MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 plasmid pRHOM17201

Total Repeats: 185

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015970	TG	4	8	131	138	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015970	CT	3	6	554	559	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015970	AC	3	6	660	665	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015970	TA	3	6	732	737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015970	AT	3	6	1107	1112	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015970	CG	3	6	1404	1409	0 %	0 %	50 %	50 %	345301800
7	NC_015970	AG	3	6	2119	2124	50 %	0 %	50 %	0 %	345301801
8	NC_015970	GT	3	6	3835	3840	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015970	CG	3	6	4085	4090	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
10	NC_015970	GC	3	6	4105	4110	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
11	NC_015970	TC	3	6	4332	4337	0 %	50 %	0 %	50 %	345301803
12	NC_015970	GC	3	6	4456	4461	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
13	NC_015970	GC	3	6	4537	4542	0 %	0 %	50 %	50 %	345301803
14	NC_015970	AT	3	6	6469	6474	50 %	50 %	0 %	0 %	345301804
15	NC_015970	GC	3	6	6806	6811	0 %	0 %	50 %	50 %	345301804
16	NC_015970	CT	3	6	7558	7563	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015970	AT	3	6	7667	7672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015970	AG	3	6	8528	8533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015970	GC	3	6	9151	9156	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015970	TG	3	6	9943	9948	0 %	50 %	50 %	0 %	345301805
21	NC_015970	GC	3	6	9953	9958	0 %	0 %	50 %	50 %	345301805
22	NC_015970	AC	3	6	11019	11024	50 %	0 %	0 %	50 %	345301806
23	NC_015970	GC	3	6	12699	12704	0 %	0 %	50 %	50 %	345301808
24	NC_015970	TC	3	6	13430	13435	0 %	50 %	0 %	50 %	345301808
25	NC_015970	GC	3	6	14434	14439	0 %	0 %	50 %	50 %	345301809
26	NC_015970	GC	4	8	14460	14467	0 %	0 %	50 %	50 %	345301809
27	NC_015970	TC	3	6	15170	15175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015970	GT	3	6	15474	15479	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015970	AT	3	6	15643	15648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015970	TG	3	6	17141	17146	0 %	50 %	50 %	0 %	345301811
31	NC_015970	GA	3	6	17276	17281	50 %	0 %	50 %	0 %	345301811
32	NC_015970	GA	3	6	18382	18387	50 %	0 %	50 %	0 %	345301811
33	NC_015970	AT	3	6	19230	19235	50 %	50 %	0 %	0 %	345301812
34	NC_015970	AC	3	6	19593	19598	50 %	0 %	0 %	50 %	345301813
35	NC_015970	TC	3	6	19650	19655	0 %	50 %	0 %	50 %	345301813
36	NC_015970	AG	3	6	19840	19845	50 %	0 %	50 %	0 %	345301813
37	NC_015970	GC	3	6	20152	20157	0 %	0 %	50 %	50 %	345301814
38	NC_015970	TG	3	6	21028	21033	0 %	50 %	50 %	0 %	345301814
39	NC_015970	GA	3	6	21183	21188	50 %	0 %	50 %	0 %	345301814
40	NC_015970	TA	3	6	21660	21665	50 %	50 %	0 %	0 %	345301814
41	NC_015970	GT	3	6	23385	23390	0 %	50 %	50 %	0 %	345301815
42	NC_015970	CT	3	6	23510	23515	0 %	50 %	0 %	50 %	345301815
43	NC_015970	CG	3	6	25030	25035	0 %	0 %	50 %	50 %	345301817
44	NC_015970	GA	3	6	25415	25420	50 %	0 %	50 %	0 %	345301817
45	NC_015970	GC	3	6	25737	25742	0 %	0 %	50 %	50 %	345301818
