MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar02

Total Repeats: 331

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015959	CGA	2	6	195	200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
2	NC_015959	ACC	2	6	331	336	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133532
3	NC_015959	CGT	2	6	414	419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133532
4	NC_015959	CCG	2	6	427	432	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133532
5	NC_015959	CGA	2	6	453	458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
6	NC_015959	CTG	2	6	520	525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133532
7	NC_015959	TTC	2	6	526	531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345133532
8	NC_015959	CGA	2	6	555	560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
9	NC_015959	TCA	2	6	575	580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345133532
10	NC_015959	CCT	2	6	627	632	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133532
11	NC_015959	CGA	2	6	666	671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
12	NC_015959	CGA	2	6	701	706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
13	NC_015959	CGT	2	6	711	716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133532
14	NC_015959	AGA	2	6	926	931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133532
15	NC_015959	CGC	2	6	941	946	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133532
16	NC_015959	GAC	2	6	955	960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
17	NC_015959	GAA	2	6	984	989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133532
18	NC_015959	AGG	2	6	1043	1048	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133532
19	NC_015959	CGA	2	6	1077	1082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
20	NC_015959	AAG	2	6	1138	1143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133532
21	NC_015959	CTC	2	6	1207	1212	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133532
22	NC_015959	GAG	2	6	1252	1257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133532
23	NC_015959	TAC	2	6	1285	1290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345133532
24	NC_015959	GGA	2	6	1299	1304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133532
25	NC_015959	GAC	2	6	1410	1415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133532
26	NC_015959	CGA	2	6	2080	2085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133533
27	NC_015959	AAG	2	6	2172	2177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133533
28	NC_015959	CGA	2	6	2231	2236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133533
29	NC_015959	CGA	2	6	2261	2266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133533
30	NC_015959	CCG	2	6	2428	2433	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133533
31	NC_015959	TCG	2	6	2488	2493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133533
32	NC_015959	ACG	2	6	2524	2529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133533
33	NC_015959	TGG	2	6	2580	2585	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345133533
34	NC_015959	CGA	2	6	2731	2736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133534
35	NC_015959	GAC	3	9	2750	2758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133534
36	NC_015959	CCG	2	6	2793	2798	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133534
37	NC_015959	TCG	2	6	2814	2819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133534
38	NC_015959	CGA	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133534
39	NC_015959	ACG	2	6	2910	2915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133534
40	NC_015959	GCG	2	6	2916	2921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133534
41	NC_015959	GCT	2	6	2959	2964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133535
42	NC_015959	TGC	2	6	2988	2993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133535
43	NC_015959	CGT	2	6	3034	3039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133535
44	NC_015959	GAC	2	6	3254	3259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133536
45	NC_015959	CGA	2	6	3271	3276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133536
46	NC_015959	CGG	3	9	3508	3516	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133537
47	NC_015959	TGA	2	6	3673	3678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133537
48	NC_015959	AGA	2	6	3691	3696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133537
49	NC_015959	TGA	2	6	3751	3756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133537
50	NC_015959	ATG	2	6	3896	3901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133537
51	NC_015959	GGA	2	6	3913	3918	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133537
52	NC_015959	CAC	2	6	3955	3960	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133538
53	NC_015959	GAC	2	6	4017	4022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133538
54	NC_015959	CGT	2	6	4060	4065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133538
55	NC_015959	CGA	2	6	4142	4147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133538
56	NC_015959	ACG	2	6	4234	4239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133539
57	NC_015959	CGG	2	6	4293	4298	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133539
58	NC_015959	ACG	2	6	4312	4317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133539
59	NC_015959	GCG	2	6	4943	4948	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133540
60	NC_015959	CCA	2	6	5080	5085	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133540
61	NC_015959	CCG	2	6	5154	5159	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133540
62	NC_015959	GAG	2	6	5165	5170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133540
63	NC_015959	CGA	2	6	5178	5183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133540
64	NC_015959	TAG	2	6	5218	5223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133540
65	NC_015959	CGA	2	6	5474	5479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133541
66	NC_015959	CGG	2	6	5573	5578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133541
67	NC_015959	CGC	2	6	5592	5597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133541
68	NC_015959	GAG	2	6	5605	5610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133541
69	NC_015959	CGA	2	6	5658	5663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133541
70	NC_015959	CGC	2	6	5664	5669	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133541
71	NC_015959	CGA	2	6	5741	5746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
72	NC_015959	CGA	3	9	5750	5758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
73	NC_015959	CGT	2	6	5858	5863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133542
74	NC_015959	ACC	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133542
75	NC_015959	CGA	2	6	5924	5929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
76	NC_015959	TTC	2	6	5990	5995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345133542
77	NC_015959	CGA	2	6	6038	6043	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
78	NC_015959	CGA	2	6	6059	6064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
79	NC_015959	CGA	2	6	6127	6132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
80	NC_015959	CAA	2	6	6177	6182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345133542
81	NC_015959	TCG	2	6	6223	6228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133542
82	NC_015959	CCA	2	6	6245	6250	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133542
83	NC_015959	CGA	2	6	6272	6277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
84	NC_015959	ACT	2	6	6301	6306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345133542
85	NC_015959	CGA	2	6	6341	6346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
86	NC_015959	CTC	2	6	6351	6356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
