MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus ruminis ATCC 27782 chromosome

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015975	GAAAAA	2	12	11045	11056	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015975	AGCGCA	2	12	41669	41680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015975	CGGTTG	2	12	53957	53968	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015975	GTGGAA	2	12	56995	57006	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015975	TCAAGA	2	12	61060	61071	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015975	TTTTAA	2	12	80943	80954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015975	TGCATT	2	12	84804	84815	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015975	AACAAA	2	12	90711	90722	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015975	AACAAA	2	12	90857	90868	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015975	ATAAAA	2	12	142527	142538	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015975	AAATAC	2	12	143963	143974	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015975	CAGAGG	2	12	172511	172522	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015975	AGTTCA	2	12	206167	206178	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015975	TGCGCT	2	12	219426	219437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015975	TTGAAA	2	12	255123	255134	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015975	AACAAA	2	12	261640	261651	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015975	AACAAA	2	12	263240	263251	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015975	TGCGCT	2	12	265185	265196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015975	TGGAAG	2	12	279146	279157	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015975	TTTTAA	2	12	313151	313162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015975	CTTTTG	2	12	330302	330313	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015975	TTGCGA	2	12	353545	353556	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015975	ATTTTT	2	12	368515	368526	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015975	TGGAAG	2	12	398564	398575	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015975	TTATAA	2	12	423232	423243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015975	TGGAAG	2	12	453769	453780	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015975	CTGAAC	2	12	473174	473185	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015975	CGTTTG	2	12	474704	474715	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015975	AAATCG	2	12	504453	504464	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015975	TGATGT	2	12	583495	583506	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015975	AAAAAT	2	12	592629	592640	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015975	GTCAAG	2	12	619382	619393	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015975	CTCTGT	2	12	624241	624252	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015975	TGCATT	2	12	641006	641017	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015975	TTTTCA	2	12	653974	653985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015975	AAAGGG	2	12	685121	685132	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015975	AAAGAA	2	12	700183	700194	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015975	CGGTTG	2	12	721268	721279	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015975	GATATG	2	12	758516	758527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015975	TGGAAG	2	12	763846	763857	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015975	ATATGA	2	12	769746	769757	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015975	TTGTTT	2	12	770968	770979	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015975	CTTTGA	2	12	776239	776250	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015975	GGAAGG	2	12	777094	777105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015975	ATCAGA	2	12	799430	799441	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015975	AACATC	2	12	799754	799765	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015975	GAAAAA	2	12	801403	801414	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015975	TCAAAA	2	12	810178	810189	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015975	GTAAAG	2	12	816491	816502	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015975	AACGTA	2	12	816509	816520	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015975	CGCTGA	2	12	826931	826942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015975	TATCGA	2	12	828844	828855	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015975	TGAGGA	2	12	830576	830587	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015975	TATTTT	2	12	857054	857065	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015975	TGTTTT	2	12	882528	882539	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015975	ATACGA	2	12	905198	905209	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015975	TTTGCG	2	12	942767	942778	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015975	ATTTCG	2	12	946303	946314	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015975	GATCTG	2	12	972773	972784	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015975	GTCAAG	2	12	1010579	1010590	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015975	GTCTGC	2	12	1038095	1038106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015975	TGTTTC	2	12	1038888	1038899	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015975	TTTACA	2	12	1066421	1066432	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015975	GTTGCC	2	12	1067394	1067405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015975	TACATT	2	12	1068601	1068612	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015975	AAAACA	2	12	1086904	1086915	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015975	AAAACA	2	12	1158975	1158986	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015975	TAATTT	2	12	1186768	1186779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015975	CTTCAT	2	12	1193879	1193890	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015975	TAACCT	2	12	1235951	1235962	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015975	AACCTT	2	12	1236204	1236215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015975	GTTCAA	2	12	1236463	1236474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015975	AAAAAC	2	12	1279084	1279095	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015975	AGACTT	2	12	1293656	1293667	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015975	TAGAAA	2	12	1319279	1319290	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015975	CTTCTG	2	12	1340004	1340015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015975	ATGACC	2	12	1340031	1340042	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015975	TTAATT	2	12	1360819	1360830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015975	CTTTTC	2	12	1363229	1363240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015975	TGCCGG	2	12	1376220	1376231	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015975	CTTTAA	2	12	1400911	1400922	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015975	TCATGT	2	12	1404058	1404069	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015975	AAGACA	2	12	1424047	1424058	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015975	TTCAAA	2	12	1431383	1431394	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015975	TGCGAA	2	12	1451030	1451041	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015975	ACTTCC	2	12	1504322	1504333	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015975	CAACCG	2	12	1532524	1532535	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_015975	TAAAAT	2	12	1542909	1542920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015975	AACCAC	2	12	1573485	1573496	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015975	CCGTTG	2	12	1577377	1577388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_015975	CGCCTC	2	12	1593658	1593669	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_015975	GATTAA	2	12	1611095	1611106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015975	CGGTAG	2	12	1611804	1611815	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015975	ATTTTA	2	12	1699986	1699997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015975	TGCGCT	2	12	1718061	1718072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015975	TTATAA	2	12	1720652	1720663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015975	GTTTTT	2	12	1727547	1727558	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015975	TCTTTA	2	12	1729398	1729409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015975	TGAGTT	2	12	1730757	1730768	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015975	AAAGAA	2	12	1733404	1733415	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015975	GAATCA	2	12	1793071	1793082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015975	AGCGCA	2	12	1851849	1851860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015975	TTCCAC	2	12	1864563	1864574	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015975	TCCTTT	2	12	1872675	1872686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015975	TTTGTC	2	12	1873419	1873430	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015975	ATGCAA	2	12	1874702	1874713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015975	TTTTCA	2	12	1875076	1875087	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015975	CTCAAA	2	12	1918282	1918293	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015975	CAACAG	2	12	1918440	1918451	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_015975	CAACCG	2	12	1943808	1943819	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015975	ACTTCC	2	12	1944441	1944452	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015975	TGCAAC	2	12	1968052	1968063	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015975	AGCGCA	2	12	2002562	2002573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015975	ATCGAG	2	12	2008877	2008888	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015975	CGTAAT	2	12	2035823	2035834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015975	CTAATT	2	12	2047231	2047242	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015975	TTTTGC	2	12	2048041	2048052	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015975	TTCAGA	2	12	2060704	2060715	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.