	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	347533796
25	NC_015978	CGGGAA	2	12	59488	59499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347533798
26	NC_015978	TCACCT	2	12	60003	60014	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	347533798
27	NC_015978	GAATTA	2	12	60211	60222	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533799
28	NC_015978	TTGAAG	2	12	61706	61717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533800
29	NC_015978	TAAGTA	2	12	62087	62098	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533801
30	NC_015978	AAAAAG	2	12	63424	63435	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533801
31	NC_015978	AAAATG	2	12	64536	64547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347533802
32	NC_015978	TGATAA	2	12	64909	64920	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533802
33	NC_015978	AAATTG	2	12	65925	65936	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533802
34	NC_015978	GCAAGC	2	12	69154	69165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533805
35	NC_015978	AAATTA	2	12	70158	70169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533806
36	NC_015978	ATTATG	2	12	73069	73080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533810
37	NC_015978	TAGTGC	2	12	75620	75631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347533812
38	NC_015978	TAGATT	2	12	76339	76350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015978	ATTTTG	2	12	83327	83338	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	347533820
40	NC_015978	GTTGGT	2	12	83471	83482	0 %	50 %	50 %	0 %	347533820
41	NC_015978	CTTGAA	2	12	83620	83631	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533820
42	NC_015978	TAATTT	2	12	88603	88614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533825
43	NC_015978	CATTTT	2	12	90778	90789	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533829
44	NC_015978	TTCATT	2	12	90895	90906	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533830
45	NC_015978	TTTTTC	2	12	91122	91133	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	347533830
46	NC_015978	AATTGG	2	12	91390	91401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533831
47	NC_015978	AGTTTG	2	12	100460	100471	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	347533840
48	NC_015978	AATAAA	2	12	102513	102524	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533842
49	NC_015978	TATTAA	2	12	104228	104239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015978	ATAAAA	2	12	105656	105667	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015978	TAAAAT	2	12	106471	106482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015978	TAATCC	2	12	107867	107878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533848
53	NC_015978	TAAAAA	2	12	109896	109907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533850
54	NC_015978	TTAATT	2	12	112233	112244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533853
55	NC_015978	CGACTA	2	12	116480	116491	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347533860
56	NC_015978	TATCAA	2	12	116573	116584	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533860
57	NC_015978	TGAAAC	2	12	118606	118617	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533864
58	NC_015978	ACTAAT	2	12	125895	125906	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015978	AAAAGA	2	12	128114	128125	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533869
60	NC_015978	TCAAGT	2	12	129157	129168	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533870
61	NC_015978	TAAATT	2	12	129608	129619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015978	CTTAAA	2	12	129746	129757	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533871
63	NC_015978	AAGTTT	2	12	132983	132994	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533875
64	NC_015978	AATTGA	2	12	137429	137440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015978	ACTAGA	2	12	139660	139671	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015978	CAGATT	2	12	140563	140574	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533881
67	NC_015978	AAAGCG	2	12	142478	142489	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533883
68	NC_015978	TTCAAT	2	12	143632	143643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533884
69	NC_015978	TCAATG	2	12	144331	144342	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015978	ATTAAA	2	12	145047	145058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533885
71	NC_015978	AAAAAT	2	12	145322	145333	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533885
72	NC_015978	TGACGG	2	12	152033	152044	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347533887
73	NC_015978	AATAAA	2	12	155105	155116	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533890
74	NC_015978	TCATTC	2	12	159542	159553	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015978	AATAAA	2	12	160103	160114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533895
76	NC_015978	TTCAGT	2	12	164782	164793	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533901
77	NC_015978	TTTTAA	2	12	166881	166892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015978	TATAAT	2	12	167560	167571	50 %	50 %	0 %	0 %	347533902
79	NC_015978	TATATT	2	12	168418	168429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533903
80	NC_015978	TATTTT	2	12	170084	170095	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533904
81	NC_015978	AACGTA	2	12	171764	171775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533908
82	NC_015978	CCAAAT	2	12	175471	175482	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	347533910
83	NC_015978	TTTTGC	2	12	175827	175838	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	347533910
84	NC_015978	TATTCA	2	12	177515	177526	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533912
85	NC_015978	GATTTG	2	12	183261	183272	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	347533916
86	NC_015978	AATAAA	2	12	184804	184815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533918
87	NC_015978	CGAGTC	2	12	190443	190454	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	347533925
88	NC_015978	TGATAA	2	12	194295	194306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533928
89	NC_015978	GTAAAG	2	12	195392	195403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533928
90	NC_015978	GCCCAA	2	12	195544	195555	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347533928
91	NC_015978	TTTTGT	2	12	198415	198426	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	347533931
92	NC_015978	ATTTTT	2	12	198759	198770	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533931
