MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar01

Total Repeats: 477

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015955	CAAC	2	8	1202	1209	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015955	ATTT	2	8	2278	2285	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015955	AAAG	2	8	2867	2874	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015955	CAGT	2	8	5648	5655	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015955	GGTC	2	8	7857	7864	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015955	CATC	2	8	10708	10715	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_015955	TTAA	2	8	17206	17213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015955	AAGC	2	8	28387	28394	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015955	TAAT	2	8	29921	29928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015955	GGTT	2	8	30010	30017	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015955	TAAA	2	8	30160	30167	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015955	TTTG	2	8	33023	33030	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015955	ATGA	2	8	34314	34321	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015955	ACGG	2	8	36213	36220	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015955	CACT	2	8	36277	36284	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015955	TCGG	2	8	36297	36304	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015955	AGCA	2	8	37481	37488	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015955	TATT	2	8	39439	39446	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015955	TTTG	2	8	53449	53456	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015955	AAAG	2	8	58299	58306	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015955	CGCC	2	8	59002	59009	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_015955	GAGT	2	8	59022	59029	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015955	GCCC	2	8	62826	62833	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
24	NC_015955	TCGC	2	8	62858	62865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015955	GAGG	2	8	63845	63852	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015955	TCCA	2	8	69810	69817	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_015955	TCGC	2	8	69828	69835	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015955	GACC	2	8	72326	72333	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015955	CTGA	2	8	73501	73508	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015955	GTAG	2	8	73520	73527	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015955	CGGC	2	8	73603	73610	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015955	TCAG	2	8	79045	79052	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015955	ACGG	2	8	80293	80300	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015955	CACT	2	8	80357	80364	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015955	TCGG	2	8	80377	80384	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015955	AGCA	2	8	81561	81568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015955	CTAA	2	8	81575	81582	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015955	AATG	2	8	89469	89476	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015955	ACGG	2	8	91904	91911	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015955	CACT	2	8	91968	91975	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015955	TCGG	2	8	91988	91995	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015955	CGCC	2	8	92123	92130	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
43	NC_015955	GTAC	2	8	92393	92400	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015955	AGCA	2	8	93173	93180	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015955	TCTG	2	8	97450	97457	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015955	GTAT	2	8	97817	97824	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015955	ACAA	2	8	97936	97943	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015955	GTTG	2	8	97973	97980	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015955	ACCA	2	8	98207	98214	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015955	AAAC	2	8	98265	98272	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015955	CTCC	2	8	99495	99502	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_015955	GAAC	2	8	99614	99621	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_015955	GAAC	2	8	99909	99916	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015955	ACGG	2	8	100481	100488	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015955	CACT	2	8	100545	100552	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015955	TCGG	2	8	100565	100572	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015955	CTGC	2	8	111100	111107	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015955	ACGG	2	8	111231	111238	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_015955	CACT	2	8	111295	111302	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015955	TCGG	2	8	111315	111322	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015955	AGCA	2	8	112499	112506	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015955	CTAA	2	8	112513	112520	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015955	TGTC	2	8	112544	112551	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015955	GCAA	2	8	114904	114911	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_015955	GCAT	2	8	116397	116404	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015955	CGAG	2	8	118339	118346	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015955	ACCA	2	8	118374	118381	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015955	AATC	2	8	119714	119721	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015955	CGTT	2	8	119918	119925	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015955	TCGT	2	8	120139	120146	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015955	TTCG	2	8	120307	120314	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015955	AAAC	2	8	126254	126261	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015955	GCAA	2	8	128694	128701	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015955	GGTG	2	8	132032	132039	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015955	TTGT	2	8	132128	132135	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015955	AGGC	2	8	132181	132188	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015955	TCGA	2	8	136499	136506	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015955	AGTG	2	8	136507	136514	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015955	ACAG	2	8	140665	140672	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015955	GGTC	2	8	140702	140709	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015955	CTAA	2	8	143141	143148	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015955	TTAC	2	8	143281	143288	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015955	AGTT	2	8	144066	144073	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015955	GCTT	2	8	144122	144129	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015955	TTAG	2	8	144632	144639	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015955	TGCT	2	8	144646	144653	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015955	GAGT	2	8	145849	145856	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015955	TCCG	2	8	145913	145920	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015955	CGTT	2	8	146658	146665	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_015955	TAGA	2	8	147573	147580	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015955	AATT	2	8	149071	149078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015955	ATAA	2	8	149245	149252	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015955	GTTT	2	8	149321	149328	