MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	TTTC	2	8	213	220	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015970	CCAA	2	8	232	239	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015970	GAAG	2	8	259	266	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015970	CATC	2	8	594	601	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015970	CGCA	2	8	2790	2797	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015970	GGCG	2	8	3475	3482	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015970	TACC	2	8	3610	3617	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015970	TCCC	2	8	3826	3833	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
9	NC_015970	CGGT	2	8	3870	3877	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015970	GGTC	2	8	3916	3923	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_015970	GCTC	2	8	5770	5777	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015970	CAGG	2	8	5828	5835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015970	GGCG	2	8	6284	6291	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015970	CAGG	2	8	6332	6339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015970	GCTG	2	8	7633	7640	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015970	CTTG	2	8	8553	8560	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015970	GAGC	2	8	15108	15115	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015970	TTGG	2	8	15398	15405	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015970	TAAG	2	8	15665	15672	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015970	ACTG	2	8	28180	28187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015970	GCGA	2	8	28272	28279	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015970	GCTG	2	8	34648	34655	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015970	CGAT	2	8	34742	34749	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015970	CACC	2	8	35695	35702	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_015970	ACCG	2	8	36008	36015	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015970	ACCC	2	8	37712	37719	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_015970	GGGC	2	8	37749	37756	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015970	ATAA	2	8	38023	38030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015970	CTTT	2	8	38650	38657	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015970	GATC	2	8	38967	38974	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015970	CGAG	2	8	39136	39143	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015970	TCCG	2	8	39502	39509	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015970	GTGA	2	8	47794	47801	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015970	ATTA	2	8	47815	47822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015970	GATT	2	8	48107	48114	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015970	TTCC	2	8	48125	48132	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015970	ACGC	2	8	48607	48614	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_015970	CCCA	2	8	48632	48639	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
39	NC_015970	TGCT	2	8	48774	48781	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015970	ACCC	2	8	48878	48885	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_015970	GAAG	2	8	49317	49324	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015970	CCGT	2	8	49593	49600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015970	CCGA	2	8	49665	49672	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015970	TGCG	2	8	49818	49825	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015970	CCTT	2	8	49994	50001	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015970	CTGC	3	12	50103	50114	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015970	CCGC	2	8	50223	50230	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_015970	CGGA	2	8	50351	50358	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015970	GCTG	2	8	50373	50380	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015970	CTGT	2	8	52650	52657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015970	GGGT	2	8	58530	58537	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015970	GAAA	2	8	58972	58979	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015970	CGGA	2	8	59195	59202	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015970	TGCG	2	8	59332	59339	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015970	CGGT	2	8	59507	59514	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015970	CATT	2	8	59535	59542	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015970	GCGG	2	8	72796	72803	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
58	NC_015970	GTTG	2	8	73852	73859	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015970	ATGA	2	8	73864	73871	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015970	CGGG	2	8	74223	74230	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015970	TTCG	2	8	74311	74318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015970	CAGA	2	8	75312	75319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015970	GGGC	2	8	91679	91686	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015970	GCGG	2	8	91917	91924	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
65	NC_015970	CCGG	2	8	92681	92688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015970	ATCG	2	8	97739	97746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015970	AGGC	2	8	98483	98490	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015970	TCCA	2	8	98796	98803	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_015970	TGGG	2	8	98869	98876	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015970	GCTC	2	8	99117	99124	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_015970	GTTC	2	8	99130	99137	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015970	CGCC	2	8	99368	99375	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_015970	ACGC	2	8	99491	99498	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015970	GGCG	2	8	99544	99551	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015970	ATGG	2	8	99751	99758	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015970	AGTA	2	8	99777	99784	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015970	CTTG	2	8	100214	100221	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015970	CTTC	2	8	100656	100663	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015970	TTCA	2	8	101964	101971	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015970	TCGG	2	8	102027	102034	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015970	TCCA	2	8	102722	102729	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015970	TGGG	2	8	102795	102802	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015970	CCCT	2	8	105320	105327	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.