MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 274

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	TTTC	2	8	213	220	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015970	CCAA	2	8	232	239	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015970	GAAG	2	8	259	266	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015970	CATC	2	8	594	601	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015970	CGCA	2	8	1883	1890	25 %	0 %	25 %	50 %	345301801
6	NC_015970	GCTT	2	8	2201	2208	0 %	50 %	25 %	25 %	345301801
7	NC_015970	CGCA	2	8	2790	2797	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015970	GGCG	2	8	3475	3482	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015970	TACC	2	8	3610	3617	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015970	TCCC	2	8	3826	3833	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
11	NC_015970	CGGT	2	8	3870	3877	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015970	GGTC	2	8	3916	3923	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015970	CGCC	2	8	4117	4124	0 %	0 %	25 %	75 %	345301803
14	NC_015970	AAAC	2	8	4474	4481	75 %	0 %	0 %	25 %	345301803
15	NC_015970	CCGG	2	8	4583	4590	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
16	NC_015970	TCGA	2	8	4792	4799	25 %	25 %	25 %	25 %	345301803
17	NC_015970	CAGC	2	8	4836	4843	25 %	0 %	25 %	50 %	345301803
18	NC_015970	GCTC	2	8	5770	5777	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015970	CAGG	2	8	5828	5835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015970	GGCG	2	8	6284	6291	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015970	CAGG	2	8	6332	6339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015970	GCAT	2	8	6377	6384	25 %	25 %	25 %	25 %	345301804
23	NC_015970	GAAC	2	8	6724	6731	50 %	0 %	25 %	25 %	345301804
24	NC_015970	GCTG	2	8	7633	7640	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_015970	CTTG	2	8	8553	8560	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_015970	GCTT	2	8	10049	10056	0 %	50 %	25 %	25 %	345301805
27	NC_015970	GTGC	2	8	10360	10367	0 %	25 %	50 %	25 %	345301805
28	NC_015970	GGAC	2	8	10699	10706	25 %	0 %	50 %	25 %	345301806
29	NC_015970	TACG	2	8	10785	10792	25 %	25 %	25 %	25 %	345301806
30	NC_015970	CCGA	2	8	10902	10909	25 %	0 %	25 %	50 %	345301806
31	NC_015970	CTGG	2	8	11399	11406	0 %	25 %	50 %	25 %	345301806
32	NC_015970	GGCT	2	8	11609	11616	0 %	25 %	50 %	25 %	345301807
33	NC_015970	GGCT	2	8	12051	12058	0 %	25 %	50 %	25 %	345301807
34	NC_015970	ACGT	2	8	12133	12140	25 %	25 %	25 %	25 %	345301807
35	NC_015970	CATG	2	8	12444	12451	25 %	25 %	25 %	25 %	345301807
36	NC_015970	GAGG	2	8	12642	12649	25 %	0 %	75 %	0 %	345301808
37	NC_015970	CTCG	2	8	12851	12858	0 %	25 %	25 %	50 %	345301808
38	NC_015970	GTCG	2	8	12936	12943	0 %	25 %	50 %	25 %	345301808
39	NC_015970	GGCC	2	8	13511	13518	0 %	0 %	50 %	50 %	345301808
40	NC_015970	TGCG	2	8	13570	13577	0 %	25 %	50 %	25 %	345301808
41	NC_015970	CGGT	2	8	14103	14110	0 %	25 %	50 %	25 %	345301809
42	NC_015970	TGAG	2	8	14261	14268	25 %	25 %	50 %	0 %	345301809
43	NC_015970	CGGT	2	8	14866	14873	0 %	25 %	50 %	25 %	345301810
44	NC_015970	GAGC	2	8	15108	15115	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015970	TTGG	2	8	15398	15405	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015970	TAAG	2	8	15665	15672	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015970	ACCG	2	8	16032	16039	25 %	0 %	25 %	50 %	345301811
