MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 chromosome

Total Repeats: 309

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015966	AACCC	2	10	8556	8565	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015966	ACAGA	2	10	15282	15291	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015966	GCCGG	2	10	19282	19291	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015966	ACCGG	2	10	28203	28212	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015966	AGATG	2	10	43321	43330	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015966	TCGTT	2	10	72489	72498	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015966	CAAAA	2	10	101025	101034	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015966	TGGTC	2	10	105409	105418	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015966	TTGTT	2	10	132135	132144	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015966	GCAGG	2	10	161920	161929	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015966	AGCAA	2	10	167997	168006	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015966	GAAAA	2	10	169357	169366	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015966	GCGAG	2	10	169748	169757	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015966	ACACC	2	10	170531	170540	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_015966	AAACC	2	10	170945	170954	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015966	GAGCC	2	10	172373	172382	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015966	TTTTA	2	10	172689	172698	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015966	ACGCA	2	10	183747	183756	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015966	GCAGG	2	10	190114	190123	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015966	ACGGC	2	10	215810	215819	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015966	CGAAG	2	10	225362	225371	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015966	GCGGG	2	10	234991	235000	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015966	CCGCA	2	10	244436	244445	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015966	AGCCG	2	10	245170	245179	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_015966	GAAAA	2	10	249953	249962	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015966	TGGTT	2	10	260558	260567	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015966	CCCCG	2	10	261440	261449	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
28	NC_015966	GCGGG	2	10	261455	261464	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015966	GGGTT	2	10	264167	264176	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015966	TTTGA	2	10	264312	264321	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015966	CAAAA	2	10	290875	290884	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015966	GGGGT	2	10	303041	303050	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015966	TTGCA	2	10	305041	305050	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015966	TTTTG	2	10	306878	306887	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015966	CGCTT	2	10	320044	320053	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015966	GGACT	2	10	336544	336553	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015966	CATAA	2	10	343464	343473	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015966	GGGAT	2	10	358247	358256	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015966	TTCGT	2	10	358891	358900	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015966	CGTAT	2	10	359007	359016	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015966	ATCAT	2	10	361274	361283	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015966	TCCCC	2	10	396081	396090	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
43	NC_015966	ATTCA	2	10	424435	424444	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015966	CGAAG	2	10	448779	448788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015966	TGCGC	2	10	453251	453260	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015966	GCCGG	2	10	458563	458572	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015966	GCTTT	2	10	477219	477228	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015966	AGAAA	2	10	494930	494939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015966	ACCGG	2	10	497486	497495	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015966	TACGA	2	10	505944	505953	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015966	GAAAA	2	10	511939	511948	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015966	AGCGA	2	10	513322	513331	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015966	TCGCT	2	10	516103	516112	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015966	CCGGC	2	10	524509	524518	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015966	CGATT	2	10	524839	524848	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015966	AATCG	2	10	524853	524862	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015966	AATTT	2	10	530840	530849	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015966	GATTA	2	10	530967	530976	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015966	AAACC	2	10	535964	535973	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015966	CGCAT	2	10	549607	549616	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_015966	GACTT	2	10	550383	550392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015966	GAAAA	2	10	558685	558694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015966	TACGG	2	10	590930	590939	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015966	CGGTT	2	10	599111	599120	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015966	CGAAG	2	10	601493	601502	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015966	AGCAT	2	10	601840	601849	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015966	CGGAG	2	10	609605	609614	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015966	TAAGG	2	10	616695	616704	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015966	TGGAC	2	10	616956	616965	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015966	ATCGT	2	10	617187	617196	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015966	ACGCA	2	10	621384	621393	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015966	CGCTC	2	10	631816	631825	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_015966	CGTAT	2	10	633922	633931	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015966	CGCTT	2	10	638153	638162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015966	GGGCC	2	10	658017	658026	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015966	CCGGT	2	10	673357	673366	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_015966	GCCGG	2	10	673387	673396	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015966	GCGCT	2	10	675349	675358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015966	ACGAA	2	10	683291	683300	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015966	CCGGA	2	10	701110	701119	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015966	CTCTT	2	10	702250	702259	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_015966	GGGAT	2	10	702621	702630	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015966	CCCGT	2	10	704688	704697	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
