MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sphingobium sp. SYK-6 plasmid pSLPG

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015974	GGCGC	2	10	855	864	0 %	0 %	60 %	40 %	347430513
2	NC_015974	TGCCT	2	10	2461	2470	0 %	40 %	20 %	40 %	347430514
3	NC_015974	AGGGC	2	10	4306	4315	20 %	0 %	60 %	20 %	347430517
4	NC_015974	CCGCG	2	10	4984	4993	0 %	0 %	40 %	60 %	347430518
5	NC_015974	TGATC	2	10	5506	5515	20 %	40 %	20 %	20 %	347430519
6	NC_015974	CGCTG	2	10	5653	5662	0 %	20 %	40 %	40 %	347430519
7	NC_015974	CGTCG	2	10	9621	9630	0 %	20 %	40 %	40 %	347430522
8	NC_015974	GGCTG	2	10	9633	9642	0 %	20 %	60 %	20 %	347430522
9	NC_015974	GCTAC	2	10	9812	9821	20 %	20 %	20 %	40 %	347430523
10	NC_015974	GCCTG	2	10	9878	9887	0 %	20 %	40 %	40 %	347430523
11	NC_015974	GCCCA	2	10	9922	9931	20 %	0 %	20 %	60 %	347430523
12	NC_015974	GCCTC	2	10	10139	10148	0 %	20 %	20 %	60 %	347430523
13	NC_015974	GTCCC	2	10	13339	13348	0 %	20 %	20 %	60 %	347430524
14	NC_015974	GATGA	2	10	16178	16187	40 %	20 %	40 %	0 %	347430528
15	NC_015974	TAGCC	2	10	17385	17394	20 %	20 %	20 %	40 %	347430530
16	NC_015974	CAGGA	2	10	18733	18742	40 %	0 %	40 %	20 %	347430532
17	NC_015974	GCCGA	2	10	19062	19071	20 %	0 %	40 %	40 %	347430533
18	NC_015974	CGCTT	2	10	21947	21956	0 %	40 %	20 %	40 %	347430537
19	NC_015974	GCCGG	2	10	22360	22369	0 %	0 %	60 %	40 %	347430537
20	NC_015974	AGCCA	2	10	23031	23040	40 %	0 %	20 %	40 %	347430538
21	NC_015974	CTTTC	2	10	23973	23982	0 %	60 %	0 %	40 %	347430539
22	NC_015974	CGCGC	2	10	25158	25167	0 %	0 %	40 %	60 %	347430541
23	NC_015974	TGATC	2	10	26845	26854	20 %	40 %	20 %	20 %	347430542
24	NC_015974	AAGCC	2	10	28926	28935	40 %	0 %	20 %	40 %	347430544
25	NC_015974	CAGCG	2	10	30352	30361	20 %	0 %	40 %	40 %	347430546
26	NC_015974	CCGAC	2	10	30521	30530	20 %	0 %	20 %	60 %	347430546
27	NC_015974	CGGCG	2	10	30588	30597	0 %	0 %	60 %	40 %	347430546
28	NC_015974	GCGCG	2	10	30721	30730	0 %	0 %	60 %	40 %	347430546
29	NC_015974	TCGGA	2	10	32854	32863	20 %	20 %	40 %	20 %	347430548
30	NC_015974	CCTGA	2	10	33035	33044	20 %	20 %	20 %	40 %	347430548
31	NC_015974	ATCGC	2	10	34178	34187	20 %	20 %	20 %	40 %	347430549
32	NC_015974	GCTCG	2	10	36405	36414	0 %	20 %	40 %	40 %	347430550
33	NC_015974	CGCGA	2	10	36931	36940	20 %	0 %	40 %	40 %	347430550
34	NC_015974	TCGAT	2	10	38162	38171	20 %	40 %	20 %	20 %	347430551
35	NC_015974	ACGCG	2	10	39241	39250	20 %	0 %	40 %	40 %	347430553
36	NC_015974	TGCCG	2	10	39789	39798	0 %	20 %	40 %	40 %	347430554
37	NC_015974	CGCTG	2	10	41368	41377	0 %	20 %	40 %	40 %	347430556
38	NC_015974	CGTGC	2	10	42305	42314	0 %	20 %	40 %	40 %	347430556
39	NC_015974	TCCCA	2	10	44076	44085	20 %	20 %	0 %	60 %	347430558
40	NC_015974	GCGAT	2	10	44211	44220	20 %	20 %	40 %	20 %	347430558
41	NC_015974	TCGCC	2	10	44872	44881	0 %	20 %	20 %	60 %	347430558
42	NC_015974	CGCGC	2	10	45345	45354	0 %	0 %	40 %	60 %	347430558
43	NC_015974	ACCGG	2	10	45518	45527	20 %	0 %	40 %	40 %	347430558
44	NC_015974	AAGCA	2	10	45905	45914	60 %	0 %	20 %	20 %	347430558
45	NC_015974	GCCCC	2	10	46559	46568	0 %	0 %	20 %	80 %	347430558
46	NC_015974	CCCGG	2	10	46729	46738	0 %	0 %	40 %	60 %	347430558
