MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 chromosome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015966	GCGCTG	2	12	58928	58939	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015966	TGGGGC	2	12	102967	102978	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015966	GGCCCC	2	12	102986	102997	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_015966	CCGGCC	2	12	120149	120160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_015966	CCAGGC	2	12	169869	169880	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015966	CTGAAC	2	12	229566	229577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015966	AGCGAA	2	12	311876	311887	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015966	CGAAGC	2	12	326451	326462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015966	AACAGC	2	12	331980	331991	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015966	AACGGA	2	12	425501	425512	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015966	AGCCGT	2	12	451337	451348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015966	ACGGCG	2	12	476636	476647	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015966	GCGGTG	2	12	515950	515961	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015966	CGGCTT	2	12	597431	597442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015966	CTCCGG	2	12	601437	601448	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015966	CTTGCG	2	12	620921	620932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015966	GCCTTT	2	12	701206	701217	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015966	ACCTGC	2	12	702560	702571	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015966	ATTTGC	2	12	773458	773469	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015966	GATTGT	2	12	793010	793021	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015966	TTCCGT	2	12	793517	793528	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015966	AGGCAA	2	12	869150	869161	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015966	CAGCTA	2	12	891937	891948	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015966	TGGCAA	2	12	892960	892971	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015966	CCTCGA	2	12	909095	909106	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015966	TGGACC	2	12	909246	909257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015966	CGACGG	2	12	910070	910081	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015966	CGCAAC	2	12	951275	951286	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015966	CTGGAC	2	12	980224	980235	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015966	AGCCGG	2	12	984793	984804	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015966	GGGAAT	2	12	1048262	1048273	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015966	ATATTT	2	12	1048809	1048820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015966	CCGGCT	2	12	1049277	1049288	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015966	GTTCAG	2	12	1054952	1054963	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015966	CACGGT	2	12	1055165	1055176	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015966	CCGTTC	2	12	1055537	1055548	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015966	ACGCCG	2	12	1055907	1055918	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_015966	CCAGCC	2	12	1056144	1056155	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_015966	GGCCCA	3	18	1056759	1056776	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015966	CTGAAC	2	12	1169472	1169483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015966	ATTTGG	2	12	1187943	1187954	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015966	CCGAAA	2	12	1245707	1245718	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015966	TAATTG	2	12	1337380	1337391	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015966	ATTGAA	2	12	1339716	1339727	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015966	CTCGTC	2	12	1340270	1340281	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015966	ATGGAA	2	12	1378596	1378607	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015966	CAGAAA	2	12	1398560	1398571	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015966	AGCCGA	2	12	1546529	1546540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015966	CGGCCG	2	12	1696025	1696036	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015966	CAAGCA	2	12	1699941	1699952	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_015966	AAAAAC	2	12	1721797	1721808	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015966	TGCCCG	2	12	1724017	1724028	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015966	CAGCGT	2	12	1725265	1725276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015966	CGGCCG	2	12	1726032	1726043	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015966	GACGTG	2	12	1804907	1804918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015966	TGCTGG	2	12	1982757	1982768	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015966	ACGCTG	2	12	1982909	1982920	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015966	TGGCCG	2	12	1983724	1983735	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015966	CTGAAC	2	12	2070910	2070921	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015966	AGCGAA	2	12	2093616	2093627	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015966	CGGCGT	2	12	2098930	2098941	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015966	CTTGTG	2	12	2138817	2138828	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015966	AAACAA	2	12	2184933	2184944	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015966	CACCTG	2	12	2213845	2213856	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015966	TTCAGA	2	12	2234212	2234223	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015966	ACGAAT	2	12	2235068	2235079	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015966	CGGGCG	2	12	2237911	2237922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015966	AGCTTG	2	12	2269229	2269240	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015966	TGCCAA	2	12	2277373	2277384	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015966	CGGTGC	2	12	2278115	2278126	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015966	TCGCAA	2	12	2279872	2279883	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015966	GCCCTG	2	12	2285218	2285229	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015966	CGAGCG	2	12	2289761	2289772	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015966	CGAGCG	2	12	2291342	2291353	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015966	TGCTCG	2	12	2291646	2291657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015966	GAACAT	2	12	2346605	2346616	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015966	CAGCGC	2	12	2381442	2381453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015966	CGCCCG	2	12	2381466	2381477	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_015966	CCACTC	2	12	2381805	2381816	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_015966	CGTTTC	2	12	2413902	2413913	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015966	CGACCA	2	12	2439076	2439087	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015966	CGGTGG	2	12	2497027	2497038	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015966	ACGCGC	2	12	2499291	2499302	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_015966	CGCGCA	2	12	2526866	2526877	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015966	CACGTC	2	12	2562358	2562369	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_015966	GCGCCC	2	12	2601294	2601305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_015966	AGCACG	2	12	2645397	2645408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015966	CGTCAG	2	12	2645498	2645509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015966	CATCGA	2	12	2688973	2688984	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015966	AAACAG	2	12	2829624	2829635	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015966	CGGGTT	2	12	2871105	2871116	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015966	GATGCA	2	12	2890941	2890952	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015966	GCTCGT	2	12	2895233	2895244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015966	CTACCT	2	12	2946804	2946815	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015966	GTGCTC	2	12	2947115	2947126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015966	ACGCGT	2	12	2954499	2954510	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015966	CAGTCC	2	12	3047992	3048003	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015966	GAGCCG	2	12	3048337	3048348	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015966	ATCGTA	2	12	3051404	3051415	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015966	CTTTTG	2	12	3057491	3057502	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015966	CGATGA	2	12	3060402	3060413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015966	AGCACG	2	12	3061118	3061129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015966	CTTAAC	2	12	3091090	3091101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015966	GTCCGG	2	12	3094581	3094592	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015966	GGCGCA	2	12	3108026	3108037	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015966	CTGGCG	2	12	3111226	3111237	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015966	CGGCCG	2	12	3169599	3169610	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015966	CGAAAC	2	12	3170100	3170111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015966	TGCCCG	2	12	3177776	3177787	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015966	TGGGTT	2	12	3194499	3194510	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015966	CCAGCA	2	12	3200639	3200650	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.