48	NC_015970	CGCC	2	8	16358	16365	0 %	0 %	25 %	75 %	345301811
49	NC_015970	GACC	2	8	16724	16731	25 %	0 %	25 %	50 %	345301811
50	NC_015970	GGCT	2	8	16848	16855	0 %	25 %	50 %	25 %	345301811
51	NC_015970	TCAT	2	8	17470	17477	25 %	50 %	0 %	25 %	345301811
52	NC_015970	GACA	2	8	19582	19589	50 %	0 %	25 %	25 %	345301813
53	NC_015970	TCAA	2	8	19660	19667	50 %	25 %	0 %	25 %	345301813
54	NC_015970	GCGG	2	8	20746	20753	0 %	0 %	75 %	25 %	345301814
55	NC_015970	CAAG	2	8	20779	20786	50 %	0 %	25 %	25 %	345301814
56	NC_015970	TCCC	2	8	20891	20898	0 %	25 %	0 %	75 %	345301814
57	NC_015970	TACC	2	8	21586	21593	25 %	25 %	0 %	50 %	345301814
58	NC_015970	AACC	2	8	21643	21650	50 %	0 %	0 %	50 %	345301814
59	NC_015970	GATC	2	8	21994	22001	25 %	25 %	25 %	25 %	345301814
60	NC_015970	GAGC	2	8	22333	22340	25 %	0 %	50 %	25 %	345301814
61	NC_015970	CCTG	2	8	22534	22541	0 %	25 %	25 %	50 %	345301814
62	NC_015970	TTTC	2	8	22835	22842	0 %	75 %	0 %	25 %	345301815
63	NC_015970	TGCG	2	8	23548	23555	0 %	25 %	50 %	25 %	345301815
64	NC_015970	CGGA	2	8	23638	23645	25 %	0 %	50 %	25 %	345301815
65	NC_015970	GCCG	2	8	23906	23913	0 %	0 %	50 %	50 %	345301816
66	NC_015970	TGAA	2	8	23959	23966	50 %	25 %	25 %	0 %	345301816
67	NC_015970	CCAC	2	8	24248	24255	25 %	0 %	0 %	75 %	345301816
68	NC_015970	GGGA	2	8	24470	24477	25 %	0 %	75 %	0 %	345301817
69	NC_015970	CGTT	2	8	24544	24551	0 %	50 %	25 %	25 %	345301817
70	NC_015970	AGCG	2	8	24724	24731	25 %	0 %	50 %	25 %	345301817
71	NC_015970	ATGC	2	8	25072	25079	25 %	25 %	25 %	25 %	345301817
72	NC_015970	TGCG	2	8	25100	25107	0 %	25 %	50 %	25 %	345301817
73	NC_015970	GCGG	2	8	25380	25387	0 %	0 %	75 %	25 %	345301817
74	NC_015970	GTGC	2	8	25743	25750	0 %	25 %	50 %	25 %	345301818
75	NC_015970	ACGG	2	8	26394	26401	25 %	0 %	50 %	25 %	345301819
76	NC_015970	TCTG	2	8	27126	27133	0 %	50 %	25 %	25 %	345301820
77	NC_015970	TCGG	2	8	27537	27544	0 %	25 %	50 %	25 %	345301820
78	NC_015970	ACTG	2	8	28180	28187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015970	GCGA	2	8	28272	28279	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015970	GGTT	2	8	32258	32265	0 %	50 %	50 %	0 %	345301826
81	NC_015970	CTGC	2	8	33299	33306	0 %	25 %	25 %	50 %	345301827
82	NC_015970	GGAT	2	8	34398	34405	25 %	25 %	50 %	0 %	345301827
83	NC_015970	GCTG	2	8	34648	34655	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015970	CGAT	2	8	34742	34749	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015970	CACC	2	8	35695	35702	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_015970	ACCG	2	8	36008	36015	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015970	CGGC	2	8	36430	36437	0 %	0 %	50 %	50 %	345301829
88	NC_015970	ACCT	2	8	36923	36930	25 %	25 %	0 %	50 %	345301830
89	NC_015970	GCAG	2	8	37338	37345	25 %	0 %	50 %	25 %	345301831
90	NC_015970	ACCC	2	8	37712	37719	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_015970	GGGC	2	8	37749	37756	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015970	ATAA	2	8	38023	38030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015970	CTGT	2	8	38449	38456	0 %	50 %	25 %	25 %	345301832
94	NC_015970	CTTT	2	8	38650	38657	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015970	GATC	2	8	38967	38974	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015970	CGAG	2	8	39136	39143	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015970	TCCG	2	8	39502	39509	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015970	CGCC	2	8	40119	40126	0 %	0 %	25 %	75 %	345301833
