MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus parainfluenzae T3T1

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015964	CAATG	2	10	5930	5939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015964	TCCCC	2	10	8250	8259	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
3	NC_015964	ATTAC	2	10	8286	8295	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015964	ACTTC	2	10	20876	20885	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015964	TAAAA	2	10	24406	24415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015964	AAATG	2	10	63947	63956	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015964	GCATC	2	10	64128	64137	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015964	AAAAC	2	10	96762	96771	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015964	CACTT	2	10	101877	101886	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015964	ATTTA	2	10	102893	102902	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015964	TTTAT	2	10	126867	126876	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015964	ATTTG	2	10	129375	129384	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015964	TTATA	2	10	132900	132909	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015964	TTTAC	2	10	135475	135484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015964	AATAA	2	10	173762	173771	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015964	CTTTT	2	10	173836	173845	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015964	CTTTT	2	10	194529	194538	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015964	TTATT	2	10	207786	207795	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015964	CTTTT	2	10	241264	241273	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015964	AGAAA	2	10	243180	243189	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015964	ATTTT	2	10	256460	256469	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015964	GCGTA	2	10	263466	263475	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015964	TTAAT	2	10	264397	264406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015964	TTTTA	2	10	288554	288563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015964	CTAAA	2	10	301729	301738	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015964	GACAA	2	10	313399	313408	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015964	TTTTA	2	10	375070	375079	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015964	AAAAG	2	10	385709	385718	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015964	ATTTT	2	10	396224	396233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015964	CATTT	2	10	396264	396273	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015964	CCACG	2	10	409642	409651	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_015964	TAACC	2	10	436457	436466	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015964	CGACT	2	10	436785	436794	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015964	TCGGT	2	10	437160	437169	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015964	TTCAA	2	10	439950	439959	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015964	CCATC	2	10	454715	454724	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_015964	CCCTG	2	10	458192	458201	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_015964	TTGAG	2	10	465899	465908	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015964	CTCTT	2	10	466658	466667	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_015964	CTTTT	2	10	478018	478027	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015964	TTATT	2	10	496270	496279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015964	TCAAT	2	10	519458	519467	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015964	GCACC	2	10	542585	542594	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015964	CTTTT	2	10	550826	550835	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015964	TAAAT	2	10	554560	554569	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015964	GCGAT	2	10	554735	554744	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015964	ATGTC	2	10	554931	554940	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015964	AATTT	2	10	554981	554990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015964	TTCAT	2	10	556236	556245	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015964	AAACA	2	10	564319	564328	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015964	AAGTT	2	10	573574	573583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015964	CAACA	2	10	588331	588340	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015964	TAAAA	2	10	595710	595719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015964	TAAAA	2	10	597833	597842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015964	ATAAA	2	10	598471	598480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015964	CTTTT	2	10	600360	600369	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015964	CTTTG	2	10	609455	609464	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015964	TAAAA	2	10	617014	617023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015964	TTTTA	2	10	621576	621585	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015964	ATTTA	2	10	623262	623271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015964	GATAA	2	10	623589	623598	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015964	TAAAG	2	10	640992	641001	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015964	TGAAA	2	10	662131	662140	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015964	TTGAA	2	10	665414	665423	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015964	AGTCG	2	10	668428	668437	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015964	AGGTT	2	10	668755	668764	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015964	CTTTT	2	10	676155	676164	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015964	GTTTT	2	10	678721	678730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015964	TATTG	2	10	681242	681251	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015964	TAAAA	2	10	701755	701764	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015964	TAAAT	2	10	705344	705353	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015964	CTTTA	2	10	705364	705373	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015964	TTTAA	2	10	711678	711687	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015964	TAAAA	2	10	723884	723893	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015964	ATTTA	2	10	736322	736331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015964	TTTTA	2	10	746549	746558	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015964	ATAAA	2	10	750278	750287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015964	CTTGT	2	10	754859	754868	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015964	TATTC	2	10	766926	766935	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015964	AGAAA	2	10	777214	777223	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015964	TCATC	2	10	782573	782582	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_015964	GCTTT	2	10	783685	783694	