MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	GCAAG	2	10	157	166	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015970	TGCGT	2	10	846	855	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015970	GCTTT	2	10	2413	2422	0 %	60 %	20 %	20 %	345301802
4	NC_015970	GGACG	2	10	3679	3688	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015970	GGCGC	2	10	4398	4407	0 %	0 %	60 %	40 %	345301803
6	NC_015970	GGGTG	2	10	5867	5876	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015970	AGGCA	2	10	7152	7161	40 %	0 %	40 %	20 %	345301804
8	NC_015970	CGGCG	2	10	9971	9980	0 %	0 %	60 %	40 %	345301805
9	NC_015970	GCGAG	2	10	11709	11718	20 %	0 %	60 %	20 %	345301807
10	NC_015970	GGCAC	2	10	12147	12156	20 %	0 %	40 %	40 %	345301807
11	NC_015970	AAACC	2	10	13777	13786	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015970	GGTCG	2	10	13866	13875	0 %	20 %	60 %	20 %	345301809
13	NC_015970	CCTTC	2	10	19885	19894	0 %	40 %	0 %	60 %	345301814
14	NC_015970	ACCGG	2	10	20899	20908	20 %	0 %	40 %	40 %	345301814
15	NC_015970	CTGAA	2	10	22122	22131	40 %	20 %	20 %	20 %	345301814
16	NC_015970	CAGCT	2	10	22202	22211	20 %	20 %	20 %	40 %	345301814
17	NC_015970	ACTGG	2	10	22441	22450	20 %	20 %	40 %	20 %	345301814
18	NC_015970	CTTCG	2	10	24338	24347	0 %	40 %	20 %	40 %	345301817
19	NC_015970	CTGAT	2	10	25040	25049	20 %	40 %	20 %	20 %	345301817
20	NC_015970	GGGAG	2	10	26942	26951	20 %	0 %	80 %	0 %	345301820
21	NC_015970	GTCGG	2	10	27962	27971	0 %	20 %	60 %	20 %	345301821
22	NC_015970	CGGGC	2	10	38977	38986	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015970	CGCAT	2	10	39307	39316	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015970	GGCCT	2	10	41557	41566	0 %	20 %	40 %	40 %	345301834
25	NC_015970	TGCCG	2	10	42410	42419	0 %	20 %	40 %	40 %	345301836
26	NC_015970	TGCCT	2	10	42522	42531	0 %	40 %	20 %	40 %	345301836
27	NC_015970	CTTTC	2	10	43148	43157	0 %	60 %	0 %	40 %	345301836
28	NC_015970	CGGCG	2	10	44626	44635	0 %	0 %	60 %	40 %	345301837
29	NC_015970	CGGGT	2	10	45126	45135	0 %	20 %	60 %	20 %	345301837
30	NC_015970	GCCTC	2	10	48691	48700	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_015970	GCGTG	2	10	48706	48715	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015970	CCGAC	2	10	49582	49591	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_015970	CCCAT	2	10	51311	51320	20 %	20 %	0 %	60 %	345301839
34	NC_015970	CCTTT	2	10	52019	52028	0 %	60 %	0 %	40 %	345301839
35	NC_015970	ACCGA	2	10	55616	55625	40 %	0 %	20 %	40 %	345301843
36	NC_015970	TTCGA	2	10	57246	57255	20 %	40 %	20 %	20 %	345301844
37	NC_015970	CCGTA	2	10	57903	57912	20 %	20 %	20 %	40 %	345301844
38	NC_015970	GCCTG	2	10	61452	61461	0 %	20 %	40 %	40 %	345301847
39	NC_015970	TGGCC	2	10	62518	62527	0 %	20 %	40 %	40 %	345301847
40	NC_015970	AGCGC	2	10	62774	62783	20 %	0 %	40 %	40 %	345301848
41	NC_015970	CGCGC	2	10	62899	62908	0 %	0 %	40 %	60 %	345301848
42	NC_015970	TGCCT	2	10	65077	65086	0 %	40 %	20 %	40 %	345301850