46	NC_015970	CG	3	6	26021	26026	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015970	CG	3	6	26269	26274	0 %	0 %	50 %	50 %	345301819
48	NC_015970	GC	3	6	26627	26632	0 %	0 %	50 %	50 %	345301819
49	NC_015970	GC	3	6	26891	26896	0 %	0 %	50 %	50 %	345301820
50	NC_015970	GC	3	6	27118	27123	0 %	0 %	50 %	50 %	345301820
51	NC_015970	TC	3	6	27140	27145	0 %	50 %	0 %	50 %	345301820
52	NC_015970	CG	3	6	28312	28317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015970	GA	3	6	29115	29120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015970	GC	3	6	29347	29352	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015970	TA	3	6	29920	29925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015970	CA	3	6	30220	30225	50 %	0 %	0 %	50 %	345301825
57	NC_015970	GT	3	6	30678	30683	0 %	50 %	50 %	0 %	345301825
58	NC_015970	GC	3	6	31284	31289	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015970	GT	3	6	32427	32432	0 %	50 %	50 %	0 %	345301826
60	NC_015970	CG	3	6	33789	33794	0 %	0 %	50 %	50 %	345301827
61	NC_015970	GT	3	6	33912	33917	0 %	50 %	50 %	0 %	345301827
62	NC_015970	GA	3	6	34041	34046	50 %	0 %	50 %	0 %	345301827
63	NC_015970	CA	3	6	36059	36064	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_015970	CG	3	6	36943	36948	0 %	0 %	50 %	50 %	345301830
65	NC_015970	GC	3	6	37079	37084	0 %	0 %	50 %	50 %	345301830
66	NC_015970	GC	4	8	37323	37330	0 %	0 %	50 %	50 %	345301831
67	NC_015970	CG	4	8	37558	37565	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015970	CG	3	6	38240	38245	0 %	0 %	50 %	50 %	345301832
69	NC_015970	CG	3	6	39190	39195	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015970	CT	3	6	39381	39386	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_015970	CG	3	6	39402	39407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015970	GC	3	6	39600	39605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015970	GC	3	6	40040	40045	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
74	NC_015970	GC	4	8	40239	40246	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
75	NC_015970	GC	4	8	40443	40450	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
76	NC_015970	GC	3	6	40476	40481	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
77	NC_015970	CG	3	6	40631	40636	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
78	NC_015970	GC	3	6	40757	40762	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
79	NC_015970	GC	4	8	40845	40852	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
80	NC_015970	GC	3	6	40953	40958	0 %	0 %	50 %	50 %	345301833
81	NC_015970	GC	3	6	41406	41411	0 %	0 %	50 %	50 %	345301834
82	NC_015970	CG	3	6	41638	41643	0 %	0 %	50 %	50 %	345301834
83	NC_015970	CG	3	6	41653	41658	0 %	0 %	50 %	50 %	345301834
84	NC_015970	GC	4	8	41841	41848	0 %	0 %	50 %	50 %	345301835
85	NC_015970	CG	3	6	41949	41954	0 %	0 %	50 %	50 %	345301835
86	NC_015970	CT	3	6	42218	42223	0 %	50 %	0 %	50 %	345301835
87	NC_015970	TG	3	6	42590	42595	0 %	50 %	50 %	0 %	345301836
88	NC_015970	GC	3	6	43297	43302	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015970	AC	4	8	44455	44462	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015970	AT	3	6	44516	44521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015970	GC	3	6	44560	44565	0 %	0 %	50 %	50 %	345301837
