MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptomyces violaceusniger Tu 4113 plasmid pSTRVI02

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015952	TCACCG	2	12	3493	3504	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007720
2	NC_015952	CCGGCT	2	12	6241	6252	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007724
3	NC_015952	TGCCCG	2	12	6607	6618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007726
4	NC_015952	CGAGGT	2	12	7248	7259	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007727
5	NC_015952	CGGTGA	2	12	9802	9813	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007729
6	NC_015952	GCAGGC	2	12	11432	11443	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007729
7	NC_015952	ACCGCC	2	12	12868	12879	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007730
8	NC_015952	GGACCT	2	12	15143	15154	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007732
9	NC_015952	CTCCGG	2	12	16095	16106	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007734
10	NC_015952	CAGGTC	2	12	16763	16774	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007736
11	NC_015952	CGCCTT	2	12	17096	17107	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007737
12	NC_015952	CAGGAC	2	12	17580	17591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007738
13	NC_015952	ACGGTG	2	12	21177	21188	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007741
14	NC_015952	TGGTGA	2	12	21319	21330	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007741
15	NC_015952	CGGCGC	2	12	21605	21616	0 %	0 %	50 %	50 %	345007742
16	NC_015952	CCCGCA	2	12	23068	23079	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007742
17	NC_015952	CTGGTC	2	12	24250	24261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007743
18	NC_015952	CGTCCT	2	12	24390	24401	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007743
19	NC_015952	TCCGCG	2	12	25585	25596	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007745
20	NC_015952	TCGCCG	2	12	26312	26323	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007746
21	NC_015952	GTCCGG	2	12	31900	31911	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007750
22	NC_015952	CCGGTA	2	12	32209	32220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007750
23	NC_015952	GGCTGC	2	12	35141	35152	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007753
24	NC_015952	GGGCAG	2	12	36755	36766	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007753
25	NC_015952	CGGTGT	2	12	38137	38148	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007754
26	NC_015952	GGAGAA	2	12	38567	38578	50 %	0 %	50 %	0 %	345007754
27	NC_015952	GCGGAG	2	12	38799	38810	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007754
28	NC_015952	CAAGCG	2	12	43253	43264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007761
29	NC_015952	TTCACC	2	12	44863	44874	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	345007765
30	NC_015952	GGCAGC	2	12	46363	46374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007766
31	NC_015952	TCGTCC	2	12	47211	47222	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007767
32	NC_015952	GCTCCT	2	12	47798	47809	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007768
33	NC_015952	GCGACG	2	12	49315	49326	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007768
34	NC_015952	GCCGGT	2	12	50312	50323	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007770
35	NC_015952	ACGGCG	2	12	53047	53058	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007774
36	NC_015952	CCGACC	2	12	53865	53876	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007775
37	NC_015952	GGAAGC	2	12	54675	54686	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007776
38	NC_015952	GGTGCG	2	12	54961	54972	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007776
39	NC_015952	GGCGGG	2	12	56172	56183	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	345007776
40	NC_015952	GGAGCG	2	12	56187	56198	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007776
41	NC_015952	GACCGG	2	12	56578	56589	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007776
42	NC_015952	GAGGCG	2	12	56926	56937	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007776
43	NC_015952	GTACGG	2	12	57486	57497	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007776
44	NC_015952	CGGAGG	2	12	58004	58015	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007776
45	NC_015952	GGGAGG	2	12	59039	59050	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	345007776
46	NC_015952	CCCGAC	3	18	59430	59447	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007776
47	NC_015952	GCCCCT	2	12	59452	59463	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007776
48	NC_015952	GTGCCG	2	12	59496	59507	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007776
49	NC_015952	CGGATG	2	12	59532	59543	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007776
50	NC_015952	CCCGGG	2	12	60641	60652	0 %	0 %	50 %	50 %	345007776
51	NC_015952	TCGGTG	2	12	61075	61086	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007776
52	NC_015952	CCCCGC	2	12	61392	61403	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	345007776
53	NC_015952	CCCGCC	2	12	61576	61587	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	345007776
54	NC_015952	CGGAGC	2	12	61685	61696	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007776
55	NC_015952	AGCCCG	2	12	61805	61816	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007776
56	NC_015952	CACCCC	2	12	61944	61955	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	345007776
57	NC_015952	ACACCG	2	12	62400	62411	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007777
58	NC_015952	CTGCAC	2	12	63601	63612	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007779
59	NC_015952	GTGTGG	2	12	64252	64263	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345007779
60	NC_015952	GGCGGA	2	12	65558	65569	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007780
61	NC_015952	CGGTGA	2	12	71030	71041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007785
62	NC_015952	CAACCG	2	12	71064	71075	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007785
63	NC_015952	GCATGA	2	12	71152	71163	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007785
64	NC_015952	CCGACG	2	12	72636	72647	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007787
65	NC_015952	TGCTGG	2	12	72723	72734	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007787
66	NC_015952	GGCGGG	2	12	75173	75184	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	345007790
67	NC_015952	CGCCGT	2	12	75868	75879	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007791
68	NC_015952	CGGCCG	2	12	76282	76293	0 %	0 %	50 %	50 %	345007792
69	NC_015952	CGCCCC	3	18	80078	80095	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	345007797
70	NC_015952	CAGGAC	2	12	83620	83631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007800