43	NC_015970	TTTCG	2	10	65143	65152	0 %	60 %	20 %	20 %	345301850
44	NC_015970	GGTAC	2	10	65610	65619	20 %	20 %	40 %	20 %	345301851
45	NC_015970	GAACC	2	10	67218	67227	40 %	0 %	20 %	40 %	345301853
46	NC_015970	GGCTC	2	10	67881	67890	0 %	20 %	40 %	40 %	345301854
47	NC_015970	CCCTG	2	10	70625	70634	0 %	20 %	20 %	60 %	345301857
48	NC_015970	CACCG	2	10	72277	72286	20 %	0 %	20 %	60 %	345301858
49	NC_015970	CCAGT	2	10	73038	73047	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015970	AGGGG	2	10	73429	73438	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015970	TCCGC	2	10	73672	73681	0 %	20 %	20 %	60 %	345301859
52	NC_015970	CGGTT	2	10	75753	75762	0 %	40 %	40 %	20 %	345301863
53	NC_015970	GCTCC	2	10	76260	76269	0 %	20 %	20 %	60 %	345301863
54	NC_015970	ACGCG	2	10	76828	76837	20 %	0 %	40 %	40 %	345301863
55	NC_015970	CTTTA	2	10	77223	77232	20 %	60 %	0 %	20 %	345301863
56	NC_015970	GGCAG	2	10	77582	77591	20 %	0 %	60 %	20 %	345301864
57	NC_015970	ACAGG	2	10	78283	78292	40 %	0 %	40 %	20 %	345301864
58	NC_015970	CGAGC	2	10	78350	78359	20 %	0 %	40 %	40 %	345301864
59	NC_015970	AGCGA	2	10	79033	79042	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015970	CATCA	2	10	82058	82067	40 %	20 %	0 %	40 %	345301867
61	NC_015970	CTGGC	2	10	83351	83360	0 %	20 %	40 %	40 %	345301868
62	NC_015970	GCCCG	2	10	84132	84141	0 %	0 %	40 %	60 %	345301869
63	NC_015970	GCTTC	2	10	85078	85087	0 %	40 %	20 %	40 %	345301869
64	NC_015970	GATCG	2	10	86253	86262	20 %	20 %	40 %	20 %	345301870
65	NC_015970	AACCG	2	10	89901	89910	40 %	0 %	20 %	40 %	345301872
66	NC_015970	GCGCG	2	10	89973	89982	0 %	0 %	60 %	40 %	345301872
67	NC_015970	CCCCT	2	10	90092	90101	0 %	20 %	0 %	80 %	345301872
68	NC_015970	AGGTC	2	10	91002	91011	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015970	CCAGC	2	10	93209	93218	20 %	0 %	20 %	60 %	345301873
70	NC_015970	GCGTC	2	10	94562	94571	0 %	20 %	40 %	40 %	345301874
71	NC_015970	CCACC	2	10	95429	95438	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_015970	AATCA	2	10	97024	97033	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015970	GCTTG	2	10	98137	98146	0 %	40 %	40 %	20 %	345301879
74	NC_015970	CCCAT	2	10	98963	98972	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_015970	TGCTT	2	10	99318	99327	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015970	GACCA	2	10	99468	99477	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_015970	GGCCA	2	10	100094	100103	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015970	CGTTG	2	10	100146	100155	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015970	CCTTC	2	10	100675	100684	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_015970	TCCAT	2	10	102540	102549	20 %	40 %	0 %	40 %	345301883
81	NC_015970	CCCAT	2	10	102889	102898	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_015970	CTGAT	2	10	103447	103456	20 %	40 %	20 %	20 %	345301884
83	NC_015970	GGTCT	2	10	103554	103563	0 %	40 %	40 %	20 %	345301884

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.