MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	CGCA	2	8	1883	1890	25 %	0 %	25 %	50 %	345301801
2	NC_015970	GCTT	2	8	2201	2208	0 %	50 %	25 %	25 %	345301801
3	NC_015970	CGCC	2	8	4117	4124	0 %	0 %	25 %	75 %	345301803
4	NC_015970	AAAC	2	8	4474	4481	75 %	0 %	0 %	25 %	345301803
5	NC_015970	CCGG	2	8	4583	4590	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
6	NC_015970	TCGA	2	8	4792	4799	25 %	25 %	25 %	25 %	345301803
7	NC_015970	CAGC	2	8	4836	4843	25 %	0 %	25 %	50 %	345301803
8	NC_015970	GCAT	2	8	6377	6384	25 %	25 %	25 %	25 %	345301804
9	NC_015970	GAAC	2	8	6724	6731	50 %	0 %	25 %	25 %	345301804
10	NC_015970	GCTT	2	8	10049	10056	0 %	50 %	25 %	25 %	345301805
11	NC_015970	GTGC	2	8	10360	10367	0 %	25 %	50 %	25 %	345301805
12	NC_015970	GGAC	2	8	10699	10706	25 %	0 %	50 %	25 %	345301806
13	NC_015970	TACG	2	8	10785	10792	25 %	25 %	25 %	25 %	345301806
14	NC_015970	CCGA	2	8	10902	10909	25 %	0 %	25 %	50 %	345301806
15	NC_015970	CTGG	2	8	11399	11406	0 %	25 %	50 %	25 %	345301806
16	NC_015970	GGCT	2	8	11609	11616	0 %	25 %	50 %	25 %	345301807
17	NC_015970	GGCT	2	8	12051	12058	0 %	25 %	50 %	25 %	345301807
18	NC_015970	ACGT	2	8	12133	12140	25 %	25 %	25 %	25 %	345301807
19	NC_015970	CATG	2	8	12444	12451	25 %	25 %	25 %	25 %	345301807
20	NC_015970	GAGG	2	8	12642	12649	25 %	0 %	75 %	0 %	345301808
21	NC_015970	CTCG	2	8	12851	12858	0 %	25 %	25 %	50 %	345301808
22	NC_015970	GTCG	2	8	12936	12943	0 %	25 %	50 %	25 %	345301808
23	NC_015970	GGCC	2	8	13511	13518	0 %	0 %	50 %	50 %	345301808
24	NC_015970	TGCG	2	8	13570	13577	0 %	25 %	50 %	25 %	345301808
25	NC_015970	CGGT	2	8	14103	14110	0 %	25 %	50 %	25 %	345301809
26	NC_015970	TGAG	2	8	14261	14268	25 %	25 %	50 %	0 %	345301809
27	NC_015970	CGGT	2	8	14866	14873	0 %	25 %	50 %	25 %	345301810
28	NC_015970	ACCG	2	8	16032	16039	25 %	0 %	25 %	50 %	345301811
29	NC_015970	CGCC	2	8	16358	16365	0 %	0 %	25 %	75 %	345301811
30	NC_015970	GACC	2	8	16724	16731	25 %	0 %	25 %	50 %	345301811
31	NC_015970	GGCT	2	8	16848	16855	0 %	25 %	50 %	25 %	345301811
32	NC_015970	TCAT	2	8	17470	17477	25 %	50 %	0 %	25 %	345301811
33	NC_015970	GACA	2	8	19582	19589	50 %	0 %	25 %	25 %	345301813
34	NC_015970	TCAA	2	8	19660	19667	50 %	25 %	0 %	25 %	345301813
35	NC_015970	GCGG	2	8	20746	20753	0 %	0 %	75 %	25 %	345301814
36	NC_015970	CAAG	2	8	20779	20786	50 %	0 %	25 %	25 %	345301814
37	NC_015970	TCCC	2	8	20891	20898	0 %	25 %	0 %	75 %	345301814
38	NC_015970	TACC	2	8	21586	21593	25 %	25 %	0 %	50 %	345301814
39	NC_015970	AACC	2	8	21643	21650	50 %	0 %	0 %	50 %	345301814
40	NC_015970	GATC	2	8	21994	22001	25 %	25 %	25 %	25 %	345301814
41	NC_015970	GAGC	2	8	22333	22340	25 %	0 %	50 %	25 %	345301814
42	NC_015970	CCTG	2	8	22534	22541	0 %	25 %	25 %	50 %	345301814
43	NC_015970	TTTC	2	8	22835	22842	0 %	75 %	0 %	25 %	345301815
44	NC_015970	TGCG	2	8	23548	23555	0 %	25 %	50 %	25 %	345301815
45	NC_015970	CGGA	2	8	23638	23645	25 %	0 %	50 %	25 %	345301815
46	NC_015970	GCCG	2	8	23906	23913	0 %	0 %	50 %	50 %	345301816