99	NC_015970	CTTC	2	8	40183	40190	0 %	50 %	0 %	50 %	345301833
100	NC_015970	CAGC	2	8	41520	41527	25 %	0 %	25 %	50 %	345301834
101	NC_015970	TCGG	2	8	44913	44920	0 %	25 %	50 %	25 %	345301837
102	NC_015970	GCAG	2	8	45366	45373	25 %	0 %	50 %	25 %	345301837
103	NC_015970	TCGA	2	8	45579	45586	25 %	25 %	25 %	25 %	345301837
104	NC_015970	AGAT	2	8	45948	45955	50 %	25 %	25 %	0 %	345301837
105	NC_015970	GCCC	2	8	46635	46642	0 %	0 %	25 %	75 %	345301838
106	NC_015970	TCCA	2	8	47488	47495	25 %	25 %	0 %	50 %	345301838
107	NC_015970	CCAT	2	8	47602	47609	25 %	25 %	0 %	50 %	345301838
108	NC_015970	GTGA	2	8	47794	47801	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015970	ATTA	2	8	47815	47822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015970	GATT	2	8	48107	48114	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015970	TTCC	2	8	48125	48132	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015970	ACGC	2	8	48607	48614	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015970	CCCA	2	8	48632	48639	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_015970	TGCT	2	8	48774	48781	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015970	ACCC	2	8	48878	48885	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_015970	GAAG	2	8	49317	49324	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015970	CCGT	2	8	49593	49600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_015970	CCGA	2	8	49665	49672	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015970	TGCG	2	8	49818	49825	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015970	CCTT	2	8	49994	50001	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_015970	CTGC	3	12	50103	50114	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_015970	CCGC	2	8	50223	50230	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
123	NC_015970	CGGA	2	8	50351	50358	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015970	GCTG	2	8	50373	50380	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015970	TGGC	2	8	51097	51104	0 %	25 %	50 %	25 %	345301839
126	NC_015970	CCAC	2	8	51224	51231	25 %	0 %	0 %	75 %	345301839
127	NC_015970	TGCG	2	8	51638	51645	0 %	25 %	50 %	25 %	345301839
128	NC_015970	GCAG	2	8	52190	52197	25 %	0 %	50 %	25 %	345301839
129	NC_015970	ATGA	2	8	52560	52567	50 %	25 %	25 %	0 %	345301839
130	NC_015970	CTGT	2	8	52650	52657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015970	AGAA	2	8	53104	53111	75 %	0 %	25 %	0 %	345301840
132	NC_015970	GGCC	2	8	53159	53166	0 %	0 %	50 %	50 %	345301840
133	NC_015970	TCGA	2	8	53200	53207	25 %	25 %	25 %	25 %	345301840
134	NC_015970	CGCC	2	8	53576	53583	0 %	0 %	25 %	75 %	345301840
135	NC_015970	CCAG	2	8	53911	53918	25 %	0 %	25 %	50 %	345301841
136	NC_015970	GCCT	2	8	54604	54611	0 %	25 %	25 %	50 %	345301842
137	NC_015970	GCGG	2	8	55021	55028	0 %	0 %	75 %	25 %	345301843
138	NC_015970	CGTC	2	8	55125	55132	0 %	25 %	25 %	50 %	345301843
139	NC_015970	GCCG	2	8	55343	55350	0 %	0 %	50 %	50 %	345301843
140	NC_015970	GGAT	2	8	56174	56181	25 %	25 %	50 %	0 %	345301843
141	NC_015970	GCAC	2	8	56353	56360	25 %	0 %	25 %	50 %	345301843
142	NC_015970	AACG	2	8	56427	56434	50 %	0 %	25 %	25 %	345301843
143	NC_015970	CTGC	2	8	56725	56732	0 %	25 %	25 %	50 %	345301843
144	NC_015970	CGCC	2	8	56835	56842	0 %	0 %	25 %	75 %	345301843
145	NC_015970	CCAG	2	8	56890	56897	25 %	0 %	25 %	50 %	345301843
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.