92	NC_015970	GA	3	6	44594	44599	50 %	0 %	50 %	0 %	345301837
93	NC_015970	GA	3	6	45059	45064	50 %	0 %	50 %	0 %	345301837
94	NC_015970	CG	3	6	45288	45293	0 %	0 %	50 %	50 %	345301837
95	NC_015970	CG	4	8	45450	45457	0 %	0 %	50 %	50 %	345301837
96	NC_015970	GT	3	6	45636	45641	0 %	50 %	50 %	0 %	345301837
97	NC_015970	CG	3	6	46141	46146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015970	GC	4	8	46188	46195	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015970	GC	4	8	46249	46256	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015970	GC	4	8	46310	46317	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015970	GC	4	8	46371	46378	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_015970	GC	4	8	46432	46439	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015970	GC	4	8	46493	46500	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015970	GC	4	8	46554	46561	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015970	GC	3	6	46616	46621	0 %	0 %	50 %	50 %	345301838
106	NC_015970	GC	3	6	46885	46890	0 %	0 %	50 %	50 %	345301838
107	NC_015970	CG	3	6	47079	47084	0 %	0 %	50 %	50 %	345301838
108	NC_015970	GC	3	6	47094	47099	0 %	0 %	50 %	50 %	345301838
109	NC_015970	CG	4	8	47630	47637	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015970	CG	3	6	48812	48817	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015970	GC	3	6	49385	49390	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015970	AT	3	6	49933	49938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015970	CT	3	6	50942	50947	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015970	AT	3	6	51758	51763	50 %	50 %	0 %	0 %	345301839
115	NC_015970	CT	3	6	52086	52091	0 %	50 %	0 %	50 %	345301839
116	NC_015970	CG	3	6	53893	53898	0 %	0 %	50 %	50 %	345301841
117	NC_015970	AC	3	6	54214	54219	50 %	0 %	0 %	50 %	345301841
118	NC_015970	GC	4	8	54295	54302	0 %	0 %	50 %	50 %	345301841
119	NC_015970	CT	4	8	54636	54643	0 %	50 %	0 %	50 %	345301842
120	NC_015970	GC	3	6	55067	55072	0 %	0 %	50 %	50 %	345301843
121	NC_015970	GC	3	6	55663	55668	0 %	0 %	50 %	50 %	345301843
122	NC_015970	GC	3	6	56612	56617	0 %	0 %	50 %	50 %	345301843
123	NC_015970	GC	3	6	57289	57294	0 %	0 %	50 %	50 %	345301844
124	NC_015970	GC	3	6	57853	57858	0 %	0 %	50 %	50 %	345301844
125	NC_015970	CG	3	6	60710	60715	0 %	0 %	50 %	50 %	345301846
126	NC_015970	GC	3	6	60931	60936	0 %	0 %	50 %	50 %	345301847
127	NC_015970	TC	3	6	61096	61101	0 %	50 %	0 %	50 %	345301847
128	NC_015970	GC	3	6	61179	61184	0 %	0 %	50 %	50 %	345301847
129	NC_015970	GC	3	6	61216	61221	0 %	0 %	50 %	50 %	345301847
130	NC_015970	GC	3	6	61593	61598	0 %	0 %	50 %	50 %	345301847
131	NC_015970	CG	3	6	61795	61800	0 %	0 %	50 %	50 %	345301847
132	NC_015970	CT	4	8	62543	62550	0 %	50 %	0 %	50 %	345301847
133	NC_015970	GC	3	6	63012	63017	0 %	0 %	50 %	50 %	345301848
134	NC_015970	GC	3	6	63354	63359	0 %	0 %	50 %	50 %	345301848
135	NC_015970	CG	3	6	64254	64259	0 %	0 %	50 %	50 %	345301849
136	NC_015970	GC	3	6	64397	64402	0 %	0 %	50 %	50 %	345301849
137	NC_015970	CT	3	6	65183	65188	0 %	50 %	0 %	50 %	345301850
138	NC_015970	TG	3	6	66492	66497	0 %	50 %	50 %	0 %	345301853
