MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptomyces violaceusniger Tu 4113 plasmid pSTRVI02

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015952	CGCGC	2	10	1046	1055	0 %	0 %	40 %	60 %	345007717
2	NC_015952	CCACA	2	10	1556	1565	40 %	0 %	0 %	60 %	345007717
3	NC_015952	GGCCG	2	10	4919	4928	0 %	0 %	60 %	40 %	345007722
4	NC_015952	GCAGG	2	10	9266	9275	20 %	0 %	60 %	20 %	345007729
5	NC_015952	CGGGC	2	10	10263	10272	0 %	0 %	60 %	40 %	345007729
6	NC_015952	GGCAG	2	10	10500	10509	20 %	0 %	60 %	20 %	345007729
7	NC_015952	CGGGC	2	10	10634	10643	0 %	0 %	60 %	40 %	345007729
8	NC_015952	GCACG	2	10	10706	10715	20 %	0 %	40 %	40 %	345007729
9	NC_015952	TCCGC	2	10	10968	10977	0 %	20 %	20 %	60 %	345007729
10	NC_015952	GCGTG	2	10	11323	11332	0 %	20 %	60 %	20 %	345007729
11	NC_015952	GGGAG	2	10	11479	11488	20 %	0 %	80 %	0 %	345007729
12	NC_015952	AGCGC	2	10	15161	15170	20 %	0 %	40 %	40 %	345007732
13	NC_015952	GTGCG	2	10	15678	15687	0 %	20 %	60 %	20 %	345007733
14	NC_015952	AGCGG	2	10	17521	17530	20 %	0 %	60 %	20 %	345007738
15	NC_015952	GGCCC	2	10	17953	17962	0 %	0 %	40 %	60 %	345007740
16	NC_015952	CTCGC	2	10	19088	19097	0 %	20 %	20 %	60 %	345007740
17	NC_015952	CACGG	2	10	20744	20753	20 %	0 %	40 %	40 %	345007741
18	NC_015952	GGAAG	2	10	24849	24858	40 %	0 %	60 %	0 %	345007743
19	NC_015952	GGGCG	2	10	26206	26215	0 %	0 %	80 %	20 %	345007746
20	NC_015952	CCGGG	2	10	26697	26706	0 %	0 %	60 %	40 %	345007746
21	NC_015952	CGGTC	2	10	28386	28395	0 %	20 %	40 %	40 %	345007748
22	NC_015952	CCCGG	2	10	28804	28813	0 %	0 %	40 %	60 %	345007748
23	NC_015952	GGGCA	2	10	28938	28947	20 %	0 %	60 %	20 %	345007748
24	NC_015952	GCCGC	2	10	29898	29907	0 %	0 %	40 %	60 %	345007749
25	NC_015952	CCCGT	2	10	29920	29929	0 %	20 %	20 %	60 %	345007749
26	NC_015952	CGTCG	2	10	29976	29985	0 %	20 %	40 %	40 %	345007749
27	NC_015952	GCGCC	2	10	30291	30300	0 %	0 %	40 %	60 %	345007749
28	NC_015952	CGCGG	2	10	35984	35993	0 %	0 %	60 %	40 %	345007753
29	NC_015952	TCTCG	2	10	36169	36178	0 %	40 %	20 %	40 %	345007753
30	NC_015952	CGGCC	2	10	37391	37400	0 %	0 %	40 %	60 %	345007754
31	NC_015952	CGCGC	2	10	38843	38852	0 %	0 %	40 %	60 %	345007754
32	NC_015952	CGGCG	2	10	39200	39209	0 %	0 %	60 %	40 %	345007754
33	NC_015952	GCTCA	2	10	39501	39510	20 %	20 %	20 %	40 %	345007755
34	NC_015952	AACTG	2	10	39888	39897	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015952	GGGAT	2	10	39929	39938	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015952	CCTTC	2	10	40012	40021	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_015952	CGGGC	2	10	40606	40615	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015952	CTGGT	2	10	41274	41283	0 %	40 %	40 %	20 %	345007757
39	NC_015952	GCCGG	2	10	42470	42479	0 %	0 %	60 %	40 %	345007760
40	NC_015952	GCTCC	2	10	42512	42521	0 %	20 %	20 %	60 %	345007760
41	NC_015952	GTGGA	2	10	43580	43589	20 %	20 %	60 %	0 %	345007761
42	NC_015952	CGCGC	2	10	44696	44705	0 %	0 %	40 %	60 %	345007764
43	NC_015952	TCGCG	2	10	44792	44801	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015952	CCGGC	2	10	45710	45719	0 %	0 %	40 %	60 %	345007765
45	NC_015952	GCCAT	2	10	46082	46091	20 %	20 %	20 %	40 %	345007766
46	NC_015952	CGGAA	2	10	46698	46707	40 %	0 %	40 %	20 %	345007767
47	NC_015952	GCTCG	2	10	47423	47432	0 %	20 %	40 %	40 %	345007767
48	NC_015952	CGCGG	2	10	47916	47925	0 %	0 %	60 %	40 %	345007768
49	NC_015952	CGGGC	2	10	48018	48027	0 %	0 %	60 %	40 %	345007768