84	NC_015966	AATCA	2	10	717554	717563	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015966	GGGCA	2	10	727786	727795	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015966	TGTGG	2	10	729486	729495	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015966	TTTCT	2	10	747421	747430	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015966	TGCCG	2	10	786643	786652	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015966	TCGGT	2	10	805884	805893	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015966	GGTGC	2	10	821721	821730	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015966	GCCGC	2	10	827142	827151	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_015966	GGTCG	2	10	829678	829687	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015966	CAAAA	2	10	831594	831603	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015966	TCAAT	2	10	849308	849317	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015966	GGTTT	2	10	872514	872523	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015966	GGGTT	2	10	883687	883696	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015966	CGGTT	2	10	890462	890471	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015966	GGTGG	2	10	891159	891168	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015966	GGCCA	2	10	891687	891696	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015966	ACCTG	2	10	892245	892254	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015966	GGACT	2	10	893222	893231	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015966	CGACC	2	10	908000	908009	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_015966	CAATG	2	10	912492	912501	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015966	CGAAG	2	10	927795	927804	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015966	CGAAG	2	10	951434	951443	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015966	AGCGC	2	10	951522	951531	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015966	CGTTG	2	10	965705	965714	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015966	CGCTT	2	10	984733	984742	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015966	CCAGA	2	10	990654	990663	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015966	GGCGC	2	10	991030	991039	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015966	GAAAA	2	10	1016041	1016050	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015966	TTGAT	2	10	1047711	1047720	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015966	TTGTT	2	10	1047721	1047730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015966	TGGGT	2	10	1047993	1048002	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015966	TGGGG	2	10	1048916	1048925	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015966	GGCGC	2	10	1055071	1055080	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015966	TCGGC	2	10	1055671	1055680	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_015966	CGAAC	2	10	1056638	1056647	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015966	CCGGC	2	10	1060422	1060431	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
120	NC_015966	CGAAG	2	10	1074003	1074012	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015966	AGCGA	2	10	1074176	1074185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015966	CCTTT	2	10	1078995	1079004	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015966	AGCGC	2	10	1085624	1085633	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_015966	TTCGT	2	10	1096039	1096048	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015966	CGGAG	2	10	1118005	1118014	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015966	CCTGT	2	10	1147465	1147474	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015966	GAAAT	2	10	1152193	1152202	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015966	GAAAT	2	10	1166034	1166043	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015966	CTTAA	2	10	1188224	1188233	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015966	GTGGG	2	10	1202628	1202637	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015966	GCAGG	2	10	1226222	1226231	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015966	TTAAC	2	10	1240682	1240691	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015966	GTTGG	2	10	1272735	1272744	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015966	GCGTG	2	10	1284804	1284813	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015966	CCGGA	2	10	1289291	1289300	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_015966	GAGAG	2	10	1316876	1316885	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015966	GAACT	2	10	1340744	1340753	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015966	TTCGT	2	10	1360691	1360700	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015966	CTTCG	2	10	1365134	1365143	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015966	GACGA	2	10	1366157	1366166	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015966	CAGCG	2	10	1398722	1398731	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_015966	GCTAC	2	10	1402578	1402587	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015966	AGAAT	2	10	1404754	1404763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015966	GGTTT	2	10	1406141	1406150	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015966	GTTTT	2	10	1408996	1409005	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015966	GGCGG	2	10	1416486	1416495	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_015966	CCGAA	2	10	1431192	1431201	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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282	NC_015966	CCGAC	2	10	2937180	2937189	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
283	NC_015966	CTTTT	2	10	2946592	2946601	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_015966	ACCCG	2	10	2953627	2953636	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
285	NC_015966	CCGTC	2	10	2954294	2954303	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
286	NC_015966	GAAGC	2	10	2977708	2977717	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
287	NC_015966	GAAAA	2	10	2999415	2999424	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
288	NC_015966	GTTTT	2	10	3023290	3023299	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
289	NC_015966	GTTGG	2	10	3025722	3025731	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015966	TCCGC	2	10	3027093	3027102	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
291	NC_015966	CGCCC	2	10	3031022	3031031	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
292	NC_015966	CCGGA	2	10	3033115	3033124	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
293	NC_015966	AAGTC	2	10	3035747	3035756	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
294	NC_015966	GATCC	2	10	3043715	3043724	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_015966	CGCCT	2	10	3066890	3066899	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
296	NC_015966	AGCAG	2	10	3075960	3075969	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
297	NC_015966	GGCGA	2	10	3094666	3094675	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
298	NC_015966	AACTG	2	10	3111980	3111989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
299	NC_015966	TTTTC	2	10	3123475	3123484	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015966	ACGCA	2	10	3130786	3130795	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_015966	ACCTG	2	10	3160379	3160388	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
302	NC_015966	GCAAA	2	10	3179141	3179150	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
303	NC_015966	TGGCA	2	10	3188095	3188104	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
304	NC_015966	CGTCC	2	10	3188452	3188461	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
305	NC_015966	TCTCG	3	15	3198195	3198209	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
306	NC_015966	TTCGA	2	10	3198223	3198232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
307	NC_015966	TTCTT	2	10	3214487	3214496	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
308	NC_015966	ACGAG	2	10	3225039	3225048	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
309	NC_015966	GACCT	2	10	3225473	3225482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.