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015964	GATTG	2	10	783763	783772	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015964	AATTA	2	10	787216	787225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015964	TTTAA	2	10	813540	813549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015964	ATAAA	2	10	822104	822113	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015964	TTGAA	2	10	825926	825935	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015964	AGTCG	2	10	828940	828949	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015964	AGGTT	2	10	829267	829276	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015964	GATTT	2	10	831042	831051	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015964	TAAAG	2	10	856246	856255	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015964	TAAAC	10	50	863794	863843	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015964	ACGCC	2	10	865509	865518	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_015964	CTAAT	2	10	868731	868740	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015964	TTCGG	2	10	872218	872227	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015964	TTAAA	2	10	872612	872621	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015964	TCTAA	2	10	872674	872683	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015964	AATTT	2	10	875265	875274	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015964	TTTAA	2	10	883518	883527	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015964	ATTGA	2	10	896761	896770	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015964	AAAAG	2	10	905532	905541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015964	TAATA	2	10	910226	910235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015964	TTTAT	2	10	926778	926787	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015964	TTTTC	2	10	928794	928803	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015964	CTTTT	2	10	929173	929182	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015964	TAATG	2	10	931600	931609	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015964	ATTTT	2	10	934115	934124	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015964	AAAAG	2	10	934452	934461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015964	AAATA	2	10	937066	937075	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015964	TTAAT	2	10	956952	956961	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015964	TTTAG	2	10	958261	958270	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015964	AATTT	2	10	1001602	1001611	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015964	ACTAA	2	10	1022513	1022522	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015964	TTTCT	2	10	1025550	1025559	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015964	TAATT	2	10	1039801	1039810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015964	AGATC	2	10	1050974	1050983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015964	AAACG	2	10	1052077	1052086	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015964	TTTAC	2	10	1094281	1094290	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015964	TAAGA	2	10	1096214	1096223	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015964	TTTTA	2	10	1098067	1098076	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015964	AAAAT	2	10	1108641	1108650	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015964	GGTTG	2	10	1108885	1108894	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015964	AGGAA	2	10	1111639	1111648	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015964	TTTCC	2	10	1120513	1120522	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_015964	CAAAT	2	10	1144278	1144287	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015964	AAAAC	2	10	1145848	1145857	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015964	AATAA	2	10	1152911	1152920	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015964	ATTAC	2	10	1156267	1156276	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015964	AGATT	2	10	1157219	1157228	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015964	CTTTA	2	10	1160313	1160322	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015964	TTAAG	2	10	1161247	1161256	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015964	CTTAA	2	10	1170316	1170325	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015964	AGCAA	2	10	1170744	1170753	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015964	AAGGC	2	10	1174013	1174022	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015964	AAGGC	2	10	1198374	1198383	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015964	AAAAG	2	10	1198515	1198524	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015964	TAAGG	2	10	1205613	1205622	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015964	TAACG	2	10	1208534	1208543	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015964	TTTAG	2	10	1225177	1225186	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015964	TTTAT	2	10	1232831	1232840	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015964	GAAAA	2	10	1268663	1268672	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015964	ACAAT	2	10	1271791	1271800	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015964	CCAAA	2	10	1273316	1273325	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_015964	AGAAA	2	10	1278371	1278380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015964	GTAGA	2	10	1295766	1295775	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015964	ATTAA	2	10	1295848	1295857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_015964	AAATA	2	10	1534658	1534667	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_015964	TAAAA	2	10	1543723	1543732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_015964	ATAGA	2	10	1550812	1550821	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_015964	TTTTG	2	10	1596547	1596556	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_015964	CTTTT	2	10	1627588	1627597	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_015964	TTAAG	2	10	1629831	1629840	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
194	NC_015964	TTTTA	2	10	1642183	1642192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_015964	TTTAA	2	10	1644651	1644660	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_015964	ATTTC	2	10	1644753	1644762	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
197	NC_015964	AAAAG	2	10	1649763	1649772	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_015964	ATAAA	2	10	1653641	1653650	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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239	NC_015964	AAACA	2	10	2075170	2075179	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
240	NC_015964	TAACC	2	10	2076936	2076945	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
241	NC_015964	CGACT	2	10	2077264	2077273	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
242	NC_015964	TCGGT	2	10	2077639	2077648	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
243	NC_015964	TTCAA	2	10	2080277	2080286	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.