47	NC_015970	TGAA	2	8	23959	23966	50 %	25 %	25 %	0 %	345301816
48	NC_015970	CCAC	2	8	24248	24255	25 %	0 %	0 %	75 %	345301816
49	NC_015970	GGGA	2	8	24470	24477	25 %	0 %	75 %	0 %	345301817
50	NC_015970	CGTT	2	8	24544	24551	0 %	50 %	25 %	25 %	345301817
51	NC_015970	AGCG	2	8	24724	24731	25 %	0 %	50 %	25 %	345301817
52	NC_015970	ATGC	2	8	25072	25079	25 %	25 %	25 %	25 %	345301817
53	NC_015970	TGCG	2	8	25100	25107	0 %	25 %	50 %	25 %	345301817
54	NC_015970	GCGG	2	8	25380	25387	0 %	0 %	75 %	25 %	345301817
55	NC_015970	GTGC	2	8	25743	25750	0 %	25 %	50 %	25 %	345301818
56	NC_015970	ACGG	2	8	26394	26401	25 %	0 %	50 %	25 %	345301819
57	NC_015970	TCTG	2	8	27126	27133	0 %	50 %	25 %	25 %	345301820
58	NC_015970	TCGG	2	8	27537	27544	0 %	25 %	50 %	25 %	345301820
59	NC_015970	GGTT	2	8	32258	32265	0 %	50 %	50 %	0 %	345301826
60	NC_015970	CTGC	2	8	33299	33306	0 %	25 %	25 %	50 %	345301827
61	NC_015970	GGAT	2	8	34398	34405	25 %	25 %	50 %	0 %	345301827
62	NC_015970	CGGC	2	8	36430	36437	0 %	0 %	50 %	50 %	345301829
63	NC_015970	ACCT	2	8	36923	36930	25 %	25 %	0 %	50 %	345301830
64	NC_015970	GCAG	2	8	37338	37345	25 %	0 %	50 %	25 %	345301831
65	NC_015970	CTGT	2	8	38449	38456	0 %	50 %	25 %	25 %	345301832
66	NC_015970	CGCC	2	8	40119	40126	0 %	0 %	25 %	75 %	345301833
67	NC_015970	CTTC	2	8	40183	40190	0 %	50 %	0 %	50 %	345301833
68	NC_015970	CAGC	2	8	41520	41527	25 %	0 %	25 %	50 %	345301834
69	NC_015970	TCGG	2	8	44913	44920	0 %	25 %	50 %	25 %	345301837
70	NC_015970	GCAG	2	8	45366	45373	25 %	0 %	50 %	25 %	345301837
71	NC_015970	TCGA	2	8	45579	45586	25 %	25 %	25 %	25 %	345301837
72	NC_015970	AGAT	2	8	45948	45955	50 %	25 %	25 %	0 %	345301837
73	NC_015970	GCCC	2	8	46635	46642	0 %	0 %	25 %	75 %	345301838
74	NC_015970	TCCA	2	8	47488	47495	25 %	25 %	0 %	50 %	345301838
75	NC_015970	CCAT	2	8	47602	47609	25 %	25 %	0 %	50 %	345301838
76	NC_015970	TGGC	2	8	51097	51104	0 %	25 %	50 %	25 %	345301839
77	NC_015970	CCAC	2	8	51224	51231	25 %	0 %	0 %	75 %	345301839
78	NC_015970	TGCG	2	8	51638	51645	0 %	25 %	50 %	25 %	345301839
79	NC_015970	GCAG	2	8	52190	52197	25 %	0 %	50 %	25 %	345301839
80	NC_015970	ATGA	2	8	52560	52567	50 %	25 %	25 %	0 %	345301839
81	NC_015970	AGAA	2	8	53104	53111	75 %	0 %	25 %	0 %	345301840
82	NC_015970	GGCC	2	8	53159	53166	0 %	0 %	50 %	50 %	345301840
83	NC_015970	TCGA	2	8	53200	53207	25 %	25 %	25 %	25 %	345301840
84	NC_015970	CGCC	2	8	53576	53583	0 %	0 %	25 %	75 %	345301840
85	NC_015970	CCAG	2	8	53911	53918	25 %	0 %	25 %	50 %	345301841
86	NC_015970	GCCT	2	8	54604	54611	0 %	25 %	25 %	50 %	345301842
87	NC_015970	GCGG	2	8	55021	55028	0 %	0 %	75 %	25 %	345301843
88	NC_015970	CGTC	2	8	55125	55132	0 %	25 %	25 %	50 %	345301843
89	NC_015970	GCCG	2	8	55343	55350	0 %	0 %	50 %	50 %	345301843
90	NC_015970	GGAT	2	8	56174	56181	25 %	25 %	50 %	0 %	345301843
91	NC_015970	GCAC	2	8	56353	56360	25 %	0 %	25 %	50 %	345301843
92	NC_015970	AACG	2	8	56427	56434	50 %	0 %	25 %	25 %	345301843
93	NC_015970	CTGC	2	8	56725	56732	0 %	25 %	25 %	50 %	345301843
