MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome I

Total Repeats: 299

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015948	CGCTC	2	10	8261	8270	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015948	CGTTG	2	10	20386	20395	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015948	GGCCT	2	10	22636	22645	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015948	CCGGT	2	10	30235	30244	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015948	AACTC	2	10	31317	31326	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015948	GCGAC	2	10	39773	39782	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_015948	ATCCC	2	10	42122	42131	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_015948	ATTCA	2	10	49911	49920	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015948	TGCCC	2	10	56789	56798	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_015948	TATGC	2	10	69658	69667	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015948	GTCGC	2	10	96913	96922	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015948	CGGGC	2	10	104238	104247	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015948	TCCCA	2	10	112261	112270	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_015948	GTTTT	2	10	118935	118944	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015948	GGACG	2	10	147966	147975	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015948	TACTG	2	10	155948	155957	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015948	CGACG	2	10	160252	160261	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015948	TTCAT	2	10	160350	160359	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015948	CGGTT	2	10	180531	180540	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015948	GTGCC	2	10	189636	189645	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015948	AGCGA	2	10	203547	203556	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015948	CGAGC	2	10	204835	204844	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015948	CTGCG	2	10	213952	213961	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015948	GAAAA	2	10	215203	215212	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015948	CGGCG	2	10	227582	227591	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015948	CTGTC	2	10	228790	228799	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015948	CGGGC	2	10	228825	228834	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015948	AGCGA	2	10	232644	232653	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015948	TCGCT	2	10	238602	238611	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015948	GCAGC	2	10	257675	257684	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015948	TATTC	2	10	260637	260646	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015948	GGCCA	2	10	268965	268974	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015948	ATTTA	2	10	277751	277760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015948	TTCGC	2	10	283805	283814	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015948	GTTCG	2	10	291413	291422	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015948	TGTGG	2	10	302225	302234	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015948	AAAGG	2	10	311056	311065	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015948	CCGCA	2	10	312912	312921	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_015948	CCGGA	2	10	329461	329470	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_015948	TGGTT	2	10	340846	340855	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015948	GTACT	2	10	346654	346663	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015948	GATAC	2	10	355354	355363	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015948	CCGCA	2	10	361205	361214	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015948	CCCTG	2	10	361573	361582	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_015948	TTTGC	2	10	364310	364319	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015948	TCCCC	2	10	388519	388528	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
47	NC_015948	CCGGT	2	10	403392	403401	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015948	GTTTG	2	10	408738	408747	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015948	TCGCG	2	10	414418	414427	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015948	ACGGC	2	10	436162	436171	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015948	CGAAC	2	10	442023	442032	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015948	CCGCT	2	10	469409	469418	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_015948	CGCAA	2	10	469557	469566	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015948	CAACA	2	10	496894	496903	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015948	GGGAT	2	10	500885	500894	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015948	GGGAT	2	10	500991	501000	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015948	CTTGT	2	10	507228	507237	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015948	GAAAC	2	10	507311	507320	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015948	GGCCC	2	10	523679	523688	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_015948	ATTAT	2	10	530041	530050	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015948	CCTGA	2	10	531084	531093	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015948	TCAAC	2	10	541863	541872	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015948	CGCTC	2	10	542083	542092	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_015948	TCGCT	2	10	542116	542125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015948	GGTCC	2	10	558594	558603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015948	TCGCT	2	10	567161	567170	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015948	GTCCC	2	10	576210	576219	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_015948	GACAT	2	10	610754	610763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015948	GGTGG	2	10	615982	615991	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015948	GGGTG	2	10	615992	616001	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015948	CGCGC	2	10	624789	624798	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_015948	TTCGG	2	10	645917	645926	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015948	CCGGA	2	10	653473	653482	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015948	GGCCG	2	10	669554	669563	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015948	TCTGT	2	10	677224	677233	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015948	AAAAC	2	10	677293	677302	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015948	TTCAG	2	10	679305	679314	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015948	CTCGC	2	10	679369	679378	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_015948	CTCGC	2	10	679438	679447	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_015948	GCGGT	2	10	681083	681092	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015948	GGGAT	2	10	696139	696148	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015948	TCGCT	2	10	696881	696890	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015948	TCACC	2	10	700619	700628	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_015948	CCGGA	2	10	727023	727032	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015948	GAGTG	2	10	732379	732388	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015948	CAGCG	2	10	738210	738219	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_015948	ATATC	2	10	756223	756232	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015948	CGACC	2	10	764808	764817	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_015948	TTCGG	2	10	817812	817821	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015948	CCGAG	2	10	818035	818044	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_015948	CCGTC	2	10	847149	847158	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_015948	GTGTG	2	10	847941	847950	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015948	CTAAT	2	10	870981	870990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015948	TCTCC	2	10	904229	904238	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015948	CGCGG	2	10	904256	904265	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_015948	ACATT	2	10	909153	909162	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015948	CCGGC	2	10	911003	911012	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_015948	CGGAT	2	10	911209	911218	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015948	CTGCC	2	10	913505	913514	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