50	NC_015952	GCGGT	2	10	48868	48877	0 %	20 %	60 %	20 %	345007768
51	NC_015952	GTCGG	2	10	49432	49441	0 %	20 %	60 %	20 %	345007768
52	NC_015952	CGGGT	2	10	49477	49486	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015952	CCCCG	2	10	50009	50018	0 %	0 %	20 %	80 %	345007769
54	NC_015952	GCAAA	2	10	51343	51352	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015952	TCAGA	2	10	51507	51516	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015952	CTGCC	2	10	53527	53536	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015952	CTGCC	2	10	53560	53569	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_015952	CCCCG	2	10	61782	61791	0 %	0 %	20 %	80 %	345007776
59	NC_015952	GGCCG	2	10	62575	62584	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015952	CGCCC	2	10	62604	62613	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
61	NC_015952	CGAGT	2	10	62859	62868	20 %	20 %	40 %	20 %	345007778
62	NC_015952	CCTCC	2	10	62900	62909	0 %	20 %	0 %	80 %	345007778
63	NC_015952	GTGCG	2	10	64468	64477	0 %	20 %	60 %	20 %	345007779
64	NC_015952	GCCCC	2	10	65539	65548	0 %	0 %	20 %	80 %	345007780
65	NC_015952	GGGCC	2	10	66173	66182	0 %	0 %	60 %	40 %	345007781
66	NC_015952	GTGCC	2	10	66510	66519	0 %	20 %	40 %	40 %	345007781
67	NC_015952	TGGCG	2	10	66935	66944	0 %	20 %	60 %	20 %	345007781
68	NC_015952	CGGCC	2	10	67606	67615	0 %	0 %	40 %	60 %	345007782
69	NC_015952	CACAT	2	10	68473	68482	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015952	CCCCG	2	10	68559	68568	0 %	0 %	20 %	80 %	345007784
71	NC_015952	GCCCC	2	10	69548	69557	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
72	NC_015952	CCGTC	2	10	69788	69797	0 %	20 %	20 %	60 %	345007785
73	NC_015952	GCCCC	2	10	69858	69867	0 %	0 %	20 %	80 %	345007785
74	NC_015952	CCGGT	2	10	70205	70214	0 %	20 %	40 %	40 %	345007785
75	NC_015952	GGGGC	2	10	71561	71570	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015952	TCCGC	2	10	71581	71590	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_015952	GCGCG	2	10	71824	71833	0 %	0 %	60 %	40 %	345007787
78	NC_015952	ATCAG	2	10	72579	72588	40 %	20 %	20 %	20 %	345007787
79	NC_015952	CGCGG	2	10	73159	73168	0 %	0 %	60 %	40 %	345007787
80	NC_015952	GGGCG	2	10	73632	73641	0 %	0 %	80 %	20 %	345007788
81	NC_015952	GCGCC	2	10	73986	73995	0 %	0 %	40 %	60 %	345007789
82	NC_015952	CCCGG	2	10	74158	74167	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_015952	GTCTT	2	10	75052	75061	0 %	60 %	20 %	20 %	345007790
84	NC_015952	GCGTC	2	10	75449	75458	0 %	20 %	40 %	40 %	345007790
85	NC_015952	GCCCG	2	10	76514	76523	0 %	0 %	40 %	60 %	345007792
86	NC_015952	GGTGG	2	10	77253	77262	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015952	CACCC	2	10	77284	77293	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
88	NC_015952	GCCGG	2	10	77911	77920	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015952	GCACC	2	10	78213	78222	20 %	0 %	20 %	60 %	345007795
90	NC_015952	GGCCG	2	10	78397	78406	0 %	0 %	60 %	40 %	345007795
91	NC_015952	CCGGG	2	10	79231	79240	0 %	0 %	60 %	40 %	345007796
92	NC_015952	GCCCC	2	10	80074	80083	0 %	0 %	20 %	80 %	345007797
93	NC_015952	CGGCG	2	10	80147	80156	0 %	0 %	60 %	40 %	345007797
94	NC_015952	CGCGG	2	10	80531	80540	0 %	0 %	60 %	40 %	345007797
95	NC_015952	CCGCG	2	10	81470	81479	0 %	0 %	40 %	60 %	345007798
96	NC_015952	TCGCT	2	10	81692	81701	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_015952	ACCAG	2	10	82330	82339	40 %	0 %	20 %	40 %	345007799
