MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus parainfluenzae T3T1

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015964	CAACCT	2	12	4100	4111	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015964	ACATCA	2	12	8705	8716	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015964	AGAAAT	2	12	32112	32123	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015964	AAATTA	2	12	57944	57955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015964	AACAAA	2	12	64405	64416	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015964	TTTTAC	2	12	132924	132935	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015964	AGGGGA	2	12	164468	164479	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015964	TTTTTC	2	12	170167	170178	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015964	GAAAAT	2	12	191529	191540	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015964	AATAAA	2	12	214935	214946	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015964	GAAATT	2	12	225046	225057	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015964	TAAAAA	2	12	225185	225196	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015964	AAACTT	2	12	286614	286625	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015964	TAATTC	2	12	348273	348284	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015964	TTGATC	2	12	363766	363777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015964	AAACAA	2	12	427957	427968	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015964	AATAAA	2	12	432324	432335	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015964	CTTTCT	2	12	434939	434950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015964	GTCTTA	2	12	435074	435085	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015964	ATTTCA	2	12	435878	435889	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015964	CTCTGT	2	12	437604	437615	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015964	GCCTTC	2	12	439226	439237	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015964	TTTAAT	2	12	460650	460661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015964	CGGGAG	2	12	466981	466992	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015964	AAAGAA	2	12	501144	501155	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015964	TATTTT	2	12	508548	508559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015964	AGGCGC	2	12	543009	543020	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015964	GGAATG	2	12	543040	543051	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015964	ATTGCA	2	12	558427	558438	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015964	TTACGT	2	12	576018	576029	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015964	TCCTTT	2	12	579129	579140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015964	GTTTTA	2	12	626997	627008	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015964	TTTATT	2	12	649627	649638	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015964	AAATAA	2	12	653865	653876	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015964	CGAAGG	2	12	666135	666146	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015964	GACAGA	2	12	667605	667616	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015964	TGAAAT	2	12	669333	669344	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015964	TAAGAC	2	12	670137	670148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015964	CGTTTT	2	12	740871	740882	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015964	AAATTG	2	12	758044	758055	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015964	ATAAAA	2	12	766871	766882	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015964	AATCTT	2	12	783715	783726	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015964	TATCTA	2	12	799938	799949	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015964	AGAATA	2	12	812362	812373	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015964	CGAAGG	2	12	826647	826658	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015964	GACAGA	2	12	828117	828128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015964	TGAAAT	2	12	829845	829856	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015964	TAAGAC	2	12	830649	830660	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015964	TCAAAA	2	12	831071	831082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015964	TTAAAC	2	12	843444	843455	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015964	TCTTTT	2	12	844577	844588	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015964	TAAAAC	9	54	863844	863897	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015964	ATCTTC	2	12	865340	865351	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015964	ATAACG	2	12	915480	915491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015964	AAAAGG	2	12	928613	928624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015964	TGTAAA	2	12	951183	951194	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015964	AGGGGG	2	12	975961	975972	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015964	TATTTT	2	12	982347	982358	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015964	TTTTAT	2	12	1024213	1024224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015964	ACCTTA	2	12	1042626	1042637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015964	ATTTTT	2	12	1094244	1094255	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015964	CCTTTT	2	12	1141225	1141236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_015964	TTGGAT	2	12	1153000	1153011	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015964	TCAAAA	2	12	1174148	1174159	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015964	GATATT	2	12	1203186	1203197	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015964	AAAGGC	2	12	1205591	1205602	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015964	AATTTT	2	12	1216196	1216207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015964	AAAATT	2	12	1231094	1231105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015964	TAATGA	2	12	1255946	1255957	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015964	TTAAAA	2	12	1274537	1274548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015964	AAATGA	2	12	1274869	1274880	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015964	TTAAAA	2	12	1297669	1297680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015964	AAATTT	2	12	1334334	1334345	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015964	AATTTA	2	12	1355857	1355868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015964	CCAGTT	2	12	1362717	1362728	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015964	GCACCT	2	12	1364857	1364868	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015964	AGTTTT	2	12	1392653	1392664	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015964	CGAAGG	2	12	1397245	1397256	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015964	GACAGA	2	12	1398867	1398878	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015964	TGAAAT	2	12	1400594	1400605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015964	TAAGAC	2	12	1401398	1401409	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015964	TAAAAA	2	12	1411791	1411802	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015964	GAGGAA	2	12	1447108	1447119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015964	TGAAAA	2	12	1448510	1448521	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015964	TTATTT	2	12	1448967	1448978	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015964	ATTTTG	2	12	1520531	1520542	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015964	AAAAGT	2	12	1585789	1585800	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015964	TTAATT	2	12	1656535	1656546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015964	TTTAGC	2	12	1679998	1680009	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015964	TAAAAA	2	12	1681902	1681913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015964	TTGATT	2	12	1696147	1696158	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015964	TTAATC	2	12	1738678	1738689	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015964	ACTTTT	2	12	1749835	1749846	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015964	ATTTTT	2	12	1751775	1751786	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015964	AAAAAG	2	12	1759991	1760002	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015964	GTCTTA	2	12	1772268	1772279	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015964	ATTTCA	2	12	1773072	1773083	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015964	CTCTGT	2	12	1774798	1774809	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015964	GCCTTC	2	12	1776432	1776443	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015964	GCCACA	2	12	1815708	1815719	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015964	TAGAAT	2	12	1822224	1822235	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015964	TTTTGT	2	12	1836691	1836702	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015964	AAACAA	2	12	1842987	1842998	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015964	CCTGTC	2	12	1863630	1863641	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015964	ATTTTA	2	12	1918034	1918045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015964	GATAAA	2	12	1925258	1925269	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015964	ATAAAA	2	12	1938026	1938037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015964	AATGAA	2	12	1965417	1965428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015964	GAAAAC	2	12	2018871	2018882	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015964	TATTTA	3	18	2041972	2041989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015964	TCAAAT	2	12	2075143	2075154	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015964	CTTTCT	2	12	2075418	2075429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015964	GTCTTA	2	12	2075553	2075564	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015964	ATTTCA	2	12	2076357	2076368	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015964	CTCTGT	2	12	2078083	2078094	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015964	GCCTTC	2	12	2079553	2079564	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.