MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingobium sp. SYK-6 chromosome

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015976	CTTGTT	2	12	6749	6760	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015976	GCCCGC	2	12	18175	18186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_015976	TCATCC	2	12	82649	82660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015976	GGGAGA	2	12	121895	121906	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015976	CTCGAA	2	12	133882	133893	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015976	TCGCAG	2	12	184194	184205	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015976	CTTCCG	2	12	212899	212910	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015976	CACGTT	2	12	234620	234631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015976	GGATCA	2	12	238061	238072	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015976	CGCAGC	2	12	242107	242118	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015976	CGGAAG	2	12	307831	307842	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015976	CTTCGC	2	12	333998	334009	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015976	CGGGGG	2	12	348809	348820	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015976	CGGGGC	2	12	372207	372218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015976	AGCGGC	2	12	445139	445150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015976	TTATCA	2	12	456688	456699	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015976	AGATGG	2	12	551988	551999	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015976	GCTGGC	2	12	557809	557820	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015976	ATGATT	2	12	640958	640969	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015976	CAGCGC	2	12	647582	647593	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015976	AGGTCG	2	12	657231	657242	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015976	GCGCAG	2	12	689409	689420	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015976	GGGCGG	2	12	693808	693819	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015976	TTCGGG	2	12	840003	840014	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015976	AGGTTT	2	12	893474	893485	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015976	ATCCCG	2	12	930884	930895	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_015976	CGGAAG	2	12	933251	933262	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015976	CTCTGC	2	12	1022632	1022643	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015976	GCGGGC	2	12	1036800	1036811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015976	GCTGCC	2	12	1055157	1055168	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015976	ATTTGA	2	12	1061064	1061075	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015976	CCAGCG	2	12	1068969	1068980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015976	GATGAA	2	12	1073871	1073882	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015976	AGCATC	2	12	1167666	1167677	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015976	TCCCGC	2	12	1195013	1195024	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_015976	ACCGAG	2	12	1219205	1219216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015976	AGGCGG	2	12	1219671	1219682	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015976	CGAACC	2	12	1260412	1260423	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_015976	CCGGCC	2	12	1275959	1275970	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_015976	GAGCGG	2	12	1284033	1284044	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015976	GGCACG	2	12	1288704	1288715	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015976	CTTCAG	2	12	1291380	1291391	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015976	GCAGCC	2	12	1324897	1324908	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015976	GGCCGG	2	12	1369180	1369191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015976	AGTCAT	2	12	1370161	1370172	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015976	GCAGGG	2	12	1395271	1395282	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015976	GGGTCA	2	12	1530713	1530724	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015976	GCGGGG	2	12	1614715	1614726	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015976	CTCTCC	3	18	1632077	1632094	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015976	GATCGG	2	12	1637561	1637572	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015976	AAGCGA	2	12	1714451	1714462	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015976	AAGAGA	2	12	1756597	1756608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015976	CTTCCG	2	12	1760505	1760516	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015976	CCGCAG	2	12	1761031	1761042	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015976	CGTGCG	2	12	1796519	1796530	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015976	CGCCAG	2	12	1808879	1808890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015976	TCCGCA	2	12	1818023	1818034	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015976	TCAATC	2	12	1913436	1913447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015976	TTTCCG	2	12	1978405	1978416	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015976	GCGGGT	2	12	2034236	2034247	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015976	TGGCAA	2	12	2052884	2052895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015976	GTAGCG	2	12	2116519	2116530	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015976	CCCCCT	2	12	2126827	2126838	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
64	NC_015976	CGGTAA	2	12	2157963	2157974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015976	TGGTCA	2	12	2168812	2168823	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015976	CTTCCG	2	12	2266486	2266497	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015976	CCTGTC	2	12	2266594	2266605	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015976	CTGGCG	2	12	2322897	2322908	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015976	GCCTGC	2	12	2335549	2335560	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015976	ACGCGC	2	12	2366916	2366927	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_015976	CTTCCG	2	12	2442764	2442775	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015976	CAGGGC	2	12	2445031	2445042	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015976	GCCGGA	2	12	2530248	2530259	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015976	GGGCCG	2	12	2543025	2543036	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015976	AAGCCG	2	12	2557806	2557817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015976	CCGGCC	2	12	2671128	2671139	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_015976	AGGGAA	2	12	2676023	2676034	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015976	CCCGGA	2	12	2756949	2756960	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015976	CTGCTC	2	12	2824936	2824947	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015976	GAAGCG	2	12	2827378	2827389	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015976	TTTAGA	2	12	2854558	2854569	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015976	CTGTCG	2	12	2867420	2867431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015976	GCGAAC	2	12	2872362	2872373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015976	TTCCCG	2	12	2922830	2922841	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015976	CGATGT	2	12	2934494	2934505	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015976	AGCTTC	2	12	3026780	3026791	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015976	GCCCGC	2	12	3042662	3042673	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_015976	ATGAAT	2	12	3118068	3118079	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015976	ATTGGG	2	12	3134546	3134557	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015976	AGACGG	2	12	3179934	3179945	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015976	CTCATC	2	12	3180361	3180372	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015976	AAGGAC	2	12	3220747	3220758	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015976	CCGGCC	2	12	3227399	3227410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_015976	CTTCCG	2	12	3236039	3236050	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015976	GCTTCC	2	12	3323955	3323966	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015976	CAGGCG	2	12	3324897	3324908	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015976	GTCCGC	2	12	3329280	3329291	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015976	AAGGGC	2	12	3502544	3502555	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015976	CAACGA	2	12	3530741	3530752	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015976	TGCCGC	2	12	3531026	3531037	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015976	GCCATG	2	12	3543991	3544002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015976	GCAGCG	2	12	3589368	3589379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015976	GCCGGG	2	12	3596495	3596506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015976	CCGCAC	2	12	3613979	3613990	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_015976	GCGCCG	2	12	3634262	3634273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015976	AGCGGC	2	12	3642050	3642061	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015976	CCCCGC	2	12	3642119	3642130	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
108	NC_015976	CCGATG	2	12	3646656	3646667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015976	AACCGG	2	12	3648876	3648887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_015976	ACGGGA	2	12	3649244	3649255	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015976	CTTTCT	2	12	3672233	3672244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_015976	TCGAAA	2	12	3689299	3689310	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_015976	GGCCGG	2	12	3709316	3709327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015976	TCGGCG	2	12	3729426	3729437	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015976	GCGCCG	2	12	3743737	3743748	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015976	CGGAAG	2	12	3757362	3757373	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015976	CAGTGC	2	12	3796215	3796226	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015976	CGGCGC	2	12	3822032	3822043	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015976	TCGCTT	2	12	3835205	3835216	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_015976	GACAGG	2	12	3855143	3855154	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015976	TCCGCC	2	12	3863006	3863017	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_015976	CCTCTC	2	12	3894527	3894538	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_015976	TCCCGC	2	12	4022157	4022168	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_015976	GGCAGG	2	12	4048338	4048349	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015976	GGCGCT	2	12	4118734	4118745	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015976	TCCGTC	2	12	4119137	4119148	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_015976	TCGCGC	2	12	4149032	4149043	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.