98	NC_015952	CCGGC	2	10	83312	83321	0 %	0 %	40 %	60 %	345007800
99	NC_015952	CAGGG	2	10	84438	84447	20 %	0 %	60 %	20 %	345007801
100	NC_015952	CGGTG	2	10	84933	84942	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015952	GACGT	2	10	86804	86813	20 %	20 %	40 %	20 %	345007804
102	NC_015952	CGGCA	2	10	87141	87150	20 %	0 %	40 %	40 %	345007805
103	NC_015952	GCCGG	2	10	87412	87421	0 %	0 %	60 %	40 %	345007805
104	NC_015952	TCCCC	2	10	88794	88803	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
105	NC_015952	CCGGG	2	10	90043	90052	0 %	0 %	60 %	40 %	345007810
106	NC_015952	TCCCC	2	10	90291	90300	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_015952	TGGTG	2	10	91417	91426	0 %	40 %	60 %	0 %	345007812
108	NC_015952	CCGGC	2	10	92193	92202	0 %	0 %	40 %	60 %	345007814
109	NC_015952	CATGT	2	10	93368	93377	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015952	CGGGG	2	10	96251	96260	0 %	0 %	80 %	20 %	345007816
111	NC_015952	CGGCC	2	10	99507	99516	0 %	0 %	40 %	60 %	345007824
112	NC_015952	CGCCC	2	10	105202	105211	0 %	0 %	20 %	80 %	345007834
113	NC_015952	CGCGC	2	10	105606	105615	0 %	0 %	40 %	60 %	345007835
114	NC_015952	CCGCG	2	10	106468	106477	0 %	0 %	40 %	60 %	345007837
115	NC_015952	CCGTG	2	10	106889	106898	0 %	20 %	40 %	40 %	345007838
116	NC_015952	AGTCC	2	10	108484	108493	20 %	20 %	20 %	40 %	345007842
117	NC_015952	ACCAC	2	10	108597	108606	40 %	0 %	0 %	60 %	345007842
118	NC_015952	TCGTG	2	10	109014	109023	0 %	40 %	40 %	20 %	345007844
119	NC_015952	GATGG	2	10	109974	109983	20 %	20 %	60 %	0 %	345007844
120	NC_015952	CGGCC	2	10	110543	110552	0 %	0 %	40 %	60 %	345007845
121	NC_015952	GATCA	2	10	112655	112664	40 %	20 %	20 %	20 %	345007849
122	NC_015952	CCGCC	2	10	113406	113415	0 %	0 %	20 %	80 %	345007850
123	NC_015952	CCGGC	2	10	113783	113792	0 %	0 %	40 %	60 %	345007851
124	NC_015952	CCGAG	2	10	114506	114515	20 %	0 %	40 %	40 %	345007853
125	NC_015952	GCGCC	2	10	114593	114602	0 %	0 %	40 %	60 %	345007853
126	NC_015952	TGCCG	2	10	117116	117125	0 %	20 %	40 %	40 %	345007857
127	NC_015952	CGGCG	2	10	117510	117519	0 %	0 %	60 %	40 %	345007858
128	NC_015952	CGATG	2	10	122179	122188	20 %	20 %	40 %	20 %	345007866
129	NC_015952	CGTCC	2	10	122676	122685	0 %	20 %	20 %	60 %	345007867
130	NC_015952	GTACG	2	10	124703	124712	20 %	20 %	40 %	20 %	345007870
131	NC_015952	GTCCG	2	10	125670	125679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_015952	TCCGC	2	10	127467	127476	0 %	20 %	20 %	60 %	345007873
133	NC_015952	ACCCC	3	15	127882	127896	20 %	0 %	0 %	80 %	345007874
134	NC_015952	GGAAC	2	10	128753	128762	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015952	AGGCC	2	10	130644	130653	20 %	0 %	40 %	40 %	345007878
136	NC_015952	GCACC	2	10	130797	130806	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_015952	AACCC	2	10	130859	130868	40 %	0 %	0 %	60 %	345007879
138	NC_015952	CGGCC	2	10	131170	131179	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_015952	GGCCA	2	10	133152	133161	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015952	GCCCG	2	10	133719	133728	0 %	0 %	40 %	60 %	345007883
141	NC_015952	GTCAG	2	10	134591	134600	20 %	20 %	40 %	20 %	345007885
142	NC_015952	CGAGG	2	10	134719	134728	20 %	0 %	60 %	20 %	345007886
143	NC_015952	GGCCG	2	10	135987	135996	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
144	NC_015952	ACGAA	2	10	137527	137536	60 %	0 %	20 %	20 %	345007890