47	NC_015974	ACGCG	2	10	46905	46914	20 %	0 %	40 %	40 %	347430558
48	NC_015974	GGGAT	2	10	50222	50231	20 %	20 %	60 %	0 %	347430563
49	NC_015974	GCCGC	2	10	52525	52534	0 %	0 %	40 %	60 %	347430563
50	NC_015974	TTGGC	2	10	52706	52715	0 %	40 %	40 %	20 %	347430563
51	NC_015974	CGGCG	2	10	53583	53592	0 %	0 %	60 %	40 %	347430564
52	NC_015974	TCCGC	2	10	54210	54219	0 %	20 %	20 %	60 %	347430564
53	NC_015974	CAGCG	2	10	54805	54814	20 %	0 %	40 %	40 %	347430564
54	NC_015974	GCATG	2	10	55054	55063	20 %	20 %	40 %	20 %	347430565
55	NC_015974	CGGAT	2	10	55377	55386	20 %	20 %	40 %	20 %	347430565
56	NC_015974	CGGCG	2	10	55486	55495	0 %	0 %	60 %	40 %	347430565
57	NC_015974	CGGCG	2	10	57985	57994	0 %	0 %	60 %	40 %	347430569
58	NC_015974	CGGCG	2	10	61297	61306	0 %	0 %	60 %	40 %	347430573
59	NC_015974	GCCCG	2	10	61455	61464	0 %	0 %	40 %	60 %	347430574
60	NC_015974	ACCGA	2	10	62178	62187	40 %	0 %	20 %	40 %	347430575
61	NC_015974	AAGCA	2	10	62680	62689	60 %	0 %	20 %	20 %	347430576
62	NC_015974	CGGCA	2	10	63240	63249	20 %	0 %	40 %	40 %	347430577
63	NC_015974	AACCC	2	10	66250	66259	40 %	0 %	0 %	60 %	347430581
64	NC_015974	CGGCG	2	10	66849	66858	0 %	0 %	60 %	40 %	347430581
65	NC_015974	ACGGC	2	10	69742	69751	20 %	0 %	40 %	40 %	347430583
66	NC_015974	GCCAG	2	10	73378	73387	20 %	0 %	40 %	40 %	347430589
67	NC_015974	CGCTG	2	10	75393	75402	0 %	20 %	40 %	40 %	347430591
68	NC_015974	GGTGA	2	10	78021	78030	20 %	20 %	60 %	0 %	347430594
69	NC_015974	TCGCC	2	10	78605	78614	0 %	20 %	20 %	60 %	347430594
70	NC_015974	GCGGG	2	10	79370	79379	0 %	0 %	80 %	20 %	347430594
71	NC_015974	GCCGC	2	10	79561	79570	0 %	0 %	40 %	60 %	347430594
72	NC_015974	GGCAG	2	10	79822	79831	20 %	0 %	60 %	20 %	347430595
73	NC_015974	CGAGC	2	10	80709	80718	20 %	0 %	40 %	40 %	347430597
74	NC_015974	AGGCG	2	10	81893	81902	20 %	0 %	60 %	20 %	347430599
75	NC_015974	GCGCG	2	10	84423	84432	0 %	0 %	60 %	40 %	347430600
76	NC_015974	CGCGT	2	10	85996	86005	0 %	20 %	40 %	40 %	347430602
77	NC_015974	GTGAC	2	10	87085	87094	20 %	20 %	40 %	20 %	347430603
78	NC_015974	CGGAT	2	10	87101	87110	20 %	20 %	40 %	20 %	347430603
79	NC_015974	TCGGC	2	10	88189	88198	0 %	20 %	40 %	40 %	347430604
80	NC_015974	GGGGT	2	10	89615	89624	0 %	20 %	80 %	0 %	347430605
81	NC_015974	GTCCC	2	10	90335	90344	0 %	20 %	20 %	60 %	347430605
82	NC_015974	CGGCG	2	10	92921	92930	0 %	0 %	60 %	40 %	347430609
83	NC_015974	GCTCG	2	10	93244	93253	0 %	20 %	40 %	40 %	347430609
84	NC_015974	AGGGC	2	10	93290	93299	20 %	0 %	60 %	20 %	347430609
85	NC_015974	CGGCG	2	10	94993	95002	0 %	0 %	60 %	40 %	347430612
86	NC_015974	GATCC	2	10	97829	97838	20 %	20 %	20 %	40 %	347430617
87	NC_015974	TCGGC	2	10	98064	98073	0 %	20 %	40 %	40 %	347430617
88	NC_015974	TGGGT	2	10	99411	99420	0 %	40 %	60 %	0 %	347430617
89	NC_015974	CATCG	2	10	99533	99542	20 %	20 %	20 %	40 %	347430617
90	NC_015974	TGCGC	2	10	99697	99706	0 %	20 %	40 %	40 %	347430617
91	NC_015974	GAAGC	2	10	100229	100238	40 %	0 %	40 %	20 %	347430618
92	NC_015974	GCATC	2	10	100278	100287	20 %	20 %	20 %	40 %	347430618
93	NC_015974	AGCGA	2	10	100733	100742	40 %	0 %	40 %	20 %	347430618