71	NC_015952	GGGTGC	2	12	84056	84067	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007800
72	NC_015952	GAAGCC	2	12	84596	84607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007801
73	NC_015952	CGAGAT	2	12	85136	85147	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007802
74	NC_015952	CACCCT	2	12	86114	86125	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	345007803
75	NC_015952	AACGGC	2	12	86427	86438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007803
76	NC_015952	CGAGGA	2	12	87383	87394	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007805
77	NC_015952	GCCGAG	3	18	89178	89195	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007808
78	NC_015952	GAGGCC	2	12	89199	89210	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007808
79	NC_015952	GAGGGT	2	12	89211	89222	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007808
80	NC_015952	GAGGCC	2	12	89223	89234	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007808
81	NC_015952	GAGGGT	2	12	89235	89246	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007808
82	NC_015952	GAGGCC	2	12	89247	89258	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007808
83	NC_015952	GAGGGT	2	12	89259	89270	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007808
84	NC_015952	CGGAGC	2	12	95255	95266	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007815
85	NC_015952	CGGGCG	2	12	95811	95822	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345007816
86	NC_015952	CGGCAC	2	12	98007	98018	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007819
87	NC_015952	GGAGGT	2	12	98893	98904	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007821
88	NC_015952	GCTGGC	2	12	99159	99170	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007822
89	NC_015952	CAGGAG	2	12	99725	99736	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007824
90	NC_015952	CACCGT	2	12	100497	100508	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007826
91	NC_015952	GCTACG	2	12	102091	102102	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007829
92	NC_015952	CCCTGC	3	18	105174	105191	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007834
93	NC_015952	CTGGAC	2	12	105365	105376	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007834
94	NC_015952	CGACAT	2	12	105490	105501	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	345007834
95	NC_015952	CGAGGC	2	12	106402	106413	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007837
96	NC_015952	CCTCAT	2	12	108134	108145	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	345007841
97	NC_015952	CCCTCG	2	12	112052	112063	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007848
98	NC_015952	CGGAGA	2	12	114183	114194	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007852
99	NC_015952	ACGCCG	2	12	115386	115397	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007854
100	NC_015952	GGAGTG	2	12	116069	116080	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007855
101	NC_015952	AAACGA	2	12	118009	118020	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	345007859
102	NC_015952	CACCCG	2	12	122385	122396	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007866
103	NC_015952	CTGGAA	2	12	122657	122668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007867
104	NC_015952	CCGCTG	2	12	127501	127512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007873
105	NC_015952	CTGCCC	2	12	131757	131768	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007880
106	NC_015952	CGACCA	2	12	133590	133601	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007883
107	NC_015952	TCGTGA	2	12	137497	137508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	345007890
108	NC_015952	CAGGCC	2	12	139214	139225	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007892
109	NC_015952	CGCACC	2	12	139462	139473	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007893
110	NC_015952	GGACGA	2	12	142261	142272	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007899
111	NC_015952	CGCCGG	2	12	143015	143026	0 %	0 %	50 %	50 %	345007900
112	NC_015952	GGCCGT	2	12	143038	143049	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007900
113	NC_015952	CCCGCG	2	12	145028	145039	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007903
114	NC_015952	CGGGTC	2	12	147215	147226	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007907
115	NC_015952	GGCCGA	2	12	152420	152431	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007913
116	NC_015952	AACGGG	2	12	152629	152640	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007913
117	NC_015952	CGGCGA	2	12	152780	152791	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007913
118	NC_015952	GCGCCG	2	12	153354	153365	0 %	0 %	50 %	50 %	345007914
119	NC_015952	CGACGC	2	12	157372	157383	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007918
120	NC_015952	ACCCCT	2	12	157551	157562	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	345007918
121	NC_015952	GCCCCG	2	12	159319	159330	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007920
122	NC_015952	GTCGGG	2	12	161476	161487	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007922
123	NC_015952	AAGACG	2	12	163984	163995	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007928
124	NC_015952	CGGCGA	2	12	164015	164026	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007928
125	NC_015952	CCACCT	2	12	164405	164416	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	345007929
126	NC_015952	CACGGC	2	12	165757	165768	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007931
127	NC_015952	GACCAC	2	12	168175	168186	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007934
128	NC_015952	CGGCTC	2	12	170619	170630	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007937
129	NC_015952	AAGGAC	2	12	171428	171439	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007938
130	NC_015952	GACGGC	2	12	171463	171474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007938
131	NC_015952	GAGGAT	2	12	172226	172237	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	345007939
132	NC_015952	GGCGAT	2	12	172385	172396	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007939
133	NC_015952	GTCGAG	2	12	173080	173091	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007940
134	NC_015952	GGCCTT	2	12	174132	174143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007941
135	NC_015952	CGCGGG	2	12	176215	176226	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345007943
136	NC_015952	CGCGGA	2	12	176734	176745	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007943
137	NC_015952	AAGTCG	2	12	177566	177577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007944
138	NC_015952	CGCGAG	2	12	188084	188095	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007955
139	NC_015952	CCGCGA	2	12	188151	188162	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007955

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.