MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 chromosome

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015978	CTTTTT	2	12	31664	31675	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015978	TATATC	2	12	40428	40439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015978	ACTAAT	2	12	45379	45390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015978	TAGATT	2	12	76339	76350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015978	TATTAA	2	12	104228	104239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015978	ATAAAA	2	12	105656	105667	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015978	TAAAAT	2	12	106471	106482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015978	ACTAAT	2	12	125895	125906	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015978	TAAATT	2	12	129608	129619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015978	AATTGA	2	12	137429	137440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015978	ACTAGA	2	12	139660	139671	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015978	TCAATG	2	12	144331	144342	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015978	TCATTC	2	12	159542	159553	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015978	TTTTAA	2	12	166881	166892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015978	ATGATA	2	12	204745	204756	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015978	GTTTTT	2	12	212887	212898	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015978	CGATAA	2	12	215335	215346	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015978	TTTAAG	2	12	219903	219914	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015978	AATTTA	2	12	220042	220053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015978	CGGCTT	2	12	243056	243067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015978	TTAAAA	2	12	254222	254233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015978	TTAGCA	2	12	260548	260559	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015978	TAAAAA	2	12	309376	309387	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015978	AATTAC	2	12	315983	315994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015978	ATACTA	2	12	316023	316034	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015978	ACATGA	2	12	316802	316813	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015978	AAATTT	2	12	328748	328759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015978	TTCCAC	2	12	340390	340401	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015978	ACTAAT	2	12	365304	365315	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015978	ACTAAT	2	12	372080	372091	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015978	TTAAAT	2	12	387671	387682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015978	ACTAAT	2	12	426982	426993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015978	GCATCG	2	12	427377	427388	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015978	AAAAAC	2	12	433653	433664	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015978	TTGTTT	2	12	456603	456614	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015978	TAAAAT	2	12	491730	491741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015978	TAAAAT	2	12	493399	493410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015978	GTTAAT	2	12	511158	511169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015978	CATTAA	2	12	511436	511447	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015978	TTTGTT	2	12	512564	512575	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015978	TGAAGT	2	12	532883	532894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015978	AAACAA	2	12	535393	535404	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015978	TGGTGC	3	18	535455	535472	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015978	CAAATT	2	12	535846	535857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015978	TTTACT	2	12	545960	545971	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015978	ATTTTA	2	12	547098	547109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015978	TTAATA	2	12	579239	579250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015978	ATTAAA	2	12	606407	606418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015978	TTAATT	2	12	625005	625016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015978	ATTGTT	2	12	632176	632187	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015978	CCTGCT	2	12	779347	779358	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015978	AGCCAA	2	12	785164	785175	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015978	TGGCTT	2	12	785182	785193	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015978	AAAATA	2	12	811804	811815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015978	TTAACT	2	12	830756	830767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015978	GCACTT	2	12	836190	836201	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015978	AATTTT	2	12	836520	836531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015978	TTTAAA	2	12	854517	854528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015978	TAAAAA	2	12	858110	858121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015978	ATATAA	2	12	910104	910115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015978	TCAGTA	2	12	912655	912666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015978	ACTTTT	2	12	922554	922565	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015978	TAATTA	2	12	971404	971415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015978	AGCTTA	2	12	982614	982625	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015978	TTAAAT	2	12	994585	994596	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015978	ATTAGT	2	12	1005441	1005452	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015978	GAATTT	2	12	1048510	1048521	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015978	TGGTAA	2	12	1051763	1051774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015978	AAAACG	2	12	1119208	1119219	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015978	GATTTA	2	12	1119264	1119275	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015978	TCCAGC	2	12	1120879	1120890	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015978	CTAATG	2	12	1130670	1130681	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015978	TTTTAT	2	12	1132517	1132528	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015978	TTTATT	2	12	1133985	1133996	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015978	TTCAAA	2	12	1138040	1138051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015978	TTTTCA	2	12	1138915	1138926	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015978	TAAAAT	2	12	1160490	1160501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015978	ATTTTG	2	12	1164933	1164944	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015978	GTTTGA	2	12	1164961	1164972	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015978	TAGCCA	2	12	1165160	1165171	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015978	TTAAAA	2	12	1182592	1182603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015978	ACTTAA	2	12	1213963	1213974	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015978	AATTTT	2	12	1215294	1215305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015978	TTTAAT	2	12	1252761	1252772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015978	TTTATA	2	12	1260235	1260246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015978	ATTAGT	2	12	1276014	1276025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.