139	NC_015970	AG	3	6	67439	67444	50 %	0 %	50 %	0 %	345301854
140	NC_015970	CG	3	6	69754	69759	0 %	0 %	50 %	50 %	345301856
141	NC_015970	AC	3	6	70420	70425	50 %	0 %	0 %	50 %	345301856
142	NC_015970	GC	3	6	71138	71143	0 %	0 %	50 %	50 %	345301858
143	NC_015970	GC	3	6	71231	71236	0 %	0 %	50 %	50 %	345301858
144	NC_015970	GC	3	6	71488	71493	0 %	0 %	50 %	50 %	345301858
145	NC_015970	GT	3	6	72930	72935	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015970	GC	3	6	73304	73309	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_015970	GC	3	6	75521	75526	0 %	0 %	50 %	50 %	345301863
148	NC_015970	TC	3	6	75886	75891	0 %	50 %	0 %	50 %	345301863
149	NC_015970	CG	4	8	76191	76198	0 %	0 %	50 %	50 %	345301863
150	NC_015970	GC	3	6	76747	76752	0 %	0 %	50 %	50 %	345301863
151	NC_015970	GC	3	6	77323	77328	0 %	0 %	50 %	50 %	345301863
152	NC_015970	GC	3	6	77758	77763	0 %	0 %	50 %	50 %	345301864
153	NC_015970	GC	3	6	78676	78681	0 %	0 %	50 %	50 %	345301864
154	NC_015970	AT	4	8	79470	79477	50 %	50 %	0 %	0 %	345301865
155	NC_015970	CG	3	6	81820	81825	0 %	0 %	50 %	50 %	345301867
156	NC_015970	CG	3	6	81969	81974	0 %	0 %	50 %	50 %	345301867
157	NC_015970	GC	3	6	83215	83220	0 %	0 %	50 %	50 %	345301868
158	NC_015970	GC	3	6	83293	83298	0 %	0 %	50 %	50 %	345301868
159	NC_015970	GC	3	6	83569	83574	0 %	0 %	50 %	50 %	345301869
160	NC_015970	TG	3	6	84234	84239	0 %	50 %	50 %	0 %	345301869
161	NC_015970	CT	4	8	84590	84597	0 %	50 %	0 %	50 %	345301869
162	NC_015970	GC	3	6	84679	84684	0 %	0 %	50 %	50 %	345301869
163	NC_015970	CA	3	6	85290	85295	50 %	0 %	0 %	50 %	345301869
164	NC_015970	TC	3	6	86623	86628	0 %	50 %	0 %	50 %	345301871
165	NC_015970	GC	3	6	87034	87039	0 %	0 %	50 %	50 %	345301871
166	NC_015970	TC	3	6	87377	87382	0 %	50 %	0 %	50 %	345301872
167	NC_015970	AG	3	6	87568	87573	50 %	0 %	50 %	0 %	345301872
168	NC_015970	CT	3	6	87685	87690	0 %	50 %	0 %	50 %	345301872
169	NC_015970	TG	3	6	91541	91546	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_015970	GC	3	6	91669	91674	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
171	NC_015970	GC	4	8	92279	92286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
172	NC_015970	GT	3	6	92585	92590	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
173	NC_015970	GA	3	6	92919	92924	50 %	0 %	50 %	0 %	345301873
174	NC_015970	GC	3	6	94024	94029	0 %	0 %	50 %	50 %	345301874
175	NC_015970	CG	3	6	97313	97318	0 %	0 %	50 %	50 %	345301877
176	NC_015970	CG	3	6	97455	97460	0 %	0 %	50 %	50 %	345301877
177	NC_015970	GC	3	6	97517	97522	0 %	0 %	50 %	50 %	345301877
178	NC_015970	CA	3	6	98727	98732	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
179	NC_015970	GC	3	6	100865	100870	0 %	0 %	50 %	50 %	345301880
180	NC_015970	CG	3	6	101830	101835	0 %	0 %	50 %	50 %	345301881
181	NC_015970	CT	3	6	101999	102004	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
182	NC_015970	CT	3	6	102143	102148	0 %	50 %	0 %	50 %	345301882
183	NC_015970	AT	3	6	102467	102472	50 %	50 %	0 %	0 %	345301883
184	NC_015970	CG	3	6	103377	103382	0 %	0 %	50 %	50 %	345301884
185	NC_015970	GC	3	6	104853	104858	0 %	0 %	50 %	50 %	345301884

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.