MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome I

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015948	GAGCGC	2	12	6708	6719	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015948	TGATTC	2	12	20122	20133	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015948	TTCGGC	2	12	20250	20261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015948	CTTTCA	2	12	28030	28041	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015948	CTGCTA	2	12	69688	69699	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015948	CACTTT	2	12	159118	159129	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015948	GTTTCG	2	12	192776	192787	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015948	CCGTCG	2	12	270230	270241	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015948	ACCCGA	2	12	283591	283602	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015948	TTGTGC	2	12	285489	285500	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015948	ACCGTA	2	12	348333	348344	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015948	GTCGGG	2	12	356111	356122	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015948	TCGCTG	2	12	357335	357346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015948	TCAGCC	2	12	367221	367232	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015948	AGCGGG	2	12	507324	507335	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015948	TTCAGC	2	12	541964	541975	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015948	CGAACG	2	12	571126	571137	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015948	CCCGTC	2	12	642855	642866	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_015948	CGGTCG	2	12	666333	666344	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015948	GCCACC	2	12	679418	679429	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015948	GCCACC	2	12	679487	679498	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_015948	GCATCT	2	12	700229	700240	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015948	TCTACG	2	12	730127	730138	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015948	GCCGGA	2	12	755340	755351	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015948	GCCCCG	2	12	771993	772004	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_015948	GGCGTG	2	12	840537	840548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015948	CATATT	2	12	906842	906853	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015948	CAGCGG	2	12	954700	954711	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015948	CCCGCC	2	12	957500	957511	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_015948	ATGGGG	2	12	1001950	1001961	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015948	CGAACA	2	12	1008354	1008365	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015948	CACCCC	2	12	1042220	1042231	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
33	NC_015948	CGTGGC	2	12	1052613	1052624	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015948	GTGAAA	2	12	1060305	1060316	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015948	ATCGAA	2	12	1067934	1067945	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015948	TCGGTA	2	12	1101040	1101051	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015948	GTGTCG	2	12	1118494	1118505	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015948	GTCCGC	2	12	1310109	1310120	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
39	NC_015948	ACACTC	2	12	1325924	1325935	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015948	GCGAGG	2	12	1388677	1388688	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015948	GGTACG	2	12	1400587	1400598	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015948	AGGCGC	2	12	1443584	1443595	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015948	GACACA	2	12	1475899	1475910	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015948	GACAGT	2	12	1564263	1564274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015948	ATATCA	2	12	1572693	1572704	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015948	TTCGTC	2	12	1594077	1594088	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015948	CAACGA	2	12	1597534	1597545	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015948	CATGAT	2	12	1611121	1611132	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015948	CATATA	2	12	1635879	1635890	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015948	TGGGGG	2	12	1657795	1657806	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015948	CGGGAA	2	12	1696497	1696508	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015948	AGCGGT	2	12	1719599	1719610	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015948	GACGCT	2	12	1725203	1725214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015948	GTGCGG	2	12	1733824	1733835	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015948	ACTACG	2	12	1779677	1779688	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015948	CCTCCC	2	12	1802787	1802798	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
57	NC_015948	CACCCC	2	12	1802799	1802810	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
58	NC_015948	ACCGCG	2	12	1923096	1923107	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015948	TAACGC	2	12	2022422	2022433	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015948	AAGGAT	2	12	2030396	2030407	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015948	TCACAA	2	12	2039671	2039682	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015948	TTACGA	2	12	2042440	2042451	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015948	AGTATC	2	12	2066846	2066857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015948	TCGTTG	2	12	2066922	2066933	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015948	TTCGCG	2	12	2082049	2082060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015948	TTTCAC	2	12	2088773	2088784	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015948	GTGGCA	2	12	2113369	2113380	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015948	ATTCCG	2	12	2120880	2120891	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015948	CGGTAT	2	12	2126806	2126817	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015948	CTGTAT	2	12	2143542	2143553	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015948	ACAGCG	2	12	2165240	2165251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015948	GGCCGC	2	12	2239984	2239995	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015948	AGTGAA	3	18	2258232	2258249	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015948	CAGCGC	2	12	2278925	2278936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_015948	GATCTG	2	12	2322720	2322731	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015948	CTACAA	2	12	2431764	2431775	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015948	GACCCC	2	12	2431897	2431908	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_015948	AGATGC	2	12	2459039	2459050	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015948	GCCGTC	2	12	2476223	2476234	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015948	GCTACT	2	12	2516163	2516174	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015948	CTGTCG	2	12	2533925	2533936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015948	TACCGC	2	12	2551865	2551876	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015948	CCCCCA	2	12	2555223	2555234	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_015948	TTGGTG	2	12	2563412	2563423	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015948	GATTCT	2	12	2626030	2626041	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015948	TTTCAC	2	12	2661549	2661560	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015948	AGGCCG	2	12	2671360	2671371	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015948	TGACAC	2	12	2704017	2704028	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015948	GGGTGA	2	12	2715662	2715673	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015948	ATATCT	2	12	2716402	2716413	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015948	ACGATG	2	12	2726622	2726633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015948	GTCAAG	2	12	2800567	2800578	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015948	CGTTCC	2	12	2806404	2806415	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015948	GTCGCT	2	12	2821762	2821773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015948	GTGAAA	2	12	2823642	2823653	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015948	TACGCG	2	12	2879868	2879879	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015948	ATTCAT	2	12	2909578	2909589	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015948	ACGAAA	2	12	2918877	2918888	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015948	GAACCA	2	12	2955305	2955316	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015948	ACCTCA	2	12	2963323	2963334	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015948	TCACCC	2	12	2994806	2994817	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_015948	TCCCCT	2	12	2994969	2994980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.