100	NC_015948	GTCAC	2	10	937048	937057	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015948	CGCTC	2	10	950313	950322	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_015948	CTGCC	2	10	959923	959932	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_015948	TTCCT	2	10	972857	972866	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015948	CCCGG	2	10	983545	983554	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_015948	TCCTG	2	10	993280	993289	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015948	TGCCC	2	10	994615	994624	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_015948	CACTG	2	10	1003395	1003404	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015948	AGCGC	2	10	1014132	1014141	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015948	CGAAC	2	10	1015418	1015427	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015948	GACCT	2	10	1028467	1028476	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015948	TCGCT	2	10	1056503	1056512	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_015948	TCGCT	2	10	1056627	1056636	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_015948	CGCTC	2	10	1056826	1056835	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_015948	CCCGT	2	10	1065883	1065892	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_015948	CGACG	2	10	1081839	1081848	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_015948	TCGGC	2	10	1095976	1095985	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015948	CCAGC	2	10	1096427	1096436	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
118	NC_015948	AATCC	2	10	1099716	1099725	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015948	ACCGG	2	10	1101058	1101067	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015948	AGCGA	2	10	1118343	1118352	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015948	GTCAG	2	10	1121458	1121467	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015948	TCCGC	2	10	1134268	1134277	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_015948	CAATC	2	10	1148351	1148360	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_015948	TATAT	2	10	1167612	1167621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015948	CACAG	2	10	1177712	1177721	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015948	TCCAT	2	10	1189174	1189183	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015948	CAGAG	2	10	1189317	1189326	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015948	TCGTC	2	10	1190934	1190943	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_015948	CGTCC	2	10	1195550	1195559	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_015948	GACGG	2	10	1203743	1203752	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015948	AAGTG	2	10	1206611	1206620	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015948	ACCGT	2	10	1215657	1215666	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015948	TATTT	2	10	1311632	1311641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015948	CTGTG	2	10	1319287	1319296	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015948	AGCGA	2	10	1337495	1337504	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015948	CCGTC	2	10	1345634	1345643	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_015948	AACTG	2	10	1348694	1348703	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015948	ATCGG	2	10	1358502	1358511	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015948	ACGGC	2	10	1366143	1366152	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015948	GCACC	2	10	1384525	1384534	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_015948	CGAAC	2	10	1384899	1384908	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_015948	TGTGG	2	10	1388656	1388665	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015948	CGGGA	2	10	1407091	1407100	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015948	CAGCA	2	10	1407168	1407177	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_015948	TGGCT	2	10	1440898	1440907	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015948	GACGA	2	10	1445305	1445314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015948	CGCGG	2	10	1458005	1458014	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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186	NC_015948	CGCGG	2	10	1877044	1877053	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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189	NC_015948	TCGTG	2	10	1892156	1892165	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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231	NC_015948	GATCG	2	10	2349918	2349927	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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254	NC_015948	CTAAG	2	10	2652069	2652078	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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256	NC_015948	GACAG	2	10	2652157	2652166	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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261	NC_015948	GATTC	2	10	2671712	2671721	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
262	NC_015948	AGCGA	2	10	2672126	2672135	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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267	NC_015948	AGCGA	2	10	2707680	2707689	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
268	NC_015948	AAATC	2	10	2726037	2726046	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
269	NC_015948	GATTT	2	10	2730185	2730194	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
270	NC_015948	CATGG	2	10	2732192	2732201	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
271	NC_015948	GTCTG	2	10	2771367	2771376	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
272	NC_015948	CGCGT	2	10	2804851	2804860	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
273	NC_015948	GCCGT	2	10	2813283	2813292	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
274	NC_015948	ATCCT	2	10	2813403	2813412	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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276	NC_015948	TCGCT	2	10	2821682	2821691	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
277	NC_015948	TCCGT	2	10	2822123	2822132	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
278	NC_015948	AGCAA	2	10	2825465	2825474	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
279	NC_015948	CCAGC	2	10	2829887	2829896	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
280	NC_015948	CTCGT	2	10	2834474	2834483	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
281	NC_015948	GAGAC	2	10	2853644	2853653	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_015948	TAAAC	2	10	2862991	2863000	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_015948	CTTTC	2	10	2875438	2875447	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
285	NC_015948	TGCCG	2	10	2885075	2885084	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
286	NC_015948	CGTCC	2	10	2901057	2901066	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
287	NC_015948	CTAGA	2	10	2909549	2909558	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_015948	ACGTC	2	10	2924862	2924871	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_015948	GAGCG	2	10	2939002	2939011	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
290	NC_015948	GAGTG	2	10	2942618	2942627	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
291	NC_015948	TCGCT	2	10	2955214	2955223	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_015948	TCGCT	2	10	2955324	2955333	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_015948	CGCAA	2	10	2961254	2961263	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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296	NC_015948	TCGCC	2	10	2992296	2992305	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
297	NC_015948	CGGGA	2	10	2994490	2994499	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
298	NC_015948	ACGGT	2	10	2995133	2995142	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
299	NC_015948	ACGAA	2	10	2995246	2995255	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.