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015955	ACTG	2	8	149376	149383	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015955	TATG	2	8	149492	149499	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015955	GTCT	2	8	154281	154288	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015955	AGCG	2	8	154301	154308	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015955	TGCT	2	8	160488	160495	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015955	TGAA	2	8	160658	160665	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015955	GACA	2	8	161000	161007	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015955	GTAC	2	8	161047	161054	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015955	TCGA	2	8	162385	162392	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015955	GGTA	2	8	162656	162663	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015955	CTTA	2	8	164931	164938	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_015955	AGTT	2	8	165310	165317	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015955	GATC	2	8	165439	165446	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_015955	CGGT	2	8	169123	169130	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015955	GGGA	2	8	187713	187720	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015955	CTCC	2	8	189676	189683	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_015955	AATC	2	8	191070	191077	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015955	GAGT	2	8	193481	193488	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015955	TCCG	2	8	193545	193552	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015955	ACTC	2	8	195445	195452	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015955	ATTC	2	8	196628	196635	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015955	ATCT	2	8	198498	198505	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015955	AACG	2	8	202747	202754	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015955	GTCA	2	8	206530	206537	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_015955	GAGC	2	8	206684	206691	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015955	GGGT	2	8	206810	206817	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015955	TTGT	3	12	207202	207213	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015955	CTGA	2	8	211194	211201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_015955	TCTG	2	8	211341	211348	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_015955	TCGT	2	8	212123	212130	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015955	TTAG	2	8	214796	214803	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015955	TGCT	2	8	214810	214817	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_015955	GAGT	2	8	216013	216020	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015955	TCCG	2	8	216077	216084	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_015955	CTCC	2	8	217036	217043	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
129	NC_015955	CAAC	2	8	217105	217112	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_015955	ACGA	2	8	217226	217233	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015955	TTCA	2	8	217574	217581	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015955	AAAC	2	8	217818	217825	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015955	ATCC	2	8	218018	218025	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_015955	TGCT	2	8	218265	218272	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015955	AGGG	2	8	218400	218407	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015955	GTCA	2	8	219251	219258	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_015955	AGAA	2	8	221176	221183	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015955	GTTC	2	8	222110	222117	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015955	AATG	2	8	226133	226140	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015955	CGGG	2	8	228199	228206	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
141	NC_015955	GCTT	2	8	228428	228435	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_015955	ACGG	2	8	233898	233905	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_015955	CACT	2	8	233962	233969	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015955	TCGG	2	8	233982	233989	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_015955	AGCA	2	8	235166	235173	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_015955	CTAA	2	8	235180	235187	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_015955	CGCC	2	8	236235	236242	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
148	NC_015955	ACGG	2	8	237869	237876	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_015955	CACT	2	8	237933	237940	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_015955	TCGG	2	8	237953	237960	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_015955	AGCA	2	8	239137	239144	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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446	NC_015955	CTAA	2	8	664496	664503	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
447	NC_015955	GGGA	2	8	665646	665653	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
448	NC_015955	CTGA	2	8	674240	674247	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
449	NC_015955	TTCC	2	8	675846	675853	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
450	NC_015955	AACA	2	8	677066	677073	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
451	NC_015955	GAAT	2	8	677074	677081	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
452	NC_015955	GTTG	2	8	677151	677158	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
453	NC_015955	CTGG	2	8	677170	677177	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
454	NC_015955	GTGA	2	8	677224	677231	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
455	NC_015955	AAAT	2	8	678849	678856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_015955	CTCA	2	8	681577	681584	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
457	NC_015955	TCGA	2	8	681611	681618	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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460	NC_015955	CGAG	2	8	688029	688036	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
461	NC_015955	GAAG	2	8	691827	691834	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
462	NC_015955	ACGG	2	8	691990	691997	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
463	NC_015955	CACT	2	8	692054	692061	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
464	NC_015955	TCGG	2	8	692074	692081	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
465	NC_015955	AGCA	2	8	693258	693265	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
466	NC_015955	CTAA	2	8	693272	693279	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
467	NC_015955	CGGG	2	8	693566	693573	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
468	NC_015955	AAGA	3	12	693674	693685	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
469	NC_015955	AAGA	2	8	693690	693697	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
470	NC_015955	CTAC	2	8	695480	695487	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
471	NC_015955	TGGG	2	8	697192	697199	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
472	NC_015955	GAAT	2	8	701734	701741	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
473	NC_015955	CAGC	2	8	701871	701878	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
474	NC_015955	TTAT	2	8	702177	702184	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_015955	ATAC	2	8	702595	702602	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
476	NC_015955	CTAT	2	8	705363	705370	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
477	NC_015955	GTGA	2	8	705397	705404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.