MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptomyces violaceusniger Tu 4113 plasmid pSTRVI01

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015951	CGACCC	2	12	2069	2080	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007460
2	NC_015951	CCTAGC	2	12	3372	3383	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007462
3	NC_015951	CGACCT	2	12	3921	3932	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007462
4	NC_015951	CCGCGG	2	12	4982	4993	0 %	0 %	50 %	50 %	345007463
5	NC_015951	GGTCGC	2	12	5843	5854	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007464
6	NC_015951	GGTGTA	2	12	6147	6158	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007464
7	NC_015951	GCCGCA	2	12	6797	6808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007464
8	NC_015951	GTCCAG	2	12	8041	8052	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007466
9	NC_015951	CCAGCG	2	12	14955	14966	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007471
10	NC_015951	TCGGCG	2	12	14997	15008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007471
11	NC_015951	GCGTGC	2	12	19365	19376	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007475
12	NC_015951	CCTGGC	2	12	21069	21080	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007478
13	NC_015951	CGGGAA	2	12	21309	21320	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007478
14	NC_015951	CGCCGA	2	12	21414	21425	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007478
15	NC_015951	CAGGCC	2	12	21844	21855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007478
16	NC_015951	CTCCTT	2	12	23219	23230	0 %	50 %	0 %	50 %	345007480
17	NC_015951	CACCCC	2	12	26135	26146	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	345007483
18	NC_015951	GACCTG	2	12	26253	26264	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007483
19	NC_015951	CGCCGA	2	12	26903	26914	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007483
20	NC_015951	CTCGCC	2	12	27204	27215	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007483
21	NC_015951	GGCAGC	2	12	27788	27799	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007484
22	NC_015951	CGAGGC	2	12	30828	30839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007487
23	NC_015951	GATGGT	2	12	31065	31076	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007488
24	NC_015951	GCCCCG	2	12	32969	32980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007490
25	NC_015951	TTGGCG	2	12	33759	33770	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007491
26	NC_015951	CGCCTC	2	12	37322	37333	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007496
27	NC_015951	GCTCAG	2	12	40951	40962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007500
28	NC_015951	GGCCCT	2	12	41924	41935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007501
29	NC_015951	CGACCT	2	12	42960	42971	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007502
30	NC_015951	CCGCGC	2	12	47185	47196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007507
31	NC_015951	CCGTAT	2	12	47519	47530	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	345007507
32	NC_015951	GGGAAG	2	12	48161	48172	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345007508
33	NC_015951	TCGGCC	2	12	51280	51291	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007510
34	NC_015951	GTCCCG	2	12	52117	52128	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007511
35	NC_015951	CGGTGT	2	12	64529	64540	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007514
36	NC_015951	GCGGAG	2	12	66652	66663	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007516
37	NC_015951	GATCTG	2	12	71152	71163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	345007520
38	NC_015951	CCGCAC	2	12	91033	91044	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007527
39	NC_015951	TGACGC	2	12	95177	95188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007531
40	NC_015951	CGCCCA	2	12	95897	95908	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
41	NC_015951	CACCGC	2	12	96464	96475	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
42	NC_015951	CGAACC	2	12	96521	96532	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007532
43	NC_015951	CCACCG	2	12	97117	97128	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007532
44	NC_015951	GTCAGC	2	12	100827	100838	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007534
45	NC_015951	CGGCCT	2	12	101299	101310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007534
46	NC_015951	GCGGGG	2	12	101646	101657	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	345007534
47	NC_015951	GGTGTC	2	12	104167	104178	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007535
48	NC_015951	AAATCC	2	12	114836	114847	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	345007542
49	NC_015951	CCCCCG	2	12	115818	115829	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	345007542
50	NC_015951	CCCAGC	2	12	116645	116656	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007542
51	NC_015951	CGGGGT	2	12	118960	118971	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007544
52	NC_015951	GGTGAT	2	12	121283	121294	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	345007547
53	NC_015951	CACCGA	2	12	123144	123155	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007548
54	NC_015951	CCCTGC	2	12	123206	123217	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007548
55	NC_015951	CTGGGG	2	12	126668	126679	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007550
56	NC_015951	AAGCCG	2	12	127509	127520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007550
57	NC_015951	CAGGCC	2	12	129924	129935	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007553
58	NC_015951	CCGATG	2	12	130321	130332	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007553
59	NC_015951	CTGCCG	2	12	130596	130607	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007553
60	NC_015951	CCCGGA	2	12	132710	132721	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007555
61	NC_015951	CCGGCG	2	12	135886	135897	0 %	0 %	50 %	50 %	345007559
62	NC_015951	GGTACG	2	12	139764	139775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007563
63	NC_015951	CTCGTC	2	12	140093	140104	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007564
64	NC_015951	GACGTC	2	12	141712	141723	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007566
65	NC_015951	CTTCGC	2	12	143929	143940	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	345007570
66	NC_015951	GCTGTT	2	12	144376	144387	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	345007570
67	NC_015951	GGCGCT	2	12	146480	146491	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007571
68	NC_015951	GAGCCA	2	12	146916	146927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007571
69	NC_015951	GCAGAT	2	12	147592	147603	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007572
70	NC_015951	CGGCAC	2	12	148169	148180	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007572
71	NC_015951	GTCAGG	2	12	151399	151410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007574
72	NC_015951	GGTGTC	2	12	153488	153499	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	345007577
73	NC_015951	CTCCTT	2	12	155041	155052	0 %	50 %	0 %	50 %	345007578
74	NC_015951	CAGCTC	2	12	155485	155496	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007578
75	NC_015951	CCCGGC	2	12	158078	158089	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007580