87	NC_015959	CGA	2	6	6380	6385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
88	NC_015959	TCC	2	6	6487	6492	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
89	NC_015959	CGA	2	6	6500	6505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
90	NC_015959	GCC	2	6	6511	6516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
91	NC_015959	CTT	2	6	6563	6568	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345133542
92	NC_015959	ACG	2	6	6760	6765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
93	NC_015959	TCC	2	6	6766	6771	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
94	NC_015959	CGA	2	6	6832	6837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
95	NC_015959	CGA	2	6	6845	6850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
96	NC_015959	CAG	2	6	6870	6875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
97	NC_015959	GCC	2	6	6909	6914	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
98	NC_015959	CGA	2	6	6920	6925	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
99	NC_015959	CGA	2	6	6986	6991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
100	NC_015959	CGA	2	6	7010	7015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
101	NC_015959	CGC	2	6	7021	7026	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
102	NC_015959	ACC	2	6	7051	7056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133542
103	NC_015959	CGC	2	6	7100	7105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
104	NC_015959	CCA	2	6	7235	7240	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133542
105	NC_015959	TCC	2	6	7264	7269	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
106	NC_015959	CCT	2	6	7331	7336	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
107	NC_015959	CGA	3	9	7439	7447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
108	NC_015959	GGA	2	6	7499	7504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133542
109	NC_015959	CGC	2	6	7550	7555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
110	NC_015959	GAG	2	6	7572	7577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133542
111	NC_015959	ACG	2	6	7579	7584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
112	NC_015959	CCG	2	6	7630	7635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
113	NC_015959	TCC	2	6	7636	7641	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
114	NC_015959	CGA	2	6	7669	7674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
115	NC_015959	CGA	2	6	7727	7732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
116	NC_015959	CGA	2	6	7807	7812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
117	NC_015959	GCC	3	9	7839	7847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
118	NC_015959	CGA	2	6	7853	7858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
119	NC_015959	CAG	2	6	7902	7907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
120	NC_015959	GTG	2	6	7916	7921	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345133542
121	NC_015959	CGA	2	6	7922	7927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
122	NC_015959	ACT	2	6	7939	7944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345133542
123	NC_015959	GGT	2	6	8023	8028	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345133542
124	NC_015959	GAA	2	6	8048	8053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133542
125	NC_015959	CGA	2	6	8153	8158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
126	NC_015959	ACG	2	6	8161	8166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
127	NC_015959	CGA	2	6	8206	8211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
128	NC_015959	CGA	2	6	8231	8236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
129	NC_015959	CTC	2	6	8259	8264	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
130	NC_015959	TCG	2	6	8341	8346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133542
131	NC_015959	CGA	2	6	8357	8362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
132	NC_015959	CTC	2	6	8382	8387	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
133	NC_015959	CGA	2	6	8393	8398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
134	NC_015959	CGA	2	6	8414	8419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
135	NC_015959	CGA	2	6	8432	8437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
136	NC_015959	GCC	2	6	8454	8459	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
137	NC_015959	CTC	2	6	8478	8483	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
138	NC_015959	TCC	2	6	8575	8580	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
139	NC_015959	GTC	2	6	8610	8615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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141	NC_015959	ACC	2	6	8674	8679	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133542
142	NC_015959	CGA	2	6	8696	8701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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144	NC_015959	CGC	2	6	8804	8809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345133542
145	NC_015959	CCT	2	6	8810	8815	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133542
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149	NC_015959	CGA	2	6	8912	8917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
150	NC_015959	CGA	2	6	8957	8962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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152	NC_015959	CGG	2	6	9083	9088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133542
153	NC_015959	CGA	2	6	9095	9100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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156	NC_015959	CGT	2	6	9233	9238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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159	NC_015959	CGA	2	6	9298	9303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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161	NC_015959	CGA	2	6	9437	9442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133542
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164	NC_015959	CGG	2	6	9590	9595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133542
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239	NC_015959	TAT	2	6	17527	17532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345133554
240	NC_015959	CCT	2	6	17601	17606	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345133554
241	NC_015959	GAG	2	6	17614	17619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345133554
242	NC_015959	GTC	2	6	18152	18157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133555
243	NC_015959	TCG	2	6	18212	18217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345133555
244	NC_015959	CCA	3	9	18245	18253	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133555
245	NC_015959	CGG	2	6	18270	18275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133555
246	NC_015959	CAC	3	9	18332	18340	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345133555
247	NC_015959	CAG	2	6	18344	18349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133555
248	NC_015959	AGT	2	6	18433	18438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133555
249	NC_015959	GTG	2	6	18454	18459	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345133555
250	NC_015959	GCG	2	6	18480	18485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345133555
251	NC_015959	GAT	2	6	18659	18664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345133555
252	NC_015959	AGC	2	6	18696	18701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345133555
253	NC_015959	GAA	2	6	18779	18784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345133555
254	NC_015959	ACT	2	6	18797	18802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345133555
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.