93	NC_015978	TATCAA	2	12	201333	201344	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533932
94	NC_015978	ATTATC	2	12	202930	202941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533933
95	NC_015978	ATGATA	2	12	204745	204756	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015978	GCAATT	2	12	209761	209772	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533936
97	NC_015978	TGAAAC	2	12	210135	210146	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533936
98	NC_015978	ATTTTA	2	12	210910	210921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533937
99	NC_015978	GTTTTT	2	12	212887	212898	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015978	CGATAA	2	12	215335	215346	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015978	GGCTTA	2	12	218066	218077	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347533942
102	NC_015978	AGTCAA	2	12	218234	218245	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533942
103	NC_015978	TTTAAG	2	12	219903	219914	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015978	AATTTA	2	12	220042	220053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015978	CTTAAC	2	12	223661	223672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533946
106	NC_015978	TTACTT	2	12	225695	225706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533949
107	NC_015978	TGGTGA	2	12	229251	229262	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347533952
108	NC_015978	TGATAA	2	12	232057	232068	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533953
109	NC_015978	GAAGCA	2	12	235097	235108	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533958
110	NC_015978	ATCAAT	2	12	235634	235645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533959
111	NC_015978	AATGAA	2	12	241258	241269	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347533965
112	NC_015978	CGGCTT	2	12	243056	243067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015978	AGTTTC	2	12	245344	245355	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533972
114	NC_015978	GGCAAA	2	12	249286	249297	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533975
115	NC_015978	TTAAAA	2	12	254222	254233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015978	TGGAAT	2	12	257293	257304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533982
117	NC_015978	GTATTT	2	12	257856	257867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	347533983
118	NC_015978	CGATAA	2	12	259352	259363	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533984
119	NC_015978	TTAGCA	2	12	260548	260559	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015978	ATGGTG	2	12	264561	264572	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347533991
121	NC_015978	ATAATG	2	12	264777	264788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533991
122	NC_015978	AGTTCT	2	12	269307	269318	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533996
123	NC_015978	ATTTTT	2	12	270192	270203	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533997
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451	NC_015978	ATATCA	2	12	997279	997290	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347534686
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461	NC_015978	TGGCAA	2	12	1025671	1025682	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	347534706
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463	NC_015978	ATGACC	2	12	1031409	1031420	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534710
464	NC_015978	ATCAAA	2	12	1032982	1032993	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	347534712
465	NC_015978	TTCATC	2	12	1033102	1033113	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	347534712
466	NC_015978	CAAAGC	2	12	1033155	1033166	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	347534712
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468	NC_015978	AAAGAA	2	12	1036653	1036664	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347534716
469	NC_015978	AATAAA	2	12	1037108	1037119	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347534717
470	NC_015978	TTAAAA	2	12	1040093	1040104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347534720
471	NC_015978	CTAATT	2	12	1040952	1040963	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534721
472	NC_015978	CCAAAC	2	12	1041036	1041047	50 %	0 %	0 %	50 %	347534721
473	NC_015978	ATTTCA	3	18	1045323	1045340	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534726
474	NC_015978	ATCGAC	2	12	1045949	1045960	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534726
475	NC_015978	TTATCA	2	12	1046318	1046329	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534727
476	NC_015978	TTTCAA	2	12	1046445	1046456	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534727
477	NC_015978	CATGGT	2	12	1047558	1047569	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347534729
478	NC_015978	GAATTT	2	12	1048510	1048521	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
479	NC_015978	TAAATT	2	12	1049377	1049388	50 %	50 %	0 %	0 %	347534731
480	NC_015978	CTTAAA	2	12	1049516	1049527	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347534731
481	NC_015978	TGGTAA	2	12	1051763	1051774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
482	NC_015978	GACAAT	2	12	1055968	1055979	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347534735
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486	NC_015978	TAACTC	2	12	1068777	1068788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347534746
487	NC_015978	AATACT	2	12	1069609	1069620	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347534747
488	NC_015978	AATGGT	2	12	1071081	1071092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347534749
489	NC_015978	CTTTTA	2	12	1073332	1073343	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347534752
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491	NC_015978	TACGAG	2	12	1078495	1078506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	347534759
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494	NC_015978	TACCTT	2	12	1086059	1086070	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	347534776
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498	NC_015978	TATCTG	2	12	1095754	1095765	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534791
499	NC_015978	CCTTCA	2	12	1097850	1097861	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	347534791
500	NC_015978	GCCACC	2	12	1106042	1106053	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	347534794

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