76	NC_015951	AGGCCG	2	12	168146	168157	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007594
77	NC_015951	AAGGCG	2	12	168361	168372	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007594
78	NC_015951	CACCTG	2	12	173001	173012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007599
79	NC_015951	ACGCCA	2	12	173707	173718	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007599
80	NC_015951	GACGAG	2	12	174186	174197	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007599
81	NC_015951	CATCGG	2	12	174488	174499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007600
82	NC_015951	GGCGAG	2	12	176261	176272	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	345007603
83	NC_015951	ACGCGG	2	12	177690	177701	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007605
84	NC_015951	ACCGCC	2	12	178574	178585	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007607
85	NC_015951	CCTGGC	2	12	181316	181327	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007611
86	NC_015951	GGCCGC	2	12	183031	183042	0 %	0 %	50 %	50 %	345007612
87	NC_015951	CCGTAC	2	12	183464	183475	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007612
88	NC_015951	CACCCG	2	12	186196	186207	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007615
89	NC_015951	AGGCCG	2	12	186963	186974	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007617
90	NC_015951	CTGTCG	2	12	187195	187206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007618
91	NC_015951	GGCGCG	2	12	190971	190982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345007622
92	NC_015951	TCGCCG	2	12	193655	193666	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007625
93	NC_015951	ATCGCC	2	12	195294	195305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007627
94	NC_015951	TCGGTC	2	12	199119	199130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345007630
95	NC_015951	GCGTCG	2	12	200505	200516	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007630
96	NC_015951	GCCACG	2	12	201801	201812	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007630
97	NC_015951	CAGCTG	2	12	205981	205992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007634
98	NC_015951	GCCACC	2	12	210615	210626	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007639
99	NC_015951	CGCACT	2	12	211915	211926	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007640
100	NC_015951	CGGTGC	2	12	214374	214385	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007641
101	NC_015951	TCGGGC	2	12	214490	214501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007641
102	NC_015951	CCAGCA	2	12	218404	218415	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	345007642
103	NC_015951	GGGCCT	2	12	218920	218931	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007644
104	NC_015951	CGGCCG	2	12	219628	219639	0 %	0 %	50 %	50 %	345007644
105	NC_015951	CGGCAC	2	12	222441	222452	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007647
106	NC_015951	CAGCCG	2	12	223525	223536	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	345007648
107	NC_015951	GGACCT	2	12	223733	223744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007649
108	NC_015951	GGTGGC	2	12	223827	223838	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007649
109	NC_015951	TCGCGG	2	12	224003	224014	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007649
110	NC_015951	CGCGGC	2	12	225200	225211	0 %	0 %	50 %	50 %	345007650
111	NC_015951	TCCGCC	2	12	228677	228688	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007653
112	NC_015951	CGTCGG	2	12	230391	230402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007655
113	NC_015951	AGCCGG	2	12	232351	232362	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007657
114	NC_015951	GCGTCG	2	12	233446	233457	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007658
115	NC_015951	GGCCGT	2	12	234588	234599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007659
116	NC_015951	GTCGAT	2	12	236862	236873	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	345007661
117	NC_015951	CCGCTC	2	12	237964	237975	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007663
118	NC_015951	TCGCGA	2	12	239440	239451	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007664
119	NC_015951	GATGAG	2	12	239741	239752	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	345007664
120	NC_015951	TTTGCG	2	12	240319	240330	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	345007665
121	NC_015951	GTCGAG	2	12	242193	242204	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	345007666
122	NC_015951	CAGACG	2	12	242431	242442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345007666
123	NC_015951	CCGTCC	2	12	243897	243908	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	345007666
124	NC_015951	GATGAC	2	12	245006	245017	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	345007667
125	NC_015951	CTCGAC	2	12	245801	245812	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	345007669
126	NC_015951	CAGCTG	2	12	246242	246253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007669
127	NC_015951	CGCGGC	2	12	246378	246389	0 %	0 %	50 %	50 %	345007669
128	NC_015951	CGGTCG	2	12	249075	249086	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007672
129	NC_015951	CCAGGT	2	12	252179	252190	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	345007675
130	NC_015951	GCCCGC	2	12	259580	259591	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345007681
131	NC_015951	TCGACA	2	12	260158	260169	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	345007682
132	NC_015951	GCAGAA	2	12	263173	263184	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007685
133	NC_015951	ACCTTC	2	12	263870	263881	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	345007685
134	NC_015951	CGCTGC	2	12	265306	265317	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007687
135	NC_015951	AATGTG	2	12	267235	267246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345007690
136	NC_015951	CGGGCT	2	12	269927	269938	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	345007693
137	NC_015951	GGTGCG	2	12	272455	272466	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	345007696
138	NC_015951	AGGTGA	2	12	273327	273338	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	345007699
139	NC_015951	GCTCGC	2	12	276126	276137	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007701
140	NC_015951	TCCCGG	2	12	276353	276364	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007701
141	NC_015951	ACCGGG	2	12	276386	276397	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007701
142	NC_015951	GCAGAA	2	12	284376	284387	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	345007709
143	NC_015951	AGGACG	2	12	284740	284751	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	345007711
144	NC_015951	TCCGGC	2	12	285706	285717	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	345007713
145	NC_015951	TGGAGG	2	12	286676	286687	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	345007713
146	NC_015951	AAATCG	2	12	287407	287418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	345007713
147	NC_015951	CACCGC	2	12	287889	287900	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	345007713
148	NC_015951	CAGGGC	2	12	288795	288806	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	345007714

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.