94	NC_015974	GCGTC	2	10	101886	101895	0 %	20 %	40 %	40 %	347430619
95	NC_015974	CAGGA	2	10	102376	102385	40 %	0 %	40 %	20 %	347430620
96	NC_015974	CCGCG	2	10	103415	103424	0 %	0 %	40 %	60 %	347430621
97	NC_015974	GCCCG	2	10	104261	104270	0 %	0 %	40 %	60 %	347430622
98	NC_015974	AGGGC	2	10	105713	105722	20 %	0 %	60 %	20 %	347430623
99	NC_015974	CGATC	2	10	106729	106738	20 %	20 %	20 %	40 %	347430624
100	NC_015974	CGGCT	2	10	107434	107443	0 %	20 %	40 %	40 %	347430624
101	NC_015974	GTCAT	2	10	109135	109144	20 %	40 %	20 %	20 %	347430626
102	NC_015974	CAACG	2	10	109479	109488	40 %	0 %	20 %	40 %	347430626
103	NC_015974	TGCGG	2	10	111053	111062	0 %	20 %	60 %	20 %	347430626
104	NC_015974	GGGAC	2	10	115235	115244	20 %	0 %	60 %	20 %	347430631
105	NC_015974	GGCGG	2	10	115528	115537	0 %	0 %	80 %	20 %	347430631
106	NC_015974	AGGCA	2	10	116679	116688	40 %	0 %	40 %	20 %	347430632
107	NC_015974	TCGGA	2	10	117569	117578	20 %	20 %	40 %	20 %	347430632
108	NC_015974	TGCGG	2	10	118564	118573	0 %	20 %	60 %	20 %	347430632
109	NC_015974	CGACC	2	10	120417	120426	20 %	0 %	20 %	60 %	347430633
110	NC_015974	AGCCC	2	10	121564	121573	20 %	0 %	20 %	60 %	347430633
111	NC_015974	TGCGG	2	10	122612	122621	0 %	20 %	60 %	20 %	347430634
112	NC_015974	ACTGG	2	10	122814	122823	20 %	20 %	40 %	20 %	347430634
113	NC_015974	GGGTG	2	10	124053	124062	0 %	20 %	80 %	0 %	347430636
114	NC_015974	GGCGA	2	10	125289	125298	20 %	0 %	60 %	20 %	347430637
115	NC_015974	GCCCC	2	10	127327	127336	0 %	0 %	20 %	80 %	347430639
116	NC_015974	CCGAT	2	10	127628	127637	20 %	20 %	20 %	40 %	347430640
117	NC_015974	GCGCC	2	10	127705	127714	0 %	0 %	40 %	60 %	347430640
118	NC_015974	GATCG	2	10	128389	128398	20 %	20 %	40 %	20 %	347430641
119	NC_015974	CGCGG	2	10	131182	131191	0 %	0 %	60 %	40 %	347430645
120	NC_015974	ACCGG	2	10	132862	132871	20 %	0 %	40 %	40 %	347430648
121	NC_015974	GGCCG	2	10	134036	134045	0 %	0 %	60 %	40 %	347430650
122	NC_015974	AGTGC	2	10	134218	134227	20 %	20 %	40 %	20 %	347430650
123	NC_015974	GCGCG	2	10	134485	134494	0 %	0 %	60 %	40 %	347430650
124	NC_015974	GCGAA	2	10	135019	135028	40 %	0 %	40 %	20 %	347430651
125	NC_015974	CGCGC	2	10	135089	135098	0 %	0 %	40 %	60 %	347430651
126	NC_015974	CCCAG	2	10	135401	135410	20 %	0 %	20 %	60 %	347430651
127	NC_015974	GCCGT	2	10	136343	136352	0 %	20 %	40 %	40 %	347430652
128	NC_015974	AGGCC	2	10	137345	137354	20 %	0 %	40 %	40 %	347430654
129	NC_015974	CGATG	2	10	138036	138045	20 %	20 %	40 %	20 %	347430654
130	NC_015974	CGGCC	2	10	139209	139218	0 %	0 %	40 %	60 %	347430657
131	NC_015974	TGCCC	2	10	140754	140763	0 %	20 %	20 %	60 %	347430659
132	NC_015974	AGCGC	2	10	140771	140780	20 %	0 %	40 %	40 %	347430659
133	NC_015974	CCGTT	2	10	141966	141975	0 %	40 %	20 %	40 %	347430659
134	NC_015974	TCCAG	2	10	142812	142821	20 %	20 %	20 %	40 %	347430660
135	NC_015974	GTGCG	2	10	143948	143957	0 %	20 %	60 %	20 %	347430660
136	NC_015974	GCCGA	2	10	144260	144269	20 %	0 %	40 %	40 %	347430660
137	NC_015974	CATCG	2	10	145963	145972	20 %	20 %	20 %	40 %	347430660
138	NC_015974	AGCGC	2	10	145982	145991	20 %	0 %	40 %	40 %	347430660

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.