94	NC_015970	CGCC	2	8	56835	56842	0 %	0 %	25 %	75 %	345301843
95	NC_015970	CCAG	2	8	56890	56897	25 %	0 %	25 %	50 %	345301843
96	NC_015970	TATC	2	8	57227	57234	25 %	50 %	0 %	25 %	345301844
97	NC_015970	GTGC	2	8	57421	57428	0 %	25 %	50 %	25 %	345301844
98	NC_015970	ATGC	2	8	57642	57649	25 %	25 %	25 %	25 %	345301844
99	NC_015970	AAGC	2	8	57656	57663	50 %	0 %	25 %	25 %	345301844
100	NC_015970	CCGC	2	8	59996	60003	0 %	0 %	25 %	75 %	345301846
101	NC_015970	CGTT	2	8	60365	60372	0 %	50 %	25 %	25 %	345301846
102	NC_015970	CGCC	2	8	60388	60395	0 %	0 %	25 %	75 %	345301846
103	NC_015970	GCTG	2	8	60457	60464	0 %	25 %	50 %	25 %	345301846
104	NC_015970	GAAC	2	8	60885	60892	50 %	0 %	25 %	25 %	345301846
105	NC_015970	CACG	2	8	61789	61796	25 %	0 %	25 %	50 %	345301847
106	NC_015970	ATCC	2	8	62939	62946	25 %	25 %	0 %	50 %	345301848
107	NC_015970	CGCA	2	8	63942	63949	25 %	0 %	25 %	50 %	345301849
108	NC_015970	CGCT	2	8	64404	64411	0 %	25 %	25 %	50 %	345301849
109	NC_015970	CTCG	2	8	64430	64437	0 %	25 %	25 %	50 %	345301849
110	NC_015970	GGCC	2	8	64935	64942	0 %	0 %	50 %	50 %	345301850
111	NC_015970	CGAC	2	8	65636	65643	25 %	0 %	25 %	50 %	345301851
112	NC_015970	TGCC	2	8	65960	65967	0 %	25 %	25 %	50 %	345301852
113	NC_015970	GAGC	2	8	66036	66043	25 %	0 %	50 %	25 %	345301852
114	NC_015970	ACGC	2	8	66268	66275	25 %	0 %	25 %	50 %	345301853
115	NC_015970	GCCC	2	8	66587	66594	0 %	0 %	25 %	75 %	345301853
116	NC_015970	ACCT	2	8	67301	67308	25 %	25 %	0 %	50 %	345301853
117	NC_015970	CGCA	2	8	67724	67731	25 %	0 %	25 %	50 %	345301854
118	NC_015970	TCGA	2	8	67793	67800	25 %	25 %	25 %	25 %	345301854
119	NC_015970	CACG	2	8	67804	67811	25 %	0 %	25 %	50 %	345301854
120	NC_015970	GCCC	2	8	70402	70409	0 %	0 %	25 %	75 %	345301856
121	NC_015970	CCAG	2	8	70856	70863	25 %	0 %	25 %	50 %	345301857
122	NC_015970	GGCC	2	8	71534	71541	0 %	0 %	50 %	50 %	345301858
123	NC_015970	GATA	2	8	71686	71693	50 %	25 %	25 %	0 %	345301858
124	NC_015970	GGGC	2	8	71783	71790	0 %	0 %	75 %	25 %	345301858
125	NC_015970	TGCC	2	8	71895	71902	0 %	25 %	25 %	50 %	345301858
126	NC_015970	ATGA	2	8	72024	72031	50 %	25 %	25 %	0 %	345301858
127	NC_015970	GCCA	2	8	72307	72314	25 %	0 %	25 %	50 %	345301858
128	NC_015970	GCCG	2	8	74725	74732	0 %	0 %	50 %	50 %	345301861
129	NC_015970	GCCC	2	8	74976	74983	0 %	0 %	25 %	75 %	345301862
130	NC_015970	TCAT	2	8	75138	75145	25 %	50 %	0 %	25 %	345301862
131	NC_015970	CGAA	2	8	75346	75353	50 %	0 %	25 %	25 %	345301863
132	NC_015970	CTGG	2	8	75383	75390	0 %	25 %	50 %	25 %	345301863
133	NC_015970	GACG	2	8	75629	75636	25 %	0 %	50 %	25 %	345301863
134	NC_015970	CGGT	2	8	75954	75961	0 %	25 %	50 %	25 %	345301863
135	NC_015970	CCGT	2	8	76134	76141	0 %	25 %	25 %	50 %	345301863
136	NC_015970	CGAG	2	8	77147	77154	25 %	0 %	50 %	25 %	345301863
137	NC_015970	GAAA	2	8	77198	77205	75 %	0 %	25 %	0 %	345301863
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139	NC_015970	ACCG	2	8	77401	77408	25 %	0 %	25 %	50 %	345301864
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.