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147	NC_015952	CCCGC	2	10	139911	139920	0 %	0 %	20 %	80 %	345007895
148	NC_015952	AGGAC	2	10	140396	140405	40 %	0 %	40 %	20 %	345007896
149	NC_015952	CCGGG	2	10	141003	141012	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
150	NC_015952	GGACA	2	10	141621	141630	40 %	0 %	40 %	20 %	345007898
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157	NC_015952	CCCTG	2	10	147255	147264	0 %	20 %	20 %	60 %	345007907
158	NC_015952	TCCCG	2	10	147981	147990	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
159	NC_015952	AAATC	2	10	148875	148884	60 %	20 %	0 %	20 %	345007910
160	NC_015952	CCTCC	2	10	153277	153286	0 %	20 %	0 %	80 %	345007914
161	NC_015952	CGTAG	2	10	154018	154027	20 %	20 %	40 %	20 %	345007914
162	NC_015952	CTGGT	2	10	156350	156359	0 %	40 %	40 %	20 %	345007917
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164	NC_015952	AGCCC	2	10	156877	156886	20 %	0 %	20 %	60 %	345007918
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166	NC_015952	CTCTG	2	10	158796	158805	0 %	40 %	20 %	40 %	345007920
167	NC_015952	GCCCG	2	10	159664	159673	0 %	0 %	40 %	60 %	345007920
168	NC_015952	TGGAC	2	10	160620	160629	20 %	20 %	40 %	20 %	345007922
169	NC_015952	TGGAC	2	10	161085	161094	20 %	20 %	40 %	20 %	345007922
170	NC_015952	GTTCT	2	10	162414	162423	0 %	60 %	20 %	20 %	345007923
171	NC_015952	GCGGG	2	10	162610	162619	0 %	0 %	80 %	20 %	345007924
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173	NC_015952	ACGCC	2	10	166625	166634	20 %	0 %	20 %	60 %	345007932
174	NC_015952	GGCCC	2	10	167256	167265	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
175	NC_015952	ACCTC	2	10	168576	168585	20 %	20 %	0 %	60 %	345007935
176	NC_015952	CCGGG	2	10	169727	169736	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
177	NC_015952	GGTGG	2	10	172136	172145	0 %	20 %	80 %	0 %	345007939
178	NC_015952	CTCAT	2	10	173186	173195	20 %	40 %	0 %	40 %	345007940
179	NC_015952	TCCGC	2	10	173819	173828	0 %	20 %	20 %	60 %	345007941
180	NC_015952	GTGGG	2	10	174363	174372	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015952	GGCTG	2	10	174795	174804	0 %	20 %	60 %	20 %	345007942
182	NC_015952	ACGGC	2	10	175977	175986	20 %	0 %	40 %	40 %	345007943
183	NC_015952	CGTGC	2	10	176159	176168	0 %	20 %	40 %	40 %	345007943
184	NC_015952	TGGGC	2	10	178326	178335	0 %	20 %	60 %	20 %	345007945
185	NC_015952	AGCGC	2	10	179361	179370	20 %	0 %	40 %	40 %	345007946
186	NC_015952	AGGGG	2	10	179848	179857	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
187	NC_015952	ACCGC	2	10	179989	179998	20 %	0 %	20 %	60 %	345007947
188	NC_015952	CCGCA	2	10	180203	180212	20 %	0 %	20 %	60 %	345007947
189	NC_015952	CCCAC	2	10	181404	181413	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
190	NC_015952	AGGCC	2	10	182320	182329	20 %	0 %	40 %	40 %	345007949
191	NC_015952	CGCTT	2	10	184445	184454	0 %	40 %	20 %	40 %	345007952
192	NC_015952	CAGCG	2	10	186367	186376	20 %	0 %	40 %	40 %	345007954
193	NC_015952	CGGCG	2	10	186766	186775	0 %	0 %	60 %	40 %	345007954
194	NC_015952	GGACG	2	10	187211	187220	20 %	0 %	60 %	20 %	345007954
195	NC_015952	GGTGA	2	10	187604	187613	20 %	20 %	60 %	0 %	345007954
196	NC_015952	GCCTC	2	10	187794	187803	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
197	NC_015952	TGGTG	2	10	188922	188931	0 %	40 %	60 %	0 %	345007957
198	NC_015952	GGTGC	2	10	190419	190428	0 %	20 %	60 %	20 %	345007961

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.